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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0196200 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0196200.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent RNA helicase; TAIR: AT1G32490.1 RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|Q8VY00|ESP3_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1; TrEMBL-Plants: tr|K7KW48|K7KW48_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49281709..49313981) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTGAACGTGAAAAACATAAAAAGCAGCATAGGGAATGAAATATAAGTAGTTAAAAGGCACCATTATAGAATAGAGAGA TAGTGAATTTGAGCCAGAGGTCAGTAGCGAGAGTGGAGAGCGTAGATTCTTCCACCACCTTCCTCTTCTTCGTCCCAAAC ACTGTTGTTTAGTGTGGGTAATTCGCTCTGTGCTCTGAAGTGAGTATTTCTCTTCCTCTCTAGTGCTTTGATTTCATCTC TCATATGATGCGTTCTACTGTTTTTTCCTATTTTGGTTTCCCTTTTCATGATTGTTTCTGCTTGTTTGGAGCTTCATGAT TGTTCTACATGTTTGGAGCTTCATAGGTATTTCTCTTCATGATCGTTTCCCTTTACCAAGATGTACATGCGAATTGAAGG AGTGTCTGTTAAAATTGGGAAGACATTGTTGCCAATTTTTCTTATTTTTATGGGGAATCTAGAAAAAAAAGCAACTATCT CATTCTTATTTGTTGATTTCACTAAATTCCATTCCATGGTTATAAAAACTGAATCGGACCGGCCGGTTCGACCGTTTGAA CCGCCTGGGAGGAAAACCGGCCGGTTTGCGATTTTGGGCGGTTTTACGTTTTTTTTGGAAAAGTGGGCTCGGCCATGCCC AATTTGACGGTAGCTTCCCCGTTCTTCTTCCCCTCAGCTCAACGTTGCTCCGCCTCTGGGCGACGAATTCATACGCAGCG TTTCGGGAGGACGCACGAACCGGTTCGTAGTTCGGTGGAGTGTGCAGCGAATTCGGAAACCCTTGTTTCTGTATACAACA GCCATTGTATACTAGTTTTTCAGGTCAGGAAAATGGTTTCGTGTTTCGCTATTTAGTATTGAATTTCTGATTATGGTTCT ATTTAGCATATTTGAAGTTCTGATTCTTGTTCTATTTAGCATATTTTATTTGATTAAGTTTTGAAAATGGCTAGCAATTC 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ATGGGAAATGATGACAATCTAAAGACATGGGTATCAGATAAGTTGATGTCGCTACTGGGATATTCTCAGCCCACAGTTGT ACAGTACATGATTGGACTATCCAAGCAAGCTACGTCACCATCTGATTTGGTGGGCAAACTAGTGGACTTTGGCTTCTCAT CAACGGACACCCGTGCATTTGCAGAAGAAATTTTCTCAAGAGTTCCTCGTAAATCATCTGGCTTAAATCAATATCAGAAA CAAGAGCGAGAAGCTGCAATGTTAGCAAGGAGGCAGAAGACTTACACAATCTTGAAGGATGATGAAAATAGCGATGATGA CAATGTTGGTGGTGAAGATAAATCTTCAATAACTACTGCTTCTTCATCTAGAAAGCTAGATAAAAAACGCTTCAGGAAGA AAACTGAAGTTCAGGATGATCAAGATGATGAGGTAATTTCAAGAAAAGAAAGGGAGAGACAAGTTAAGAGAAGAATTTCC CCTGATGAAGATAATAGTTCAGAGTCAGAAGAAGAAAGATTGAAAGATCAAAGAGAGAAGGAGGAATTAGAGCAACATCT GAGAGAAAGAGATGCAGCAGGAACTAGAAAGTTGACTGAATCGAAATTAACACGAAAGGAGGAAGAAGAGGCAACTCGAA GATCTCAAGCTGCAGAGCAGGATGGTATTCAAAGTTTGAGAAAGGTTTCAAGGCAAGAATACTTGAAGAAGAGGGAGGAA AAGAAATTAGAAGAACTGAGAGATGATATAGAAGATGAGCAGTATCTATTTGAAGGTGTGAAGCTTACTGAAGCAGAACA