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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0292900 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0292900.2 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Histidine decarboxylase; TAIR: AT1G43710.1 Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q6ESZ9|SDC1_ORYSJ Serine decarboxylase 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A151S6Z1|A0A151S6Z1_CAJCA Histidine decarboxylase; Found in the gene: LotjaGi5g1v0292900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:61004802..61029582) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GGAGTTTCCGCTTTCGCCGTGTGGGGATATATATGATGCAATACCTTACTACCTTATATATAAATGCAGTAGGAACCACA CACACCACCATAAGCAGAAAATACAGAGTGAAGTTCAGAGTTAGAGAGCAAGCAATTAATACAGAGAGAAAGAAAAGAGT GTGAAGTTCACAGCTAGAGAGAAACCACACACAAACACCAGCATATAAGCAGAACATAGAGTGTGAAGTTCACAGCTAGA GAGAAAGCAATACAGAGAGAAAGAAAACAGAATCAGATATTCAGATTTCAGAGGCAGCCATGAAGGACATGATTCTTGAA TCCCTTTTACAAGCAGGCAAGCACTATTTTCCCCCTTTCCACCTTGTTTCATTTCATCTTTTAGATAAAATGTCTTGTTA CATCCCTAGAAAAATCAGTTTAAGTTTGAAATACAATTTTATTTATTTTTAGTGCTATATGGTATGTAAAATTCACGTGA TTTTAGTCTCATTACAATATCTTTTTAATATTCCAGCATTCAAAGAGTACTTGCATAAGGAGGTCCCAAAAATCAACAAA CCCTCTAGAGAAGAAGAGAAAAATGGGGAAATGCAAGAGAATGAAGGACATATGAACCTCGACATTACTAAGTGCTTCGG GGAGACACGGGCCAATTTGTCTAAAATCATTGCCAACTATGTGGTGATGTTAAACCAAAACAAATCGCGTTGTTTAGGTA TGTAGTATCACATTAATTGGTTTTTCTAATTGATTTGTGCTTGAGACCTTTTCACTAATGATATCCACGAACACAGGCTT CCCTGTTAATCTGGATTTTGACTATGACGCATTGACACCGTTGTTACAATATCACTTAAATAATGCTGGTGATCCATTTC TCGGGAGCGGCTATGGACAAAATTCAGCAGAATTTGAAGTTTGTGTGCTCGATTGGTTTGCCAAACTATGGCAAATGGAG 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GCTTGGACTATTTGGCAAAGTAGTTACATGGAACATTTTAATATATCCATCATGACTGTTGATCAGACTCTTGCTATTGC CGACCATAACTCTGTTTCAGCCATTCAGTGCCCCTGCAGTGGACTATATCAAGATCAATATGGATGCTAGCTTCAAGTGA ACTTGAGATTAACGCTGGCCTTGGATTCATGAAGGGGAAGTTTTAACATCAGCTTGCAGGGTAGTATATATACATCATAT TAATTATGTGGACAATTATAATGTACACCCTCCGATCACTATTATAAGCAAAAGTTAGTTTTTTAGGTTCATTTAATAAA TGATGTATGTAGTCATTAAAATGGTCACATACATCATGTATTGAATGAACGTAAAACTAACTTTTGCTTATAATAATGAC CGGAGGGTGTACTCCATTATAGATTATTACACTCCGTTGTTACTCCCCTAACACGTAGTTTATCCAATAAGTGGTGTGCA TTTGTGATGCTCATTTAGGCTTCTCTCTTAAGTCGATCCTATTAAACCTCTATTTTGAAGTGCATACCAAAGATAGATTG