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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0334900 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0334900.3 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Calcium-dependent lipid-binding family protein isoform protein; TAIR: AT1G48090.4 calcium-dependent lipid-binding family protein; Swiss-Prot: sp|Q709C8|VP13C_HUMAN Vacuolar protein sorting-associated protein 13C; TrEMBL-Plants: tr|A0A072V2R4|A0A072V2R4_MEDTR Calcium-dependent lipid-binding-like protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0334900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:71425799..71486084) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTAAATGATGAAAAGGTTGAGTCATCTTGTCTGATGTTTGGATGGTAAGATGGGACAAAGGCATTTGATGTATTATTAGG TTTCCTTGGATTGAGAAATACTAGAGAAGAGGTATCATTTTGGATGGTGTTTTATCTGAGAATTTAATTAGTATTCATAT TGAGAATATCTCTCTCTGTCTCTCTCTTTTTATGTATGTATAAGATAAGATGTCTGACAGCTTATTATCTTACAGTCATC TTCTGGAAATTCGTGGCTGAGTTCTCTAATATCTACAATTATTGGAAATCTAAAGATATCGATCAGCAACGTGCATATCA GATATGAAGATTCAGTCAGGTTGGTTAACGAGTACCATTTTAATCCCTTTGCAGGTGCAAGTATGCATGCACATTGACTT CGAATTTAATTTCTGTTTTTAGATTATTGAGATTATGCTTAAGCTTTATTTCTACTTGCTTGTACTTTATCCGTATTTCC ACTTGCTTATGCTAAGTGTTGTTTGCAGTAATCCAGGCCATCCATTTTCTTCAGGTTTGACTTTGGCCAAGCTTGCTGCT GTTACAATGGATGAACAGGGGAATGAAACTTTTGATACCAGTGGGGCGTTGGATAGATTGAGGAAGGTGAGCAGTTCCTT GATCTGCTAATTTTATGAACAATCTATTGGCGGTTAACTCTGACTTGGCAACCCTAATAGAGAGACATGCCAAGATTGTT TTTCACTTTTTCTATTCAGTAAAGCTTCTTGTCTTAGTGTGTTATATTATATGTTTTAGTTTGTTGACTTGTATTTCTTT CTTTTGTGTTGGTTGGTTGTATATAATTGTTTTTGCAATATTTCAGAATTTAGTGGCCCACCTATACATTGTAATGGTAC CATGCTAGATTTTTTTTGTTTAGGCAAATGTTAGTTGTTAGTAATGTTAGTAAATTAGTCCTCCTCAGGGTTCGAACCCT 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0334900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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TCTCAGCTCAAATACTCATGGGGTCAGGTGGTTGCTGTTGGTTCAAGTTATATATATAGCAAAGATCAGTTATTAGATCA AAGTTCTAGACAAACTTCTGTGACACCCAATCGTTTTTTGAAGCTAAATGAACTTGAGAAAAAGGATATACTTCTACGCT GCAATCCTAGTAGTGGAAGTAAACAGTTTTGGTTTAGTGTGGGTACAGATGCTGCAGTTCTTAATACTGAACTAAATATA