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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0149400 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0149400.1 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | CLIP-associating-like protein; TAIR: AT2G20190.1 CLIP-associated protein; Swiss-Prot: sp|Q8RWY6|CLASP_ARATH CLIP-associated protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VLE8|A0A072VLE8_MEDTR CLIP-associated protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0149400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:38781442..38796807) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTAGAAGCACGTGGATGGTTAACTATCCAACCACCGCAACCACATCAGCAAAGTTTTCAAATCGTTTCCCTTTCCTTTT GCTTCATTCATCATCTTCTTCTTCTCCGTCGATCCTAGTCACCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTCACTTCACTCTCT CACACTTGGTTTAAATTCAGCACCGTAACTCGTGCATTTGCATTATCGCATTGTCATTTGCATTTGCATTTGCATTTTCT CAATTCTCCATGCGGTGCTGAATTGGGTACCGAACAGTTGGGTCAGATCTGAGCCCGGGCGCACCAGATCCAAATGGAGG AAGCCTTGGAGCTCGCGCGGGCCAAGGACACCAAGGAGAGGATGGCCGGCGTCGAGCGCCTCCACCAGGTTCTGGAAGCT TCTAGAAGAACCCTCACTTCCGGCGAGGTCACTTCCCTCGTCGATTGCTGCACGGATCTCTTGAGAGACAGCAACTTCAG AGTCTCTCAGGGCGCGCTTCAGGCTCTGGCCTCCGCCGCTGTCCTCGCCGGCGACCACTTCAAGCTTCACCTCAACGCGA TTGTCCCCGCCGTTGTTGAACGCTTGGGCGACGCCAAACAGCCTGTTCGCGACGCCGCTAGAAGGCTCTTGCTCACTCTC ATGGAGGTAACTTCAGTTCTTTCTATCTGTTGCGATTTCGAGCAAGTGTTTTTCAGTGAGGATAGTTGAGAGTGGGGACT GATGAAAAAGTGAGATCAGGAATAACACTTTGAGTGTATGAAGAGGAAGCTCTCAGATTCAGTTGTACTTAAATTGTACC AGTTATACGTGAAACGTTTCATTCTTTGATTTCTTATGCTTTTCTAGCGTGCATTTTGAGTTCTAACCAGTGCTAGCTAA GATGTCCTGTGGTTTCTAGCGAGTGAAAAATCTGATGAGTGATGATCAGTGATTGCTGTGGTTTGTAGCTCTTATCACAG 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0149400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGAAGCCTTGGAGCTCGCGCGGGCCAAGGACACCAAGGAGAGGATGGCCGGCGTCGAGCGCCTCCACCAGGTTCT GGAAGCTTCTAGAAGAACCCTCACTTCCGGCGAGGTCACTTCCCTCGTCGATTGCTGCACGGATCTCTTGAGAGACAGCA ACTTCAGAGTCTCTCAGGGCGCGCTTCAGGCTCTGGCCTCCGCCGCTGTCCTCGCCGGCGACCACTTCAAGCTTCACCTC AACGCGATTGTCCCCGCCGTTGTTGAACGCTTGGGCGACGCCAAACAGCCTGTTCGCGACGCCGCTAGAAGGCTCTTGCT CACTCTCATGGAGGTTTCATCTCCTACAATAATAGTTGAAAGAGCTGGGTCCTTTGCTTGGACATGCAAAAGCTGGAGAG TCAGAGAGGAGTTTGTACGGACTGTCACATCTGCAATTGGTCTATTTTCATCTACTGAACTTCCCCTTCAACGGGCTATT CTTCCTCCTATTCTGCAGTTGCTGAGTGATCCAAATTCTGCGGTTAGGGAATCAGCTATTTTGTGCATTGAGGAGATGTA TGCTCAAGCTGGGTCTCAGTTTCGTGATGAACTTCAGCGCCACAATCTTCCTTCATCTTTGGTGAAAACTATTAACGCCA GGCTAGAGGGGATTCAACCAAAAGTGCACTCTTCAGATGCTATTTCTAGTGGTTATATGGCAGGGGAAATTAATCCTGTG TCTGTTAATCCCAAGAAAAGTAGCCCAAAGGCAAAGAGTTCATCAAGGGAGACATCTCTTTTTGGAGGAGAAGGTGATGT CACAGAGAAGGGCATAGATCCTATCAAGGTGTATTCAGAGAAGGAGTTAATCAGGGAAGTTGAGAAGATTGCATCTACCC TTGTACCTGAAAAGGACTGGTCAATTCGTATTGCTGCCATGCAGAGAATTGAAGGTCTTGTGCTGGGAGGTGCTGCTAAT