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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi5g1v0259600 |
Transcript ID | LotjaGi5g1v0259600.5 |
Related isoforms 8 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | piezo-type mechanosensitive ion channel component; TAIR: AT2G48060.2 piezo-type mechanosensitive ion channel component; Swiss-Prot: sp|F4IN58|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VYZ6|A0A072VYZ6_MEDTR DUF3595 family protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0259600 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:56794558..56819365) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTGTTGAAGTATGTGCTCATTTTATATGCTCACTTTTTTGCAGCTTCTTTAATCAACTGGAGTTTGATCTCTCTTATTG ATTTGATAGCCTTTCTTCTCATTCTGTATAATGTATCACAATTAGGTAAGCTGCTTTGTTCTTTCTGTTTGGAGGGTTAT TATTTCTTAAAATATTTTGCTTGGAATATTAAATTATAATTTTTTGTTTATCAAAATGTGGAAATGACTTCCTTAGTCCT TACTATTAGATTTGTTCATAAAAGGGACCTCTTCCTTCTCTACCATGGGAATTCTACATAAAAAGGGGAGCACTTGCCCT CCTTTCTTTTTGGGCTCTTTGATTGCTGTATAGTCGACAGATCACATTTGTCATTTGTTGGGCAAACCTCTTTAGAAGTC CAGCATTTTCTTCTGTATGCTAATCTGTGAGGATGTAGTCCACCTGCAATTTTAAGAGGTTTTGAGTGGAAATCATAGAA AAGAAAGAATAAGGAACAACCAATTCTATCGTCGTGTCAATCAGTGAATAGCGCCCCCTTTGATTTTGTACGAAAACATA ATGAGTTGGATTTGCTTCTGTTTGAAGGAGGACTTGGTAGGTTTCCTTATGAATGTTTATCTTTATATGTGCTTAGTTGT TAAAACTTGATCCTTGAGATGATAATTATGAAGACGCTATTCATATGGGTTGGTTTTTTATGATATTGTTATTTGAAACC TATGAATTCTGATCTAGTTATTCTATGAGTTTACTATACAAGAAAGCAATCTCAGTGTCACAGAAATGAGAATGTTACGA TGGTTGATTGGATATACAACACAGGATAGGATTCAAATACAAATCGGGAGAACATGGCACCAGCTAGGAGGGTTGTCCAG ATGGAGGGTAGTCCTATAACTAGGGTTAGAGGTAGACTAAGAAAAACTATAGATTAAACATTTATGAGAGATAAAGGGGT 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0259600.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAGCTCTCTTTCACTAAATCTGATTTGGAGGAGATGAATTTTATTATTTCCAGGACAGATTGTAGCTTGACGGAGCA ACTTCTACCCTCTAGGCATTCATTTTTCATCCGTGAATCAAGGTCTGGTGTGAGGCACACAAATGTTTTACTCAGAGGAG CTGTTTTTCAGACTTTCAGTATCAACTTTTTCACGTATGGTTTCCCGGTTTCCTTGTTTGCACTTTCCTTTTGGAGCTTT CATTTTGCGAGTTTATGTGCATTTGGGTTACTTGCTTTTGTTGGCTACATTATCTATGCCTTCCCTTCCTTATTTCGTCT GCACCGATTGAATGGGCTACTTCTCGTCTTCATCCTCTTGTGGGCTGTTAGCACCTATATATTTAATGTGGCATTTACAT TTCTGAATTGGAAACTTGGACGGGACATGAAAATCTGGGAGATGGTCGGTCTGTGGCACTATCCAATACCTGGGTTTTTT CTTCTGGCACAATTTTGTCTTGGAATTTTGGTTGCATTGGGTAATCTTGTGAACAATTCTGTTTTCCTCTACTTGTCTGA TGAAGGTGGGCAATCTTCAAATGACAATGTATCAGTAAAAGCTGAGGGTGAGACTAAGGCATTGATCGTGGCAACAATAG