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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0196100 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0196100.4 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-like protein; TAIR: AT5G06600.1 ubiquitin-specific protease 12; Swiss-Prot: sp|Q9FPT1|UBP12_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12; TrEMBL-Plants: tr|G7J6M6|G7J6M6_MEDTR Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase-like protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49247885..49265434) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTTTTTGGTTCTTCTAATGTGATAGTTGTGGCTCAACCTGAAACTGCCAATGCTGTGGAGAGCCAGCCTGTTGCGGAACC ACCTCCGACATCCAGATTCACATGGAGGATTGATAACTTTACTAGGCTAAATACAAAGAAGCTTTATTCAGAAATATTCG TTGTTGGTGGTTACAAATGGTACTTTTCTTATGAGATATACTTAATTGGTTGATGTTCATTTTCTTTTGAATATGCTCTG CTACGTATACTTTTTTTCAGTGATGTCCTCTCCTGAATTTTGTCTTATACTTGGCAGGCGTGTACTTATTTTCCCAAAAG GAAACAATGTGGACTATTTGTCCATGTATTTGGATGTTGCAGATTCAGCAAGTTTGCCCTATGGTTGGAGTAGATATGCA CAGTTCAGCTTGGCAGTTGTTAATCAAATCCAGAATAAGTATACAGTGAGAAAAGGTAGACGTTTCAGCTTGATCATTGC ATTTCTTACAAGATGACATAGGTTAGTCATAATTGTACATAGGAAACAGCATTGCTGGAATTGAAAGCGAAGAATTTTGC TAGATGTGTGTTGCAATTAATGGATGTAAGGTCATTTGATACTTAATCATGGTCATGGAGAAGATACTTGTATAATGAAC AATCTATTGTCGATCATTTTTAGTCAATTATCAATGCATATTATATGATCATTTGAAACCTTTACTCTTGTATAATTGTT TTAGGTTTGTTGGTGCTGAACTCATCTATACACTTTGACAACGTTCATATTGTATTTAACCTTTATTCATTTTCTCCTTT TTTTCAAAATTAGGTGGAGGATGAGATAATGAGTTCTATAATATATTTCTGCCCGATGAACTTGTTATCATTACCTTTCT CAAATTTTAAAAAAGAAAAAGGAAGTGAAAATATGCTGAATTTTCGGATTTAGCCATGCATCTTGCTTAACTTCATTACC 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AAATCTTCTAATAGAGGAGAGATGTTTATGGTGCTTGGGAGCAATATTTCGGCTTAGAGCATACTGATAATGCTCCAAAA AGATCATATGCTGTCAACCAGGTTAATACATTTTCTAACGAGAGCAAGATTTCTGAAGTCATTTCAGTGATTCAGTCTTT TTTGTATATTTTTGTCCACTATTACTTGGGACTTAATTACATTACAAATTTGTGGCTTTTGTTTTCAGAATCGCCACACC TTTGAGAAGCCAGTAAAGATTTATAATTAG
CDS sequence (LotjaGi6g1v0196100.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTATTTGGATGTTGCAGATTCAGCAAGTTTGCCCTATGGTTGGAGTAGATATGCACAGTTCAGCTTGGCAGTTGTTAA TCAAATCCAGAATAAGTATACAGTGAGAAAAGACACACAACACCAATTTAATGCTCGAGAAAGTGATTGGGGTTTCACGT CCTTCATGCCTCTTGGTGAATTGTACGACCCTAGTAGAGGGTATCTGGTGAATGATACTCTCTTAATTGAAGCTGAGGTT CTTGTTCGTAGGATTGTTGATTACTGGAATTATGATTCAAAGAAGGAGACTGGCTATGTTGGGCTTAAGAACCAAGGAGC TACCTGTTATATGAATTCTCTACTCCAGACTCTATATCACATTCCATATTTTAGAAAGGCTGTATACCATATGCCAACAA