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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0416200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0416200.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RING-finger E3 ubiquitin ligase, putative; TAIR: AT1G47570.1 RING/U-box superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5RF77|CHFR_PONAB E3 ubiquitin-protein ligase CHFR; TrEMBL-Plants: tr|A0A151S2D8|A0A151S2D8_CAJCA E3 ubiquitin-protein ligase CHFR; Found in the gene: LotjaGi4g1v0416200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:79178729..79195200) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGTTACCCTATTATGCTGATGCTGACGCAGCAAATTCCAGATTATAATATGACTAGGTTAAATTATCATGTTTACTACCA CACCGACGGTGAAAAAGTTTATATATTTTCAAAACTACAGTGAACTAGGTCAATTCCTGTAAGAAAAAAGAAAAAAAGTG AATCCTATTCCTTGATTTGCCATGCAGGCTTTTCGACATTTTCAACATTCAGGGATAAAACCCTTGAACGCTCTGTTTCT GAAAAAGCAGAGACCTTTCATATCAATGGAGGAAAGGGGTGAATCCTCTGCTTCTGCTTCTGCCATTCCCTCTGATCAAA TCTGGGCCAAGCTTGGTAATCATTCATTACTCTTCACTTTCTTTTCACCAATCACACTGATTCAAGTTTCTAACTTTGGG TCATTTCATGTTTTCCAATACCCCCCATACCCTTTATCAGATTTCGTATCCATTCTTCAAAGTTTTAATCTTTATCCGTT TTACTGCCAACCCAACATTTTGTGGAATCATAAAGCCTCCATTTTTACTCTTTTTTTAATGTCATTATAAGGATCTCAAA ATTTCATTTTGGTAACTTCAGAACTGTTTATATTGGGTTGTTGTGTATGTCAATTTTGGGCTTTAATTTTGTGATTTTTT TTGGCTACTCTAAAGCCAGGAATTCACTTTGAAGGGTGAAATGCAAAGTTATATTGTGAAAAATCATGGATGAAAGTTTT TGGAATTTTTTGTTAGTTATTTTTTTAATCAACAGTTATTCAGTGAAGTATTGTCCTCATTTAGAAGGGCTAAATCATAT TTTTATAGGTGCTGCTACCAAACCATGACAATAACCTTGTAGGCTTGTAGTGTATATTGTAGAATGTTGGGGCTGGAAAA GGAGTTGGAGAGTTTCTTCTTATGTTTCTGTTGGATTGAAGTAGTTGGGAAGGAATGGGGAGGCTTGTGATAAAGCTCTC 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0416200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAGGCTTTTCGACATTTTCAACATTCAGGGATAAAACCCTTGAACGCTCTGTTTCTGAAAAAGCAGAGACCTTTCAT ATCAATGGAGGAAAGGGGTGAATCCTCTGCTTCTGCTTCTGCCATTCCCTCTGATCAAATCTGGGCCAAGCTTGTTCCGT CAGACTCGAGATATTCAGATATTGTGATATGGTCAGACGTGACAGGAATATGTTCAGAGATATCAGCTACTCCAAGTGTC AAACGTTGCTGGTGCAAAATAGCAAGGAATTCTGATCTGTGTTCTGCCACAATGGAAAACACGAGTCCAAATACAATACT TGTTGATGGGGCTGTGGTATGCAATGATGAAACCATTGCTATCAAGGATGGAAGTGAAATTATCTCAGGCTCTGATAAAG GATATGTCAGCTACAGATTTCATATCATGTCTAGCCCAGAAACTTGCCAGAGGGAACTAAAGATATGTGTGGATGTTGAG