CCTGGGGATTGCGCAAGAGCTCTCGAGCTATCATGCTGGCATTGATCTTTATCATTGCTATAAAACCCGGTTTCATTCAT GCAGTATATATGATCTTCTTCTTGATGTATCTTTTGAGCCACAATGTCAGCAGAAAAATGAGACAAGCACTGATTCTTCT ATGTGAGATTCATTTTTCCCTGTTGTATGTTCTTCAAATTGATTTGATCTCCGCAGCATTGGAGAAAAAAGGTTCTGTTA GCATGGAAGTTGTAATGCAATTAGGCCTCCTTGAAGAAGATAGTGCTTGGGATTTCTTGGAAGTAGCTTTACTTGCATGC 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GACTATTTGAGGCTTTACTGCTACTGCCATCTGTTAGATCTTGTGCTGGTATTAATATTGATTACTGGAACACTCGAGTA TGACATTTTGCATCTTGGTTATCTTGCCTTTGCTCTGGTATTTTTTCGCATGAGACTTGAAATACTGAAGAAGAAGAACA AAATATTCAAGTTCTTGCGCATATACAACTTCTCTGTTATTGTTCTTTCTCTTGCTTACCAATCTCCTTTTGTTGGGGGA CCAAGTTCTAAGACTGGGAAGTGCGAGACAGCAAATTACATCTTTGAGATGATTGGTTTTTATAAATATGATTACGGTTT TCGGATTACTGCAAGATCTGCAATTGTAGAGATTATCATTTTTGTGCTGGTATCACTTCAGTCATATATGTTTTCCTCGC AAGAGTTTGATTATGTATGTCGCTACCTGGAAGCAGAGCAAATTGGTGCAATTGTACATGAGCAAGAGAAAAAAGCTGCA TGGAAAACTGATCAACTACAACAAATTCGTGAAAATGAGGAGAAAAAAAGACAGCGAAACATGCAGGTGGAGAAGATGAA ATCTGAAATGCTCAACCTGCAAATACAACTCCACAGCATGAACACATCCACTAATTGCATTGATGGATTTTCTCACCCTG GTGAGGGTCTAAGAAGGAGGAGGAGTACTTCTATTACATCAAATATTGGCTTTGGAATTCCTGATAAAGAAGACCAGGGT CTGGGAAGACTAGATTATGCAATAAGAGAGGATTCTGTTTTTCCAATTGAACGGCATGAATCGTCTACTTGCCCAAATGT GGAAACTCCATTAACAGAGGAGTACATGAAGTATTCAGTGGATTCTCCGTGTTGTGAAATTACTGAAATAGATATTGATA CTTCTTCTAGTGATTCAGGAAAAAAGGAGAAAGTTATAGGGCAAGCAAAAGAAAACCCACTGAAGTCTGCTGTACAACTA 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AATGTTCAAAGGATTGAAAGAAGCCAAGAGAACCCCAATGTTGCTCTAGTTGTTTTGGAGGTTGTGTATGCATCACCCGT TCTTGATTGTTCTTCAGCAGAATGGAATAAGTCCTTAACTCCAGCAGCTGACGTAGCCAAGGAAATCCTCAAAGCTCAGC ATGCAGGTTTTGTGGAAGAAGTGGGATTCCCTTACCGTATTCTTTCTGTAATTGGTGGAGGCAAGAGAGAAATTGATCTG TATGCCTACATATTTTGTGCAGATCTAATTGTATTCTTTCTTGTTGCCATCTTCTACCAGTCTGTCCTAAAAAATAAAAG TGAGTTCCTAGAAGTTTATCAGCTTGTAGACCAGTTTCCGAAAGAATATGTCTTTGTTTTGATGGCTATCTTCTTCTTGA TTGTTCTTGATCGTATAATATACCTCTGCTCATTTGCCACGGGGAAAGTGATTTATTATATTTCCAACCTCATTATCTTC ACATATTCAGTTACAGTGTATGATTGGCAATTGGAGCCATCCCAGCAACATGCAGCTCGGTTAGCTCTCCGTGCCATATA TCTTGCAAAAGCAGTTTCTCTTGGACTGCAGGCTGTTCAAATCCATTATGGCATTCCTCACAAGAGCACATTGTATCGGC AGTTTTTGACCAGTGAAGTTTCACGAATCAATTACTTAGGGTACAGAGCTTATCGTGCTGTGCCATTCCTTTATGAATTA CGATGTGTACTTGACTGGTCATGCACAACTACATCCCTCACCATGTATGACTGGCTAAAGCTTGAGGACATAAATGCAAG TTTGTACCTTGTCAAATGTGATTCAGTCTTGAATAGAGCTACACACAAACCAGGAGAGAAGCAAACAAAATGCACCAAAT GCTTCAATGGAATATTGCTGTTCTTTGTATTAATTTGTGTTATATGGGCTCCAATGCTGATGTACAGCAGCGGTAACCCC