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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0001400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0001400.6 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT4G38350.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|O35604|NPC1_MOUSE Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0G729|A0A0R0G729_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0001400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:447146..479764) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGCACCGCCATCATCTCTGTTGGTTTTCTATTACAGGTAACTGCATCTCCTTTCCTTTACTTTTCTTGAACATCATCAAC TCTCAAACTCAACTGCCATCACCATGTAGGTACTTATACTCTCTTGGTTTTCGCCTTCGCTCACTGCTGCCCAGATATCT AGGTCAGTGAGAACTGAGAATGAATCGCTAATTAATTAATTTATATTTCTCTTCATTCCTTCATATTCTCTTTCTGCTGT TTCTGGTTAGGTCTATCCATTCCAATGAATACTGCGCAATGTATGATATATGTGGTCAGCGTAGTGATGGCAAAGTTCTC AATTGCCCGTACCCTTCCCCTTCTGTCAAGGTACTATTACTAAATCTCATTTTTTAATCAACAAATGCAGTGCCTGTGCT TCTTCACGTTATAGTTCTAACTATAATAAATTCAGCCTCACGACCTCCTATCTGCCAAAATTCAAAGTTTGTGCCCCACC ATAACCGGAAATGTTTGCTGCACGGAGGAACAGTTTGACACATTAAGAGTACAGGTTCAGCAGGCAAGTCTCCAATCACT CTTTTCTTTATTTCTCTTTTCTTTCACTAACATATTTATATTTATATCTTGCTGCAGGCCGTACCAATTCTAGTCGGCTG TCCTGCATGTTTGAGGAACTTTCTAAATCTTTTCTGTGAACTTTCTTGCTCTCCCAATCAGAGTCTCTTCATCAATGTCA CTTCCATTTCTCAGGTCACCCATTTCCTTATTGCTAAACTGTATTTGTTTACTTATTGTAAATCTTCTTAATCTCTTCAT TAATATGTTGAAAAGAATGGAACAACTTAATGCTTTTTGTCATGTTTAATAGTATAAAGTAAGTCCATAGTTATCCCAAT GTTGGACCTACACTGGAAAATCAAACTTCGATCACAACTTTATAAATTATTTAGCTTTTTTTCTTTTCTTATGTGATTTA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0001400.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTATGATATATGTGGTCAGCGTAGTGATGGCAAAGTTCTCAATTGCCCGTACCCTTCCCCTTCTGTCAAGCCTCACGA CCTCCTATCTGCCAAAATTCAAAGTTTGTGCCCCACCATAACCGGAAATGTTTGCTGCACGGAGGAACAGTTTGACACAT TAAGAGTACAGGTTCAGCAGGCCGTACCAATTCTAGTCGGCTGTCCTGCATGTTTGAGGAACTTTCTAAATCTTTTCTGT GAACTTTCTTGCTCTCCCAATCAGAGTCTCTTCATCAATGTCACTTCCATTTCTCAGGTTGATGGTAATATGACAGTGGA TGGAATTGATCTCTATGTAACTGAAACTTTTGGAGAAGGTCTATATAGTGCATGTAAGGATGTAAAGTTTGGGACAATGA ATACAAGGGCCATAGATTTTGTTGGGGCTGGAGCTAACAATTACAAAGAGTGGTTTGCATTTCTTGGACAAAAAGTGCCT CCTGGTTTTCCTGGTTCACCTTATTCTATAGATTTTAAGACAACCATTCTTGACTCATCTCCAATGGAACTTATGAATGC ATCTGTCTATTCTTGTAATGACACTTCACTGGGCTGCTCTTGTGGTGACTGTCCTTCATCTCCTGTCTGCTCAGATTCAA AACCTTCTCCACCAAAAAAAGATCCCTGCTCCATTAAAATGGGATCTCTAAAGGTCAGATGCGTGGATTTATCATTAGCT