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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0267500 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0267500.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | R3h domain containing protein, putative; TAIR: AT3G56680.1 Single-stranded nucleic acid binding R3H protein; Swiss-Prot: sp|Q9DCB4|ARP21_MOUSE cAMP-regulated phosphoprotein 21; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2NZL5|A0A0B2NZL5_GLYSO R3H domain-containing protein 2; Found in the gene: LotjaGi5g1v0267500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:57915389..57933310) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GAAGGGGGGACACGTGGTTCGAATCCTCTACGTCAAACCCTATCTCTCTCCCTCTTCGTACCTTCTCCATCACTTTACCC CCAATTGTCAATATTCCAATTCCAAACCCTAACCCTAAAACCGATCCCTCCTCTGATGAATTTCACCACGCAAACCTCTC CGATTTCACAATCGCTTTCAATTCCCTGACCCTCGGAAAACCCATTGCTTCACTCGCAATTCTTCTTCTTCTTCGATGGA GGGCTCTGCGGAGGATCTCGGAGCCCCGGAGTCATGGGAGGTCGCCGATTTGGACGAGTCCATGAACCGCTTGAACCTCT TGCTCAAGGATTCCAAGCCGCCTCCTCGCGACCACACCGATGATTCTCCTCCTCCTTCGTCTAGTGGTGATAAGGTCTCT GATGATGCCATCAACCAGGTTGATCAGTTCCTTGGTGAAGCGATTCAAAACCCTCGCGAACGCCTTTCAAGTAGGTTTAC CTGTATCTATGAAATGTGTTCCCAAATTGTGTGTATGTTCACTCAATTAGTGCTCTAGAATCTAATTAAGCTATTGATTT AGGTTCTGATTGCTTATAAATTATTCATGGATGATTGCGATTGATACAATGCTGGTATAATTATTCCCTTGTGTGGTCTG ATTTGGAAAACAATTCCATTTCCAGTATATCAGATTGTGATATTGAGCATGATTAATTGATTATCCAACTGGAGATATCG AATGATTATCTAACTGGAGTTGCTTTTGAGTGTGATTTTGAGCATGAATTAAAGCCTGTTTTTTTGGAAACAGTGATCTG TGGCATAGGCTTTTTTCTGTTGCTTATTGATTTTGAATTTTGAGGTGATTTATAGATATGTTTCAAGGGTAGATTAATGT TTTTATATGCATGAATGAATTTGCCTCGCACATCCAAATGGGGAATGTGAGAATCGCATCTTTGAACAATGGACACTTAG 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GACGCCGTTTTGGGCTTCAATTTGAGGCAGGGGCTATCAGTATGCGCCGCAATGGCATGAAACCCACCATTACCGAGCTG GTAGTTTTCTCCGACGGCGAAAGCGAGCAAGGACGACATGTTGCGGGTGAAGAAGTAGCGTCCTCCGGGTTTGAGATCCC ATTGTTCGTTCTCGTTCAGAAGCTCGAAACCCGCGGCGAGGAGTTGGCGTTTTGCTTCGGCGGTGGCGTGGAAGTGGGTC CAGGATTCGTTGAGGAAGTCGAGGAGGTCGCCGACGATGGAAATGGATCCGGGTTGTTGCGGAGGAGGTGTGGTGGAGTT GGCTTTGACGGCGGAGGAGAAGCTACGGCGGCGAGTGGGTACGGCGGAGAGTTTTGGGAAGCGGAGGAGATGGGATGAAG AAGAAGAATAGGAGTGAAGTAGAATCTGGGGTCGAGTTATCAATGCCATCTTTCTAACTGACTTCAGCCACTTCTATTCT TTATGGTTTTTTAACCATTATAGTTATGTACAATTTTGTGTTTCGAATAATAGTTCAAGGGGTAAGAATTGATGTATATA TAGATTAGGGAGAAGGTCTACGAATCAACTTGGAAGCCCTGTTGTTTGTATTTCTGACCCGAGTAAGACTATTATGAGCG AC