TATCCATGTTTCTTCGGACTCCTGAAGCAGCTTGTTGGACCTTTAAGCACACAATTGTCGGATCGAAGGTCCAGCATTGT GAAACAGGCTTGCCATCTATTATGCTTTTTATCAAAGGACTTTTTGGGTGATTTTGAAGCATGTGCTGAAATGTTCATAC CAGTTCTTATGAAGCTGGTTGTGATTACTGTGCTTGTAATTGCAGAGTCTGCAGATAACTGCATAAAAACGATGTTGCGT AACTGCAAAGTTGCTCGTGTACTTCCTCGGATAGCTGATTGTGCAAAATATGACCGTAATGCCGTACTTCGTGCAAGGTG TTGTGATTATGCTCTTTTGATACTAGAATATTGGCCTGATGCACCAGAGATACAGCGATCAGCGGAATTATATGAGGATA TGATAAGGTGTTGTGTTTCAGATGCAATGAGTGAGGTGCGGTCGACTGCTAGGATGTGCTACAGAATGTTTGCAAAAACT TGGCCAGAGCGTTCCCGTCGTCTGTTTTCATCCTTTGACCCTTCTATTCAACGGTTAATAAATGAAGAGGATGGAGGAAA ACACAGGCGGCATGCATCCCCTAGTGTTCGTGATAGAGGTGCACCGATGTCATTAACTAGTCAAGCTTCAGTTCCATCTA ATGTAACTGGTTATGGAACTTCTGCTATTGTTGCAATGGACAGAAGTTCAAGTTTATCATCAGGGGCTTCTATCTCCTCA GGTGTTCTTCTTTCACAAGCTAAGTCATATGGTAAAGGTGCTGAGCGAAGTCTGGAAAATATGTTGCATGCAAGCAAACA GAAGGTCACTGCTATTGAAAGTATGCTTAGAGGTTTGGATTTGTCTGATAAGCATAATTCATCTGCTCTCCGGTCTTCAA GTTTGGATCTAGGAGTTGACCGTCCCTCATCTCGTGATCCACCATTCCCTGCTGCTGTTTCAGCATCTAATCATCTGGCT GGCTCTTTAATGACACAATCAACCACTTCTGGTGTCAATAAAGGTAGTAACCGGAATGGTGGTTTGGGCTTATCTGACAT TATCACCCAAATTCAAGCTTCTAAAGATTCTGGCAAGTTGTCATATAATAGTAATGTTGGTGTTGAGCCTTTATCAGCTT TTTCATCATACTCAATTAAAAAAGCTACTGAAAATTTACAAGAAAGAAGTTCTGTTGATGAAAACAATGACATCAGGGAG ACTAGGCGATATATGAACCCCAACATAGATAGACAGTATATGGATCCTCCTTATAGAGATGGCAACTTTAGGGATTCACC GAATAGTTACGTGCCAAATTTTCAGAGGCCGCTATTAAGAAAAAATGTTGCTGCACGTGTGTCTGCTGGCAGGAGGAGGA GCTTTGATGATAGTCAATTATTTCTTGGGGAGATGTCAAACATTGCAGATGGACCAGCATCTCTTCATGAAGCTCTGAGT GAAGGACTTGGTTCAGGTTCTGACTGGTCTGCTAGAGTTTCTGCCTTTAATTATCTTCACTCCTTATTGCAGCAAGGTCA AAGGGGAATTCAAGAAGTAGTCCAGAATTTTGAGAAGGTCATGAAGTTATTTTTTCAGCACTTGGATGATCCCCATCATA AAGTTGCACAGGCTGCTCTTTCCACCCTTGCAGAAATTATTCTTACTTGCCGAAAGCCCTTTGAGGGTTACATGGAACGA ATGTTACCCCATGTGTTTTCTCGATTGATTGATCCTAAAGAGCTTGTTAGACAAGCATGCTCTACGACTTTGGAAGCTAT TAGCAAAACTTACAGTATAGATTCTCTCTTACCTGCATTGCTTCGCTCACTAGATGAACAAAGGTCTCCTAAGGCAAAGT TGGCCGTTATTGAGTTTGCAATCAGTTCATTTAACAAGCATGCAATGAATCCAGAAGGTGCTGCTAATATTGGCATCCTA AAATTGTGGCTTGCCAAGTTAGCCCCATTGGTTCATGACAAAAATACAAAGCTTAAAGAAGCTGCTATTACATGCATTAT ATCAGTGTACTCTCACTTTGATTCATCTGCAGTTTTGAATTTTATTCTTAGTTTGTCAGTTGATGTACAAAATTCTCTGA GACGAGCCCTTAAACAGCGCACCCCTCGTATAGAAGTAGATTTAATGAACTATCTGCAGAACAAGAAAGAGCGACGTTCT AAGTCTTCGTATGATCCATCTGATGTTATGGGAACATCTTCTGATGAGGGTTATGCTGGATTGTCTAGGAAAAATCATTA CATTGGAAGGTATTCTGCTGGTTCTCTAGATAGTGATGGTGGCAGGAAGTGGAGTTCCCAAGATTCAACCCTGATTAAAA CCAGTTTTGGCCGACCAGCTTCTGATGAAACTGAGGAACAATCATATCAGAATCTTCAGACTGATTCTAATAGTGTTATT CTTGGTTCAAAAACTAAAGACTCTGCTTACACAATCAATTCAGTGGATCAAAATTTTGGCTTTCAAACTAGCCAACTTGG ACATGTGGACAGTAACATGAACTTTGAAGGTCTGTCATCTGATCTGGATGCTAATGGTCTGATGTCATTAGAGCATTTAA ACCTTGCTGAAGGATTTAGACATGACAAAGAATTTCCTTTTGAATTGAACCATAATCATCACACCACTGAAGATGTAAAG