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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0149400 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0149400.5 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | CLIP-associating-like protein; TAIR: AT2G20190.1 CLIP-associated protein; Swiss-Prot: sp|Q8RWY6|CLASP_ARATH CLIP-associated protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VLE8|A0A072VLE8_MEDTR CLIP-associated protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0149400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:38781755..38795914) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGAGGAAGCCTTGGAGCTCGCGCGGGCCAAGGACACCAAGGAGAGGATGGCCGGCGTCGAGCGCCTCCACCAGGTTCT GGAAGCTTCTAGAAGAACCCTCACTTCCGGCGAGGTCACTTCCCTCGTCGATTGCTGCACGGATCTCTTGAGAGACAGCA ACTTCAGAGTCTCTCAGGGCGCGCTTCAGGCTCTGGCCTCCGCCGCTGTCCTCGCCGGCGACCACTTCAAGCTTCACCTC AACGCGATTGTCCCCGCCGTTGTTGAACGCTTGGGCGACGCCAAACAGCCTGTTCGCGACGCCGCTAGAAGGCTCTTGCT CACTCTCATGGAGGTAACTTCAGTTCTTTCTATCTGTTGCGATTTCGAGCAAGTGTTTTTCAGTGAGGATAGTTGAGAGT GGGGACTGATGAAAAAGTGAGATCAGGAATAACACTTTGAGTGTATGAAGAGGAAGCTCTCAGATTCAGTTGTACTTAAA TTGTACCAGTTATACGTGAAACGTTTCATTCTTTGATTTCTTATGCTTTTCTAGCGTGCATTTTGAGTTCTAACCAGTGC TAGCTAAGATGTCCTGTGGTTTCTAGCGAGTGAAAAATCTGATGAGTGATGATCAGTGATTGCTGTGGTTTGTAGCTCTT ATCACAGGATCTTTAACTAGAACTGTGACCTTAACCGTAAGATCTCTGAGATTTGTCATGCAGCTATAGGCCTATAGCAT TCAGTTTTAGTGTCATTGCGCTGCAATTTGTGCAATGTTATAGATCGTTAGCTTCATCAGTCATTCTATTCGACTAGGTT GGATTAACCAAAGTATTTGAGCCAGATTACATGCAAGCCTTCTGGCAGTTATATTTGGGAGTGAATTACTGAATTTCAAT GACTTGGTCCTAATTTTTATGTTTTTATGATCATTATTTTTCATATATTCTGAAATTTATTGTCATGCTTTACATATTTA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0149400.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGAAGCCTTGGAGCTCGCGCGGGCCAAGGACACCAAGGAGAGGATGGCCGGCGTCGAGCGCCTCCACCAGGTTCT GGAAGCTTCTAGAAGAACCCTCACTTCCGGCGAGGTCACTTCCCTCGTCGATTGCTGCACGGATCTCTTGAGAGACAGCA ACTTCAGAGTCTCTCAGGGCGCGCTTCAGGCTCTGGCCTCCGCCGCTGTCCTCGCCGGCGACCACTTCAAGCTTCACCTC AACGCGATTGTCCCCGCCGTTGTTGAACGCTTGGGCGACGCCAAACAGCCTGTTCGCGACGCCGCTAGAAGGCTCTTGCT CACTCTCATGGAGGTTTCATCTCCTACAATAATAGTTGAAAGAGCTGGGTCCTTTGCTTGGACATGCAAAAGCTGGAGAG TCAGAGAGGAGTTTGTACGGACTGTCACATCTGCAATTGGTCTATTTTCATCTACTGAACTTCCCCTTCAACGGGCTATT