GCATAATAAGCCCACAACGGCTATTTGTGATTGTATCATCTCTTGATTCAATGTATTCAACATCCCTAGATATGACATTG GCGTGTTCTGAATGTGCTATTACAACACCACACAGAATTGGGTATTTTAAGAATTATGGTCAGATATAAAATATTTACTT TCAACTTACTTTCTCACAAATTAAGCAATTGCGACACATTTTTTTGAAATACTAAAATCACCACAGAGAGTGGCAACACT TCATATTTTTTTTACTGAAATCGCCAGTATGATTGGCGACTCTTTTCCTGATTTATTTCTTTATGACTTGGATTTTGTGA CGGAAAATTAATCCGTCATAAAATTCTAGTGAATGATAAAAAGAAATTAGCGACGAAATGCTGTAAGGGAAGCATCTGTC GCAAATTCCGACAGGACATCTGTGACGAGAAAATCCATCCGTCACAAACTCTTAGTGGATAATAAAATGAAACTAGTGAC GGAATGATCCGTCACTAATTTCTGTGACGGATTTGCGACAGAAACCTCTCTTTCTATAATCCGTCACGAATTTTTTTTTT ATTATTCCCTACAATTTTGTGATGGCTTAAATTCCGGTCACAAAATCAGAGATATATATAAGTTGTATAAGAGTCTCATT CAAGTTTCAACACCCTATCATTGTCGAAAGAGGGCAACAAAGGGACTATGTTGAGTTATATTGTAGGGAATGAGGTGAGG GAGAAAGTAAGCACAACAAAAAAATATGACAAGTGAACTGCGGCTGCATGTTCAAGACCGCCAAAGGCTGTACACTGTAG GTATCAAAGGCAGAACTCTCTGTCAGATAATACATAGTCCTAAAAAAATGAAGCAATTAAATTAACCTTTAATTTACAGT CGTTTTTCTTAGTTTCACAAAGAAAAGAAATTAGGCATTTTACAAGAATGGTTATTTAAATCACTGATGTGAGAAATTTT ACTAAAGTTTAATAGATTAATAAGATTACAAAAATGATTGGTGTTTCACTCTACAGTGGTAAACACGCCAAACACGTGTT GAAACCGCCACAAAACATGTTTATTTTTTATTTAATTTTTTCACGTTTTCCCCTTATGATTGTCTTAAACCATCATAAAA GTGAGTGTCCAGACATTTTCAATGGTTTCCATATTACCACTAATAAATTATTATAAAATAATAAATAATTCTTTGATAAA ATTTTAAATCCACTTTACTTGAAATCATTGATCAATTAGGCTTGAATAAAATTACCCACATAGGTGATTTAAAGAATCTC GATACGAATATCTTATGCAATTGTTCATTTAGATGCCAAACCAAAGTAGCTAGAAAGTAGAAACTTCTGAAACTGGAACG TGCCTCAGTTGAAACACACCCACGCTTTATTTTATTTCTTTCCAAATACTATTTTAAGCTGTTCAATATTGAAACAATGA TTCATTATTCTTCTATGATAACTTACATTATTTTAGAAGCAATATGATGATGCAGGCTTTCTATATTAAAGTAAAGAAAA TAATACAGTGAACTAGCTTTGACTCCTACTACGTGTAAAACATGTTTGTTTGTTGTGTTAAATAAAAAAAAGAGAAGAAA TAAAATCACATTTTCTTAGCTGGTCAATGTATTAATACGAGGACCCACCACCAGTGTAGTAAGTAGGAACATTCCCCTTT CTGCACCTTATACATATAAATGCAGTGGAAACCACACACCACCATAAACAGAAAATACAGAGTGAAGTTCACAGCTAGCT AGAGAGAAAGCAATTAAAACAGAGAGAGATTCAGAAAGGAGAATCAGATATATATTCGGAGGCAGCCATGAAGGACATGA TTCTTGAATCCCTTTTACAAGCAGGTAAGAACTAATTCTCTTCCCCTTCTCTGCATCCTTTAATTTGTTTCTCTTTTTTT CCTTTGGATAAAATCTGTTTTGCATCTATCACTTTTAAACTTAAAATTCTCAGTTTTAGTTTCTAATAAAATTTTATTTA GTTTTAGTCTTATTAAAAACAAATTTATCTTGATTTTAGTCCCTAATGACAATGTCTTTCAATATTCCAGCATTCAAAGA GTATTTACATAAGGAGGTTCCAAAAATCAAAATGTCCACCCGAGAAGAAGAGAAGAATGGGGAAATCCTAGAAGGACATA TGGACCTCGACATCACGAAGTGCTTCGGAGAAACACGAGCCAATTTATCTAAAACGATTGCCAATTATGTGGTGAAGCTA