GTTGACTCCATGACAGACACTGGACTCAGCATTTCTCAAATTCTTCATATGATATGCAGTGGAGGTGATGGAAGCCCTGT TTCAAGTAAGCAGACAGCACTTCTCCAGCTAGTTGAAGCTTCTATAGCAAATGATCATTCGATTTGGACCCAGGCATGTT TGATTTCATTTGATTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0149400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEALELARAKDTKERMAGVERLHQVLEASRRTLTSGEVTSLVDCCTDLLRDSNFRVSQGALQALASAAVLAGDHFKLHL NAIVPAVVERLGDAKQPVRDAARRLLLTLMEVSSPTIIVERAGSFAWTCKSWRVREEFVRTVTSAIGLFSSTELPLQRAI LPPILQLLSDPNSAVRESAILCIEEMYAQAGSQFRDELQRHNLPSSLVKTINARLEGIQPKVHSSDAISSGYMAGEINPV SVNPKKSSPKAKSSSRETSLFGGEGDVTEKGIDPIKVYSEKELIREVEKIASTLVPEKDWSIRIAAMQRIEGLVLGGAAN YPCFFGLLKQLVGPLSTQLSDRRSSIVKQACHLLCFLSKDFLGDFEACAEMFIPVLMKLVVITVLVIAESADNCIKTMLR NCKVARVLPRIADCAKYDRNAVLRARCCDYALLILEYWPDAPEIQRSAELYEDMIRCCVSDAMSEVRSTARMCYRMFAKT WPERSRRLFSSFDPSIQRLINEEDGGKHRRHASPSVRDRGAPMSLTSQASVPSNVTGYGTSAIVAMDRSSSLSSGASISS GVLLSQAKSYGKGAERSLENMLHASKQKVTAIESMLRGLDLSDKHNSSALRSSSLDLGVDRPSSRDPPFPAAVSASNHLA GSLMTQSTTSGVNKGSNRNGGLGLSDIITQIQASKDSGKLSYNSNVGVEPLSAFSSYSIKKATENLQERSSVDENNDIRE TRRYMNPNIDRQYMDPPYRDGNFRDSPNSYVPNFQRPLLRKNVAARVSAGRRRSFDDSQLFLGEMSNIADGPASLHEALS EGLGSGSDWSARVSAFNYLHSLLQQGQRGIQEVVQNFEKVMKLFFQHLDDPHHKVAQAALSTLAEIILTCRKPFEGYMER MLPHVFSRLIDPKELVRQACSTTLEAISKTYSIDSLLPALLRSLDEQRSPKAKLAVIEFAISSFNKHAMNPEGAANIGIL KLWLAKLAPLVHDKNTKLKEAAITCIISVYSHFDSSAVLNFILSLSVDVQNSLRRALKQRTPRIEVDLMNYLQNKKERRS KSSYDPSDVMGTSSDEGYAGLSRKNHYIGRYSAGSLDSDGGRKWSSQDSTLIKTSFGRPASDETEEQSYQNLQTDSNSVI LGSKTKDSAYTINSVDQNFGFQTSQLGHVDSNMNFEGLSSDLDANGLMSLEHLNLAEGFRHDKEFPFELNHNHHTTEDVK VDSMTDTGLSISQILHMICSGGDGSPVSSKQTALLQLVEASIANDHSIWTQACLISFD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 227 | 227 | 2.1E-65 | ||
| PANTHER | 1 | 1251 | 1251 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1251 | 1251 | 0.0 | – | |
| SMART | 3 | 224 | 222 | 7.1E-39 | ||
| SUPERFAMILY | 3 | 1016 | 1014 | 1.59E-57 | ||
| ProSiteProfiles | 83 | 121 | 39 | 8.916 | ||
| ProSiteProfiles | 160 | 198 | 39 | 9.618 | ||
| Pfam | 160 | 186 | 27 | 2.9E-5 | ||
| MobiDBLite | 239 | 265 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 241 | 261 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 266 | 503 | 238 | 1.1E-61 | ||
| SMART | 282 | 514 | 233 | 1.9E-6 | ||
| Pfam | 285 | 500 | 216 | 7.9E-47 | ||
| MobiDBLite | 501 | 531 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 605 | 633 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 605 | 619 | 15 | - | – | |
| SMART | 784 | 1027 | 244 | 7.3E-23 | ||
| Gene3D | 797 | 1021 | 225 | 1.2E-45 | ||
| Pfam | 805 | 997 | 193 | 1.8E-12 | ||
| MobiDBLite | 1037 | 1057 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0149400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…