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LotjaGi6g1v0196200.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0196200
Transcript ID LotjaGi6g1v0196200.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ATP-dependent RNA helicase; TAIR: AT1G32490.2 RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|Q8VY00|ESP3_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7HYM9|A0A1J7HYM9_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49281719..49313981) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GAAAAACATAAAAAGCAGCATAGGGAATGAAATATAAGTAGTTAAAAGGCACCATTATAGAATAGAGAGATAGTGAATTT GAGCCAGAGGTCAGTAGCGAGAGTGGAGAGCGTAGATTCTTCCACCACCTTCCTCTTCTTCGTCCCAAACACTGTTGTTT AGTGTGGGTAATTCGCTCTGTGCTCTGAAGTGAGTATTTCTCTTCCTCTCTAGTGCTTTGATTTCATCTCTCATATGATG CGTTCTACTGTTTTTTCCTATTTTGGTTTCCCTTTTCATGATTGTTTCTGCTTGTTTGGAGCTTCATGATTGTTCTACAT GTTTGGAGCTTCATAGGTATTTCTCTTCATGATCGTTTCCCTTTACCAAGATGTACATGCGAATTGAAGGAGTGTCTGTT AAAATTGGGAAGACATTGTTGCCAATTTTTCTTATTTTTATGGGGAATCTAGAAAAAAAAGCAACTATCTCATTCTTATT TGTTGATTTCACTAAATTCCATTCCATGGTTATAAAAACTGAATCGGACCGGCCGGTTCGACCGTTTGAACCGCCTGGGA GGAAAACCGGCCGGTTTGCGATTTTGGGCGGTTTTACGTTTTTTTTGGAAAAGTGGGCTCGGCCATGCCCAATTTGACGG TAGCTTCCCCGTTCTTCTTCCCCTCAGCTCAACGTTGCTCCGCCTCTGGGCGACGAATTCATACGCAGCGTTTCGGGAGG ACGCACGAACCGGTTCGTAGTTCGGTGGAGTGTGCAGCGAATTCGGAAACCCTTGTTTCTGTATACAACAGCCATTGTAT ACTAGTTTTTCAGGTCAGGAAAATGGTTTCGTGTTTCGCTATTTAGTATTGAATTTCTGATTATGGTTCTATTTAGCATA TTTGAAGTTCTGATTCTTGTTCTATTTAGCATATTTTATTTGATTAAGTTTTGAAAATGGCTAGCAATTCTCAAGTTTAA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0196200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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Protein sequence (LotjaGi6g1v0196200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MIACTQPRRVAAMSVAARVSQEMGVKLGHEVGYSIRFEDCTSEKTILKYMTDGMLLREFLGEPDLASYSVVMVDEAHERT LSTDILFGLVKDISRFRPDLKLLISSATLDAEKFSDYFDSAPIFKIPGRRYPVEINFTKAPEADYLDAAIVTSLQIHVTQ PPGDILVFLTGQEEIETAEEILKHRTRGLGTKIAELIICPIYANLPTELQAKIFEPTPEGARKVVLATNIAETSLTIDGI KYVIDPGFCKMKTYNPRTGMESLLITPISKASAMQRAGRSGRTGPGKCFRLYTAYNFHNDLDDNTVPEIQRTNLANVVLT LKSLGIHDLLHFDFMDPPPAEALLKALELLFALSALNKLGELTKVGRRMAEFPLDPMLSKMIVASEKYKCSDDIISVAAM LSVGNSIFYRPKDKQVHADNARMNFHTGNVGDHIALLKVYNSWKETNYSTQWCYENYIQVRSMKQARDIRDQLAGLLERV EIELTSNPNDLDAVKKSITSGFFPHSARLQKNGSYRTVKHPQTVHIHPSSGLAQILPRWVVYYELVLTTKEYMRQVTELK PEWLVEIAPHYYQLKDVEDPTSKKMPRGEGRAT 

Domain prediction

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Gene3D 130 305 176 2.5E-69
CDD 131 292 162 4.26737E-81
ProSiteProfiles 150 325 176 17.052
Pfam 157 284 128 5.2E-14
SMART 176 284 109 3.8E-18
Gene3D 328 427 100 1.9E-29
SMART 345 437 93 1.2E-33
Pfam 346 422 77 4.3E-21
Coils 463 483 21 -
Pfam 494 571 78 1.6E-21

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Helicase activity Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0196200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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