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LotjaGi5g1v0000800.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0000800
Transcript ID LotjaGi5g1v0000800.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Helicase-related family protein; TAIR: AT1G20720.2 RAD3-like DNA-binding helicase protein; Swiss-Prot: sp|Q5SXJ3|FANCJ_MOUSE Fanconi anemia group J protein homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7M8G7|K7M8G7_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0000800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:136534..150839) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CAATGGTGGACAACGAGAAAAGGAAAATTAACATCATCCAATCCAACGTGGAATAAAAGAATGGGGTGAATGAATATTGT GGAACAAGCCAAGCCAGCACTCAGGCGCCAAATCAAATTAAGAAACCTGATTTCCCGCTTAAACATCCCCTCCATGGAAA ATCAGAAATATAGAGACCCAACGCAAACTATGTTCATGTTCTGAAATCGGAAAAATGGGGTCTGCGACAAACCCAAACCC AAACCCTAACCCTAAAAATGTGTACCATATCGGAGGTCTGCAAGTGGAATTTCCCTACCAACCATACGGGACTCAGTTTG CGTTCATGGGCAGAGTAATCTCCACCCTTAACCGAGCTCAGAAAGAAGGCCATTGTCACGCGTTGCTCGAGTCTCCAACT GGTACTGGCAAGTCCCTTTCGCTTCTTTGTTCCACTCTCGCTTGGCAGCAACACTATAAATCTAACCCCAAACCCGCTCC GGAGCCGGAGGATCCTCTAACCCACGGCGGCGGATTTGTTCCTGACACTGGTAAACTTACTAGCCCCTCTCTTCTCATCC GTATTTGTTTGTTTGTTTCCTTTATTTGTCACATCACATCCCTCCCAAGTAAAGCAAATTATCCCAATTTTTGCAGCATC AGATCCACAATCAGAGGCCAACAACAAAAAGCAGAAGAAAAAGCCAGCTCCAACTATTTACTATGCGTCGTGCGTTCTAA TTTTTATTCCATTTCATTTCTAGATCTTAAAAGCTTGCCTATCCTCACTTAACTACATCAATTGTTGAATTAGGAGAACA CACTCACAAATTTCTCAAGTGGTTCGTGAATTGCGGAAAACTGCATACAGGGTGCCCATGGCTGTGCTGGTAGGTTCAAC CCATTGCTTTTATGCCCTTGTTATTTTGATCTCAACTCCTTCGGGTTTTCAGTTTTATGATAATTTATGGGTTCTTTCAA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0000800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGGGTCTGCGACAAACCCAAACCCAAACCCTAACCCTAAAAATGTGTACCATATCGGAGGTCTGCAAGTGGAATTTCC CTACCAACCATACGGGACTCAGTTTGCGTTCATGGGCAGAGTAATCTCCACCCTTAACCGAGCTCAGAAAGAAGGCCATT GTCACGCGTTGCTCGAGTCTCCAACTGGTACTGGCAAGTCCCTTTCGCTTCTTTGTTCCACTCTCGCTTGGCAGCAACAC TATAAATCTAACCCCAAACCCGCTCCGGAGCCGGAGGATCCTCTAACCCACGGCGGCGGATTTGTTCCTGACACTGCATC AGATCCACAATCAGAGGCCAACAACAAAAAGCAGAAGAAAAAGCCAGCTCCAACTATTTACTATGCGTCGAGAACACACT CACAAATTTCTCAAGTGGTTCGTGAATTGCGGAAAACTGCATACAGGGTGCCCATGGCTGTGCTGGCAGCACGGAAACAT TACTGCACCAACAAAAATATACTTGGCAAAGAGAACCTTGATGAAGAATGTAAACTACTATTGAAAGATCAGGCAATGGG GTGTCCAGAATTCAAAAATGCTCATAAAGTCAAAGGTCATCCATCCCTTCAGAAGGGAGGAAGCAATGAGGTGCATGACA TAGAAGATCTTGTAAAAGTTGGACAAGTGGTCAAAGGTTGCTCTTATTATGCTGCGCGTTCTATGTCTGATGATGCACAG TTGGTATTTTGTCCATATAGTTATATAATTAATCCAATCATTAGGGGAGCTATGGATGTGGATATTAGAGGAGCTATCGT GATTCTTGATGAAGCTCACAATATAGAGGACATCACTCGTGATGCTGGCAGTGTGGATATTGAAGAGGATGTCTTGGATA AATTACAAGTGGAGCTCCAACAACTTTGTTCTTCAAACACTGCAATTTACCAACCGTTATATGAAATGACACAGGGCCTT