GATCAAAACAAATCACGTTGTTTAGGTATGTAGGATATTTATTGACTTTTCTAATTGATTTGTGTATTTATCATACTTTT TTTTATTCGATATAGCAAGCATTGATCCCAAAGTAAATATCCACAAATTTGTGTACTGTTTTCGCTAACATTATCCACGA CCGCAGGATTCCCTGTTAACCAGGAATTTGACTATGATGCATTGACACCGTTGTTGCATTATCACTTAAATAATGCTGGT GATCCATTTCTTGGGAGCGGCTATGGTCAAAATTCAGCAGAATTTGAAGTTAGTGTGCTTGACTGGTTTGCCAAACTATG GCAAATGGAGAAGGGTGAATATTGGGGATATGTTACAACAGGTGGAACCGAAGGAAACTTACATGGAATTTTAATGGGGT AAGTTTTTGTTGAATTTCAATTCTAGAAAGCCTTTTGAAATTTTACTATTAAGTAGAAATAATGCTTCTTGTATAGGTTT ATGCATATTCCAAACAAGATCGTTAAATATCGTCTTTATTATCTGTAGGAGGGAAAAATTTCAAGATGGGATTCTATATA CCTCAGAGAACTCGCATTATTCATTATTCAAAATTGCAATGATGTACAGAATGCAATGTGTAAAGGTCAACACATTGACC TCTGGCGAGATTGATTGTGCTGATTTAAAGGCTCTACTTCTATCTCACAAGGACAAACCAGTCATCATCAACCTAAACAT AGGTATCTCATCTTTGATAACTTACTTATGTGCACAACATATAATTAATGAGCTTAATCACGCACCCACAATACAACCCC ATGTACAAAATATATACACACTTGGCTAAATCTATATTTCTTTTGTGTACTTAAAATATATAGGAACAACCATGAAAGGA GCTATTGATGACATTGATCTCGTAGTCCAAACACTTGAGGACTGTGGCTACCCTCGTGATCGATTCTATATCCATTGTGA TGGAGCTCTTTCTGGAATAATGTTACCATTTCTTAAACAAGTGAGTGAAAATCCTTAACCCTAAATTTTTAAGTTTAATA AAGATATTACTTTGATGATGGTTCACATACAAAGAACAATAAAAAATTGCAACGAATTATGAATGGCGAAAGTTGCATGC TTCAGATTAATACAAATTGAAAAAAAAAATATACATGATTCCTTGTTCAATATAACTCATTTTATAAATTGTTTGGATGG TCGTGCAGGCTCCAAGGGTTAACTTCAAGAAGCCCATTGGAAGTATATCTATTTCTGGCCATAAGTTCTTAGGATGTCCA ATTCCTTGTGGTGTTATATTAACATGTTCAGAACATGTCAATGCTCTTTCTAGAGACGTTGAATACATTGAATCAAGGGA TGTCACAATCACAGGTAGTCGATGTGGGCTTGCAGCAATCTACCTCTGGTATGCTCTCCAAGAAAGAGGTTTAATCGGAC TTAAGAGAGAAGCACAAATGTGCATCACAAGTGCACAGTACTTACTGGATAAACTACATGATAATGGTATTGGTGCAATG CGAAATGAGTTTAGTAATACAGTTTTATTTGAAAGACCTCCAGATGATGACTTTGTGCGAAAGTGGAATTTGTCTTGTGA AGGAAATATTGCACATGTGGTTGTGATGCAACATGTCAAAATTGAAATGCTAGACTCATTTGTAAGTGAACTTGTTAACA AACGGAAAGTTTGGTTTCAAGGCGGACAGAAAAAGTCTCCTTGCATCGCGAACAATGTTGGTGGGAAAAATTGTGCTTGT GCACTGCATAATTATTCATTTTGACAGGGAATGCCTTGGATATTACAAATGTAATTGACAA
CDS sequence (LotjaGi5g1v0292900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGTGTTTATTATTTATAGGAGGGAAAAATTTCAAAACGGGATTCTATATACCTCAGAGAACTCTCATTACTCATTATT CAAAATTGTAATGATGTACAGAATGCAATGTGTTAAGGTCAACACGTTGGTCTCGGGTGAGATTGATTGTGCTCATTTCA AGACGTTACTTCTATCTCACAAGGACAAACCAGCCATCATCAACCTAAACATAGGAACAACCATGAAAGGAGCTATTGAT