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LotjaGi5g1v0259600.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0259600
Transcript ID LotjaGi5g1v0259600.2
Related isoforms 8
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description piezo-type mechanosensitive ion channel component; TAIR: AT2G48060.2 piezo-type mechanosensitive ion channel component; Swiss-Prot: sp|F4IN58|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7LGZ8|K7LGZ8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0259600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:56793358..56820171) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTCAAACGCAACAGTGAAGAAATTAGCCATTTTAATTAATTATTATATTTTTATTAGCGTCTTCTTCTTCTGGTTTATTT TATAAAATCCAGATCAACGAGTCTCTGTCTGAAACTGTAGAGCGAGCCAGCGAACACAAGAGAAGCCGTGAATTCCAACG CTTCGGTTTTGGCGTGTGCCGAGTTTGCTGGTAGTTTCCGGCGAGTTTTCCCCCCATCTCCGCCGGAAAGTACTTTCTTC CCCGATTCAACAAACTCAATTTCACGATTCTACAACCTGATTCATTCATTTGTATCTCGATGTGAATTTCACGCCTCCGA ACACAATGGCGGAATTCCTCACCGGCTTCGTGCTTCCTTCGCTGCTTCTAACAGGTATACGTTGCAATTTGTGTTTTCTC AGTGAGCTTCTCTGGTCGATTGGAATTGATTGCTTTTCCATTCATGAAATCTGATTATAGATTATATGCTAAGCTTACAT TAATTCTTTCCATCCAGTGTAACTTGTTCATAATTTATTGATTGCTTAGATTTTTGGGTGAATTATGACAATAAGAGCTT GTCGCTTAAGCGCTTATTCATAAGCTAATTTGAGAAACTTATTGAAGTGAATTCAAAATATGTCATAGGTAAGCATAGAC TCTTATTCGCAAGCTAATATGTACAACTTATGAAAATTAGCTCAGAACATCGTATAAGTATGCGTAAGCGCTTATGCTTT TAGATAAACTCAAATAAGCTCTTTGCCTTTATGCTTTTATCAAATTTAATCTATTGGTATTCAATTCGTCATCAAAACTA GATTGCATTTCATGATTCGGGACTGAAAAAAAATAAAACTTGCTACTTACTACTTAGAGTGAGTCATTGGTGATTGATAT TGAAGTGAGAGTTAGTAATAGGCACTAGGCAGTAGCTATTTTTGAATACTCCTATGTATGTACACTGTGTAGTTTTACTT 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0259600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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ATCCAGTTAATATGCTGTCAAGCTGATGCTAGTACATTGTGGCTTGTTCCGCATGTTGTTCGGACCAGATTGATTCAGTC CCTTGAATGGTATACTGACATGGAAATTTTTTTCACTTGGATGCTTTCAAGGGACAGACCAAAAGGAAAAGAAGCTGTGA AATATGAAAAGGCTGTTGATCCTCAATATCTTCCAGCAAAGTCTGATGTTCAAAAGGTTCTTAATGGATCTATGAACAGC TTTAGGATTTATAATGTTTATCCAAGATATTTCCGTGTCACTGGTTCAGGTGATGTTAGACCATTGGACGAGGACCGTGA TGTTAGTGCTGATCTCATTATAAATCATGATCAATTTGACTGGTGGTCCTTCAAAGATATTAATCCATCAAATCTAAGTG GGTTTTGTGGAGGTTTGACGGGACCTATGGCTATCATTGTATCCGAGGAAACACCACCACAGGGTATTCTTGGTGACACA CTGAGCAAGTTCAGCATATGGGGGCTTTACATAACCTTTGTTCTAGCGGTTGGACGCTTTATCAGACTCCAGTGCTCTGA CTTAAGGATGAGAATTCCCTATGAGAACCTACCTTCCTGTGACAGGTTGATAGCAATCTGCGAGGATATATATGCTGCAA GGGCTGAGGGTGAGCTTGGAGTTGAAGAGGTCCTTTATTGGACACTAGTGAAGATATATCGGTCCCCGCACATGCTGCTT