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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0075200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0075200.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Elongator complex protein 1; TAIR: AT5G13680.1 IKI3 family protein; Swiss-Prot: sp|Q9FNA4|ELP1_ARATH Elongator complex protein 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VSS4|A0A072VSS4_MEDTR Elongator complex protein 1; Found in the gene: LotjaGi1g1v0075200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:10854588..10874311) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAATAAAAACCAGCGAGGACAGAGACAGTGACACAGATTCGATTCATGAAACCATTTCCCTTTTCCTTTTTCCAAAATC ACAGATTCATTCATCCATATCAATGTCTTCTTCTCCTTCCACTACCTTCAGTCCCTGTCGGAGCCCCGCTCCAGCACCAA GTACCAGGATACACCTTGCTACCTTTTCCAGGTTGAGATCCTCCTTCCTCAAGAAGCTCCCGGAGCCCCTCCGTCGCGCC ATCGCCGACTGCCTCTCCTCCACTTCCCCCTCTTCCGCCATTGAACCTTCCAGGACCCTCCGGGTTCGTCTTTTTCTTTT TATCCTCGTAATTTAATCTTTGATGCTGGCAAATGGAAATTGAGTTTAATTTTGTTAAACTAGTTTTCTACTTTTATTGA TGATGTGGATTGTTCTTCTTAGAGCTTGTGTAATCACATTGTTACTCTTCCGTTTAGAATGCTGGAAGCTAAGAGAGTGT AGTAGAAGGGACTTTACTAGGATGATCAAGTGATCAACCTTAGCTTCTTACATATGATGGTGAGCTGTATTAGAGGGACA CTTTACTAACTTGAAAAAACTTGGGAATCAAAATCTCACACAATTCGAACTCGAGGAAGGATCACAAGTGCAATTAAGAC TAAAGAATTTTCCCTTTTCTGGTCTTTTACCCGGATATTACTCAACAAATGACTTTCTCGGGAGTTTGAGCTTATGTTCT TACTCTTACGGGTCAACACATGATTGCATTTGCTTGTTTACCGCTACAACAACACATTGCATTTACTTCCTCTTTATATA TAATCTCCCCCAGGATAGATTTGTTTGTTGTTGGTCAACGATTTAAATGAGTATTGCTACAAGAACTAGAAATTCTGAAA GTAATTTCAAAATAAGGGAAATGCTAAACATTACGAATCAATTATTCACAAAAATATACGAATGAAGGGCGTAGCATTTG 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GAATCAGTTTTCTTTCACTCTGAGAATGGAGTTGTGGCCTTATATAACCAACCAGACATGATGCTCCTTCCATTAGTCTT GCATACATTAACTAAGCATATTGTGTTCTTATTCTTCCGAGATACTCTGTTGTTTTTTAAAATTGTAGTCTGCATGCAGT TATATTTGCAATAAATAAATTTATTGTCTTCATGTAGAACGATTTAGGCTCTGAATCTAAATGGGTATTTGAGTGAAGTT TGACAACGTGATTAGAGAATCATTTCACATTCATATTCATGTCTCTCTCTGCTGCCTGAAGTTTAAAATTTTTATTCTTT TCATTTTATTGTTATATCCATTTCTTCTATTGGGTCTTAGAGGCTTCATTTATTTTTTATTTTCCTCCTTTCATCAACAG GACCAGGAAAAGTTCTGCTGCTTCTACCTATTCAACTGCAACCACAAGGGCAAGAGACGCTAGGCGTCAAAGGAAAAGAG GAAAAATCCGTCCTGGGAGGTATATTGACATGAGAACTTTTCAAATGTTGTTTTTCATTAGTTACAATCAGGAATTCAAA TTGCGATCTGGAACCGCAATAGCGGCCGCAACGTTAAGGGTTTTGGAGTCCCGGCAGCAACATTGCAGCCACAATGCAGA TCGTAATTTAAAACCCTGGTTACTATTTTGAAAATGAAGTAATAGTATTTTATTCACTGTTGTAGTGCTGATGAGGAGAT GGCCTTAGTGGAGCATTTGAAAGGAATGTCTCTAACAGTGGAAGCTAGACGTGAGCTGAAATCTTTGTTGGTTTCCCTTA