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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi5g1v0259600 |
Transcript ID | LotjaGi5g1v0259600.4 |
Related isoforms 8 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | piezo-type mechanosensitive ion channel component; TAIR: AT2G48060.2 piezo-type mechanosensitive ion channel component; Swiss-Prot: sp|F4IN58|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7LGZ8|K7LGZ8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0259600 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:56794381..56819365) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTGTTCCCTGTTTTAAAAGGTCTTGTATTATGGAAGTAGCTATTACTTAGTTGCTGGTTTCAAAGTTTTGTATAGTAAAC TGTGAAAATGACTTTTTGAATAAAAAACGGTGTAAACAACATTTGTATTGAAAACAATCAAAACAACTTTATGTACACAT TTGTGGATATGTAATTCATTGTTGAAGTATGTGCTCATTTTATATGCTCACTTTTTTGCAGCTTCTTTAATCAACTGGAG TTTGATCTCTCTTATTGATTTGATAGCCTTTCTTCTCATTCTGTATAATGTATCACAATTAGGTAAGCTGCTTTGTTCTT TCTGTTTGGAGGGTTATTATTTCTTAAAATATTTTGCTTGGAATATTAAATTATAATTTTTTGTTTATCAAAATGTGGAA ATGACTTCCTTAGTCCTTACTATTAGATTTGTTCATAAAAGGGACCTCTTCCTTCTCTACCATGGGAATTCTACATAAAA AGGGGAGCACTTGCCCTCCTTTCTTTTTGGGCTCTTTGATTGCTGTATAGTCGACAGATCACATTTGTCATTTGTTGGGC AAACCTCTTTAGAAGTCCAGCATTTTCTTCTGTATGCTAATCTGTGAGGATGTAGTCCACCTGCAATTTTAAGAGGTTTT GAGTGGAAATCATAGAAAAGAAAGAATAAGGAACAACCAATTCTATCGTCGTGTCAATCAGTGAATAGCGCCCCCTTTGA TTTTGTACGAAAACATAATGAGTTGGATTTGCTTCTGTTTGAAGGAGGACTTGGTAGGTTTCCTTATGAATGTTTATCTT TATATGTGCTTAGTTGTTAAAACTTGATCCTTGAGATGATAATTATGAAGACGCTATTCATATGGGTTGGTTTTTTATGA TATTGTTATTTGAAACCTATGAATTCTGATCTAGTTATTCTATGAGTTTACTATACAAGAAAGCAATCTCAGTGTCACAG 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0259600.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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ATTTCCAACCTCATTATCTTCACATATTCAGTTACAGTGTATGATTGGCAATTGGAGCCATCCCAGCAACATGCAGCTCG GTTAGCTCTCCGTGCCATATATCTTGCAAAAGCAGTTTCTCTTGGACTGCAGGCTGTTCAAATCCATTATGGCATTCCTC ACAAGAGCACATTGTATCGGCAGTTTTTGACCAGTGAAGTTTCACGAATCAATTACTTAGGGTACAGAGCTTATCGTGCT GTGCCATTCCTTTATGAATTACGATGTGTACTTGACTGGTCATGCACAACTACATCCCTCACCATGTATGACTGGCTAAA GCTTGAGGACATAAATGCAAGTTTGTACCTTGTCAAATGTGATTCAGTCTTGAATAGAGCTACACACAAACCAGGAGAGA AGCAAACAAAATGCACCAAATGCTTCAATGGAATATTGCTGTTCTTTGTATTAATTTGTGTTATATGGGCTCCAATGCTG ATGTACAGCAGCGGTAACCCCACAAATATTGCAAACCCAATTAAAGATGCTAGCTTTCATGTTGATATCAAGACAGAGGG TGGAAGGTTGAATTTGTATGAAACTACTCTATGTGAAAGAATCCGGTGGGACTCACTAAATTCTGATGTAAATCCTGACC