GAGTACACCAACCCTGATTAA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0259600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAEFLTGFVLPSLLLTASLINWSLISLIDLIAFLLILYNVSQLGFHFRRRFLLLWSIVIFSVVAILSQVTYLVIWAVKQT SWSISDVWWAKLIGFMTIQSWKYPYVIYFLVIQLLALLVALFDIYGKRHFLNTWQDSRWGHFLSIVEHLGSHLRVASCLL LPAVQLIVGISLPSWASLPFFIGSCVGLVDWSLTSNFLGLFRWWRLLQLYAGFNIFLLYVYQLPVEQPSVIHRMADLIGL YKISSNSQWPEICSCLSLVFYYIMLSFTKSDLEEMNFIISRTDCSLTEQLLPSRHSFFIRESRSGVRHTNVLLRGAVFQT FSINFFTYGFPVSLFALSFWSFHFASLCAFGLLAFVGYIIYAFPSLFRLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFTFLNWK LGRDMKIWEMVGLWHYPIPGFFLLAQFCLGILVALGNLVNNSVFLYLSDEGGQSSNDNVSVKAEGETKALIVATIAWGLR KSSRAIMLALIFIIAIKPGFIHAVYMIFFLMYLLSHNVSRKMRQALILLCEIHFSLLYVLQIDLISAALEKKGSVSMEVV MQLGLLEEDSAWDFLEVALLACFCAIHNHGFEVLFSFSAIIQHAPSPPIGFGILKAGLNKSVLLSVYASSSVRNSDESFS NERRIASYLSAIGQKFLSIYRSCGTYIAFLTILFTVYMVRPNYISFGYIFLLLLWIIGRQLVERTKRQLWFPLKVYAILV FIFIYTLSSFSSLEMYLSKLIDLYFYLGYDSKASSFHNVWESLAVLVVMQLYSYERRQSKQIRQEQNQLDSPEPGILGFI RRFLIWHSQKILFIALFYASLSPISAFGFLYLLGLVFCSILPKTSSVPSKSFSAYTGFLVTAEYLFQMWGKQAEMFPGQK YSDISLFLGFHVFQPGFWGLESGLRGKVLVIVACTLQYNVFRWLERMPNTVLCEGEWEEPCPLFVSTEDAFDDATPCNME SKTSCNSYPPSSIQENVSSKSLKITTSGFSQARDISSSKTGGSDSNSRKYSFGFIWGSNKESHKWNKKRIVALRKDRFET QKTVLKVYLKFWMENLFNLFGLEINMISLLLASFALLNALSMLYIALLAACILLNRQIIRKVWPIFVFLFASILILEYFV IWKDMSPLSSHDPSEIHCHDCWEISTLHFGFCEKCWIGLVVDDPRMLISYFSVFMLACFKLRADRLSSFLGSSTYRQILS QRRNTFVWRDLSFETKSMWTFVDYLRLYCYCHLLDLVLVLILITGTLEYDILHLGYLAFALVFFRMRLEILKKKNKIFKF LRIYNFSVIVLSLAYQSPFVGGPSSKTGKCETANYIFEMIGFYKYDYGFRITARSAIVEIIIFVLVSLQSYMFSSQEFDY VCRYLEAEQIGAIVHEQEKKAAWKTDQLQQIRENEEKKRQRNMQVEKMKSEMLNLQIQLHSMNTSTNCIDGFSHPGEGLR RRRSTSITSNIGFGIPDKEDQGLGRLDYAIREDSVFPIERHESSTCPNVETPLTEEYMKYSVDSPCCEITEIDIDTSSSD SGKKEKVIGQAKENPLKSAVQLIGDGVSQVQSIGNQAVNNLVSFLNISQEDSDSNEHTNIEDQIYDEMESQKTQHIFVER SSSLQSDKSSDAASLQLGRIFRYIWYLMRSNNDVVCYCCFVLVFLWNFSLLSMVYLGALFLYALCVNTGPSYIFWIIMLI YTEVYILLQYLYQIIIQHCGLNIDPSLLRELGFTTHKITSSFVVSSLPLFLVYLFTLIQSSITPKDGEWMSSTDFKFKRN GLHTKDNPTRYNWQERAWALLNQMTNMVMWIIRCFYRYWKSLTQEAESPPYFVQVSMDVNFWPEDGIQPERIESGVNQFL RVVHSDKCKEKNPNVCSSSSRVNVQRIERSQENPNVALVVLEVVYASPVLDCSSAEWNKSLTPAADVAKEILKAQHAGFV EEVGFPYRILSVIGGGKREIDLYAYIFCADLIVFFLVAIFYQSVLKNKSEFLEVYQLVDQFPKEYVFVLMAIFFLIVLDR IIYLCSFATGKVIYYISNLIIFTYSVTVYDWQLEPSQQHAARLALRAIYLAKAVSLGLQAVQIHYGIPHKSTLYRQFLTS EVSRINYLGYRAYRAVPFLYELRCVLDWSCTTTSLTMYDWLKLEDINASLYLVKCDSVLNRATHKPGEKQTKCTKCFNGI LLFFVLICVIWAPMLMYSSGNPTNIANPIKDASFHVDIKTEGGRLNLYETTLCERIRWDSLNSDVNPDPYGYLDAYNKND IQLICCQADASTLWLVPHVVRTRLIQSLEWYTDMEIFFTWMLSRDRPKGKEAVKYEKAVDPQYLPAKSDVQKVLNGSMNS FRIYNVYPRYFRVTGSGDVRPLDEDRDVSADLIINHDQFDWWSFKDINPSNLSGFCGGLTGPMAIIVSEETPPQGILGDT LSKFSIWGLYITFVLAVGRFIRLQCSDLRMRIPYENLPSCDRLIAICEDIYAARAEGELGVEEVLYWTLVKIYRSPHMLL EYTNPD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 19 19 -