CCTGTATATGATTGGAGAATATCAATTAATTCTCCTATGAAATTGGAGAACCGGCTTCCTTGTCCTGCTGAATTTTCAAT ATCGGAGAAAACAAAGGGAGGAAATTGTGTTGAGCGGCATCATGGCGTCATGTCTTCTCGTCAGAGTGTGCATATCTATT CAGCTGATATTCAAAAACCTTTGTATCTTACTTTATTTGTGCAGGGTGGCTGGATTATGGAAAAGGACCCAATTCTTATA CTGGATCCTTCTTTCTCAAATCACGTCTCATCCTTCTGGATGGTTCACCGGCAAAGTAAAAGGAAACTGCGTGTGAGCAT TGAACATGATGTGGGCGGGACAAGTGCTGCACCAAAAACCTGTAGACTCTTTGTCCCTTATTGGATTGTCAATGATTCTT CTCTAGCATTGGCATATCGTTTAGTGGAAGTGGAACCTTCGGAAAATGCAGAGGTGGATTCTGTCCCTCTCTCTAGGGCA GTGAAGTCTGCCAAGACAGCTTTGAAAAGTCCCATTAGCTCAATGGATAGAAGGCGTTCTAGTTCAAGGAAAAACCTACA AGTGCTTGAAGTTATTGAAGATAACAGCCCTTTTCCTAGCATGCTTTCTCCACAAGATTATGCCGGTCGTAGTGGAGTTA CAATGTTCCAATCTCAGAAAGATACATTCTTCTCTCCTAGGCTTGGCATTTCTGTTTCTATGCGCCAATCTGAAGTTTAT AGCTCTGGAATTTCTCTGCATGAACTGGAAAACAAGGAACGTATTGATGTCAAGGCTTTCAATTCTGATGGATCTTATTA CAAGCTTTCAGCAGTGTTGAACATGACTTCAGACAGAACAAAGGTGGTCCATTTCCAGCCACACACAATGTTCGTCAATA GGGTTGGATGTAGTCTCTGCCTACAGCAATGTGATACTCAGTCTTCTGTGTGGATCCAACCCACTGATCCTCCAAAACCC TTTGGGTGGCAGTCATCAGCTAAAGTTGAACTTTTGAAGTTGCGTATTGATGGATACAAATGGAGTACACCATTTAGCGT AAGCTATGAAGGTGTAATGCGCCTTATGCTGAAAAAAGATAGTGGAGATGAACCAATGCTATTAAGGGTAGCAGTAAGAA GTGGTGCCAAGAGATCACGCTTTGAAGTTATTTTTCGTCCAGATTCATTGTCAAGTCCTTACAGGATTGAAAATCGCTCC ATGTTCTTGCCCGTTCGCTTTCGTCAAGTTGATGGTATCGGTGATTCTTGGCAGCTGCTTCTTCCGAATTCTGCTGCTTC ATTTCTATGGGAAGATCTTGGTAGAAGACGTATATTGGAACTCTTTGTAGATGGAACTGACCCGGTGAAATCACTCAAGT ATGATATTGATGAAATTTCTGATCACCAGCCCATTCATGTAGCAGATGGGCCAACCAGAGCCTTGCGTGTTACTATTGTA AAGGAAGAGAGAGCCAATGTTGTGAAGATCAGTGATTGGATGCCTGAAACTGAACCTACCGGTGTTCTGAGCCGAAGACA ATCATCACCAATTGTTCACTCTCAAAAGCAACAATTGATGTCAATTACAGATTGTGAATTCCACATCAATTTTGATCTTG CTGAGCTTGGGATATCTATTACTGATCATACACCTGAGGAAATTTTGTACCTGTCTGTTCAGAATCTTGTTCTGGCGTAT TCAACTGGTTTGGGCTCCGGAATCAGTAGATTTAAACTTAGAATGTCTGGGCTACAAGTGGACAATCAACTGCCATTAAC TCCTATGCCAGTTCTCTTCAGGCCTCAGAGAGTGTCAGAAACTGATTATATCCTGAAATGTTCTGTTACAATGCAGTCAA ATGGATCACTGGATCTTTGTGTCTATCCATATATTGGTCTTCATGGGCCAGAAAATTCCACTGCCTTTTTGATAAACATT CATGAACCTATTATTTGGCACCTTCATGAAATGATCCAGAAGGTGAAGCTCAGTAGGCTGTATGATTCTCAAACAACTGC TGCATCAGTTGATCCAATCATTCAAATTGGTGTCCTTAATATTTCGGAAGTTCGATTCAAAGTGTCAATGGCGATGTCAC