ACAAATATTGCAAACCCAATTAAAGATGCTAGCTTTCATGTTGATATCAAGACAGAGGGTGGAAGGTTGAATTTGTATGA AACTACTCTATGTGAAAGAATCCGGTGGGACTCACTAAATTCTGATGTAAATCCTGACCCCTATGGCTATTTGGATGCAT ATAACAAGAATGATATCCAGTTAATATGCTGTCAAGCTGATGCTAGTACATTGTGGCTTGTTCCGCATGTTGTTCGGACC AGATTGATTCAGTCCCTTGAATGGTATACTGACATGGAAATTTTTTTCACTTGGATGCTTTCAAGGGACAGACCAAAAGG AAAAGAAGCTGTGAAATATGAAAAGGCTGTTGATCCTCAATATCTTCCAGCAAAGTCTGATGTTCAAAAGGTTCTTAATG GATCTATGAACAGCTTTAGGATTTATAATGTTTATCCAAGATATTTCCGTGTCACTGGTTCAGGTGATGTTAGACCATTG GACGAGGACCGTGATGTTAGTGCTGATCTCATTATAAATCATGATCAATTTGACTGGTGGTCCTTCAAAGATATTAATCC ATCAAATCTAAGTGGGTTTTGTGGAGGTTTGACGGGACCTATGGCTATCATTGTATCCGAGGAAACACCACCACAGGGTA TTCTTGGTGACACACTGAGCAAGTTCAGCATATGGGGGCTTTACATAACCTTTGTTCTAGCGGTTGGACGCTTTATCAGA CTCCAGTGCTCTGACTTAAGGATGAGAATTCCCTATGAGAACCTACCTTCCTGTGACAGGTTGATAGCAATCTGCGAGGA TATATATGCTGCAAGGGCTGAGGGTGAGCTTGGAGTTGAAGAGGTCCTTTATTGGACACTAGTGAAGATATATCGGTCCC CGCACATGCTGCTTGAGTACACCAACCCTGATTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0259600.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQLSFTKSDLEEMNFIISRTDCSLTEQLLPSRHSFFIRESRSGVRHTNVLLRGAVFQTFSINFFTYGFPVSLFALSFWSF HFASLCAFGLLAFVGYIIYAFPSLFRLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFTFLNWKLGRDMKIWEMVGLWHYPIPGFF LLAQFCLGILVALGNLVNNSVFLYLSDEGGQSSNDNVSVKAEGETKALIVATIAWGLRKSSRAIMLALIFIIAIKPGFIH AVYMIFFLMYLLSHNVSRKMRQALILLCEIHFSLLYVLQIDLISAALEKKGSVSMEVVMQLGLLEEDSAWDFLEVALLAC FCAIHNHGFEVLFSFSAIIQHAPSPPIGFGILKAGLNKSVLLSVYASSSVRNSDESFSNERRIASYLSAIGQKFLSIYRS CGTYIAFLTILFTVYMVRPNYISFGYIFLLLLWIIGRQLVERTKRQLWFPLKVYAILVFIFIYTLSSFSSLEMYLSKLID LYFYLGYDSKASSFHNVWESLAVLVVMQLYSYERRQSKQIRQEQNQLDSPEPGILGFIRRFLIWHSQKILFIALFYASLS PISAFGFLYLLGLVFCSILPKTSSVPSKSFSAYTGFLVTAEYLFQMWGKQAEMFPGQKYSDISLFLGFHVFQPGFWGLES GLRGKVLVIVACTLQYNVFRWLERMPNTVLCEGEWEEPCPLFVSTEDAFDDATPCNMESKTSCNSYPPSSIQENVSSKSL KITTSGFSQARDISSSKTGGSDSNSRKYSFGFIWGSNKESHKWNKKRIVALRKDRFETQKTVLKVYLKFWMENLFNLFGL EINMISLLLASFALLNALSMLYIALLAACILLNRQIIRKVWPIFVFLFASILILEYFVIWKDMSPLSSHDPSEIHCHDCW EISTLHFGFCEKCWIGLVVDDPRMLISYFSVFMLACFKLRADRLSSFLGSSTYRQILSQRRNTFVWRDLSFETKSMWTFV DYLRLYCYCHLLDLVLVLILITGTLEYDILHLGYLAFALVFFRMRLEILKKKNKIFKFLRIYNFSVIVLSLAYQSPFVGG PSSKTGKCETANYIFEMIGFYKYDYGFRITARSAIVEIIIFVLVSLQSYMFSSQEFDYVCRYLEAEQIGAIVHEQEKKAA WKTDQLQQIRENEEKKRQRNMQVEKMKSEMLNLQIQLHSMNTSTNCIDGFSHPGEGLRRRRSTSITSNIGFGIPDKEDQG LGRLDYAIREDSVFPIERHESSTCPNVETPLTEEYMKYSVDSPCCEITEIDIDTSSSDSGKKEKVIGQAKENPLKSAVQL