CTGAGAATGATATGCCCTCCGGAAGCATCCCTTTGGCTCTCCAAAGTTTATTTTACAAGCTCCAATATAGTGACACTAGT GTTGCAACAAAGGAGCTGACAAAGTCTTTTGGATGGGATACATATGATTCTTTCATGCAGCATGATGTTCAAGAACTAAA TCGAGTCCTCTGTGAAAAGCTTGAAGACAAAATGAAGGGAACCGTTGTTGAGGGAACTATACAGAAGTTATTTGAAGGAC ACCATATGAACTACATAGAGTGCATCAATGTGGACTATAAATCAACTCGAAAAGAGTCATTTTATGACCTTCAGCTTGAT GTTAAAGGTTGTCGTGATGTTTATGCTTCCTTTGATAAGTATGTGGAAGTTGAGCGTCTTGAGGGAGATAACAAATATCA TGCTGAACAGTATGGTTTGCAGGATGCTAAGAAGGGTGTCTTATTTATTGATTTTCCTCCTGTCCTTCAGCTTCAGCTGA AAAGATTTGAATATGATTTTATGAGAGATACTATGGTTAAGATTAACGACCGTTATGAGTTTCCATCAGAACTTGATCTT GACCGTGAGGATGGAAAATATCTATCACCTGACGCAGATAGGAGTGTCCGCAATCTTTACACACTTCACAGTGTTTTGGT TCACAGTGGAGGAGTGCATGGTGGACATTACTATGCTTTTATCAGGCCAACTCTCTCTGAACAGTGGTACAAGTTTGATG ATGAGAGGGTGACTAAAGAAGACAACAAACGGGCATTAGAGGAACAATATGGTGGTGAGGAGGAGTTACCACAGACAAAT CCTGGATTCAATAACGCACCATTTAAATTCACCAAATATTCAAATGCTTATATGCTGGTGTATATTCGTGAAAGTGACAA GGACAAAATCATTTGCAATGTGGACGAGAAAGACATTGCTGAACATTTAAGGGAGAGATTGAAGAAAGAACAAGAAGAGA AAGAGCACAAAAAGAAAGAAAAGGCAGAGGCACATCTGTATACTATTATAAAGGTTGCACGAAATGAAGACCTTGGAGAG CAGATTGGAAAAGATATATACTTTGATCTTGTAGACCATGACAAAGTGAGGAGTTTCCGTGTCCAAAAGCAAATGTCTTT AAACGTTTTCAAGGAAGAGGTTGCAAAAGAGTTTGGTGTACCAGTTCAATTTCAGCGCTATTGGCTTTGGGCAAAACGGC AAAACCATACCTATCGTCCTAATAGACCATTGACACCTGCTGAGGAAGCACAATCTGTCGGACAATTGAGAGAAGTGTCC AACAAGGTTCACAATGGAGAATTGAAGTTGTTTCTGGAAGTTGAGTGTGGAATGGATTCCCATCCTATTGCACCACCTGA CAAGACAAAGGATGATATATTACTTTTCTTCAAGCTATACGATCCTGAAAAGGAGGAGCTGCGTTATGTTGGACGGCTCT TTGTTAAGTGTACTGGCAAGCCCTCTGAAATCTTAACGAAGCTAAATGAAATGGCTGGTTATGATCCCGAGGAAGATATT GCACTTTATGAGGAAATTAAGTTTGAACCAAATGTCATGTGTGAACCTATTGACAAGAAAGCAACATTTCGAGCAAGCCA GCTGGAGGATGGTGATATTGTATGCTTTCAGAAAGCTCCACCTGTGGATGGTGAAGAGCATTTCCGCTATCCAGATGTGC CCTCATATTTAGAATATGTGCACAATCGCCAGGTGGTTCACTTTCGATCTCTGGATAGACCTAAGGAAGATGACTTTTTC TTAGAGATGTCAAGGCTTTATACATATGATGATGTGGTGGAGAAAGTAGCGCAACAACTTGGTTTGGATGATCCATCTAA AATACGGCTTACCCCACATAACTGCTACTCTCAGCAACCAAAACCCCAGCCAATTAAGTACCGAGGGGTGGAACATTTGT CTGATATGCTAGTTCACTACAATCAGACCTCAGATATACTATACTATGAAGTACTTGATATCCCTCTACCAGAATTACAA GGTTTGAAGACTCTGAAAGTTGCATTTCATTATGCCACGAAGGATGAAGTGGTTAGTCATACCATCAGACTTCCAAAGCA GAGTACTGTGGGGGATAAAAGAGTTATGGTGTTTGCACAACTTTATGGTAACAGGTCACCACTGCACAGATAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0196100.