CTTCCTCCTATTCTGCAGTTGCTGAGTGATCCAAATTCTGCGGTTAGGGAATCAGCTATTTTGTGCATTGAGGAGATGTA TGCTCAAGCTGGGTCTCAGTTTCGTGATGAACTTCAGCGCCACAATCTTCCTTCATCTTTGGTGAAAACTATTAACGCCA GGCTAGAGGGGATTCAACCAAAAGTGCACTCTTCAGATGCTATTTCTAGTGGTTATATGGCAGGGGAAATTAATCCTGTG TCTGTTAATCCCAAGAAAAGTAGCCCAAAGGCAAAGAGTTCATCAAGGGAGACATCTCTTTTTGGAGGAGAAGGTGATGT CACAGAGAAGGGCATAGATCCTATCAAGGTGTATTCAGAGAAGGAGTTAATCAGGGAAGTTGAGAAGATTGCATCTACCC TTGTACCTGAAAAGGACTGGTCAATTCGTATTGCTGCCATGCAGAGAATTGAAGGTCTTGTGCTGGGAGGTGCTGCTAAT TATCCATGTTTCTTCGGACTCCTGAAGCAGCTTGTTGGACCTTTAAGCACACAATTGTCGGATCGAAGGTCCAGCATTGT GAAACAGGCTTGCCATCTATTATGCTTTTTATCAAAGGACTTTTTGGGTGATTTTGAAGCATGTGCTGAAATGTTCATAC CAGTTCTTATGAAGCTGGTTGTGATTACTGTGCTTGTAATTGCAGAGTCTGCAGATAACTGCATAAAAACGATGTTGCGT AACTGCAAAGTTGCTCGTGTACTTCCTCGGATAGCTGATTGTGCAAAATATGACCGTAATGCCGTACTTCGTGCAAGGTG TTGTGATTATGCTCTTTTGATACTAGAATATTGGCCTGATGCACCAGAGATACAGCGATCAGCGGAATTATATGAGGATA TGATAAGGTGTTGTGTTTCAGATGCAATGAGTGAGGTGCGGTCGACTGCTAGGATGTGCTACAGAATGTTTGCAAAAACT TGGCCAGAGCGTTCCCGTCGTCTGTTTTCATCCTTTGACCCTTCTATTCAACGGTTAATAAATGAAGAGGATGGAGGAAA ACACAGGCGGCATGCATCCCCTAGTGTTCGTGATAGAGGTGCACCGATGTCATTAACTAGTCAAGCTTCAGTTCCATCTA ATGTAACTGGTTATGGAACTTCTGCTATTGTTGCAATGGACAGAAGTTCAAGTTTATCATCAGGGGCTTCTATCTCCTCA GGTGTTCTTCTTTCACAAGCTAAGTCATATGGTAAAGGTGCTGAGCGAAGTCTGGAAAATATGTTGCATGCAAGCAAACA GAAGGTCACTGCTATTGAAAGTATGCTTAGAGGTTTGGATTTGTCTGATAAGCATAATTCATCTGCTCTCCGGTCTTCAA GTTTGGATCTAGGTATTGACCGTCCCTCATCTCGTGATCCACCATTCCCTGCTGCTGTTTCAGCATCTAATCATCTGGCT GGCTCTTTAATGACACAATCAACCACTTCTGGTGTCAATAAAGGTAGTAACCGGAATGGTGGTTTGGGCTTATCTGACAT TATCACCCAAATTCAAGCTTCTAAAGATTCTGGCAAGTTGTCATATAATAGTAATGTTGGTGTTGAGCCTTTATCAGCTT TTTCATCATACTCAATTAAAAAAGCTACTGAAAATTTACAAGAAAGAAGTTCTGTTGATGAAAACAATGACATCAGGGAG ACTAGGCGATATATGAACCCCAACATAGATAGACAGTATATGGATCCTCCTTATAGAGATGGCAACTTTAGGGATTCACC GAATAGTTACGTGCCAAATTTTCAGAGGCCGCTATTAAGAAAAAATGTTGCTGCACGTGTGTCTGCTGGCAGGAGGAGGA GCTTTGATGATAGTCAATTATTTCTTGGGGAGATGTCAAACATTGCAGATGGACCAGCATCTCTTCATGAAGCTCTGAGT GAAGGACTTGGTTCAGGTTCTGACTGGTCTGCTAGAGTTTCTGCCTTTAATTATCTTCACTCCTTATTGCAGCAAGGTCA AAGGGGAATTCAAGAAGTAGTCCAGAATTTTGAGAAGGTCATGAAGTTATTTTTTCAGCACTTGGATGATCCCCATCATA AAGTTGCACAGGCTGCTCTTTCCACCCTTGCAGAAATTATTCTTACTTGCCGAAAGCCCTTTGAGGGTTACATGGAACGA ATGTTACCCCATGTGTTTTCTCGATTGATTGATCCTAAAGAGCTTGTTAGACAAGCATGCTCTACGACTTTGGAAGCTAT