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LotjaGi1g1v0010900.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0010900
Transcript ID LotjaGi1g1v0010900.1
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Neutral ceramidase; TAIR: AT1G07380.1 Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase; Swiss-Prot: sp|Q304B9|NCASE_ARATH Neutral ceramidase; TrEMBL-Plants: tr|G7K4V4|G7K4V4_MEDTR Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0010900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:1331434..1346741) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TAATGATTTTTCTAAATCTTTGCATTGAAGCAAAAACAAAATAGTACTCAAATGTTTAATTTTTTAATTGGCTTGATGAC AAATTGGGAAGTTTCAAATACCATTGTTCTTCCTTGCCTGTTCCTCCACTCTATCTACCAGTCAGTCAGTCACTCACTCC TCTTTCTCTCTCTTGCAATTCACTGTTCCCTCTTCTGGCCCTGTCTCTCTGCAACCCCAGATAGCTTCGATTACTTCTCA CGCTCATGTTCGTGTAAAGATTCAAACTTTACATCTGGGTGGTGAGAAACTCAATTGCATTTCTTCCTCTATTTTTTTTG TAATTAAGTATCTATTTTGAAGCATAGTTATTTTATATTCCTGCCATGTTTGGTTGCAATTTCTGAAATTGGATTTCATT GCATTGGAAGTTATGTATTTTATATTTGAAACATAGTTATTTTATATTTATGTATGCATGTATGAGTATGATTGTAGGTA TGTACAATTGGAAGCTTTGTGAATGTGATTTGTGAAGGGAAAATAGAAGAACTGGCTAAGTTTGACTATTGGTATTTTTT TGCTTTGAACTTAGGTTGATGGAGTTACCTTCCCTCTCTCATTGGAGGGCAACTGCAACTATGAGAGTTTGGCCTTTTTT CTTGCTCCTGATTCTACTGAAGAGTGATGTTGTATATTCAGATTCTAATTACTTGATTGGTCTTGGAAGCTATGACATCA CTGGTCCTGCAGCTGATGTTAACATGATGGGGTATACTAACACAGAACAAATTGCTTCTGGGGTTCACTTCAGGCTGCGG GCTCGTACTTTTATTGCTGCTGAGCCCAAGGGTAACCGGGCAGCGTTTGTGAACCTCGATGCTTGCATGGCTTCAGATCT TATCACCACCAAAGTATTTGAGAGGCTGAAAGCAAGGTACCAATAATAACCGGGGTTGTTCCCCAGAAATTGCTGTGATA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0010900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTTTAATTTTTTAATTGGCTTGATGACAAATTGGGAAGTTTCAAATACCATTGTTCTTCCTTGCCTGTTCCTCCACTC TATCTACCAGTCAGTCAGTCACTCACTCCTCTTTCTCTCTCTTGCAATTCACTGTTCCCTCTTCTGGCCCTGTCTCTCTG CAACCCCAGATAGCTTCGATTACTTCTCACGCTCATGTTCGTGTAAAGATTCAAACTTTACATCTGGGTGGTTGATGGAG TTACCTTCCCTCTCTCATTGGAGGGCAACTGCAACTATGAGAGTTTGGCCTTTTTTCTTGCTCCTGATTCTACTGAAGAG TGATGTTGTATATTCAGATTCTAATTACTTGATTGGTCTTGGAAGCTATGACATCACTGGTCCTGCAGCTGATGTTAACA TGATGGGGTATACTAACACAGAACAAATTGCTTCTGGGGTTCACTTCAGGCTGCGGGCTCGTACTTTTATTGCTGCTGAG CCCAAGGGTAACCGGGCAGCGTTTGTGAACCTCGATGCTTGCATGGCTTCAGATCTTATCACCACCAAAGTATTTGAGAG GCTGAAAGCAAGATATGGTGACCTATATACGGAAAAGAATGTAGCTATTAGTGGAACTCATACTCATGCTGGTCCTGGGG GTTTTCTCCAGTATGTTACGTATCTTGTAACATCGCTCGGATTTGTTCGCCAGTCATTTGATGTCATTGTTGATGGCATT GAGAAAAGCATCATTCAGGCTCATGAAAATCTCCGCCCAGGATCAATATTTGTCAATAAAGGAGAGCTTTTAGATGCTGG TGTAAATCGCAGCCCTAGTGCTTATCTCAATAATCCTGCTGCAGAAAGAAGCAAATATAAGTACAATGTTGATAAAGAAA TGACTCTTTTAAAGTTTGTTGATGATGAATGGGGTCCTTCAGGAAGCTTCAATTGGTTTGCTACTCATGGGACTTCAATG AGTCGTACAAACTCGTTAATTAGTGGCGATAATAAGGGTGCTGCTGCACGATTTATGGAAGATTGGTTTGAGAAAAAAGG CTCTGCTGGATTTGAAAATGATGGCTTACCCCGAAGAATTTCCAACATAATTCCCAGTCTTCATGCTAATCACCATGAAT TACTGGAACTTGCCGCCTCATTCCAATCTCCTCCTGGTAGACCAGCAACCAGAACTTCAAGTGTTGCTAGACGAGTGAGG