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LotjaGi5g1v0259600.5

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0259600
Transcript ID LotjaGi5g1v0259600.5
Related isoforms 8
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description piezo-type mechanosensitive ion channel component; TAIR: AT2G48060.2 piezo-type mechanosensitive ion channel component; Swiss-Prot: sp|F4IN58|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VYZ6|A0A072VYZ6_MEDTR DUF3595 family protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0259600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:56794558..56819365) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATTGTTGAAGTATGTGCTCATTTTATATGCTCACTTTTTTGCAGCTTCTTTAATCAACTGGAGTTTGATCTCTCTTATTG ATTTGATAGCCTTTCTTCTCATTCTGTATAATGTATCACAATTAGGTAAGCTGCTTTGTTCTTTCTGTTTGGAGGGTTAT TATTTCTTAAAATATTTTGCTTGGAATATTAAATTATAATTTTTTGTTTATCAAAATGTGGAAATGACTTCCTTAGTCCT TACTATTAGATTTGTTCATAAAAGGGACCTCTTCCTTCTCTACCATGGGAATTCTACATAAAAAGGGGAGCACTTGCCCT CCTTTCTTTTTGGGCTCTTTGATTGCTGTATAGTCGACAGATCACATTTGTCATTTGTTGGGCAAACCTCTTTAGAAGTC CAGCATTTTCTTCTGTATGCTAATCTGTGAGGATGTAGTCCACCTGCAATTTTAAGAGGTTTTGAGTGGAAATCATAGAA AAGAAAGAATAAGGAACAACCAATTCTATCGTCGTGTCAATCAGTGAATAGCGCCCCCTTTGATTTTGTACGAAAACATA ATGAGTTGGATTTGCTTCTGTTTGAAGGAGGACTTGGTAGGTTTCCTTATGAATGTTTATCTTTATATGTGCTTAGTTGT TAAAACTTGATCCTTGAGATGATAATTATGAAGACGCTATTCATATGGGTTGGTTTTTTATGATATTGTTATTTGAAACC TATGAATTCTGATCTAGTTATTCTATGAGTTTACTATACAAGAAAGCAATCTCAGTGTCACAGAAATGAGAATGTTACGA TGGTTGATTGGATATACAACACAGGATAGGATTCAAATACAAATCGGGAGAACATGGCACCAGCTAGGAGGGTTGTCCAG ATGGAGGGTAGTCCTATAACTAGGGTTAGAGGTAGACTAAGAAAAACTATAGATTAAACATTTATGAGAGATAAAGGGGT 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Protein sequence (LotjaGi5g1v0259600.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

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Domain prediction

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Domains

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Phobius 495 512 18 -
Phobius 513 548 36 -
Phobius 549 570 22 -
TMHMM 549 571 23 -
Phobius 571 589 19 -
Phobius 590 607 18 -
Phobius 608 618 11 -
Phobius 619 636 18 -
Phobius 637 641 5 -
Phobius 642 659 18 -
Phobius 660 780 121 -
Phobius 781 799 19 -
Phobius 800 804 5 -
TMHMM 805 827 23 -
Phobius 805 833 29 -
Phobius 834 839 6 -
Phobius 840 859 20 -
TMHMM 840 859 20 -
Phobius 860 903 44 -
TMHMM 904 921 18 -
Phobius 904 921 18 -
Phobius 922 964 43 -
TMHMM 963 985 23 -
Phobius 965 983 19 -
Phobius 984 988 5 -
TMHMM 989 1006 18 -
Phobius 989 1006 18 -
Phobius 1007 1017 11 -
Phobius 1018 1035 18 -
TMHMM 1018 1037 20 -
Phobius 1036 1064 29 -
Phobius 1065 1086 22 -
TMHMM 1069 1091 23 -
Phobius 1087 1371 285 -
Coils 1126 1149 24 -
TMHMM 1372 1394 23 -
Phobius 1372 1398 27 -
Phobius 1399 1409 11 -
TMHMM 1409 1426 18 -
Phobius 1410 1430 21 -
Phobius 1431 1459 29 -
TMHMM 1459 1481 23 -
Phobius 1460 1480 21 -
Phobius 1481 1514 34 -
TMHMM 1515 1534 20 -
Phobius 1515 1534 20 -
Phobius 1535 1679 145 -
Phobius 1680 1703 24 -
TMHMM 1681 1703 23 -
Phobius 1704 1722 19 -
TMHMM 1723 1745 23 -
Phobius 1723 1743 21 -
Phobius 1744 1749 6 -
Phobius 1750 1769 20 -
TMHMM 1750 1767 18 -
Phobius 1770 1780 11 -
Phobius 1781 1805 25 -
TMHMM 1782 1804 23 -
Phobius 1806 1893 88 -
Pfam 1833 2222 390 3.7E-112
Phobius 1894 1915 22 -
TMHMM 1895 1917 23 -
Phobius 1916 2141 226 -
Phobius 2142 2159 18 -
TMHMM 2142 2159 18 -
Phobius 2160 2224 65 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0259600.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…