GACATTGATCTCGTAGTCCAAACACTTGAGGACTGTGGCTACCCTCGTGATCGATTCTATATCCATTGTGATGGAGCTCT TTCTGGAATAATGTTACCATTTCTTAAACAAGCTCCAAGGGTTAACTTCAAGAAGCCCATTGGAAGTATATCTATTTCTG GCCATAAGTTCTTAGGATGTCCAATTCCTTGTGGTGTTATATTAACATGTTCAGAACATGTCAATGCTCTTTCTAGAGAC GTTGAATACATTGAATCAAGGGATGTCACAATCACAGGTAGTCGATGTGGGCTTGCAGCAATCTACCTCTGGTATGCTCT CCAAGAAAGAGGTTTAATCGGACTTAAGAGAGAAGCACAAATGTGCATCACAAGTGCACAGTACTTACTGGATAAACTAC ATGATAATGGTATTGGTGCAATGCGAAATGAGTTTAGTAATACAGTTTTATTTGAAAGACCTCCAGATGATGACTTTGTG CGAAAGTGGAATTTGTCTTGTGAAGGAAATATTGCACATGTGGTTGTGATGCAACATGTCAAAATTGAAATGCTAGACTC ATTTGTAAGTGAACTTGTTAACAAACGGAAAGTTTGGTTTCAAGGCGGACAGAAAAAGTCTCCTTGCATCGCGAACAATG TTGGTGGGAAAAATTGTGCTTGTGCACTGCATAATTATTCATTTTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0292900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVFIIYRREKFQNGILYTSENSHYSLFKIVMMYRMQCVKVNTLVSGEIDCAHFKTLLLSHKDKPAIINLNIGTTMKGAID DIDLVVQTLEDCGYPRDRFYIHCDGALSGIMLPFLKQAPRVNFKKPIGSISISGHKFLGCPIPCGVILTCSEHVNALSRD VEYIESRDVTITGSRCGLAAIYLWYALQERGLIGLKREAQMCITSAQYLLDKLHDNGIGAMRNEFSNTVLFERPPDDDFV RKWNLSCEGNIAHVVVMQHVKIEMLDSFVSELVNKRKVWFQGGQKKSPCIANNVGGKNCACALHNYSF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 2 | 214 | 213 | 9.9E-39 | ||
| PANTHER | 4 | 306 | 303 | 4.0E-164 | – | |
| PANTHER | 4 | 306 | 303 | 4.0E-164 | – | |
| SUPERFAMILY | 11 | 274 | 264 | 5.28E-54 | ||
| Pfam | 15 | 216 | 202 | 2.0E-16 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Catalytic activity | Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic. | ||
| Molecular function | Carboxy-lyase activity | Catalysis of the nonhydrolytic addition or removal of a carboxyl group to or from a compound. | ||
| Biological process | Carboxylic acid metabolic process | The chemical reactions and pathways involving carboxylic acids, any organic acid containing one or more carboxyl (COOH) groups or anions (COO-). | ||
| Molecular function | Pyridoxal phosphate binding | Interacting selectively and non-covalently with pyridoxal 5' phosphate, 3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-methyl4-pyridine carboxaldehyde 5' phosphate, the biologically active form of vitamin B6. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0292900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…