TAGCAAAACTTACAGTATAGATTCTCTCTTACCTGCATTGCTTCGCTCACTAGATGAACAAAGGTCTCCTAAGGCAAAGT TGGCCGTTATTGAGTTTGCAATCAGTTCATTTAACAAGCATGCAATGAATCCAGAAGGTGCTGCTAATATTGGCATCCTA AAATTGTGGCTTGCCAAGTTAGCCCCATTGGTTCATGACAAAAATACAAAGCTTAAAGAAGCTGCTATTACATGCATTAT ATCAGTGTACTCTCACTTTGATTCATCTGCAGTTTTGAATTTTATTCTTAGTTTGTCAGTTGATGTACAAAATTCTCTGA GACGAGCCCTTAAACAGCGCACCCCTCGTATAGAAGTAGATTTAATGAACTATCTGCAGAACAAGAAAGAGCGACGTTCT AAGTCTTCGTATGATCCATCTGATGTTATGGGAACATCTTCTGATGAGGGTTATGCTGGATTGTCTAGGAAAAATCATTA CATTGGAAGGTATTCTGCTGGTTCTCTAGATAGTGATGGTGGCAGGAAGTGGAGTTCCCAAGATTCAACCCTGATTAAAA CCAGTTTTGGCCGACCAGCTTCTGATGAAACTGAGGAACAATCATATCAGAATCTTCAGACTGATTCTAATAGTGTTATT CTTGGTTCAAAAACTAAAGACTCTGCTTACACAATCAATTCAGTGGATCAAAATTTTGGCTTTCAAACTAGCCAACTTGG ACATGTGGACAGTAACATGAACTTTGAAGGTCTGTCATCTGATCTGGATGCTAATGGTCTGATGTCATTAGAGCATTTAA ACCTTGCTGAAGGATTTAGACATGACAAAGAATTTCCTTTTGAATTGAACCATAATCATCACACCACTGAAGATGTAAAG GTTGACTCCATGACAGACACTGGACTCAGCATTTCTCAAATTCTTCATATGATATGCAGTGGAGGTGATGGAAGCCCTGT TTCAAGTAAGCAGACAGCACTTCTCCAGCTAGTTGAAGCTTCTATAGCAAATGATCATTCGATTTGGACCCAGTACTTCA ATCAGATTTTGACAGTTGTTCTTGAGGTGCTGGATGATTCAGATTCCTCAATCAGAGAGCTTGCTCTTTCATTGATTGTG GAAATGCTTAAAAACCAGAAAGATGCCATGGAAAATTCAGTTGAGATTGTAATTGAAAAGCTGCTTAATGTTACAAAGGA TATTGTTCCCAAGGTCTCAAATGAAGCAGAACATTGCCTGACCATCATTTTATCTCAGGATGATCCATTCAGATGTTTAA GTGTGATTGTCCCTCTACTAGTTACTGAGGATGAGAAAACTCTTGTCACTTGCATAAATTGCCTAACAAAGCTTGTGGGG CGGCTCTCTCAGGAGGAACTGATGGCCCAGTTACCCTCATTTCTGCCTGCTTTGTTTGAAGCTTTTGGAAACCAGAGTGC GGATGTTCGTAAGACTGTTGTTTTCTGTCTCGTGGATATTTATATCATGCTTGGGAAAGCATTCTTGCCATATTTAGAAG GGCTTAACAGCACCCAATTGAAGTTGGTCACCATTTATGCAAATCGAATCTCACAGGCAAGGACAGGAAAAGCAATTGAT ACCGCTCACGATTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0149400.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEALELARAKDTKERMAGVERLHQVLEASRRTLTSGEVTSLVDCCTDLLRDSNFRVSQGALQALASAAVLAGDHFKLHL NAIVPAVVERLGDAKQPVRDAARRLLLTLMEVSSPTIIVERAGSFAWTCKSWRVREEFVRTVTSAIGLFSSTELPLQRAI LPPILQLLSDPNSAVRESAILCIEEMYAQAGSQFRDELQRHNLPSSLVKTINARLEGIQPKVHSSDAISSGYMAGEINPV SVNPKKSSPKAKSSSRETSLFGGEGDVTEKGIDPIKVYSEKELIREVEKIASTLVPEKDWSIRIAAMQRIEGLVLGGAAN YPCFFGLLKQLVGPLSTQLSDRRSSIVKQACHLLCFLSKDFLGDFEACAEMFIPVLMKLVVITVLVIAESADNCIKTMLR NCKVARVLPRIADCAKYDRNAVLRARCCDYALLILEYWPDAPEIQRSAELYEDMIRCCVSDAMSEVRSTARMCYRMFAKT