CCTATGGCTATTTGGATGCATATAACAAGAATGATATCCAGTTAATATGCTGTCAAGCTGATGCTAGTACATTGTGGCTT GTTCCGCATGTTGTTCGGACCAGATTGATTCAGTCCCTTGAATGGTATACTGACATGGAAATTTTTTTCACTTGGATGCT TTCAAGGGACAGACCAAAAGGAAAAGAAGCTGTGAAATATGAAAAGGCTGTTGATCCTCAATATCTTCCAGCAAAGTCTG ATGTTCAAAAGGTTCTTAATGGATCTATGAACAGCTTTAGGATTTATAATGTTTATCCAAGATATTTCCGTGTCACTGGT 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Protein sequence (LotjaGi5g1v0259600.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTIQSWKYPYVIYFLVIQLLALLVALFDIYGKRHFLNTWQDSRWGHFLSIVEHLGSHLRVASCLLLPAVQLIVGISLPSW ASLPFFIGSCVGLVDWSLTSNFLGLFRWWRLLQLYAGFNIFLLYVYQLPVEQPSVIHRMADLIGLYKISSNSQWPEICSC LSLVFYYIMLSFTKSDLEEMNFIISRTDCSLTEQLLPSRHSFFIRESRSGVRHTNVLLRGAVFQTFSINFFTYGFPVSLF ALSFWSFHFASLCAFGLLAFVGYIIYAFPSLFRLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFTFLNWKLGRDMKIWEMVGLWH YPIPGFFLLAQFCLGILVALGNLVNNSVFLYLSDEGGQSSNDNVSVKAEGETKALIVATIAWGLRKSSRAIMLALIFIIA IKPGFIHAVYMIFFLMYLLSHNVSRKMRQALILLCEIHFSLLYVLQIDLISAALEKKGSVSMEVVMQLGLLEEDSAWDFL EVALLACFCAIHNHGFEVLFSFSAIIQHAPSPPIGFGILKAGLNKSVLLSVYASSSVRNSDESFSNERRIASYLSAIGQK FLSIYRSCGTYIAFLTILFTVYMVRPNYISFGYIFLLLLWIIGRQLVERTKRQLWFPLKVYAILVFIFIYTLSSFSSLEM YLSKLIDLYFYLGYDSKASSFHNVWESLAVLVVMQLYSYERRQSKQIRQEQNQLDSPEPGILGFIRRFLIWHSQKILFIA LFYASLSPISAFGFLYLLGLVFCSILPKTSSVPSKSFSAYTGFLVTAEYLFQMWGKQAEMFPGQKYSDISLFLGFHVFQP GFWGLESGLRGKVLVIVACTLQYNVFRWLERMPNTVLCEGEWEEPCPLFVSTEDAFDDATPCNMESKTSCNSYPPSSIQE NVSSKSLKITTSGFSQARDISSSKTGGSDSNSRKYSFGFIWGSNKESHKWNKKRIVALRKDRFETQKTVLKVYLKFWMEN LFNLFGLEINMISLLLASFALLNALSMLYIALLAACILLNRQIIRKVWPIFVFLFASILILEYFVIWKDMSPLSSHDPSE IHCHDCWEISTLHFGFCEKCWIGLVVDDPRMLISYFSVFMLACFKLRADRLSSFLGSSTYRQILSQRRNTFVWRDLSFET KSMWTFVDYLRLYCYCHLLDLVLVLILITGTLEYDILHLGYLAFALVFFRMRLEILKKKNKIFKFLRIYNFSVIVLSLAY QSPFVGGPSSKTGKCETANYIFEMIGFYKYDYGFRITARSAIVEIIIFVLVSLQSYMFSSQEFDYVCRYLEAEQIGAIVH EQEKKAAWKTDQLQQIRENEEKKRQRNMQVEKMKSEMLNLQIQLHSMNTSTNCIDGFSHPGEGLRRRRSTSITSNIGFGI PDKEDQGLGRLDYAIREDSVFPIERHESSTCPNVETPLTEEYMKYSVDSPCCEITEIDIDTSSSDSGKKEKVIGQAKENP LKSAVQLIGDGVSQVQSIGNQAVNNLVSFLNISQEDSDSNEHTNIEDQIYDEMESQKTQHIFVERSSSLQSDKSSDAASL QLGRIFRYIWYLMRSNNDVVCYCCFVLVFLWNFSLLSMVYLGALFLYALCVNTGPSYIFWIIMLIYTEVYILLQYLYQII IQHCGLNIDPSLLRELGFTTHKITSSFVVSSLPLFLVYLFTLIQSSITPKDGEWMSSTDFKFKRNGLHTKDNPTRYNWQE RAWALLNQMTNMVMWIIRCFYRYWKSLTQEAESPPYFVQVSMDVNFWPEDGIQPERIESGVNQFLRVVHSDKCKEKNPNV CSSSSRVNVQRIERSQENPNVALVVLEVVYASPVLDCSSAEWNKSLTPAADVAKEILKAQHAGFVEEVGFPYRILSVIGG