CDS sequence (LotjaGi5g1v0267500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGGCTCTGCGGAGGATCTCGGAGCCCCGGAGTCATGGGAGGTCGCCGATTTGGACAACCGCTTCAAATTGATGCT CTCATCCGACAATCACCACGCTGACGGTGCTACTCCTTCTGCTCCGCCTAGTGCCGGTGCCGGCGACAGCGTCTCCGATG ACATCATCAACCAGGTTGACCAATTCCTCCGCGACGCGATTCAGAACCCTCGCGAACGCCTTTCAATTTTGCGAATGGAG CAAGATATCGAGAAGTTCGTTCGTGATCCGAATCGACAGCAGCTGGAGTTTCAGCAGCTGCCGACGTCCTATTTGCGGTT GGCTGCGCACCGGTTGGCTCAGCATTACTCGTTGCAGTCTATGGTTTTACTGGACAATAGCTTACCGGATGGTTCCGGGT CAAGAATTATTGTCCACAAGACTCCTGGATGTAGTAAGCTTCCTTGTATTCGACTCGCTGACATTCCGGTGAAATTGCCG TCGGAAGACAATGAAGTCAGGAAGGTTGCTATTAAACAGAGACCGAAGAAGCAGTCCCAAAGTTTTAGCAATGCAAACTC AAACTCGGAAAAAAATAGGAACTCGAAAAGTGTGGAAGAGAGAAAAGAGGAGTATAATAGGGCCCGTGCTAGGATCTTTA GCTCGAGCAGTAGTAACGGCAGTACTGCGGGCGGGAAGCCTGAACATGAATCTAGGAAGCAGGATAACACCTTAATTGGT TCGTCGAGGGTTTCGGTTTCTAGGGTGGAAGGAAAATCTGCTTCTGTGTCTGATGTCAGTTCTGGTAAGGAGTCGGTCGA GTCTTCAACAGATTACAGTAGGGCTAGAAGTAGGACAGAGAAAGATTCGATTGGTAGGTACAGGGAAAGTAGTAAGGTGG CTGTATTTCGGGACCGTGAAGTTGATCGCAATGATCCTGATTATGACAGGAACTATGACAGGTATATGCAAAGATTTGAC CCCGGGTTTGGGTTCAATGGTGGTTCATACACCATGCAGCCAATGTATACACCAGTAGTGAATTACAACACTGAGTTCCC ACAACTTGGAGTTGGATCCATTCACGGACCCCAGTTTTCTACTGAACACCAACCAGGACCTCTACCACATCATATGCCTG GGTCATGGGCTCCATCATCATCACCTGCTGGAATGGGATACGGACATCCAGAGACCATTTTGTCACCATTTAATCCTAGT CAAGTTGCTTTACGCTCCCCGTCAACTTTGTATTTGCATTCATCTCAATATTCTTCTCAGGGTCCTGGAATGCCTTTTAT CCCTCATGAACACCAACCCTTTTCACAGTCTCATCAACCTCCGCCTGATGCAAGTTATGGATTCGCCCGGCCCTGGTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0267500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEGSAEDLGAPESWEVADLDNRFKLMLSSDNHHADGATPSAPPSAGAGDSVSDDIINQVDQFLRDAIQNPRERLSILRME QDIEKFVRDPNRQQLEFQQLPTSYLRLAAHRLAQHYSLQSMVLLDNSLPDGSGSRIIVHKTPGCSKLPCIRLADIPVKLP SEDNEVRKVAIKQRPKKQSQSFSNANSNSEKNRNSKSVEERKEEYNRARARIFSSSSSNGSTAGGKPEHESRKQDNTLIG SSRVSVSRVEGKSASVSDVSSGKESVESSTDYSRARSRTEKDSIGRYRESSKVAVFRDREVDRNDPDYDRNYDRYMQRFD PGFGFNGGSYTMQPMYTPVVNYNTEFPQLGVGSIHGPQFSTEHQPGPLPHHMPGSWAPSSSPAGMGYGHPETILSPFNPS QVALRSPSTLYLHSSQYSSQGPGMPFIPHEHQPFSQSHQPPPDASYGFARPW
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 30 | 52 | 23 | - | – | |
| PANTHER | 40 | 446 | 407 | 1.5E-119 | – | |
| PANTHER | 40 | 446 | 407 | 1.5E-119 | – | |
| Gene3D | 45 | 201 | 157 | 1.7E-34 | ||
| SUPERFAMILY | 52 | 177 | 126 | 3.34E-26 | ||
| SMART | 57 | 141 | 85 | 2.3E-4 | ||
| CDD | 72 | 141 | 70 | 3.12142E-20 | – | |
| ProSiteProfiles | 73 | 142 | 70 | 11.613 | ||
| Pfam | 76 | 129 | 54 | 2.4E-12 | ||
| ProSiteProfiles | 146 | 217 | 72 | 13.492 | ||
| Pfam | 167 | 217 | 51 | 5.2E-12 | ||
| MobiDBLite | 171 | 285 | 115 | - | – | |
| MobiDBLite | 175 | 192 | 18 | - | – | |
| Coils | 188 | 208 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 193 | 209 | 17 | - | – | |
| MobiDBLite | 210 | 225 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 237 | 268 | 32 | - | – | |
| MobiDBLite | 269 | 285 | 17 | - | – | |
| MobiDBLite | 431 | 452 | 22 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0267500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…