CAAGTCAAAGACCAAGGGGTGTGCTTGGGTTCTGGGCATCCTTAATGACTGCATTGGGTAACACAGAAAATATGCCAGTT AGGATAAACCAGAGGTTTAATGAGAACATATGCATGAGGCAGAGTTCTATGATTAGCATGGCTATCTCAAATATCCGAAG GGATCTTCTAGGCCAACCACTTCAGCTGCTCTCAGGTGTTGATATATTGGGTAATGCAAGTAGTGCACTTGGACATATGA GTAAAGGTGTAGCTGCATTGTCTATGGATAAGAAGTTCATTCAAAGTCGGCAAAGACAGGAAAGCAAAGGTGTGGAGGAT TTTGGTGATGTTATAAGAGAGGGAGGGGGAGCATTTGCTAAAGGTTTATTCAGAGGGGTAACTGGCATTTTGACAAAGCC TCTTGAAGGAGCTAAAACGTCTGGTGTTGAGGGTTTTGTTCAGGGTGTTGGGAAGGGTATTATTGGTGCAGCTGCACAAC CAGTGAGTGGAGTTCTAGATCTTCTGTCAAAAACGACTGAAGGCGCTAATGCTATGAGAATGAAAATAGCATCTGCTATA ACATCTGAAGAACAACTTCTCCGGAGGAGGCTACCTCGTGTTATAAGTGGTGACAATTTGCTTCAACTATATGATGAGTA CAAAGCCCAAGGACAGGTCATACTACAGTTGGCAGAATCAGGTTCATTTTTTGGCCAGGTTGATCTATTCAAAGTTCGTG GAAAGTTTGCCTTATCAGATGCTTATGAAGATCACTTCATGCTTCCAAAGGGGAAAATCCTCATGGTCACGCATAGAAGA GTCATTCTATTGCAACAACCATCCAATATTATTGCTCAAAGGAAGTTCAGCCCTGCAAGAGATCCATGTTCAATACTGTG GGATATACTGTGGGATGACTTTGGTACAATGGAACTGACACATGGAAAAAAAGAGAACCCAAAAGCTCCCCCTTCGCGGC TCATTTTATATTCGCAGTCTAGATCATTGGATGTGAAAGAAAACACTCGCATCATAAAATGTAGCCCTGAAACACATCAA GCTCTTAAAGTTTACTCTGCAATTGACCACGCAGTGAACACTTATGGCCCTGGCGCATCAAAGTCTCTAATTTATTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0334900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDEQGNETFDTSGALDRLRKSVHLERLAFYHDSNRLPWEIDKRWEDISPHEWIEIFEDGINEPTGDHKLVSKWAMNRTYL VYPINAVLQYHRLGNQERTDPEIPFEKASLVLTDVSLTLTEAQYYDWIKLLEAVSRYKTYMEVSHLRPTVPISKAPYLWW QYAAQASLQQQKMCYRLSWDQIRNLCQLRRRYIQLYVASLQHSSDNNHTELREIEKDLDSKVILLWRLLAHAKVESVKSK VAAEERKIKKKSWFSFRWHADTEETSLDDVSEEQQVTEERLTKEEWHAINKLLSYQPAEELMLRSAKDMQNMFQFLVTVS IGQAALRIISVNQVEIVCGRFEQLHVSTKFKHRSVYCDVLLKFYGLSAPEGSLTQSVYSEQKVNALVASFVHLPIGENID WRLSATIAPCHVTVLMESINRVLEFLKRSKAVSPTVALETATALQLKFEEVTRRAQEQFQMVLEEQSRFAFDIDLDAPKV RVPLRTSGSERCDSHFLLDFGHFTLHTAESQSDDQRQNLYSRFYISGRDIAAFFTDCGSDSGSCSLVEPNYDGQIMNSPI TKEDENVYSLIDRCGMAVLVNQIKVPHPNYPSTLISIQVPNLWIHFSPERYFRIMELLNILYETMETCSQPTADSCQSKL APWSPADLATDGRILVWKGIGNSVATWHPCFLVLSGSYLYMFESAKSQSYQRYLSMAGRQILDVPPTNIGGSPFCIAVST RGMDIQKALESSTTWILDFRDDEEKCSWFKGLIQATYQASTLLSVDVLGNSEGDAAPFNVLNTTTSKPADIVINGALVEF KLFIYGKAGDSIDGELDETLLLEVVADGGKVHVILAGGDLTVKMKLHSLKIKDELQGRLSVAPSYLAVSVLKNETLSSSS