AATACAAAGTGTAGCATTTGCTTAAACATATGGCACGATGTTGTTACTACTGGTCCTTGCCTTCATAATTTTTGCAATGG TTGCTTCTCAGAGTGGTTAAGGAGATCACAGGAAAAACGCTCAACCGTACTTTGTCCTCAATGCAGAGCTGTTGTTCAAT TTGTTGGAAGAAATCATTTTCTGCGTACCATTGCTGAGGATATGGTAAGAGCTGATTCTACGTTAAGTCACGCAGATGAA GAAATTGCACTTTTAGATACTTATGCTTCAGTACGATCAAACCTTGTTATCGGGCCTGGAAAGAGAAGTCGAAAGAGGGC TCAGACACCCCTGGATGATCAAACAGATGTCACAGGCCATCAGTGCCCCCAGTGTGTAACTGAAGTTGGCGGGTTTCGTT GCAATCATAGCATTGCTCATCTTCAATGTCAAGCATGTGGAGGAATGATGCCTTCTCGTACTGGTTTTGATGTTCCTCAA TATTGTTCGGGATGTGATAGACCTTTTTGTGGAGCTTATTGGAATGCTCTAGGGGTAACTAGGAGTAGCTCTTACCCTGT TTGCTCCCCAGAGACTTTAAGACCTATCTCAGAACACTCTGTCTCAAGAATTCCTTTGTTAGCACACGAAAAGAATCTGC ATGAACAGAATATCACTGAAAGTTGTATTAGACAAATGGGGAGGACATTGCAGAATGTTATAGCTGAGATGATAACAAAA CTGTATAACGGAGAAATTGATAGAACACGACTGATGCTGAATCATGTGGATACTATTACTTCAAGGACTTTTGTATGTGG TGATTGTTATCAGAAGTTGGTGTCATTTCTCTTGTACTGGTTTCGCATTTCTATACCCAAACGTCTTCTTCCGCCGGATG CATCAGCAAGAGAAGATTGCTGGTATGGATACGCATGTCGGACACAGCATCGCAGCGAAGAGCATGCTCGTAAAAGGAAT CATGTCTGCCGTCCAACCAGAGGCTCTCATATGTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0416200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQAFRHFQHSGIKPLNALFLKKQRPFISMEERGESSASASAIPSDQIWAKLVPSDSRYSDIVIWSDVTGICSEISATPSV KRCWCKIARNSDLCSATMENTSPNTILVDGAVVCNDETIAIKDGSEIISGSDKGYVSYRFHIMSSPETCQRELKICVDVE NTKCSICLNIWHDVVTTGPCLHNFCNGCFSEWLRRSQEKRSTVLCPQCRAVVQFVGRNHFLRTIAEDMVRADSTLSHADE EIALLDTYASVRSNLVIGPGKRSRKRAQTPLDDQTDVTGHQCPQCVTEVGGFRCNHSIAHLQCQACGGMMPSRTGFDVPQ YCSGCDRPFCGAYWNALGVTRSSSYPVCSPETLRPISEHSVSRIPLLAHEKNLHEQNITESCIRQMGRTLQNVIAEMITK LYNGEIDRTRLMLNHVDTITSRTFVCGDCYQKLVSFLLYWFRISIPKRLLPPDASAREDCWYGYACRTQHRSEEHARKRN HVCRPTRGSHM
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 47 | 488 | 442 | 8.9E-143 | – | |
| PANTHER | 47 | 488 | 442 | 8.9E-143 | – | |
| SUPERFAMILY | 141 | 215 | 75 | 2.08E-13 | – | |
| Gene3D | 157 | 234 | 78 | 1.9E-15 | ||
| ProSiteProfiles | 164 | 209 | 46 | 12.002 | ||
| SMART | 164 | 208 | 45 | 2.3E-6 | ||
| Pfam | 164 | 208 | 45 | 6.3E-8 | ||
| Gene3D | 248 | 340 | 93 | 5.4E-7 | – | |
| Pfam | 282 | 445 | 164 | 2.7E-47 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Metal ion binding | Interacting selectively and non-covalently with any metal ion. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0416200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…