ACTAGTTGGATTGAACAAAAGAAAAATAAACTAGAAAAACGCGATTTTCAGCACTACGTGTCGTGTTGGACTGGTGATAA GGCTTTACGTGAGCTGGAAGAAGCAAATATTTCAAAGCAGTGCTTCCCTATCTTGCTAGAATGTGCTACCAAGGCAATCA AAGTTGCTACAGACTTGGAGACTGATCAGCCACGTTTAAGTGGCATGTCGGTGATAACACTGGAAGGCTTATTCTCATCA CTAACTTATTTCTTCTCAAGAAATGGATCACACATGTTAGATTACCAGCTTTCCCTTCAGCGATGTGTTAGAAAAGATGA TAGAAGAGGTTTTGGAAACTGGATGCATACTTTCAGTTTGTGGTGCTTGAATCCAGCTGTTGTTTTTAGAGATGTTGCTG ATCTTTCTTTATCAGTCATATTGACTTCTGGGACACTGTCACCAATGCCATCCTTTTCTTCTGAGCTTGGAGTTCAGTTT GAAACTAGTCTCGAAGCTCCCCATGTAATTGACGTTGACTCACAGGTATGGCCTGCTATAATCTCCACTGGTCCTGGTAA TTATCCTTTGAATGCAAGTTACAAAACTGCAGACGCATATGAATTCCAGGATGCAGTTGGAAGATCTTTGGAGGAAATCT TCAAGATTGTTCCAGGTGGATGTCTTGTGTTCTTTCCAAGTTATAAATTGATGGAAAAATTATGTAACCGTTGGTCAGAA ACAGGTCAATGGTCTCGATTACATACAGAAAAGTCCCTTTTTGTTGAACCAAGGGGAGGAAGCCAGGATGATTTTGAACT TGTCTTAAAGGGGTATTATGACTCAATTCATCATGGCAAAAGACCTGCTTTAGGGAGGAAAAGAAGGATTAAAAAAATTG ATCTAAATCACTTCTATACAGTTGATTCCCCACAGGATTCTAAAAAAGGAGGAGCTGCTTTACTAGGTGTTTGTCGAGGA AAGGTTTCTGAAGGAATTGATTTCTCTGATGAGAACGCCAGAGTAGTTATTATAGTTGGCATTCCATTTCCCAATATAAA TGATGTTCAAGTTGCATTAAAGAAGAAATATAATGACACATTCAAATCATCCAAAAATCTCTTGAGTGGAAGTCAGTGGT ATTGCCACCAAGCATTCCGAGCTTTAAATCAAGCAGCAGGGCGTTGTATACGGCATAGTCTTGACTATGGAGCAATCATC CTTTTGGATGAACGTTTTCGTGAAGAAAGAAATCGAGCATTAATTTCAAAGTGGCTAAGAAGACCCTTGAGAGTGTATGA CAGCTTTAATCTGTCATTGGAGGGCCTAAAATCATTCTTTGAGGATGCCAAGGAACGGTTTAGCATGAATACAGTTCATA TCTCGCAGAATTTGGTCTTTGACAGTGATGGTGTTCAAAACAAGGAACAAAATACGAGGTTGAAGAAAAATCAGAAACTG AACAAGTCTGTTAATGGACGTGAGAAAGATACATCAATGATTGAGGACAACATTTCTATTCCCACACTAAGCAGTCATGA TCTTGCTGAGAGTCAGCTATTTGCTCAAAGGACTAGTAACACATACAATTTTGAAGATCATATCAATCCACAATGCTGTA ATCTGACAGAAAGGTTGACTGAGAAATTGCCAGTGTCAATTACACATGAAGAAACCTCAGTTGTCAAGGAAACCCCATGT ATAGATGTTGGTCATGATGCTGGTAGCCCTGATTACTCGGATGCCTACTCTAATTGCACTATAATTGAGACTTCTGCTCA ATTTCCACCAGATCACTTATCAAGTCATCAGATGTCATTATCTAATGGAAGTAAAAGTTCTTCAAAGGTTCAGTCTTCAA TAACAGTTACCCCTGAAAAGAATATAGCTACAACTAATATTCCAGAAATGGACTCATCTTTGAACTTGAGTGTTAATTCT CACAATCAGAAAAGGAGGAAGCCCTTCATAAACCTCATTGAGGAAGAAAATTATGGTGCACCTTGTGCCACTAGTCTTAC ATGGTACTCAAAAAGCTCAGTGGCTGTTACAGAGGCAACTCATGGAACTAAACCTGGTTTAGAGAGAAATTTGAAGTCAC ATTCTCCACAGATACCAACAAGCAATCTACCTGGTACATGTTCATTAACTGCCCCTCTACTTGACAAAAGGTTGCAGATA TTTTGTTCACTCTGCAAAAACCCATTGGGGCGACCTGAGAATGATCTGTTTCTTACATGCTCTCTGATTTCATCATCAAA AGTTTACTTAAGATCCCTTTTGAAGCAGAAACTGAAAACATATACCACAGATACATCAGATAGCTTACCAGTTATTCTTA CTGATTCTTCTTGTGTTGATCAACGTATTTTGAATAGAATACCTAAAAGTGCCCCGGAACAGGGTATTTGGTGTTTAGAA GATGGGTGTGTCTTCAGCACTGTTTTCTGCCCCTTCTGCAGTAATAGAAACAATTTGCTAGGAGTTCAAGTCATGGCAAC CAATTCATCAAATGTTCAGTTACTTGAACAGATATTGTTTTACTTTGATTCTTTGGTAGTGAAGAACCATGAGGAAACAG GAAAAGGTGCTTCAGAGGAAGAGGACTTGTTGCCAGTTATTGACTCTGGCACGGATGAAGTTGCTGTCTTAAATTCCATT