GSFDSHGKDMSLGLPDDDDSFMDALSEFMSQTDVGYLHNMDLDQQGLMGIASDFESLENLIHEKEIEKGKGTPREVYYEA EGSDTSNFVSLSFSTRSSGSPDYNGIDTQMCVRMSKLEFFCNRPTIVALISFGLDISSGNKMTSHTSETSPERPSVKERT DEKGRVKGLLGFGKERVVFYLNMNVDSVTIFLNKEDDSQLAKLVQESFLMDLKVHPSSLSIDGTLGNFRLCDTSLGTDQC WDWLCDIRNPGVDSLIKFKFNSYSAEDDDYEGYDYSLQGQLSAVRIVFLYRFVQEIMVYFMELASPHTEEAIKLVDKVGG FEWLIQKYEIDGATSLKLDLALETPIIVVPRNSMSKDFIQLDLGKLQIKNEFSWYGSREEDPSAVHIDLLHAQILGINMS VGIDGFLGKPMIREGQGLDIFVRRSLRDVFRKVPTFSLEVKVDLLHGIISDKEYKVILDCTYMNLSEEPRLPASFRGGKS GSRDTIRLLVDKVNLNSQNLLSQTVTIVTVVVNHALLELCNGTDGESPLAHIAVSLEGLWVSYRMTSLSETDLFVTIPKF SILDVRPDTKPEMRLMLGSSTDASKQAVTGKVPFSFNPGSFRRTTSEAGIDDMPISTMFLMDYRWRMSSQSFVIRLQQPR VLVVPDFLLAVTEFFVPALGALTGREETMDPKNDPINRNVSIVLMESVYKQKDDVMHLSPSRQLVADCVGIDEYTYDGCG KVICLSVETDAKEVRGTRFRPIIVIGRGKRLRFVNVKIENGSLLRKYTYLNNDSSYSITIEDGVEIVAPCNLTSGDEKSL DNLNQTSGTTIYSQYESNGTQSFTLETQVVSSEFTFYDGSKSFLDDSSYGEKLVRAKLDMSFMYASKEKDTWIRALLKDF TVEAGSGLVILDPVDISGGYTSVKDKTSISLISTDICIHLSLSAASLILNLQSQASAALNFGNANPLVQCTNFDRIWVSE KESGSNNNITFWRPQAPANYVILGDCVTSRPIPPSQAVMAVSNTYGRVRKPVDFHLIGSFLNIQGHGGNEGQSITDNDCS LWMPIAPPGYTALGCVAHVGSQPPPNHVVHCLRSDLVTSAKYSDCLFNITSNNQFTSGFSIWRLDNAVGSFFAHSSIGFP LKNKCYDLNHLLVWSSNRGPLISPISDFNSDRENNNQQTSANVNTSGWEILKSISKATNFYMSTPNFERIWWDKGSDLRR PVSIWRPIARRGYAVLGDCITEGLEPPALGIIFKNDNPDISSKPVQFTKVSHIVGKGVEEVFFWFPIAPPGYVSLGCVVS RTDEAPHADLFCCPRMDLVSQGNIHEVPLSRSSSSRAPQSWSIWKVENQACTFLARSDLKKPSSRLAYIIGDSVKPKTRE NINAELKLRYFSLTMLDSLCGMMRPLFDTTITNIKLATHGGLDGMNAVLISSIVASTFNAQLEAWEPLVEPFDGIFKFET FDTNEQSPLGLGKRIRISATSILNVNISAANLESSVGSILSWRRQLELEQKASKLNAEGCGQQITGENTTFSALDEDDLQ TVIVENRLGCDVFVKKVEHDIDTVDKLHHGDCASVWIPPPRFSNRLNVAHESREARYYVAVQILEAKGLPIIDDGNSHNF FCALRLVVDSQASEQQKLFPQSARTKCVKPVISRINSLDEGRVKWNELFIFEVPRKAPSKLEIEVTNLAAKAGKGDVVGA LSFSVGHGANILKKVASVRMFHQPYDNQSIRSYPLSRMTQQSNVEAMHDGCLIISTSYFERNTIANLQKDMESDNVGDRD IGLWVGLGPECEWESIRSLLPLSVVPISLQNEYIGMEVVMKNGKKHVIFRGLVTVVNDSDVMLNILTCHTSHGHDPSLGA NGSNTAVEEVFQNQYYHPSSGWGSNGSAMHHDNPGHWSTRDFSHSSKDFFEPPLPPGWKWASGWSIDKFQYVDKEGWAYG PDIKNFRWPPTSSKFSTKSASDVVRRRRWIRTRQTVSEQGMECLHSGASTVQPGASAVLSWRSTFKGSDQCLQVQPNFHN