GTCTTATACATTGTATTGGTTTTCGTGTTGTTTGGATGGATACTATTGCAAAGGACAAGACAAAGGAGGAGACTTGGATC CAGTGCAGAACCATTGTTGGTCAGTGAAGGACGTAGTTTTACTAATCTCCCAAAGGATGGAGAGGTATGTACGAAAGTGC TAGTGATCGATCCTCAAAGGCAGAATGAGGTGCAATATTCTTTTATTCAAGAGTGGTTGTCCAACTTTTACAGGGCTTAT GGAAGATGGGCTGCTAGAAGGCCCACCATTGTTCTTTGTTCCTCATTGGCAATTGTTATTTTGCTTTGTTTTGGTCTGCT ACGTTTTAATGTGGAGACCCGACCTGAGAAGTTATGGGTAGGTCCTGAAAGTAAGGCAGCAGAAGAGAAAGAATTTTTTG ATAGCCACCTTGCCCCATTCTACAGAATTGAACAGCTCATAATAGCCACACTCCCTGAGTCTGAACATGGCAAGCCACCG AGTATCGTAACAGATGACAATATTGAATTACTTTTTGAGATACAGGAAAAGGTTGATGAAATTCGTGCAAATTATTCTGG TTTATTGGTATCTCTCAGTGACATTTGCTTGAAGCCTTTAGGCGAGGACTGTGCGACCCAAAGCATTTTGCAGTATTTTC AAATGGACCCTGACAATTTTGACAACTATGGAGGTGTTGAACATGCCGAGTATTGTTTTCAGCATTACACTTCTACGGAG ACATGCTTTAGTGCATTTAAGGCTCCCCTTGAGCCAACTACTGCCCTGGGAGGGTTTTCTGGAAACAACTATTCTGAGGC TTCTGCATTTATTATCACATACCCTGTCAACAATGCACTTACAAAAGTTGGAGATGAGAATGGGAAGGCAATTGCTTGGG AAAAAGCTTTCATCCAGTTGGCTAAGGAGGAATTGCTGCCAATGGTACAATCTAGCAATCTTACTTTGTCATTTTCATCT GAAAGTTCAATTGAGGAAGAATTGAAGAGAGAAAGCACTGCCGATATCATAACAATACTTGTGAGCTATATTGTCATGTT TGCTTATATATCGGTGACATTGGGAGATACTCCACCTCGTCTATCTTCTTTCTACCTCTCGTCTAAGGTATTGCTTGGTC TTTTGGGGGTTTTGCTTGTTGTGCTTTCTATCCTTGGATCAGTTGGACTTTTCAGTGCTCTTGGAGTAAAATCCACACTA ATTATAATGGAAGTCATACCTTTTCTGGTTTTAGCTGTTGGTGTAGATAACATGTGTATAATCGTAGATGCTGTGAAACG GCAATCCTCAGATTTACCAATAGAAGAGCAAATAAGCAATGCAATGGGGGAAGTTGGCCCATCCATAACACTGGCAAGCT TATCAGAGGTTCTGGCATTTGCAGTAGGATCATTCATTTCTATGCCAGCATGCCGTGTATTCTCCATGATGGCAGCTTTG GCGGTTCTACTGGACTTCCTTCTACAAGTTACTGCTTTTGTGGCTTTGGTTACATTAGACTTTGTGAGAGCCAAGGATAA CAGGATTGACTGCTTTCCATGCTTAAAGTTGAATCACTCTGTGGATCAGGGTGAAGGTATTAGACAGGAAAGAGATGGAT TGCTGACACGATACATGAAGGAGGTTCATGCACCACTTCTTGGACTGTGGGGCGTTAAAATCTTGGTCATCGTCATATTT GCTGCATTTACCTTAGCAAGCATTGCATTATCTACAAGGATTGAACCTGGTCTTGAGCAACAGATTGCTCTTCCACGGGA TTCCTACCTTCAGGGATATTTCAGTAACATTTCTGAATACCTCAGAGTTGGGCCACCATTATATTTTGTTGTCAAGGATT ACAATTATAGTTCAGAATCCAACCACACAAACCAGCTATGCTCCATTAGCCATTGTGATTCAAATTCTCTTTTAAATGAG ATATCTAGAGCATCATTGATACCAAAATCAAGCTACATTGCCAAGCCAGCTGCCTCATGGCTTGATGATTTCCTCGTATG GATATCACCCGAAGCTTTTAGTTGCTGTCGAAAATTCACAAATAGCTCTTATTGTCCACCTGATGATCAGCCACCTTGCT GTTTACCAGATGAAGGACCATGTGGGTTGGGTGGAGTGTGCAAAGACTGTACAACTTGTTTCCGCCACTCAGATTTGGTC AATGATCGTCCATCTACAGCACAGTTTAGAGATAAGCTTCCCTGGTTTCTTGATGCATTGCCATCAGCTGATTGTGCAAA GGGTGGTCATGGGGCTTACACCAATAGTATTGATATGAATGGTTACGAGGGTGGTATCATACAAGCTTCTGAGTTTCGTA