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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0001400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0001400.2 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT4G38350.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|O35604|NPC1_MOUSE Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2RDB9|A0A0B2RDB9_GLYSO Protein DETOXIFICATION; Found in the gene: LotjaGi1g1v0001400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:447104..476886) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTAATCTGGAATCTGCAAGTGCAAGCGAACATGGAAAATATGAGCACCGCCATCATCTCTGTTGGTTTTCTATTACAGGT AACTGCATCTCCTTTCCTTTACTTTTCTTGAACATCATCAACTCTCAAACTCAACTGCCATCACCATGTAGGTACTTATA CTCTCTTGGTTTTCGCCTTCGCTCACTGCTGCCCAGATATCTAGGTCAGTGAGAACTGAGAATGAATCGCTAATTAATTA ATTTATATTTCTCTTCATTCCTTCATATTCTCTTTCTGCTGTTTCTGGTTAGGTCTATCCATTCCAATGAATACTGCGCA ATGTATGATATATGTGGTCAGCGTAGTGATGGCAAAGTTCTCAATTGCCCGTACCCTTCCCCTTCTGTCAAGGTACTATT ACTAAATCTCATTTTTTAATCAACAAATGCAGTGCCTGTGCTTCTTCACGTTATAGTTCTAACTATAATAAATTCAGCCT CACGACCTCCTATCTGCCAAAATTCAAAGTTTGTGCCCCACCATAACCGGAAATGTTTGCTGCACGGAGGAACAGTTTGA CACATTAAGAGTACAGGTTCAGCAGGCAAGTCTCCAATCACTCTTTTCTTTATTTCTCTTTTCTTTCACTAACATATTTA TATTTATATCTTGCTGCAGGCCGTACCAATTCTAGTCGGCTGTCCTGCATGTTTGAGGAACTTTCTAAATCTTTTCTGTG AACTTTCTTGCTCTCCCAATCAGAGTCTCTTCATCAATGTCACTTCCATTTCTCAGGTCACCCATTTCCTTATTGCTAAA CTGTATTTGTTTACTTATTGTAAATCTTCTTAATCTCTTCATTAATATGTTGAAAAGAATGGAACAACTTAATGCTTTTT GTCATGTTTAATAGTATAAAGTAAGTCCATAGTTATCCCAATGTTGGACCTACACTGGAAAATCAAACTTCGATCACAAC 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0001400.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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Protein sequence (LotjaGi1g1v0001400.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MYDICGQRSDGKVLNCPYPSPSVKPHDLLSAKIQSLCPTITGNVCCTEEQFDTLRVQVQQAVPILVGCPACLRNFLNLFC ELSCSPNQSLFINVTSISQVDGNMTVDGIDLYVTETFGEGLYSACKDVKFGTMNTRAIDFVGAGANNYKEWFAFLGQKVP PGFPGSPYSIDFKTTILDSSPMELMNASVYSCNDTSLGCSCGDCPSSPVCSDSKPSPPKKDPCSIKMGSLKVRCVDLSLA VLYIVLVFVLFGWILLQRTRQRRRLGSSAEPLLVSEGRSFTNLPKDGEVLVIDPQRQNEVQYSFIQEWLSNFYRAYGRWA ARRPTIVLCSSLAIVILLCFGLLRFNVETRPEKLWVGPESKAAEEKEFFDSHLAPFYRIEQLIIATLPESEHGKPPSIVT DDNIELLFEIQEKVDEIRANYSGLLVSLSDICLKPLGEDCATQSILQYFQMDPDNFDNYGGVEHAEYCFQHYTSTETCFS AFKAPLEPTTALGGFSGNNYSEASAFIITYPVNNALTKVGDENGKAIAWEKAFIQLAKEELLPMVQSSNLTLSFSSESSI EEELKRESTADIITILVSYIVMFAYISVTLGDTPPRLSSFYLSSKVLLGLLGVLLVVLSILGSVGLFSALGVKSTLIIME VIPFLVLAVGVDNMCIIVDAVKRQSSDLPIEEQISNAMGEVGPSITLASLSEVLAFAVGSFISMPACRVFSMMAALAVLL DFLLQVTAFVALVTLDFVRAKDNRIDCFPCLKLNHSVDQGEGIRQERDGLLTRYMKEVHAPLLGLWGVKILVIVIFAAFT LASIALSTRIEPGLEQQIALPRDSYLQGYFSNISEYLRVGPPLYFVVKDYNYSSESNHTNQLCSISHCDSNSLLNEISRA SLIPKSSYIAKPAASWLDDFLVWISPEAFSCCRKFTNSSYCPPDDQPPCCLPDEGPCGLGGVCKDCTTCFRHSDLVNDRP STAQFRDKLPWFLDALPSADCAKGGHGAYTNSIDMNGYEGGIIQASEFRTYHTPVNRQGDYVNAIRAAREFSSRLSASLK MDIFPYSVFYIFFEQYLDIWKIALINIAIALGAVFVVCLVITSSLWSSAIILLVLVMIILDLLGVMAILGIQLNAVSVVN LIMSIGIAVEFCVHIAHAFMVSSGDRSLRAKTALCTMGASVFSGITLTKLVGVLVLCFSTSEIFVVYYFQMYLALVIIGF LHGLVFLPVSFVVLVLLYR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Pfam | 1 | 226 | 226 | 2.5E-62 | ||
