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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0196100 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0196100.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-like protein; TAIR: AT5G06600.1 ubiquitin-specific protease 12; Swiss-Prot: sp|Q9FPT1|UBP12_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12; TrEMBL-Plants: tr|G7J6M6|G7J6M6_MEDTR Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-like protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49246689..49266796) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTACATACATGGTAGTTTCTTAAGAACTAGGTCCACACCACATCTCTATACGAAATCTCCCAATTGCCCAAACCCCTAA ATAAAGACCAAACACCTCTTTACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTTTCTCTGAAACCAAACCAGCTTCTGCTGATCTCGC TTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGATACTTCCCCATTCGCGCGGGTTCCAAATCCACGCCCAAAATTCACCATGACTGTCATG ATGTCTGCTCCCATTGACGTACGACTTTCCCTAACCTCCCACTCACACACACACACGCTCACACACTGTTAATCCATTAC TGTGCTTCACGGGTTGTGTCAATTTGATTTCACACTTCACTGAAATCGTTTTCATTTCGTTCTCGTGCTTTTGATCTGAG CGAATGGAAGTTCCATCGCAGTTCGGGTTTCGATTTTAGGGCTTTGTTTGTGGTGTTTGATTGAGTGGGTTTTGTATCGT GATGGATCCGAACTAGGGCGTGACGTGTTTGCTTTCAATTGTTTTGTTTTTGTGCAGCAGCAAGATGATGAGGAGGTGCT CGTGCCGCATGCTGATTTGCCTGAGAACAATCACCAGCCCATGGATGGTAGTTGCTGTTGTTTCGTGCTTACTTTGATCC GTGTCGAAAACCTTTTTTCTTTGATTATGGAGCTTTGTTTTGCTTTGTTGTGATCTAATTGAATTGTTTGAGTTAGTGGG TTGTGTGTTTTTGCTTGGTTTGGAAAATGAAATTATAGAGGGGAGAAAATGGAGAGCTGAGTGAAAAATTGGGTTAAGAA TTGCAGGTTTTATGCGATCATTTTTTTTTTAGCTTTGCATTTTGGAAGTTGTGGAGTTTCTATGCCTTCCTTGCAGTGCT ATCAAATAGCCGATACAGCGGAACCTCCGACATGATAAGCCCCCCTAACAGAAAATGGCGGCAAATAGCCGTTTGCAGTT 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GAATTAGTAAATGCTCGAGTTGAGTTTTCTAACTGCTTTACTGTATTTCTTGCTTGGCCAGTGGAAGTTTGCTTTTGTAT CACTAGGGCGCCCTGAGTACCTTAGTGATTCTGACATTGTATCCAGTCGTTTTCAGGTGCACCCATTGAAAGTTGATTAT AATTATGTTTCTTTCCTTATAAAGATGTCTTCCACTATTTTCATATGCTTGCATTTGTGCTTACACTGCACTTTTTAAAT CTTCTAATAGAGGAGAGATGTTTATGGTGCTTGGGAGCAATATTTCGGCTTAGAGCATACTGATAATGCTCCAAAAAGAT CATATGCTGTCAACCAGGTTAATACATTTTCTAACGAGAGCAAGATTTCTGAAGTCATTTCAGTGATTCAGTCTTTTTTG TATATTTTTGTCCACTATTACTTGGGACTTAATTACATTACAAATTTGTGGCTTTTGTTTTCAGAATCGCCACACCTTTG AGAAGCCAGTAAAGATTTATAATTAGGAAACTATAAATGAGTTAATGCATGGGATCAATTCAGCATTATTCTACAACTTT GGGCTCGTGGCAAAGATAGCAAAAGGCTACTCTGTATAGGCAACTAATGATATTAGCAATTCAGATGGTGTTTGCAGACT TAAGTTATTGGTATTTAATTCTTTCTGTCAGTGGAGTACATTGCTATCAACACCTTCTGTATCTGCCGATCTCAGCGCAT TGAGCTTTTTACTGCTTCCGTTTTCTTATGGAGGTTCTTCAAGTTGAGGTCATTGATCATCATCACTGAACTGTATCAGT ACATAAGATTTTTGGATTAGTGAGTGTATACAGGGTATAGTTGGTTGACTTTTGGTCATTTTCTTGATTGCTTCCTGATT