WPERSRRLFSSFDPSIQRLINEEDGGKHRRHASPSVRDRGAPMSLTSQASVPSNVTGYGTSAIVAMDRSSSLSSGASISS GVLLSQAKSYGKGAERSLENMLHASKQKVTAIESMLRGLDLSDKHNSSALRSSSLDLGIDRPSSRDPPFPAAVSASNHLA GSLMTQSTTSGVNKGSNRNGGLGLSDIITQIQASKDSGKLSYNSNVGVEPLSAFSSYSIKKATENLQERSSVDENNDIRE TRRYMNPNIDRQYMDPPYRDGNFRDSPNSYVPNFQRPLLRKNVAARVSAGRRRSFDDSQLFLGEMSNIADGPASLHEALS EGLGSGSDWSARVSAFNYLHSLLQQGQRGIQEVVQNFEKVMKLFFQHLDDPHHKVAQAALSTLAEIILTCRKPFEGYMER MLPHVFSRLIDPKELVRQACSTTLEAISKTYSIDSLLPALLRSLDEQRSPKAKLAVIEFAISSFNKHAMNPEGAANIGIL KLWLAKLAPLVHDKNTKLKEAAITCIISVYSHFDSSAVLNFILSLSVDVQNSLRRALKQRTPRIEVDLMNYLQNKKERRS KSSYDPSDVMGTSSDEGYAGLSRKNHYIGRYSAGSLDSDGGRKWSSQDSTLIKTSFGRPASDETEEQSYQNLQTDSNSVI LGSKTKDSAYTINSVDQNFGFQTSQLGHVDSNMNFEGLSSDLDANGLMSLEHLNLAEGFRHDKEFPFELNHNHHTTEDVK VDSMTDTGLSISQILHMICSGGDGSPVSSKQTALLQLVEASIANDHSIWTQYFNQILTVVLEVLDDSDSSIRELALSLIV EMLKNQKDAMENSVEIVIEKLLNVTKDIVPKVSNEAEHCLTIILSQDDPFRCLSVIVPLLVTEDEKTLVTCINCLTKLVG RLSQEELMAQLPSFLPALFEAFGNQSADVRKTVVFCLVDIYIMLGKAFLPYLEGLNSTQLKLVTIYANRISQARTGKAID TAHD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 227 | 227 | 2.6E-65 | ||
| PANTHER | 1 | 1436 | 1436 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1436 | 1436 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 2 | 401 | 400 | 2.11E-28 | ||
| SMART | 3 | 224 | 222 | 7.1E-39 | ||
| ProSiteProfiles | 83 | 121 | 39 | 8.916 | ||
| ProSiteProfiles | 160 | 198 | 39 | 9.618 | ||
| Pfam | 160 | 186 | 27 | 3.4E-5 | ||
| MobiDBLite | 239 | 265 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 241 | 261 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 266 | 503 | 238 | 1.4E-61 | ||
| SMART | 282 | 514 | 233 | 1.9E-6 | ||
| Pfam | 285 | 500 | 216 | 9.7E-47 | ||
| SUPERFAMILY | 289 | 1434 | 1146 | 1.42E-65 | ||
| MobiDBLite | 501 | 531 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 613 | 633 | 21 | - | – | |
| SMART | 784 | 1027 | 244 | 7.3E-23 | ||
| Gene3D | 797 | 1021 | 225 | 1.4E-45 | ||
| Pfam | 805 | 997 | 193 | 2.2E-12 | ||
| MobiDBLite | 1037 | 1057 | 21 | - | – | |
| SMART | 1207 | 1436 | 230 | 8.2E-13 | ||
| Gene3D | 1213 | 1426 | 214 | 2.4E-29 | ||
| Pfam | 1229 | 1317 | 89 | 2.6E-5 | ||
| Coils | 1280 | 1300 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0149400.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…