IGDGVSQVQSIGNQAVNNLVSFLNISQEDSDSNEHTNIEDQIYDEMESQKTQHIFVERSSSLQSDKSSDAASLQLGRIFR YIWYLMRSNNDVVCYCCFVLVFLWNFSLLSMVYLGALFLYALCVNTGPSYIFWIIMLIYTEVYILLQYLYQIIIQHCGLN IDPSLLRELGFTTHKITSSFVVSSLPLFLVYLFTLIQSSITPKDGEWMSSTDFKFKRNGLHTKDNPTRYNWQERAWALLN QMTNMVMWIIRCFYRYWKSLTQEAESPPYFVQVSMDVNFWPEDGIQPERIESGVNQFLRVVHSDKCKEKNPNVCSSSSRV NVQRIERSQENPNVALVVLEVVYASPVLDCSSAEWNKSLTPAADVAKEILKAQHAGFVEEVGFPYRILSVIGGGKREIDL YAYIFCADLIVFFLVAIFYQSVLKNKSEFLEVYQLVDQFPKEYVFVLMAIFFLIVLDRIIYLCSFATGKVIYYISNLIIF TYSVTVYDWQLEPSQQHAARLALRAIYLAKAVSLGLQAVQIHYGIPHKSTLYRQFLTSEVSRINYLGYRAYRAVPFLYEL RCVLDWSCTTTSLTMYDWLKLEDINASLYLVKCDSVLNRATHKPGEKQTKCTKCFNGILLFFVLICVIWAPMLMYSSGNP TNIANPIKDASFHVDIKTEGGRLNLYETTLCERIRWDSLNSDVNPDPYGYLDAYNKNDIQLICCQADASTLWLVPHVVRT RLIQSLEWYTDMEIFFTWMLSRDRPKGKEAVKYEKAVDPQYLPAKSDVQKVLNGSMNSFRIYNVYPRYFRVTGSGDVRPL DEDRDVSADLIINHDQFDWWSFKDINPSNLSGFCGGLTGPMAIIVSEETPPQGILGDTLSKFSIWGLYITFVLAVGRFIR LQCSDLRMRIPYENLPSCDRLIAICEDIYAARAEGELGVEEVLYWTLVKIYRSPHMLLEYTNPD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
Phobius | 1 | 48 | 48 | - | – | |
PANTHER | 2 | 2224 | 2223 | 0.0 | – | |
Phobius | 49 | 68 | 20 | - | – | |
TMHMM | 49 | 68 | 20 | - | – | |
Phobius | 69 | 79 | 11 | - | – | |
TMHMM | 78 | 100 | 23 | - | – | |
Phobius | 80 | 101 | 22 | - | – | |
Phobius | 102 | 112 | 11 | - | – | |
Phobius | 113 | 134 | 22 | - | – | |
TMHMM | 113 | 135 | 23 | - | – | |
Phobius | 135 | 153 | 19 | - | – | |
Phobius | 154 | 177 | 24 | - | – | |
TMHMM | 155 | 177 | 23 | - | – | |
Phobius | 178 | 222 | 45 | - | – | |
Phobius | 223 | 252 | 30 | - | – | |
TMHMM | 226 | 248 | 23 | - | – | |
Phobius | 253 | 263 | 11 | - | – | |
TMHMM | 263 | 285 | 23 | - | – | |
Phobius | 264 | 287 | 24 | - | – | |
Phobius | 288 | 396 | 109 | - | – | |
TMHMM | 395 | 417 | 23 | - | – | |
Phobius | 397 | 415 | 19 | - | – | |
Phobius | 416 | 420 | 5 | - | – | |
Phobius | 421 | 440 | 20 | - | – | |
TMHMM | 421 | 440 | 20 | - | – | |
Phobius | 441 | 451 | 11 | - | – | |
Phobius | 452 | 475 | 24 | - | – | |
TMHMM | 453 | 475 | 23 | - | – | |
Phobius | 476 | 494 | 19 | - | – | |
TMHMM | 495 | 512 | 18 | - | – | |
Phobius | 495 | 512 | 18 | - | – | |
Phobius | 513 | 548 | 36 | - | – | |
Phobius | 549 | 570 | 22 | - | – | |
TMHMM | 549 | 571 | 23 | - | – | |
Phobius | 571 | 589 | 19 | - | – | |
Phobius | 590 | 607 | 18 | - | – | |
Phobius | 608 | 618 | 11 | - | – | |