TGATGTTTGGAGAGGGTGAAATTGCAAGGAAGCTACAGCAAATGGGGGAGAACTTCCAATTTTCTCATATGGCAGCAGTT AGATTAGCTGAAGATACAATATCCAATGATACCATAAATGAGCAAGCACATACGCTAGAGCAATATACCCGAAAAGTAAA GGTTGAAATGCACAATTTAGAGGCTCTCTCATGGAGGATAAAAGTTTTTTTGCCCTACGAGTGAACTTAACAAATTAAGA TAGAAATTTTCTGCTTGGAGTTTGATGATGTTGGTGCGTTTGGGTTTTTAGTTGTTTCTGGGTTTAAAAGGATGTGGGTG GATGATGAAGACGAAGAGGATGAAGGTGGATGAAAATTATGAAGGTTTATCTTTCTTTAAGGTCTTGAATCCATTCAGAA CTATGACTGTGTAATTCCGCTGAATTTATTGTTATCATTGTATAACGAAAATTATCTTGTAAGTTAGGGAAACATGAATA ATTTTTTTTACGAATAAATGAATTAAAATAACATTGTTGGAATTTTTTAAAAACCGATTAATATTTTATCCCAACTCAAA TGTTTCAATTATATCTAGGTCTCTAGTACGCTTTACTACCGGAAGACTCAACCCACAATATGGTTGCATAATCTTAATAT CCCACCATCGGAAGGACGATATGATTGTGAAATTGATAGTAGTG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0075200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGAACTTGAAGCTCTACTGGGAGGTCCCGTTGGATCTCCGATTACACTCCGACGACGAAACTCTCCGATTCTCCGC CGTCGACATCGAGCGCAACCGCCTCTTCTTCCTCTCTTCCCACAATTACATCTACACTTCACATCTCTCCGCCTTCCACG AAAAAGAAGCTTGGAGTAAAACCTCACTACCTGCAGATGTTGGCACCGTTGATCTCGAACCAGGGGACACTGTTACTTCC TTTGATTATGTCATGGAGAAAGAAGCGCTTCTTCTCGGAACTTCAAACGGGCTTCTGTTGCTTTATAATGCGGACACGAA TGAAACCCAGGTTGTTGGCAACGTGGATGGTGGTGTTCACTGTGTTTCCCTTAGTCCTGATGGGGAACTCCTTGCCACGG TAACTGGTTATGGCCAGGTTCTGGTCATGACCCATGATTGGGATTTGTTGTATGAGACGTCGCTCGAAGATGATGAAGGC TATCACATAAATGAAGAAAACTTTGTGCTAAGTCAGAGTGAGCAGCGTCCTATATCTTGGCGAGGAGATGGGAAGTACTT TGTTACGATGAGTGGTGTGTGTGGTTCTGATTCACTGCTCAGGAAAATTAAGGTTTGGGAAAGAGATTCAGGGGCGTTGC TTGCTTCTTCAGAGCTAAAAGCTTTTGCTGGAGCAGTTTTGGAGTGGATGCCCAGTGGTGCTAAAATTGCAGCTGTTTAT GACAGAAAGGCTGAAAATGAATGTCCCTTCATTGTTTTCTTCGAGAGAAATGGATTAGAAAGGAGCAAATTTAGCATCAA TGGAGGAATTGATGCAAAAGTGAAATTTCTCAAGTGGAATTGCAGTTCTGATCTTCTTGCAGGTGTTGTTGAATGTGAGA ATTATGATTCTATCAAGATTTGGTATTTTAGCAACAATCACTGGTACCTGAAGCATGAAATTAGATACTTGAAGCAAGAT GAAGTCAGGATCATCTGGAATCCAGTAAAGCCTTTACAGTTAATTTGTTGGACTGTTAGTGGTCAGGTCACAGTTTACAA CTTTGTCTGGTTCTCAGCTGTTACGGACAATTCCATCGCACTAGTCATTGATGGCTCCAAAATTCTTGTAACCCCACTTT CCTTATCCTTAATTCCGCCTCCTATGTACTTATTCAGCCTGAAATTTTCTTCTCATGTCCGTGGTATGGCAGTATATTGC AAAAACTCTAAGAATCAGTTAGCTGCATTTCTTTCAGATGGTAACTTATGTGTTGTAGAGCTTCCATCAATTGAAACCTG GGAAGATCTAGAGGGGAAGGAATTCCGTGTTGAAGCCTCTCATGCTGAATTGGTTTTTGGATCCATTTTACATCTTGCAT GGTTGGATTCCCATACGCTATTAGCTGTTTCACATTATGGTTTCAGTCATAGTAATGGCTTACTCCAAACCTCAATGAAT GAGGGAGGACTTAGAGGCTTCTATTTGCAGGAAATAGAACTTGAATGTTCTGAGGATTTTGTTCCAGAATTACTGACGTG CTCTGGCTGGCATGCAACAGTTTCAAAGCAAAATACAGTTGAAGAGCTGGTTGTTGGTGTTGTTCCAAATCCTGCTAGTA