TTGTTTAGTTAGAAGTGTCAATCCGAGGGCTGCATAATGGTGTAGCAAAGACAACTTATATTTAATGTTGTAAAAATGAC TTGCCAGCCTCCATAAAATCTATGCTCGCATAGAATTTTTACAATTTCGTATGGCTGTTTCTGCTGTTTTTAAACCTCGT AGCTATGTATAGGACATGAGAACAGGAATGGAAATTACTAGCGCCAGTAAAGGAAAAAATATTAAGCCTGAATTTTAGTT TCTTTTTTTTGCTTAAGATGCTGCTTTGAACCGCACAAATAAATGTGGTTTGTTATTTTTTAAGAGTTCTAACACAACAC AGCCTTTCATAAACAGATTTATCAAACCACAATTATAAGTGCAGAAAGCTTTTTTTACCGCACATATAGGTGCGGAATGC ATATCCTGTGCCAGTAGCTGAGAATCCAGCATACTGCACTTATATACTTGTTTAACATACTGCACTTATATGTGCGGTAC ATGTTTACTGTCGGACTAAAAAAACATACCGCACTTATGAGATGCTGATGTTACATCACATTATAAATGTGGTATTAAAG AAAAGCAGCGATGGAAGATGAAGATGATCCAAAGCTTGATCTCCACTTGTGAGGAAGATGAAGTGATGAGAAATGGAGAT GAAGGGAGTATGAGATGGTGAGTGAAATGGGTTGGAAAATGGAGAGGTGAGTGAGTTGGGAGATGAAGATGATGGTATGA AAAATAAAATGGGAGGCTTCTGTGAATTTTTTTTTCGTAAAGGGGTGGCATAAACATTGATGGAGTGACAAGAAAATCAA AACCTTTGTTAATATCAGCGAAATTAATAACATTAAGGAAATGCACAGAGTCATATACTTTATCAAATCTAGGTTTATTG GTTAAATATGTTAAAAAGAGAGATTGCTGAAAAATTCAGTGATAATAAAAAGAGTAAGTTTTTCTTATTTATAGTCTATC TAATATTCATTGAGTAAATTTATTTTTT
CDS sequence (LotjaGi6g1v0196100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGACTGTCATGATGTCTGCTCCCATTGACCAGCAAGATGATGAGGAGGTGCTCGTGCCGCATGCTGATTTGCCTGAGAA CAATCACCAGCCCATGGATGTTGTGGCTCAACCTGAAACTGCCAATGCTGTGGAGAGCCAGCCTGTTGCGGAACCACCTC CGACATCCAGATTCACATGGAGGATTGATAACTTTACTAGGCTAAATACAAAGAAGCTTTATTCAGAAATATTCGTTGTT GGTGGTTACAAATGGCGTGTACTTATTTTCCCAAAAGGAAACAATGTGGACTATTTGTCCATGTATTTGGATGTTGCAGA TTCAGCAAGTTTGCCCTATGGTTGGAGTAGATATGCACAGTTCAGCTTGGCAGTTGTTAATCAAATCCAGAATAAGTATA CAGTGAGAAAAGACACACAACACCAATTTAATGCTCGAGAAAGTGATTGGGGTTTCACGTCCTTCATGCCTCTTGGTGAA TTGTACGACCCTAGTAGAGGGTATCTGGTGAATGATACTCTCTTAATTGAAGCTGAGGTTCTTGTTCGTAGGATTGTTGA TTACTGGAATTATGATTCAAAGAAGGAGACTGGCTATGTTGGGCTTAAGAACCAAGGAGCTACCTGTTATATGAATTCTC TACTCCAGACTCTATATCACATTCCATATTTTAGAAAGGCTGTATACCATATGCCAACAACTGAGAATGATATGCCCTCC GGAAGCATCCCTTTGGCTCTCCAAAGTTTATTTTACAAGCTCCAATATAGTGACACTAGTGTTGCAACAAAGGAGCTGAC AAAGTCTTTTGGATGGGATACATATGATTCTTTCATGCAGCATGATGTTCAAGAACTAAATCGAGTCCTCTGTGAAAAGC TTGAAGACAAAATGAAGGGAACCGTTGTTGAGGGAACTATACAGAAGTTATTTGAAGGACACCATATGAACTACATAGAG TGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTCGAAAAGAGTCATTTTATGACCTTCAGCTTGATGTTAAAGGTTGTCGTGATGT TTATGCTTCCTTTGATAAGTATGTGGAAGTTGAGCGTCTTGAGGGAGATAACAAATATCATGCTGAACAGTATGGTTTGC AGGATGCTAAGAAGGGTGTCTTATTTATTGATTTTCCTCCTGTCCTTCAGCTTCAGCTGAAAAGATTTGAATATGATTTT ATGAGAGATACTATGGTTAAGATTAACGACCGTTATGAGTTTCCATCAGAACTTGATCTTGACCGTGAGGATGGAAAATA TCTATCACCTGACGCAGATAGGAGTGTCCGCAATCTTTACACACTTCACAGTGTTTTGGTTCACAGTGGAGGAGTGCATG