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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0286000 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0286000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | BED zinc finger,hAT family dimerization domain; TAIR: AT3G42170.1 BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein DAYSLEEPER; Swiss-Prot: sp|P08770|TRA1_MAIZE Putative AC transposase; TrEMBL-Plants: tr|A0A151R6M7|A0A151R6M7_CAJCA Putative AC transposase; Found in the gene: LotjaGi5g1v0286000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:60251075..60267173) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GGCAATTTTTCAATATGTCTATTATTACCCGCTAGATTATGGTGGAGTATAAGGTGCAATAGAGGGTGGATCTTGCACCC GTGCCTTATGGGTGAGGGCTTATGAGCTTACGCCATCAGTCTAAGGGGGAATTGGTTACCGCATTTCACTGTTAAAAGAT AAATTTGATATATTTGTAATTAAATGAGTAAATGACAAGAAAGTTCATTCATTTATGGTTCCTTGCACAGCTGCACCGTC CCTGCAATCACAAACCCACTTTCACTTTCTTCTTCTTTGTTCCATCATCCTCTTATCCTTTTAATCACCAAATCAAGTTT TGATCTCACTTTTTCAGATCCATTTCATTTTATAGAGTGACCACCACACACATACGCTCTCTCTCTCCCTCTTCCATTCC GTCATCTTCTTCATAGGATGAGAGGAAGGTGGAGGAGGTTGGCGGAGCGACGACGACCAAGAGATTGGTGGCTTTGGGAT CGGCCTGCACACCCAGGTTGGGGTTCCAGATTGTTGATTTCGTGAGTCTTGAAACTTGAGTTCCACGGTGGTTGCCGTTG AAGAGGACGGTTTGCGGCGGAAGAGCACCGGTACGGAGGAGAGAGGGAACCATTCTTGCCTACAACAGATTCATGGGTGA GGGAGAGGTAGAGAGAGAATAGAGAATATAAAAGGGTAATTTTGTAAACTTTATTTTTGATTTTTTTTATCTACCAGTCA CCTTTACCCACAATTATAGGCCCAAAATGTCTGTACACGACGCTCTCCTAGAGTGCGTTCGAAGGAGGTATTTTTGAGAT TCTAGAATTTCCTTGGATTTGAATAGATGAGGGGTCTGAATAACAATTCCCTTTAAATAATATGCTTATAAGGTGAAATT TGAGTAGTGAAGATGAAGCCGCTCATCCATTGATAACCACAACACAATTTCCCATACATAAGAACTGTGTTCAAATGTTG 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0286000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGAAATCTAGGCAGCGTTTGACGGCACCAATGCCTTTACCAACTGAAACCGACAATCCCCCAACTGCTACACAGCC ATCCAATGCCACCCCAGCTGAAGGAGGTGCTTCTGGTGGAGATCAGCCTTCTACTCAACAGAAGAAAACATTTACTGCTG AAGCTACGATAACTGATCCCGCTCCTAAAAGTAAAAAGAAGCGAAGACAAAATGCTAGTGGCTCTCGGAAGTCTTCTTCT ATATGGGATCACTTCACCCATGTACCTGATATTGAGGTTGATGAGACGACTGCAGCTTGTAATTATTGTGGTAAGAGGTA TTTAGCTGATTCTAAGCTTCATGGTACATCAAACTTGTGGGCTCATTTGAAAGTTTGTGTTAAGTATGCATATGCAATCA GTCATGATTCTAGCCAAACAGTCCTTGCATTTACCCCTGGTATGACTGGTGAGTTGACAGCTGCAAGCCTTAGATATGAT GCGGAAACATGTAGGAAAGCTGTGGCCATGTTTGTCATCTTAGATGAACACCCTTTTAGTGTAGTTGAGGGTATTGGTTT CAAATTACTCATTAACAAAATTCAGCCCCAAATGACTGTCCCTTCTAGATTTACTGTGACTAGGGATTGTTACCAACTCT ACCTTGATGAAAAAGTGAGGTTGAGAGGTTTTTTTAAATATAATTGCAATAGGGTGACACTCACAACTGATTGCTGGACA TCAATCCAAAACCTCAGTTATCTAACTCTCACTGCACATTTTATAGATAATGACTGGAGGTATCAAAAAAGAATTATAAG TTTTTCTGTTGTCCCGAACCATAAAGGTGAAACCATAGGTAGACATGTGGAAGAGATTTTGAGGGAATGGGGGTTGAGGA ATGTTTTTACTCTCACAGTTGATAATGCATCATCCAATGATAAGGCTATAGAACATTTGATAAAGAGAGTGAGGACTATG GGTGGTTTGGTGTTAGATGGAGAGTTTTTTCACATGAGATGTTGTGCCCATATCCTCAACCTTGTTGTCAATGATGGTTT GAAGGACTTGAATAAGTCCATTAATAATATTCGCAATGCTGTTAGGTTTGTGAGGTCCTCACCCAATAGACTTGCCAAAT TCAAAGAGTGCATTGAGTTTTCAAATATAACTTCCAAGAAATTAGTATGTCTTGATGTTCCTACTAGATGGAACTCGACA TATATGATGTTGGATGCAGCTGAAAGGTTTCAGCCAGCATTTGAGAAGATGGAATTTGAGGAGTTGAGTTATGTCGAATA