AATGTTCTGCTTATATGCAGTTTCCTGGGGGGGAAATCAATGAGTATGTATCAAGAATAGGGATTGGTGGAGGATCACTA GACCTAAAGCATCTAGGTTTTTCTGCAGCCTGCCCTTGGATGAGTGTAACACTAGTTGGTAGTGCTGGCTCATCAAAACC AGTGCTTTTTGGACTAGATGAGATTGGCAGACTGCATGCTGGCGGGGGGATAATTTGCAACAACTGTAGCAGTTTCTCAT TTTACTCAAATTTGGCAGATCAAGTTATCACACATCTAATTCTTACGACTAAACAAGATTTGCTTTTCATTGTTGACATG GTCGATGTATTCAATGGGGAGTTGTTCTCAAAGTATGGGAATTTTGTCCAAACTAACAGCAGAAAAAAAGAAGAAAATGA AAACTACATAAATATCTGGGAGAGAGGTGCTAAAATTGTTGGAGTTTTACATGGAGACGAGGCTGCCGTTATACTGCAAA CTACTCGGGGAAACCTAGAATGTATATACCCCAGAAAATTGGTTCTGGTTTCTATCATTAATGCCTTAGTTCAAAAGCGC TTTACAGATGCATTAGTTATGGTTAGGAGGCATAGGATAGATTTCAATGTAATTGTCGATTACTGTGGTTGGCAAACATT TTCCCAGTCAGCTTCTGAGTTTGTCAGGCAGATTAACAATTTGGGTTACATAACTGAGTTTGTTTGTTCGATAAAGAATG AAAATGTCATAGATAAACTCTACAAAAATCATATATCTGTTCCCTGTCCCGAGATTGCTAATGCTATGCTAGTTGGAGAC CTCCAGAATTGCCCTGCTGATAACAAGGTTTCTTCCATTCTGATGGCCATAAGGAAAGCACTTGAGGATCACTGTACAGA AAGTCCTGCGAGAGAGCTTTGCATCTTGACCACTCTAGCACGAAGTGATCCTCCATTACTTGAAGATGCTCTAAAGAGAA TAAAAGTTATCCGTGAACAGGAATTGTCTCATGCTGATGACCAGAGGAAAATGTCTTGCCCTTCTGCTGAAGAAGCTTTG AAACATCTTTTGTGGTTAGCCGATCCTGATGCTGTCTATGAAGCTGCCTTGGGTCTTTATGATTTAAATCTTACAGCTAT TGTGGCATTGAATGCTCAGAAAGATCCAAAAGAATTTCTTCCTTTCTTACAGGAATTGGAGCATATGCCTACGCTGTTAA TGCAATATAATATTGACCTTAGGCTGAAAAGGTTTGAAAAGGCGCTCAGACACATTGCTTCTGCTGGAGATTCTTATTAT GATGATTGTATGGCACTTGTGAAAAAAAACCCTCAACTTTTTCCACTGTCTCTTCAACTTTTTACTGACCCTGCCAAGAG GATGCCGTTCCTTGAGGCATGGGGCGATTATCTTACTGATAAAAAGTGCTTTGAAGATGCTGCAACAATGTATTTGTCCT GTTTCAATCTGGATAAGGCTATGAAGTCTTACCGTGCGGTCAATAACTGGAGTGGGGTGCTTACAGTTGCTGGGTTCCTC AATCTGGGAAAGGATGAAGTACTGCATCTTGCCGGTGAGCTTTGTGAAGAACTTCAAGCACTGGGTAAACCTGGGGAAGC TGCCAAAGTTGCCCTGGAGTACTGTGGAGATGTTAACACTGGTGTGAATTTGTTGATTTCTGCAAGGGACTGGGAGGAGG CTGTGAGGGTTGTTTTTATGCATAGAAGAGAGGACTTAATTAAAGCAGTGAAGGACGCATCTGGGGAATGTGCCAGCACA CTTATCAATGAATATGAGGAAGGGTTAGAGAAAGTGGGGAAGTACTTAGCCCGTTACTTGGCTGTTCGACAGAGAAGATT ACTTCTTGCAGCAAAGCTCAGGTCTGAGGAACGTGCAGCCAGTGATATTGATGATGATGCCGCTTCAGAAACCAGCAGCA ATTTTAGTGGAATGAGTGCATACACCACAGGGACCAGGAAAAGTTCTGCTGCTTCTACCTATTCAACTGCAACCACAAGG GCAAGAGACGCTAGGCGTCAAAGGAAAAGAGGAAAAATCCGTCCTGGGAGTGCTGATGAGGAGATGGCCTTAGTGGAGCA TTTGAAAGGAATGTCTCTAACAGTGGAAGCTAGACGTGAGCTGAAATCTTTGTTGGTTTCCCTTATGATGTTTGGAGAGG GTGAAATTGCAAGGAAGCTACAGCAAATGGGGGAGAACTTCCAATTTTCTCATATGGCAGCAGTTAGATTAGCTGAAGAT ACAATATCCAATGATACCATAAATGAGCAAGCACATACGCTAGAGCAATATACCCGAAAAGTAAAGGTTGAAATGCACAA