GTGGACATTACTATGCTTTTATCAGGCCAACTCTCTCTGAACAGTGGTACAAGTTTGATGATGAGAGGGTGACTAAAGAA GACAACAAACGGGCATTAGAGGAACAATATGGTGGTGAGGAGGAGTTACCACAGACAAATCCTGGATTCAATAACGCACC ATTTAAATTCACCAAATATTCAAATGCTTATATGCTGGTGTATATTCGTGAAAGTGACAAGGACAAAATCATTTGCAATG TGGACGAGAAAGACATTGCTGAACATTTAAGGGAGAGATTGAAGAAAGAACAAGAAGAGAAAGAGCACAAAAAGAAAGAA AAGGCAGAGGCACATCTGTATACTATTATAAAGGTTGCACGAAATGAAGACCTTGGAGAGCAGATTGGAAAAGATATATA CTTTGATCTTGTAGACCATGACAAAGTGAGGAGTTTCCGTGTCCAAAAGCAAATGTCTTTAAACGTTTTCAAGGAAGAGG TTGCAAAAGAGTTTGGTGTACCAGTTCAATTTCAGCGCTATTGGCTTTGGGCAAAACGGCAAAACCATACCTATCGTCCT AATAGACCATTGACACCTGCTGAGGAAGCACAATCTGTCGGACAATTGAGAGAAGTGTCCAACAAGGTTCACAATGGAGA ATTGAAGTTGTTTCTGGAAGTTGAGTGTGGAATGGATTCCCATCCTATTGCACCACCTGACAAGACAAAGGATGATATAT TACTTTTCTTCAAGCTATACGATCCTGAAAAGGAGGAGCTGCGTTATGTTGGACGGCTCTTTGTTAAGTGTACTGGCAAG CCCTCTGAAATCTTAACGAAGCTAAATGAAATGGCTGGTTATGATCCCGAGGAAGATATTGCACTTTATGAGGAAATTAA GTTTGAACCAAATGTCATGTGTGAACCTATTGACAAGAAAGCAACATTTCGAGCAAGCCAGCTGGAGGATGGTGATATTG TATGCTTTCAGAAAGCTCCACCTGTGGATGGTGAAGAGCATTTCCGCTATCCAGATGTGCCCTCATATTTAGAATATGTG CACAATCGCCAGGTGGTTCACTTTCGATCTCTGGATAGACCTAAGGAAGATGACTTTTTCTTAGAGATGTCAAGGCTTTA TACATATGATGATGTGGTGGAGAAAGTAGCGCAACAACTTGGTTTGGATGATCCATCTAAAATACGGCTTACCCCACATA ACTGCTACTCTCAGCAACCAAAACCCCAGCCAATTAAGTACCGAGGGGTGGAACATTTGTCTGATATGCTAGTTCACTAC AATCAGACCTCAGATATACTATACTATGAAGTACTTGATATCCCTCTACCAGAATTACAAGGTTTGAAGACTCTGAAAGT TGCATTTCATTATGCCACGAAGGATGAAGTGGTTAGTCATACCATCAGACTTCCAAAGCAGAGTACTGTGGGGGATGTCC TTGATGATCTTAAAACAAAGGTAGAGTTGTCCCATCCTAATGCCGAGCTTCGGTTGCTTGAAGTTTTCTATCACAAGATA TACAAGGTCTTCCCTCCAAATGAAAAGATCGAAAACATCAATGACCAATACTGGACATTACGAGCAGAGGAGATTCCGGA AGAAGAGAAAAATGTAGGTCCGCATGATCGTCTAATTCATGTGTACCATTTTACTAAAGACACTGCTCAAAACCAAATGC AAATTCAAAACTTCGGGGAACCTTTTTTCTTGGTTATACACGAAGGTGAAACTCTATCTGAAATTAAAGAGCGAATACAG AAGAAACTTCAAGTTCCTGAGGAAGAGTTTGGCAAGTGGAAGTTTGCTTTTGTATCACTAGGGCGCCCTGAGTACCTTAG TGATTCTGACATTGTATCCAGTCGTTTTCAGAGGAGAGATGTTTATGGTGCTTGGGAGCAATATTTCGGCTTAGAGCATA CTGATAATGCTCCAAAAAGATCATATGCTGTCAACCAGAATCGCCACACCTTTGAGAAGCCAGTAAAGATTTATAATTAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0196100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTVMMSAPIDQQDDEEVLVPHADLPENNHQPMDVVAQPETANAVESQPVAEPPPTSRFTWRIDNFTRLNTKKLYSEIFVV GGYKWRVLIFPKGNNVDYLSMYLDVADSASLPYGWSRYAQFSLAVVNQIQNKYTVRKDTQHQFNARESDWGFTSFMPLGE LYDPSRGYLVNDTLLIEAEVLVRRIVDYWNYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDMPS GSIPLALQSLFYKLQYSDTSVATKELTKSFGWDTYDSFMQHDVQELNRVLCEKLEDKMKGTVVEGTIQKLFEGHHMNYIE CINVDYKSTRKESFYDLQLDVKGCRDVYASFDKYVEVERLEGDNKYHAEQYGLQDAKKGVLFIDFPPVLQLQLKRFEYDF