AAGTGAGCTGAGGTACAAGAAAGAGATATATGAACTAGTGAAGAAGCGGTATGAGGAGGCTGACAATGTAAATGAGTATA GAATGCCAGAAGCTTATGATCAGGACGGTGTTATTGATCAGGAGAAGAGATTTTCTGTGGCTATGCAGCGTTACAGGGAT CCAAATGCTGAGGATAAGATGAATCCATTTGCAGAACAAGAGGCATGGGAGGACCATCAAATTGGTAAGGGAACTCTGAA GTATGGTTCAAAAAACAAAAGACAAGTCTCTGATGATTATCAGTTTGTGTTTGAGGACCAAATTGACTTTATCAAGGAAT CGGTGATGGATGGAGATAAGTTTGATTATGAAGAGACAGAAGATTCCCTTGAAAAGTCCAGAGCAAAGTCAGCTTTAGAG GCACTTCAGGAGGAGAGGAAAAAGTTACCAATGTATCCTTATCGGGATGAATTGCTTCAAGCTGTTCAGGATCACCAGGT ACTTGTAATTGTTGGCGAAACTGGTTCTGGAAAGACTACACAGATTCCCCAATATCTTCATGAAGCTGGCTACACAAAGC GTGGAATGATTGCATGTACTCAGCCACGGCGTGTTGCTGCTATGAGTGTTGCTGCTCGAGTTTCTCAAGAAATGGGTGTT AAACTAGGACATGAGGTTGGTTACTCCATCCGTTTTGAGGATTGCACATCAGAGAAGACTATTCTGAAATATATGACTGA TGGAATGTTGCTGAGGGAATTCCTTGGTGAGCCTGATCTGGCAAGTTATAGTGTTGTGATGGTGGATGAGGCTCATGAAA GAACACTCTCAACTGATATTTTGTTTGGATTAGTAAAGGATATTTCTCGTTTCCGGCCTGACCTTAAGTTGCTAATATCA AGTGCTACCCTTGATGCGGAAAAGTTCAGTGACTACTTTGATTCTGCTCCCATATTCAAAATTCCAGGGAGACGGTATCC TGTTGAAATAAACTTTACCAAAGCACCAGAAGCTGACTACTTAGATGCAGCTATTGTTACATCACTTCAAATTCATGTCA CTCAACCTCCTGGAGATATATTGGTATTCCTTACTGGTCAAGAAGAAATTGAAACTGCTGAAGAAATCTTGAAGCATCGC ACTAGAGGTTTGGGGACTAAAATTGCTGAATTAATAATATGCCCCATATATGCCAACCTACCAACTGAACTTCAAGCTAA AATATTTGAACCCACTCCTGAAGGGGCACGAAAGGTTGTTCTTGCTACCAATATTGCAGAAACGTCATTGACAATTGATG GGATCAAGTATGTCATTGATCCAGGATTCTGTAAGATGAAAACTTATAATCCAAGAACTGGTATGGAGTCTTTGTTAATA ACCCCCATCTCAAAAGCTTCAGCAATGCAAAGAGCTGGTCGTTCTGGAAGAACAGGTCCTGGAAAGTGCTTCCGGTTGTA TACTGCATACAATTTTCACAATGATTTGGATGATAACACTGTACCCGAAATACAGAGAACTAACCTTGCAAATGTAGTTT TGACTTTGAAAAGTCTTGGTATTCATGACTTGTTACACTTTGATTTTATGGATCCTCCGCCGGCTGAGGCCTTACTGAAA GCCCTGGAGCTTCTATTTGCTTTAAGTGCATTAAATAAGCTTGGTGAGTTAACTAAGGTAGGTAGACGGATGGCAGAGTT CCCACTTGATCCTATGTTGTCAAAAATGATAGTGGCTTCAGAAAAGTACAAATGTTCAGATGATATAATTTCCGTTGCTG CCATGCTTTCTGTTGGCAACTCAATATTTTACCGCCCAAAGGATAAACAAGTACATGCAGACAATGCGAGGATGAACTTT CACACAGGAAATGTTGGAGACCATATTGCATTGCTGAAGGTCTACAATTCCTGGAAGGAGACCAATTATTCAACCCAATG GTGTTATGAGAATTATATACAGGTAAGAAGTATGAAACAAGCTAGGGATATCCGTGATCAACTTGCAGGTCTATTAGAGA GGGTTGAGATCGAACTCACTTCAAATCCTAATGATTTAGATGCCGTCAAGAAATCCATAACATCTGGATTTTTCCCACAC TCTGCACGACTGCAAAAGAATGGATCATATCGAACTGTTAAACATCCACAGACTGTTCACATACATCCTAGTTCGGGGCT AGCACAGATTCTTCCTAGATGGGTTGTATACTATGAACTAGTACTCACAACCAAGGAATACATGAGACAGGTTACAGAAT TAAAGCCAGAGTGGTTGGTGGAGATAGCCCCTCACTATTACCAGCTTAAAGATGTTGAAGATCCGACGTCCAAGAAAATG