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MYLDVADSASLPYGWSRYAQFSLAVVNQIQNKYTVRKDTQHQFNARESDWGFTSFMPLGELYDPSRGYLVNDTLLIEAEV LVRRIVDYWNYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDMPSGSIPLALQSLFYKLQYSDTS VATKELTKSFGWDTYDSFMQHDVQELNRVLCEKLEDKMKGTVVEGTIQKLFEGHHMNYIECINVDYKSTRKESFYDLQLD VKGCRDVYASFDKYVEVERLEGDNKYHAEQYGLQDAKKGVLFIDFPPVLQLQLKRFEYDFMRDTMVKINDRYEFPSELDL DREDGKYLSPDADRSVRNLYTLHSVLVHSGGVHGGHYYAFIRPTLSEQWYKFDDERVTKEDNKRALEEQYGGEEELPQTN PGFNNAPFKFTKYSNAYMLVYIRESDKDKIICNVDEKDIAEHLRERLKKEQEEKEHKKKEKAEAHLYTIIKVARNEDLGE QIGKDIYFDLVDHDKVRSFRVQKQMSLNVFKEEVAKEFGVPVQFQRYWLWAKRQNHTYRPNRPLTPAEEAQSVGQLREVS NKVHNGELKLFLEVECGMDSHPIAPPDKTKDDILLFFKLYDPEKEELRYVGRLFVKCTGKPSEILTKLNEMAGYDPEEDI ALYEEIKFEPNVMCEPIDKKATFRASQLEDGDIVCFQKAPPVDGEEHFRYPDVPSYLEYVHNRQVVHFRSLDRPKEDDFF LEMSRLYTYDDVVEKVAQQLGLDDPSKIRLTPHNCYSQQPKPQPIKYRGVEHLSDMLVHYNQTSDILYYEVLDIPLPELQ GLKTLKVAFHYATKDEVVSHTIRLPKQSTVGDKRVMVFAQLYGNRSPLHR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ProSiteProfiles | 1 | 80 | 80 | 21.49 | ||
| PANTHER | 1 | 832 | 832 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 1 | 96 | 96 | 6.3E-29 | ||
| SUPERFAMILY | 1 | 86 | 86 | 7.03E-21 | ||
| CDD | 1 | 80 | 80 | 1.48815E-18 | ||
| PANTHER | 1 | 832 | 832 | 0.0 | – | |
| Pfam | 2 | 81 | 80 | 3.8E-9 | ||
| SUPERFAMILY | 95 | 452 | 358 | 1.12E-97 | ||
| Gene3D | 97 | 426 | 330 | 5.8E-89 | – | |
| CDD | 98 | 426 | 329 | 5.0186E-169 | – | |
| ProSiteProfiles | 100 | 424 | 325 | 40.275 | ||
| Pfam | 100 | 421 | 322 | 1.6E-46 | ||
| ProSitePatterns | 101 | 116 | 16 | - | ||
| ProSitePatterns | 340 | 357 | 18 | - | ||
| Coils | 433 | 464 | 32 | - | – | |
| Gene3D | 440 | 574 | 135 | 3.3E-39 | – | |
| Pfam | 525 | 777 | 253 | 2.8E-77 | ||
| Gene3D | 585 | 702 | 118 | 1.1E-37 | – | |
| Gene3D | 703 | 800 | 98 | 7.8E-9 | – | |
| Pfam | 787 | 832 | 46 | 4.9E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Biological process | Ubiquitin-dependent protein catabolic process | The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of a protein or peptide by hydrolysis of its peptide bonds, initiated by the covalent attachment of a ubiquitin group, or multiple ubiquitin groups, to the protein. | ||
| Biological process | Protein deubiquitination | The removal of one or more ubiquitin groups from a protein. | ||
| Molecular function | Thiol-dependent ubiquitinyl hydrolase activity | Catalysis of the thiol-dependent hydrolysis of an ester, thioester, amide, peptide or isopeptide bond formed by the C-terminal glycine of ubiquitin. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0196100.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…