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| PANTHER | 1 | 1213 | 1213 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1213 | 1213 | 0.0 | – | |
| Phobius | 1 | 233 | 233 | - | – | |
| Phobius | 234 | 256 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 237 | 256 | 20 | - | – | |
| Phobius | 257 | 324 | 68 | - | – | |
| Phobius | 325 | 343 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 325 | 347 | 23 | - | – | |
| Phobius | 344 | 567 | 224 | - | – | |
| Pfam | 497 | 845 | 349 | 2.4E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 529 | 735 | 207 | 3.92E-21 | – | |
| Phobius | 568 | 586 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 569 | 591 | 23 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 571 | 735 | 165 | 41.521 | ||
| Phobius | 587 | 605 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 604 | 626 | 23 | - | – | |
| Phobius | 606 | 629 | 24 | - | – | |
| Phobius | 630 | 640 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 636 | 658 | 23 | - | – | |
| Phobius | 641 | 661 | 21 | - | – | |
| Phobius | 662 | 680 | 19 | - | – | |
| Phobius | 681 | 702 | 22 | - | – | |
| TMHMM | 681 | 703 | 23 | - | – | |
| Phobius | 703 | 713 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 713 | 735 | 23 | - | – | |
| Phobius | 714 | 735 | 22 | - | – | |
| Phobius | 736 | 782 | 47 | - | – | |
| TMHMM | 782 | 804 | 23 | - | – | |
| Phobius | 783 | 806 | 24 | - | – | |
| Phobius | 807 | 1034 | 228 | - | – | |
| Pfam | 998 | 1213 | 216 | 2.9E-30 | ||
| SUPERFAMILY | 1023 | 1214 | 192 | 9.42E-20 | – | |
| Phobius | 1035 | 1053 | 19 | - | – | |
| Phobius | 1054 | 1058 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 1059 | 1081 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1059 | 1082 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1083 | 1088 | 6 | - | – | |
| TMHMM | 1088 | 1110 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1089 | 1111 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1112 | 1116 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 1115 | 1137 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1117 | 1141 | 25 | - | – | |
| Phobius | 1142 | 1152 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1153 | 1186 | 34 | - | – | |
| TMHMM | 1158 | 1180 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1187 | 1191 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1192 | 1218 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 1195 | 1217 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1219 | 1219 | 1 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Lipid transporter activity | Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0001400.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…