CCCCGTGGAGAAGGACGTGCAACATAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0196200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGNDDNLKTWVSDKLMSLLGYSQPTVVQYMIGLSKQATSPSDLVGKLVDFGFSSTDTRAFAEEIFSRVPRKSSGLNQYQK QEREAAMLARRQKTYTILKDDENSDDDNVGGEDKSSITTASSSRKLDKKRFRKKTEVQDDQDDEVISRKERERQVKRRIS PDEDNSSESEEERLKDQREKEELEQHLRERDAAGTRKLTESKLTRKEEEEATRRSQAAEQDGIQSLRKVSRQEYLKKREE KKLEELRDDIEDEQYLFEGVKLTEAEQSELRYKKEIYELVKKRYEEADNVNEYRMPEAYDQDGVIDQEKRFSVAMQRYRD PNAEDKMNPFAEQEAWEDHQIGKGTLKYGSKNKRQVSDDYQFVFEDQIDFIKESVMDGDKFDYEETEDSLEKSRAKSALE ALQEERKKLPMYPYRDELLQAVQDHQVLVIVGETGSGKTTQIPQYLHEAGYTKRGMIACTQPRRVAAMSVAARVSQEMGV KLGHEVGYSIRFEDCTSEKTILKYMTDGMLLREFLGEPDLASYSVVMVDEAHERTLSTDILFGLVKDISRFRPDLKLLIS SATLDAEKFSDYFDSAPIFKIPGRRYPVEINFTKAPEADYLDAAIVTSLQIHVTQPPGDILVFLTGQEEIETAEEILKHR TRGLGTKIAELIICPIYANLPTELQAKIFEPTPEGARKVVLATNIAETSLTIDGIKYVIDPGFCKMKTYNPRTGMESLLI TPISKASAMQRAGRSGRTGPGKCFRLYTAYNFHNDLDDNTVPEIQRTNLANVVLTLKSLGIHDLLHFDFMDPPPAEALLK ALELLFALSALNKLGELTKVGRRMAEFPLDPMLSKMIVASEKYKCSDDIISVAAMLSVGNSIFYRPKDKQVHADNARMNF HTGNVGDHIALLKVYNSWKETNYSTQWCYENYIQVRSMKQARDIRDQLAGLLERVEIELTSNPNDLDAVKKSITSGFFPH SARLQKNGSYRTVKHPQTVHIHPSSGLAQILPRWVVYYELVLTTKEYMRQVTELKPEWLVEIAPHYYQLKDVEDPTSKKM PRGEGRAT
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 98 | 1042 | 945 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 98 | 1042 | 945 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 98 | 231 | 134 | - | – | |
| MobiDBLite | 98 | 112 | 15 | - | – | |
| MobiDBLite | 132 | 216 | 85 | - | – | |
| Coils | 166 | 186 | 21 | - | – | |
| Coils | 229 | 256 | 28 | - | – | |
| Gene3D | 366 | 584 | 219 | 2.4E-91 | – | |
| SUPERFAMILY | 405 | 931 | 527 | 3.14E-130 | ||
| SMART | 407 | 591 | 185 | 9.0E-34 | ||
| CDD | 409 | 581 | 173 | 1.36179E-118 | – | |
| ProSiteProfiles | 419 | 582 | 164 | 19.689 | ||
| ProSitePatterns | 524 | 533 | 10 | - | ||
| Gene3D | 585 | 760 | 176 | 6.5E-69 | – | |
| CDD | 586 | 747 | 162 | 7.88605E-78 | – | |
| ProSiteProfiles | 605 | 780 | 176 | 17.052 | ||
| Pfam | 612 | 739 | 128 | 1.3E-13 | ||
| SMART | 631 | 739 | 109 | 3.8E-18 | ||
| Gene3D | 783 | 882 | 100 | 4.3E-29 | – | |
| SMART | 800 | 892 | 93 | 1.2E-33 | ||
| Pfam | 801 | 876 | 76 | 1.0E-20 | ||
| Coils | 918 | 938 | 21 | - | – | |
| Pfam | 949 | 1026 | 78 | 3.4E-21 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0196200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…