PANTHER 5 2486 2482 0.0
TMHMM 15 37 23 -
Phobius 20 40 21 -
Phobius 41 51 11 -
TMHMM 50 72 23 -
Phobius 52 77 26 -
Phobius 78 104 27 -
TMHMM 104 126 23 -
Phobius 105 125 21 -
Phobius 126 152 27 -
Phobius 153 172 20 -
TMHMM 166 188 23 -
Phobius 173 177 5 -
Phobius 178 199 22 -
Phobius 200 205 6 -
TMHMM 203 225 23 -
Phobius 206 224 19 -
Phobius 225 248 24 -
Phobius 249 267 19 -
Phobius 268 310 43 -
TMHMM 311 330 20 -
Phobius 311 330 20 -
Phobius 331 341 11 -
TMHMM 340 362 23 -
Phobius 342 363 22 -
Phobius 364 374 11 -
TMHMM 375 397 23 -
Phobius 375 396 22 -
Phobius 397 415 19 -
Phobius 416 439 24 -
TMHMM 417 439 23 -
Phobius 440 484 45 -
Phobius 485 514 30 -
TMHMM 488 510 23 -
Phobius 515 525 11 -
TMHMM 525 547 23 -
Phobius 526 549 24 -
Phobius 550 658 109 -
TMHMM 657 679 23 -
Phobius 659 677 19 -
Phobius 678 682 5 -
TMHMM 683 702 20 -
Phobius 683 702 20 -
Phobius 703 713 11 -
Phobius 714 737 24 -
TMHMM 715 737 23 -
Phobius 738 756 19 -
Phobius 757 774 18 -
TMHMM 757 774 18 -
Phobius 775 810 36 -
TMHMM 811 833 23 -
Phobius 811 832 22 -
Phobius 833 851 19 -
Phobius 852 869 18 -
Phobius 870 880 11 -
Phobius 881 898 18 -
Phobius 899 903 5 -
Phobius 904 921 18 -
Phobius 922 1042 121 -
Phobius 1043 1061 19 -
Phobius 1062 1066 5 -
TMHMM 1067 1089 23 -
Phobius 1067 1095 29 -
Phobius 1096 1101 6 -
Phobius 1102 1121 20 -
TMHMM 1102 1121 20 -
Phobius 1122 1165 44 -
TMHMM 1166 1183 18 -
Phobius 1166 1183 18 -
Phobius 1184 1226 43 -
TMHMM 1225 1247 23 -
Phobius 1227 1245 19 -
Phobius 1246 1250 5 -
Phobius 1251 1268 18 -
TMHMM 1251 1268 18 -
Phobius 1269 1279 11 -
TMHMM 1280 1299 20 -
Phobius 1280 1297 18 -
Phobius 1298 1326 29 -
Phobius 1327 1348 22 -
TMHMM 1331 1353 23 -
Phobius 1349 1633 285 -
Coils 1388 1411 24 -
Phobius 1634 1660 27 -
TMHMM 1634 1656 23 -
Phobius 1661 1671 11 -
TMHMM 1671 1688 18 -
Phobius 1672 1692 21 -
Phobius 1693 1721 29 -
TMHMM 1721 1743 23 -
Phobius 1722 1742 21 -
Phobius 1743 1776 34 -
Phobius 1777 1796 20 -
TMHMM 1777 1796 20 -
Phobius 1797 1941 145 -
Phobius 1942 1965 24 -
TMHMM 1943 1965 23 -
Phobius 1966 1984 19 -
Phobius 1985 2005 21 -
TMHMM 1985 2007 23 -
Phobius 2006 2011 6 -
Phobius 2012 2031 20 -
TMHMM 2012 2029 18 -
Phobius 2032 2042 11 -
Phobius 2043 2067 25 -
TMHMM 2044 2066 23 -
Phobius 2068 2155 88 -
Pfam 2095 2484 390 4.4E-112
Phobius 2156 2177 22 -
TMHMM 2157 2179 23 -
Phobius 2178 2403 226 -
Phobius 2404 2421 18 -
TMHMM 2404 2421 18 -
Phobius 2422 2486 65 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0259600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…