TTTAGAGGCTCTCTCATGGAGGATAAAAGTTTTTTTGCCCTACGAGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0075200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKNLKLYWEVPLDLRLHSDDETLRFSAVDIERNRLFFLSSHNYIYTSHLSAFHEKEAWSKTSLPADVGTVDLEPGDTVTS FDYVMEKEALLLGTSNGLLLLYNADTNETQVVGNVDGGVHCVSLSPDGELLATVTGYGQVLVMTHDWDLLYETSLEDDEG YHINEENFVLSQSEQRPISWRGDGKYFVTMSGVCGSDSLLRKIKVWERDSGALLASSELKAFAGAVLEWMPSGAKIAAVY DRKAENECPFIVFFERNGLERSKFSINGGIDAKVKFLKWNCSSDLLAGVVECENYDSIKIWYFSNNHWYLKHEIRYLKQD EVRIIWNPVKPLQLICWTVSGQVTVYNFVWFSAVTDNSIALVIDGSKILVTPLSLSLIPPPMYLFSLKFSSHVRGMAVYC KNSKNQLAAFLSDGNLCVVELPSIETWEDLEGKEFRVEASHAELVFGSILHLAWLDSHTLLAVSHYGFSHSNGLLQTSMN EGGLRGFYLQEIELECSEDFVPELLTCSGWHATVSKQNTVEELVVGVVPNPASKCSAYMQFPGGEINEYVSRIGIGGGSL DLKHLGFSAACPWMSVTLVGSAGSSKPVLFGLDEIGRLHAGGGIICNNCSSFSFYSNLADQVITHLILTTKQDLLFIVDM VDVFNGELFSKYGNFVQTNSRKKEENENYINIWERGAKIVGVLHGDEAAVILQTTRGNLECIYPRKLVLVSIINALVQKR FTDALVMVRRHRIDFNVIVDYCGWQTFSQSASEFVRQINNLGYITEFVCSIKNENVIDKLYKNHISVPCPEIANAMLVGD LQNCPADNKVSSILMAIRKALEDHCTESPARELCILTTLARSDPPLLEDALKRIKVIREQELSHADDQRKMSCPSAEEAL KHLLWLADPDAVYEAALGLYDLNLTAIVALNAQKDPKEFLPFLQELEHMPTLLMQYNIDLRLKRFEKALRHIASAGDSYY DDCMALVKKNPQLFPLSLQLFTDPAKRMPFLEAWGDYLTDKKCFEDAATMYLSCFNLDKAMKSYRAVNNWSGVLTVAGFL NLGKDEVLHLAGELCEELQALGKPGEAAKVALEYCGDVNTGVNLLISARDWEEAVRVVFMHRREDLIKAVKDASGECAST LINEYEEGLEKVGKYLARYLAVRQRRLLLAAKLRSEERAASDIDDDAASETSSNFSGMSAYTTGTRKSSAASTYSTATTR ARDARRQRKRGKIRPGSADEEMALVEHLKGMSLTVEARRELKSLLVSLMMFGEGEIARKLQQMGENFQFSHMAAVRLAED TISNDTINEQAHTLEQYTRKVKVEMHNLEALSWRIKVFLPYE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1318 | 1318 | 0.0 | ||
| PIRSF | 1 | 1321 | 1321 | 0.0 | ||
| Pfam | 1 | 160 | 160 | 7.2E-27 | ||
| Gene3D | 34 | 175 | 142 | 1.4E-6 | ||
| SUPERFAMILY | 75 | 465 | 391 | 1.96E-17 | – | |
| Pfam | 171 | 956 | 786 | 4.6E-201 | ||
| Gene3D | 176 | 473 | 298 | 5.3E-6 | ||
| MobiDBLite | 1160 | 1217 | 58 | - | – | |
| MobiDBLite | 1166 | 1200 | 35 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | TRNA wobble uridine modification | The process in which a uridine in position 34 of a tRNA is post-transcriptionally modified. | ||
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Cellular component | Elongator holoenzyme complex | A heterohexameric protein complex that is involved in modification of wobble nucleosides in tRNA. The complex can associate physically with hyperphosphorylated RNA polymerase II; it contains two discrete heterotrimeric subcomplexes. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0075200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…