SQLKYSWGQVVAVGSSYIYSKDQLLDQSSRQTSVTPNRFLKLNELEKKDILLRCNPSSGSKQFWFSVGTDAAVLNTELNI PVYDWRISINSPMKLENRLPCPAEFSISEKTKGGNCVERHHGVMSSRQSVHIYSADIQKPLYLTLFVQGGWIMEKDPILI LDPSFSNHVSSFWMVHRQSKRKLRVSIEHDVGGTSAAPKTCRLFVPYWIVNDSSLALAYRLVEVEPSENAEVDSVPLSRA VKSAKTALKSPISSMDRRRSSSRKNLQVLEVIEDNSPFPSMLSPQDYAGRSGVTMFQSQKDTFFSPRLGISVSMRQSEVY SSGISLHELENKERIDVKAFNSDGSYYKLSAVLNMTSDRTKVVHFQPHTMFVNRVGCSLCLQQCDTQSSVWIQPTDPPKP FGWQSSAKVELLKLRIDGYKWSTPFSVSYEGVMRLMLKKDSGDEPMLLRVAVRSGAKRSRFEVIFRPDSLSSPYRIENRS MFLPVRFRQVDGIGDSWQLLLPNSAASFLWEDLGRRRILELFVDGTDPVKSLKYDIDEISDHQPIHVADGPTRALRVTIV KEERANVVKISDWMPETEPTGVLSRRQSSPIVHSQKQQLMSITDCEFHINFDLAELGISITDHTPEEILYLSVQNLVLAY STGLGSGISRFKLRMSGLQVDNQLPLTPMPVLFRPQRVSETDYILKCSVTMQSNGSLDLCVYPYIGLHGPENSTAFLINI HEPIIWHLHEMIQKVKLSRLYDSQTTAASVDPIIQIGVLNISEVRFKVSMAMSPSQRPRGVLGFWASLMTALGNTENMPV RINQRFNENICMRQSSMISMAISNIRRDLLGQPLQLLSGVDILGNASSALGHMSKGVAALSMDKKFIQSRQRQESKGVED FGDVIREGGGAFAKGLFRGVTGILTKPLEGAKTSGVEGFVQGVGKGIIGAAAQPVSGVLDLLSKTTEGANAMRMKIASAI TSEEQLLRRRLPRVISGDNLLQLYDEYKAQGQVILQLAESGSFFGQVDLFKVRGKFALSDAYEDHFMLPKGKILMVTHRR VILLQQPSNIIAQRKFSPARDPCSILWDILWDDFGTMELTHGKKENPKAPPSRLILYSQSRSLDVKENTRIIKCSPETHQ ALKVYSAIDHAVNTYGPGASKSLIY
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Pfam | 1 | 197 | 197 | 8.5E-41 | ||
| Pfam | 392 | 619 | 228 | 1.5E-38 | ||
| PANTHER | 466 | 1870 | 1405 | 0.0 | – | |
| ProSiteProfiles | 647 | 757 | 111 | 8.92 | ||
| SMART | 648 | 759 | 112 | 7.5E-6 | ||
| CDD | 651 | 752 | 102 | 0.00142248 | – | |
| Gene3D | 654 | 760 | 107 | 4.7E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 661 | 759 | 99 | 3.42E-9 | – | |
| Pfam | 663 | 756 | 94 | 4.5E-6 | ||
| MobiDBLite | 1021 | 1042 | 22 | - | – | |
| Pfam | 1814 | 1984 | 171 | 2.4E-16 | ||
| Pfam | 2119 | 2207 | 89 | 3.0E-8 | ||
| SUPERFAMILY | 2440 | 2566 | 127 | 1.87E-6 | – | |
| Gene3D | 2442 | 2583 | 142 | 2.7E-7 | ||
| ProSiteProfiles | 2459 | 2562 | 104 | 9.776 | ||
| CDD | 2461 | 2565 | 105 | 1.04052E-6 | – | |
| Pfam | 3083 | 3373 | 291 | 1.3E-14 | ||
| Pfam | 3637 | 3740 | 104 | 5.5E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0334900.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…