GACAGATATTCTTATCTTCCCCAACCGGCGAAATCAGAAGTCTGGAAGATTAGAAAATCAAAGCCAAGACTACGAAGCTC GCCTTATGCAGAAAGCCAAAGTTGA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0000800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGSATNPNPNPNPKNVYHIGGLQVEFPYQPYGTQFAFMGRVISTLNRAQKEGHCHALLESPTGTGKSLSLLCSTLAWQQH YKSNPKPAPEPEDPLTHGGGFVPDTASDPQSEANNKKQKKKPAPTIYYASRTHSQISQVVRELRKTAYRVPMAVLAARKH YCTNKNILGKENLDEECKLLLKDQAMGCPEFKNAHKVKGHPSLQKGGSNEVHDIEDLVKVGQVVKGCSYYAARSMSDDAQ LVFCPYSYIINPIIRGAMDVDIRGAIVILDEAHNIEDITRDAGSVDIEEDVLDKLQVELQQLCSSNTAIYQPLYEMTQGL TSWIEQKKNKLEKRDFQHYVSCWTGDKALRELEEANISKQCFPILLECATKAIKVATDLETDQPRLSGMSVITLEGLFSS LTYFFSRNGSHMLDYQLSLQRCVRKDDRRGFGNWMHTFSLWCLNPAVVFRDVADLSLSVILTSGTLSPMPSFSSELGVQF ETSLEAPHVIDVDSQVWPAIISTGPGNYPLNASYKTADAYEFQDAVGRSLEEIFKIVPGGCLVFFPSYKLMEKLCNRWSE TGQWSRLHTEKSLFVEPRGGSQDDFELVLKGYYDSIHHGKRPALGRKRRIKKIDLNHFYTVDSPQDSKKGGAALLGVCRG KVSEGIDFSDENARVVIIVGIPFPNINDVQVALKKKYNDTFKSSKNLLSGSQWYCHQAFRALNQAAGRCIRHSLDYGAII LLDERFREERNRALISKWLRRPLRVYDSFNLSLEGLKSFFEDAKERFSMNTVHISQNLVFDSDGVQNKEQNTRLKKNQKL NKSVNGREKDTSMIEDNISIPTLSSHDLAESQLFAQRTSNTYNFEDHINPQCCNLTERLTEKLPVSITHEETSVVKETPC IDVGHDAGSPDYSDAYSNCTIIETSAQFPPDHLSSHQMSLSNGSKSSSKVQSSITVTPEKNIATTNIPEMDSSLNLSVNS HNQKRRKPFINLIEEENYGAPCATSLTWYSKSSVAVTEATHGTKPGLERNLKSHSPQIPTSNLPGTCSLTAPLLDKRLQI FCSLCKNPLGRPENDLFLTCSLISSSKVYLRSLLKQKLKTYTTDTSDSLPVILTDSSCVDQRILNRIPKSAPEQGIWCLE DGCVFSTVFCPFCSNRNNLLGVQVMATNSSNVQLLEQILFYFDSLVVKNHEETGKGASEEEDLLPVIDSGTDEVAVLNSI DRYSYLPQPAKSEVWKIRKSKPRLRSSPYAESQS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 19 940 922 1.7E-273
PANTHER 19 940 922 1.7E-273
ProSiteProfiles 20 342 323 23.95
SMART 21 337 317 0.0058
SMART 22 310 289 9.4E-44
SUPERFAMILY 51 722 672 2.0E-15
CDD 55 276 222 1.23434E-51
MobiDBLite 82 126 45 -
Pfam 128 291 164 5.3E-43
ProSitePatterns 265 274 10 -
CDD 494 726 233 4.95912E-59
Pfam 531 740 210 9.5E-59
SMART 548 728 181 9.5E-38
MobiDBLite 912 931 20 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Molecular function DNA helicase activity Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA helix.
Molecular function Helicase activity Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix.
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Biological process Nucleobase-containing compound metabolic process Any cellular metabolic process involving nucleobases, nucleosides, nucleotides and nucleic acids.
Molecular function Hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides Catalysis of the hydrolysis of any acid anhydride which contains phosphorus.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0000800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…