Phobius | 619 | 636 | 18 | - | – | |
Phobius | 637 | 641 | 5 | - | – | |
Phobius | 642 | 659 | 18 | - | – | |
Phobius | 660 | 780 | 121 | - | – | |
Phobius | 781 | 799 | 19 | - | – | |
Phobius | 800 | 804 | 5 | - | – | |
TMHMM | 805 | 827 | 23 | - | – | |
Phobius | 805 | 833 | 29 | - | – | |
Phobius | 834 | 839 | 6 | - | – | |
Phobius | 840 | 859 | 20 | - | – | |
TMHMM | 840 | 859 | 20 | - | – | |
Phobius | 860 | 903 | 44 | - | – | |
TMHMM | 904 | 921 | 18 | - | – | |
Phobius | 904 | 921 | 18 | - | – | |
Phobius | 922 | 964 | 43 | - | – | |
TMHMM | 963 | 985 | 23 | - | – | |
Phobius | 965 | 983 | 19 | - | – | |
Phobius | 984 | 988 | 5 | - | – | |
TMHMM | 989 | 1006 | 18 | - | – | |
Phobius | 989 | 1006 | 18 | - | – | |
Phobius | 1007 | 1017 | 11 | - | – | |
Phobius | 1018 | 1035 | 18 | - | – | |
TMHMM | 1018 | 1037 | 20 | - | – | |
Phobius | 1036 | 1064 | 29 | - | – | |
Phobius | 1065 | 1086 | 22 | - | – | |
TMHMM | 1069 | 1091 | 23 | - | – | |
Phobius | 1087 | 1371 | 285 | - | – | |
Coils | 1126 | 1149 | 24 | - | – | |
TMHMM | 1372 | 1394 | 23 | - | – | |
Phobius | 1372 | 1398 | 27 | - | – | |
Phobius | 1399 | 1409 | 11 | - | – | |
TMHMM | 1409 | 1426 | 18 | - | – | |
Phobius | 1410 | 1430 | 21 | - | – | |
Phobius | 1431 | 1459 | 29 | - | – | |
TMHMM | 1459 | 1481 | 23 | - | – | |
Phobius | 1460 | 1480 | 21 | - | – | |
Phobius | 1481 | 1514 | 34 | - | – | |
TMHMM | 1515 | 1534 | 20 | - | – | |
Phobius | 1515 | 1534 | 20 | - | – | |
Phobius | 1535 | 1679 | 145 | - | – | |
Phobius | 1680 | 1703 | 24 | - | – | |
TMHMM | 1681 | 1703 | 23 | - | – | |
Phobius | 1704 | 1722 | 19 | - | – | |
TMHMM | 1723 | 1745 | 23 | - | – | |
Phobius | 1723 | 1743 | 21 | - | – | |
Phobius | 1744 | 1749 | 6 | - | – | |
Phobius | 1750 | 1769 | 20 | - | – | |
TMHMM | 1750 | 1767 | 18 | - | – | |
Phobius | 1770 | 1780 | 11 | - | – | |
Phobius | 1781 | 1805 | 25 | - | – | |
TMHMM | 1782 | 1804 | 23 | - | – | |
Phobius | 1806 | 1893 | 88 | - | – | |
Pfam | 1833 | 2222 | 390 | 3.7E-112 | ||
Phobius | 1894 | 1915 | 22 | - | – | |
TMHMM | 1895 | 1917 | 23 | - | – | |
Phobius | 1916 | 2141 | 226 | - | – | |
Phobius | 2142 | 2159 | 18 | - | – | |
TMHMM | 2142 | 2159 | 18 | - | – | |
Phobius | 2160 | 2224 | 65 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0259600.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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