CTTATCACACACCAGTTAACAGACAAGGTGACTATGTTAATGCAATACGAGCTGCAAGGGAGTTTTCCTCTAGACTTTCT GCTTCTTTAAAGATGGATATATTTCCATACTCAGTGTTCTATATTTTCTTTGAACAATACCTGGATATATGGAAGATAGC CCTGATCAACATTGCAATAGCACTAGGTGCTGTTTTTGTTGTTTGTCTGGTCATCACGTCCAGCTTGTGGAGTTCAGCAA TCATTTTACTTGTTCTGGTTATGATAATTTTGGACCTCCTGGGTGTAATGGCAATTCTTGGTATTCAACTAAATGCAGTC TCGGTTGTAAACCTTATTATGTCAATAGGAATTGCTGTAGAGTTCTGTGTGCATATAGCACATGCATTCATGGTAAGCTC AGGGGATAGGAGCCTACGAGCAAAGACAGCATTGTGTACCATGGGGGCTTCTGTATTCAGTGGAATCACACTTACGAAAC TTGTTGGAGTTCTAGTCCTTTGTTTCTCAACATCAGAAATTTTTGTGGTGTATTATTTCCAGATGTATCTGGCCTTGGTT ATCATTGGCTTCTTACATGGTCTTGTGTTTCTACCAGTGATATTAAGCTTGATTGGTCCTCCTTCAAGGTATACAGTCAT AAAGGAACAGCTAGAAGACATGGCTTCTGCTTCATCATAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0001400.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MYDICGQRSDGKVLNCPYPSPSVKPHDLLSAKIQSLCPTITGNVCCTEEQFDTLRVQVQQAVPILVGCPACLRNFLNLFC ELSCSPNQSLFINVTSISQVDGNMTVDGIDLYVTETFGEGLYSACKDVKFGTMNTRAIDFVGAGANNYKEWFAFLGQKVP PGFPGSPYSIDFKTTILDSSPMELMNASVYSCNDTSLGCSCGDCPSSPVCSDSKPSPPKKDPCSIKMGSLKVRCVDLSLA VLYIVLVFVLFGWILLQRTRQRRRLGSSAEPLLVSEGRSFTNLPKDGEVCTKVLVIDPQRQNEVQYSFIQEWLSNFYRAY GRWAARRPTIVLCSSLAIVILLCFGLLRFNVETRPEKLWVGPESKAAEEKEFFDSHLAPFYRIEQLIIATLPESEHGKPP SIVTDDNIELLFEIQEKVDEIRANYSGLLVSLSDICLKPLGEDCATQSILQYFQMDPDNFDNYGGVEHAEYCFQHYTSTE TCFSAFKAPLEPTTALGGFSGNNYSEASAFIITYPVNNALTKVGDENGKAIAWEKAFIQLAKEELLPMVQSSNLTLSFSS ESSIEEELKRESTADIITILVSYIVMFAYISVTLGDTPPRLSSFYLSSKVLLGLLGVLLVVLSILGSVGLFSALGVKSTL IIMEVIPFLVLAVGVDNMCIIVDAVKRQSSDLPIEEQISNAMGEVGPSITLASLSEVLAFAVGSFISMPACRVFSMMAAL AVLLDFLLQVTAFVALVTLDFVRAKDNRIDCFPCLKLNHSVDQGEGIRQERDGLLTRYMKEVHAPLLGLWGVKILVIVIF AAFTLASIALSTRIEPGLEQQIALPRDSYLQGYFSNISEYLRVGPPLYFVVKDYNYSSESNHTNQLCSISHCDSNSLLNE ISRASLIPKSSYIAKPAASWLDDFLVWISPEAFSCCRKFTNSSYCPPDDQPPCCLPDEGPCGLGGVCKDCTTCFRHSDLV NDRPSTAQFRDKLPWFLDALPSADCAKGGHGAYTNSIDMNGYEGGIIQASEFRTYHTPVNRQGDYVNAIRAAREFSSRLS ASLKMDIFPYSVFYIFFEQYLDIWKIALINIAIALGAVFVVCLVITSSLWSSAIILLVLVMIILDLLGVMAILGIQLNAV SVVNLIMSIGIAVEFCVHIAHAFMVSSGDRSLRAKTALCTMGASVFSGITLTKLVGVLVLCFSTSEIFVVYYFQMYLALV IIGFLHGLVFLPVILSLIGPPSRYTVIKEQLEDMASASS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1236 | 1236 | 0.0 | – | |
| Phobius | 1 | 233 | 233 | - | – | |
| Pfam | 1 | 226 | 226 | 2.5E-62 | ||
| PANTHER | 1 | 1236 | 1236 | 0.0 | – | |
| TIGRFAM | 1 | 1219 | 1219 | 0.0 | ||
| Phobius | 234 | 256 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 237 | 256 | 20 | - | – | |