MRDTMVKINDRYEFPSELDLDREDGKYLSPDADRSVRNLYTLHSVLVHSGGVHGGHYYAFIRPTLSEQWYKFDDERVTKE DNKRALEEQYGGEEELPQTNPGFNNAPFKFTKYSNAYMLVYIRESDKDKIICNVDEKDIAEHLRERLKKEQEEKEHKKKE KAEAHLYTIIKVARNEDLGEQIGKDIYFDLVDHDKVRSFRVQKQMSLNVFKEEVAKEFGVPVQFQRYWLWAKRQNHTYRP NRPLTPAEEAQSVGQLREVSNKVHNGELKLFLEVECGMDSHPIAPPDKTKDDILLFFKLYDPEKEELRYVGRLFVKCTGK PSEILTKLNEMAGYDPEEDIALYEEIKFEPNVMCEPIDKKATFRASQLEDGDIVCFQKAPPVDGEEHFRYPDVPSYLEYV HNRQVVHFRSLDRPKEDDFFLEMSRLYTYDDVVEKVAQQLGLDDPSKIRLTPHNCYSQQPKPQPIKYRGVEHLSDMLVHY NQTSDILYYEVLDIPLPELQGLKTLKVAFHYATKDEVVSHTIRLPKQSTVGDVLDDLKTKVELSHPNAELRLLEVFYHKI YKVFPPNEKIENINDQYWTLRAEEIPEEEKNVGPHDRLIHVYHFTKDTAQNQMQIQNFGEPFFLVIHEGETLSEIKERIQ KKLQVPEEEFGKWKFAFVSLGRPEYLSDSDIVSSRFQRRDVYGAWEQYFGLEHTDNAPKRSYAVNQNRHTFEKPVKIYN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 7 | 1024 | 1018 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 7 | 1024 | 1018 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 54 | 196 | 143 | 7.2E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 54 | 186 | 133 | 6.54E-41 | ||
| ProSiteProfiles | 55 | 180 | 126 | 39.287 | ||
| CDD | 57 | 180 | 124 | 3.2298E-39 | ||
| SMART | 57 | 161 | 105 | 8.3E-17 | ||
| Pfam | 62 | 181 | 120 | 5.3E-18 | ||
| SUPERFAMILY | 195 | 552 | 358 | 1.96E-97 | ||
| Gene3D | 197 | 526 | 330 | 1.0E-88 | – | |
| CDD | 198 | 526 | 329 | 5.85863E-167 | – | |
| ProSiteProfiles | 200 | 524 | 325 | 40.275 | ||
| Pfam | 200 | 521 | 322 | 2.9E-46 | ||
| ProSitePatterns | 201 | 216 | 16 | - | ||
| ProSitePatterns | 440 | 457 | 18 | - | ||
| Coils | 533 | 564 | 32 | - | – | |
| Gene3D | 540 | 674 | 135 | 5.0E-39 | – | |
| Pfam | 625 | 877 | 253 | 4.6E-77 | ||
| Gene3D | 685 | 802 | 118 | 1.6E-37 | – | |
| Gene3D | 803 | 900 | 98 | 1.1E-8 | – | |
| Pfam | 887 | 1097 | 211 | 4.6E-58 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Biological process | Ubiquitin-dependent protein catabolic process | The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of a protein or peptide by hydrolysis of its peptide bonds, initiated by the covalent attachment of a ubiquitin group, or multiple ubiquitin groups, to the protein. | ||
| Biological process | Protein deubiquitination | The removal of one or more ubiquitin groups from a protein. | ||
| Molecular function | Thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity | Catalysis of the thiol-dependent hydrolysis of an ester, thioester, amide, peptide or isopeptide bond formed by the C-terminal glycine of ubiquitin. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0196100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…