GKREIDLYAYIFCADLIVFFLVAIFYQSVLKNKSEFLEVYQLVDQFPKEYVFVLMAIFFLIVLDRIIYLCSFATGKVIYY ISNLIIFTYSVTVYDWQLEPSQQHAARLALRAIYLAKAVSLGLQAVQIHYGIPHKSTLYRQFLTSEVSRINYLGYRAYRA VPFLYELRCVLDWSCTTTSLTMYDWLKLEDINASLYLVKCDSVLNRATHKPGEKQTKCTKCFNGILLFFVLICVIWAPML MYSSGNPTNIANPIKDASFHVDIKTEGGRLNLYETTLCERIRWDSLNSDVNPDPYGYLDAYNKNDIQLICCQADASTLWL VPHVVRTRLIQSLEWYTDMEIFFTWMLSRDRPKGKEAVKYEKAVDPQYLPAKSDVQKVLNGSMNSFRIYNVYPRYFRVTG SGDVRPLDEDRDVSADLIINHDQFDWWSFKDINPSNLSGFCGGLTGPMAIIVSEETPPQGILGDTLSKFSIWGLYITFVL AVGRFIRLQCSDLRMRIPYENLPSCDRLIAICEDIYAARAEGELGVEEVLYWTLVKIYRSPHMLLEYTNPD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
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Phobius | 31 | 57 | 27 | - | – | |
Phobius | 58 | 77 | 20 | - | – | |
TMHMM | 71 | 93 | 23 | - | – | |
Phobius | 78 | 82 | 5 | - | – | |
Phobius | 83 | 104 | 22 | - | – | |
Phobius | 105 | 110 | 6 | - | – | |
TMHMM | 108 | 130 | 23 | - | – | |
Phobius | 111 | 129 | 19 | - | – | |
Phobius | 130 | 153 | 24 | - | – | |
Phobius | 154 | 172 | 19 | - | – | |
Phobius | 173 | 215 | 43 | - | – | |
TMHMM | 216 | 235 | 20 | - | – | |
Phobius | 216 | 235 | 20 | - | – | |
Phobius | 236 | 246 | 11 | - | – | |
TMHMM | 245 | 267 | 23 | - | – | |
Phobius | 247 | 268 | 22 | - | – | |
Phobius | 269 | 279 | 11 | - | – | |
TMHMM | 280 | 302 | 23 | - | – | |
Phobius | 280 | 301 | 22 | - | – | |
Phobius | 302 | 320 | 19 | - | – | |
Phobius | 321 | 344 | 24 | - | – | |
TMHMM | 322 | 344 | 23 | - | – | |
Phobius | 345 | 389 | 45 | - | – | |
Phobius | 390 | 419 | 30 | - | – | |
TMHMM | 393 | 415 | 23 | - | – | |
Phobius | 420 | 430 | 11 | - | – | |
TMHMM | 430 | 452 | 23 | - | – | |
Phobius | 431 | 454 | 24 | - | – | |
Phobius | 455 | 563 | 109 | - | – | |
TMHMM | 562 | 584 | 23 | - | – | |
Phobius | 564 | 582 | 19 | - | – | |
Phobius | 583 | 587 | 5 | - | – | |
TMHMM | 588 | 607 | 20 | - | – | |
Phobius | 588 | 607 | 20 | - | – | |
Phobius | 608 | 618 | 11 | - | – | |
Phobius | 619 | 642 | 24 | - | – | |
TMHMM | 620 | 642 | 23 | - | – | |
Phobius | 643 | 661 | 19 | - | – | |
Phobius | 662 | 679 | 18 | - | – | |
TMHMM | 662 | 679 | 18 | - | – | |
Phobius | 680 | 715 | 36 | - | – | |
Phobius | 716 | 737 | 22 | - | – | |
TMHMM | 716 | 738 | 23 | - | – | |
Phobius | 738 | 756 | 19 | - | – | |
Phobius | 757 | 774 | 18 | - | – | |
Phobius | 775 | 785 | 11 | - | – | |
Phobius | 786 | 803 | 18 | - | – | |