| Phobius | 257 | 328 | 72 | - | – | |
| TMHMM | 329 | 351 | 23 | - | – | |
| Phobius | 329 | 347 | 19 | - | – | |
| Phobius | 348 | 571 | 224 | - | – | |
| Pfam | 501 | 849 | 349 | 2.5E-50 | ||
| SUPERFAMILY | 533 | 739 | 207 | 3.92E-21 | – | |
| Phobius | 572 | 590 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 573 | 595 | 23 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 575 | 739 | 165 | 41.521 | ||
| Phobius | 591 | 609 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 608 | 630 | 23 | - | – | |
| Phobius | 610 | 633 | 24 | - | – | |
| Phobius | 634 | 644 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 640 | 662 | 23 | - | – | |
| Phobius | 645 | 665 | 21 | - | – | |
| Phobius | 666 | 684 | 19 | - | – | |
| Phobius | 685 | 706 | 22 | - | – | |
| TMHMM | 685 | 707 | 23 | - | – | |
| Phobius | 707 | 717 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 717 | 739 | 23 | - | – | |
| Phobius | 718 | 739 | 22 | - | – | |
| Phobius | 740 | 786 | 47 | - | – | |
| TMHMM | 786 | 808 | 23 | - | – | |
| Phobius | 787 | 810 | 24 | - | – | |
| Phobius | 811 | 1038 | 228 | - | – | |
| Pfam | 1002 | 1218 | 217 | 2.1E-32 | ||
| SUPERFAMILY | 1027 | 1219 | 193 | 2.35E-21 | – | |
| Phobius | 1039 | 1057 | 19 | - | – | |
| Gene3D | 1057 | 1229 | 173 | 3.6E-6 | – | |
| Phobius | 1058 | 1062 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1063 | 1086 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 1066 | 1088 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1087 | 1092 | 6 | - | – | |
| TMHMM | 1093 | 1115 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1093 | 1115 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1116 | 1120 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1121 | 1145 | 25 | - | – | |
| TMHMM | 1125 | 1147 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1146 | 1156 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1157 | 1185 | 29 | - | – | |
| TMHMM | 1160 | 1182 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1186 | 1190 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1191 | 1218 | 28 | - | – | |
| TMHMM | 1197 | 1219 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1219 | 1239 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Lipid transporter activity | Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0001400.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…