GGTGTCCTTAAGCAGGTTGACAAGCCTAGATTTGTTTCTGCATTTTGTCAATCAAATTGTGGTGATGTCAGTCCAAATAC ACTCGGAGCTTTTTGTTTAGACACTGGACTACCTTGTGACTTCAATCACAGTACATGTGGAGGGAAAAATGAATTATGCT ACGGCCGAGGACCTGGTTACCCAGATGAATTTGAAAGTACGCATACTATAGGGGAGAGGCAATTTAGAAAAGCAGTGGAG CTATTCAATGGAGCATCTGAACAGGTTAAAGGAAAGGTTGATTTTCGACATGCCTACATAGATTTCTCCCAGCTCGAGGT AAATCTTTCTAGTGCAGGAGCTTTTAAGGGAGCAAAGACATGTCCTGCTGCCCTGGGATTTGCACTTGCTGCTGGAACAA CAGATGGGCCAGGAGCTTTTGATTTTAAGCAAGGTGATGTTAAGGGAAATCCTTTCTGGAACACGGTTCGCAACTTACTT AAAAAGCCAGGCAAGGAACAAATAGACTGTCAGTACCCAAAGCCCATTTTGCTTGATATCGGTGAAATGAAGATACCATA TGATTGGGCACCTTCAATACTTCCAATCCAGATTCTTCGAATTGGGCAGTTTGTTATTCTTAGTGTACCAGGAGAATTTA CAACAATGGCTGGGAGGCGTCTACGTGATGCGGTGAAGGAAGTACTTAGTGCTGACAAAGACTTTGGTAGAAACATTCAT GTTGTGCTAGCAGGGTTGACTAATACTTATTCACAGTATGTGACTACATATGAAGAGTACGAGGTGCAAAGATATGAGGG TGCTTCGACGCTCTATGGTCCACACACACTGAGCGCATACATTCAGGAGTTTAAGAAGCTCGCGAACGCTCTCATCAGTG GCCAGCCTGTAGAACCAGGGCCACAACCCCCTGACCTCCTGAACAAGCAAATAAGCTTCTTAACACCGGTTGTGATGGAT GGAACCCCTATTGGTGTACAGTTTGGGGACTGCAGCTCTGACGTACCGAAGAACGCCACCTTTAAGAAAGGTGACATGGT GTCGGTTACATTCTGGTCCGCATGCCCTCGCAATGACCTTATGACTGAAGGCACATTCTCCTTGGTTGAATTTCTCCAAG GAAAGGATACTTGGGTTCCTGCTTATGATGATGATGATTTCTGCTTGCGCTTCAAGTGGTCTAGGCCTTTTAAACTCAGT ACTCACAGTAAAGCCACCATAGAATGGAGAATCCCACAAGATGCAGCTCCTGGTGTATACAGAATAAAGCATTTTGGTGC TGCAAAGGGCTTATTAGGATCAATTCATCACTTCACAGGCTCATGTAGTGCATTTGTAGTAACACAGTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0010900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MFNFLIGLMTNWEVSNTIVLPCLFLHSIYQSVSHSLLFLSLAIHCSLFWPCLSATPDSFDYFSRSCSCKDSNFTSGWLME LPSLSHWRATATMRVWPFFLLLILLKSDVVYSDSNYLIGLGSYDITGPAADVNMMGYTNTEQIASGVHFRLRARTFIAAE PKGNRAAFVNLDACMASDLITTKVFERLKARYGDLYTEKNVAISGTHTHAGPGGFLQYVTYLVTSLGFVRQSFDVIVDGI EKSIIQAHENLRPGSIFVNKGELLDAGVNRSPSAYLNNPAAERSKYKYNVDKEMTLLKFVDDEWGPSGSFNWFATHGTSM SRTNSLISGDNKGAAARFMEDWFEKKGSAGFENDGLPRRISNIIPSLHANHHELLELAASFQSPPGRPATRTSSVARRVR GVLKQVDKPRFVSAFCQSNCGDVSPNTLGAFCLDTGLPCDFNHSTCGGKNELCYGRGPGYPDEFESTHTIGERQFRKAVE LFNGASEQVKGKVDFRHAYIDFSQLEVNLSSAGAFKGAKTCPAALGFALAAGTTDGPGAFDFKQGDVKGNPFWNTVRNLL KKPGKEQIDCQYPKPILLDIGEMKIPYDWAPSILPIQILRIGQFVILSVPGEFTTMAGRRLRDAVKEVLSADKDFGRNIH VVLAGLTNTYSQYVTTYEEYEVQRYEGASTLYGPHTLSAYIQEFKKLANALISGQPVEPGPQPPDLLNKQISFLTPVVMD GTPIGVQFGDCSSDVPKNATFKKGDMVSVTFWSACPRNDLMTEGTFSLVEFLQGKDTWVPAYDDDDFCLRFKWSRPFKLS THSKATIEWRIPQDAAPGVYRIKHFGAAKGLLGSIHHFTGSCSAFVVTQ 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 88 847 760 0.0
PANTHER 88 847 760 0.0
Pfam 116 682 567 1.7E-230
Pfam 684 847 164 4.4E-53
Gene3D 715 849 135 3.0E-42

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function N-acylsphingosine amidohydrolase activity Catalysis of the reaction: N-acylsphingosine + H2O = a fatty acid + sphingosine.
Biological process Ceramide catabolic process The chemical reactions and pathways resulting in the breakdown of ceramides, any N-acetylated sphingoid.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0010900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…