Phobius | 804 | 808 | 5 | - | – | |
Phobius | 809 | 826 | 18 | - | – | |
Phobius | 827 | 947 | 121 | - | – | |
Phobius | 948 | 966 | 19 | - | – | |
Phobius | 967 | 971 | 5 | - | – | |
TMHMM | 972 | 994 | 23 | - | – | |
Phobius | 972 | 1000 | 29 | - | – | |
Phobius | 1001 | 1006 | 6 | - | – | |
TMHMM | 1007 | 1026 | 20 | - | – | |
Phobius | 1007 | 1026 | 20 | - | – | |
Phobius | 1027 | 1070 | 44 | - | – | |
Phobius | 1071 | 1088 | 18 | - | – | |
TMHMM | 1071 | 1088 | 18 | - | – | |
Phobius | 1089 | 1131 | 43 | - | – | |
TMHMM | 1130 | 1152 | 23 | - | – | |
Phobius | 1132 | 1150 | 19 | - | – | |
Phobius | 1151 | 1155 | 5 | - | – | |
Phobius | 1156 | 1173 | 18 | - | – | |
TMHMM | 1156 | 1173 | 18 | - | – | |
Phobius | 1174 | 1184 | 11 | - | – | |
TMHMM | 1185 | 1204 | 20 | - | – | |
Phobius | 1185 | 1202 | 18 | - | – | |
Phobius | 1203 | 1231 | 29 | - | – | |
Phobius | 1232 | 1253 | 22 | - | – | |
TMHMM | 1236 | 1258 | 23 | - | – | |
Phobius | 1254 | 1538 | 285 | - | – | |
Coils | 1293 | 1316 | 24 | - | – | |
TMHMM | 1539 | 1561 | 23 | - | – | |
Phobius | 1539 | 1565 | 27 | - | – | |
Phobius | 1566 | 1576 | 11 | - | – | |
TMHMM | 1576 | 1593 | 18 | - | – | |
Phobius | 1577 | 1597 | 21 | - | – | |
Phobius | 1598 | 1626 | 29 | - | – | |
TMHMM | 1626 | 1648 | 23 | - | – | |
Phobius | 1627 | 1647 | 21 | - | – | |
Phobius | 1648 | 1681 | 34 | - | – | |
Phobius | 1682 | 1701 | 20 | - | – | |
TMHMM | 1682 | 1701 | 20 | - | – | |
Phobius | 1702 | 1846 | 145 | - | – | |
Phobius | 1847 | 1870 | 24 | - | – | |
TMHMM | 1848 | 1870 | 23 | - | – | |
Phobius | 1871 | 1889 | 19 | - | – | |
TMHMM | 1890 | 1912 | 23 | - | – | |
Phobius | 1890 | 1910 | 21 | - | – | |
Phobius | 1911 | 1916 | 6 | - | – | |
TMHMM | 1917 | 1934 | 18 | - | – | |
Phobius | 1917 | 1936 | 20 | - | – | |
Phobius | 1937 | 1947 | 11 | - | – | |
Phobius | 1948 | 1972 | 25 | - | – | |
TMHMM | 1949 | 1971 | 23 | - | – | |
Phobius | 1973 | 2060 | 88 | - | – | |
Pfam | 2000 | 2389 | 390 | 4.2E-112 | ||
Phobius | 2061 | 2082 | 22 | - | – | |
TMHMM | 2062 | 2084 | 23 | - | – | |
Phobius | 2083 | 2308 | 226 | - | – | |
TMHMM | 2309 | 2326 | 18 | - | – | |
Phobius | 2309 | 2326 | 18 | - | – | |
Phobius | 2327 | 2391 | 65 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0259600.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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