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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi6g1v0196200 |
Transcript ID | LotjaGi6g1v0196200.2 |
Related isoforms 2 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | ATP-dependent RNA helicase; TAIR: AT1G32490.2 RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|Q8VY00|ESP3_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH1; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7HYM9|A0A1J7HYM9_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0196200 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:49281719..49313981) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GAAAAACATAAAAAGCAGCATAGGGAATGAAATATAAGTAGTTAAAAGGCACCATTATAGAATAGAGAGATAGTGAATTT GAGCCAGAGGTCAGTAGCGAGAGTGGAGAGCGTAGATTCTTCCACCACCTTCCTCTTCTTCGTCCCAAACACTGTTGTTT AGTGTGGGTAATTCGCTCTGTGCTCTGAAGTGAGTATTTCTCTTCCTCTCTAGTGCTTTGATTTCATCTCTCATATGATG CGTTCTACTGTTTTTTCCTATTTTGGTTTCCCTTTTCATGATTGTTTCTGCTTGTTTGGAGCTTCATGATTGTTCTACAT GTTTGGAGCTTCATAGGTATTTCTCTTCATGATCGTTTCCCTTTACCAAGATGTACATGCGAATTGAAGGAGTGTCTGTT AAAATTGGGAAGACATTGTTGCCAATTTTTCTTATTTTTATGGGGAATCTAGAAAAAAAAGCAACTATCTCATTCTTATT TGTTGATTTCACTAAATTCCATTCCATGGTTATAAAAACTGAATCGGACCGGCCGGTTCGACCGTTTGAACCGCCTGGGA GGAAAACCGGCCGGTTTGCGATTTTGGGCGGTTTTACGTTTTTTTTGGAAAAGTGGGCTCGGCCATGCCCAATTTGACGG TAGCTTCCCCGTTCTTCTTCCCCTCAGCTCAACGTTGCTCCGCCTCTGGGCGACGAATTCATACGCAGCGTTTCGGGAGG ACGCACGAACCGGTTCGTAGTTCGGTGGAGTGTGCAGCGAATTCGGAAACCCTTGTTTCTGTATACAACAGCCATTGTAT ACTAGTTTTTCAGGTCAGGAAAATGGTTTCGTGTTTCGCTATTTAGTATTGAATTTCTGATTATGGTTCTATTTAGCATA TTTGAAGTTCTGATTCTTGTTCTATTTAGCATATTTTATTTGATTAAGTTTTGAAAATGGCTAGCAATTCTCAAGTTTAA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0196200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi6g1v0196200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MIACTQPRRVAAMSVAARVSQEMGVKLGHEVGYSIRFEDCTSEKTILKYMTDGMLLREFLGEPDLASYSVVMVDEAHERT LSTDILFGLVKDISRFRPDLKLLISSATLDAEKFSDYFDSAPIFKIPGRRYPVEINFTKAPEADYLDAAIVTSLQIHVTQ PPGDILVFLTGQEEIETAEEILKHRTRGLGTKIAELIICPIYANLPTELQAKIFEPTPEGARKVVLATNIAETSLTIDGI KYVIDPGFCKMKTYNPRTGMESLLITPISKASAMQRAGRSGRTGPGKCFRLYTAYNFHNDLDDNTVPEIQRTNLANVVLT LKSLGIHDLLHFDFMDPPPAEALLKALELLFALSALNKLGELTKVGRRMAEFPLDPMLSKMIVASEKYKCSDDIISVAAM LSVGNSIFYRPKDKQVHADNARMNFHTGNVGDHIALLKVYNSWKETNYSTQWCYENYIQVRSMKQARDIRDQLAGLLERV EIELTSNPNDLDAVKKSITSGFFPHSARLQKNGSYRTVKHPQTVHIHPSSGLAQILPRWVVYYELVLTTKEYMRQVTELK PEWLVEIAPHYYQLKDVEDPTSKKMPRGEGRAT
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
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SUPERFAMILY | 5 | 476 | 472 | 3.55E-113 | ||
ProSitePatterns | 69 | 78 | 10 | - | ||
Gene3D | 130 | 305 | 176 | 2.5E-69 | – | |
CDD | 131 | 292 | 162 | 4.26737E-81 | – | |
ProSiteProfiles | 150 | 325 | 176 | 17.052 | ||
Pfam | 157 | 284 | 128 | 5.2E-14 | ||
SMART | 176 | 284 | 109 | 3.8E-18 | ||
Gene3D | 328 | 427 | 100 | 1.9E-29 | – | |
SMART | 345 | 437 | 93 | 1.2E-33 | ||
Pfam | 346 | 422 | 77 | 4.3E-21 | ||
Coils | 463 | 483 | 21 | - | – | |
Pfam | 494 | 571 | 78 | 1.6E-21 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0196200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…