CTTTGGGATTGTTGGGCCACCTACTGCTGAGGACTGGGAGAGTTCAAGGGTGTTTGTAAAATTTTTAAAGATTTTTTATG ATGCTACCAAAATCTTTTCAGCATCAACACATGTGAGCATGCATTCTGCATTTCATCAATTGGCTTTGATCCACATGGAG CTGAAAAAGTGTTGTAACAGTTCAAACTCTTCTTTGAGAAAAATGGGTGTGGAGATGAAGCTGAAATATGATAAGTATTG GGGTAATATTAAGTCAATTAATAAACTCCTTTACTTTGGTGTAATTTTTGACCCTCGATACAAGTTCAGTTATGTCGAAT GGTCTTTTCTACAAATGTATGGTGAAAATCCAACATTCCTAAATGAAATGTCAACTAGTGTGAAGGATGATCTTACTAGA ATGTACAACTGGTATGCTTCAGCCCATGAGGAACGGAACAGATCTGTGCAATCATCTCATGACCCTTTGGAGGGGAGTGG ACAAGGTGCATCATCTACTCCGGTTGAATGTTCATCATTTTTAGAACGGGCAGATGCTTTTAAGAAGCATTTAAAGGAGA AAAGTTCAATTGACAGAAAAACTGAGCTTGAGACATACTTAACTGAAGCTAATGTTGAAGGAAATGACAAATTTGACTTG CTACTATGGTGGAAGCAAAATTCTGGTAGGTTCCCTATACTTTCTTCCATGGTGCGAGATGTCCTTGCAACCCCTGTTTC AACCGTGGCATCGGAGAGTGCATTTAGCACTGGTGGTAGGGTGTTGGAGCCCTTTAGAAGCTCCCTTAGCCCAAAAATTG CTGAGGGTCTGATTTGTGCCCAGAACTGGTTGAAGCCTTCTCTTTACCAATTCAAAGATCAAGACCTTGATGAGGAGTGG GAGCTTAATGATGAGATTGTGGCAGGTATTGTTGTTTTGTTCTCTTTTATTATGTGTTATACTATTGTTTTTTTTTTATA A
Protein sequence (LotjaGi5g1v0286000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKKSRQRLTAPMPLPTETDNPPTATQPSNATPAEGGASGGDQPSTQQKKTFTAEATITDPAPKSKKKRRQNASGSRKSSS IWDHFTHVPDIEVDETTAACNYCGKRYLADSKLHGTSNLWAHLKVCVKYAYAISHDSSQTVLAFTPGMTGELTAASLRYD AETCRKAVAMFVILDEHPFSVVEGIGFKLLINKIQPQMTVPSRFTVTRDCYQLYLDEKVRLRGFFKYNCNRVTLTTDCWT SIQNLSYLTLTAHFIDNDWRYQKRIISFSVVPNHKGETIGRHVEEILREWGLRNVFTLTVDNASSNDKAIEHLIKRVRTM GGLVLDGEFFHMRCCAHILNLVVNDGLKDLNKSINNIRNAVRFVRSSPNRLAKFKECIEFSNITSKKLVCLDVPTRWNST YMMLDAAERFQPAFEKMEFEELSYVEYFGIVGPPTAEDWESSRVFVKFLKIFYDATKIFSASTHVSMHSAFHQLALIHME LKKCCNSSNSSLRKMGVEMKLKYDKYWGNIKSINKLLYFGVIFDPRYKFSYVEWSFLQMYGENPTFLNEMSTSVKDDLTR MYNWYASAHEERNRSVQSSHDPLEGSGQGASSTPVECSSFLERADAFKKHLKEKSSIDRKTELETYLTEANVEGNDKFDL LLWWKQNSGRFPILSSMVRDVLATPVSTVASESAFSTGGRVLEPFRSSLSPKIAEGLICAQNWLKPSLYQFKDQDLDEEW ELNDEIVAGIVVLFSFIMCYTIVFFL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 80 | 80 | - | – | |
| Phobius | 1 | 725 | 725 | - | – | |
| MobiDBLite | 21 | 54 | 34 | - | – | |
| PANTHER | 69 | 708 | 640 | 7.4E-138 | – | |
| PANTHER | 69 | 708 | 640 | 7.4E-138 | – | |
| ProSiteProfiles | 76 | 133 | 58 | 10.526 | ||
| SMART | 76 | 129 | 54 | 1.2E-10 | ||
| SUPERFAMILY | 79 | 131 | 53 | 2.2E-7 | ||
| Pfam | 79 | 124 | 46 | 5.5E-10 | ||
| SUPERFAMILY | 163 | 216 | 54 | 9.55E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 229 | 705 | 477 | 1.67E-78 | ||
| Pfam | 460 | 565 | 106 | 2.3E-20 | ||
| MobiDBLite | 573 | 594 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 579 | 594 | 16 | - | – | |
| Pfam | 622 | 704 | 83 | 3.1E-28 | ||
| TMHMM | 726 | 745 | 20 | - | – | |
| Phobius | 726 | 745 | 20 | - | – | |
| Phobius | 746 | 746 | 1 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
| Molecular function | Protein dimerization activity | The formation of a protein dimer, a macromolecular structure consists of two noncovalently associated identical or nonidentical subunits. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0286000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…