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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0436400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0436400.5 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT1G42470.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|P56941|NPC1_PIG Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2RND6|A0A0B2RND6_GLYSO Niemann-Pick C1 protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0436400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:93075212..93094008) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTCCATGCCTGTATTAGTAGTACATACTGGATAGAAATTGAATGTCTGTGTTCCGATCTGGAAAACTGAAAATTTTAG CTCCATTTTTTTAAACACACAGGGAAAGACATTCTGAGGATTATTGTGCAATGTATGACATTTGTGGAACACGCAGCGAT GGTAAAGTATTGAACTGTCCATTTGGTTCCCCAGCTGTAAAGGTATATTTGAGGGAATTTATCATTATTTGTTAGCTCAT TTAAGCAGAATTGGTGCATCACATCTTCTAGTTTGAACTTCTAAATGTATAAAGGTTGTCATGATCTCGTGAACTCTTTC TTTTCCCAGCCAGATGATTTGCTTTCGTCTAAGATCCAAAGTATGTGTCCAACAATTACTGGGAACGTTTGCTGTACAAA AGCTCAATTTGACACATTGCAGACACAAGTGCAACAGGTAAATCGTTTATCGATTTTTATATTATTGATGCATTCTGCAA CTTAAAATTTCAGTTGATCCTCAGGTTTTCCCCTCCTTTCCTCATTCTGTCCTTCTTATGGATACTAACATAGTGACAGA AACTCTCAACAAAAGTAAGAGAAAGAATGACTTTTATTGCGTAAGCCCAAATCTGTTCCATGGAAGACAGGCCCCATATA AGGGTAAAAAAAAGAATACAATGAGGTCCTTAGGAATTCGAGAGCTTCATCCCTTCCTACTACCAATCCAAATGACGATT CAAATACCTCTCAGTCTAAAAAATCACCCTCTATTTTTTCCTCCAGCTGCCTCTCTCTTTCACAGCAACTGTTAGTTAGT TAGCTTTGCATTGACGATGACATCTAAAGGATTGGATTCCCTACAGCTCCCCTCTGTTTCATCTCATAGACCCTCCTAAT TGGAGGTCTTTTTATATCACATACTGACTAGTAATGGTTGGCCTTTATGGGTCTCTACATCTTGCTCTTCAATCAATATT 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TTAACTGTTACTAGACCTTTCACTTTCTTTCTGATTGAAAATACATAAAATAGCTCTTTGACATGTAGTTCCATATTTTT ATTGGTTCTTGATATTTAGAATATCAATTATCAAATTATCTAGTTAATTTGTTTACCAGCACTATTATGCTTTGTAGGGT GTGATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAATGCTGTCTCGGTGGTCAACCTAGTTATGTCAGTGGGCATTGCTGTCGAGTT TTGTGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGTCAGTATAATACCTATATTTCTTGTTTAAAATTTTAGATCTATCACTTCTT CCCTTCTTGATTTAGGTGAAATTTAGTGAGAAATATATCTTTGTATATTTTTGTCATTCTCTATCTTGTATTATCTTTGT AAAAACTTCCCATAAAACTTGAATTGGTGTTATAGTTTCTGGTGACAAAATAAATGCTGAAAATGACTACTTGTTTATTG GTGCACTTTCAAGTTATAAATCTGCGCCTATAAAAAAAAACAAAAAAAAGTTATAAATCTGCAAAATATTTGAAAGACAT GTCACTATCTTGATTTATTTATGAACTAGTTTCTGTCAATTTCACATGGCCAAATCTTGCTACAGGTAGCAAGTGGGGAC AAAGATCAACGTGTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGGTGATTTTGTGATAGCCTAGAAAAAAT ATAGTGTTCGGTTTCTTGACTTGCACACTTGCATGGAAGCAGCAATGTAGAAGCAATATTCTCCAAGCTACTCTTTGGTG TAGCTACTAATTCTCTGAAGGAATTGATGGACAATCAATTTTTAGATATGAACTCATGAAGGAGCATACATGATCTTTCT TGACCACCTTACAAAACTATGGGGAATTTATTCCCTCCAGTTTAATTTTCAACACATTTCATGGTTTTTGTGCCACATCT GCATCTGCGCATCCACATATTATTTTGTCTTATATTTATGTATCATATCTTTCCTAAACAATACATTCTTTTTTATGCGA TTGCAGTGGTATCACACTAACAAAATTGGTTGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGGTATTGA ACTCATCCTTAGTTTATGATCAGACTAATACATCATATATGTTTGTGATAACTAGCCTGTGTTTTGCAGATTTATTACTT TCAGATGTACTTGTCGTTAGTACTTCTTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTCAGTGACATTTCCTTCGTAT AATTCGTTTTTTATATATGAAAATGCATCAAGTAGAAGATACAATGCTGAAGAATTGCAGCTGAGTTGCACTGTTTAATA TGTGTTGGGTTTCCATCTTTGAACTTTGTTCTAGTGGCTGAAAGCATAATATTATACTCTTTTTTTTTTGCTGCAGGTGG TATTAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTACTATCATTGAACAAGAGGAAAATCGTTCATCAACTTCTTCATAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0436400.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTATGACATTTGTGGAACACGCAGCGATGGTAAAGTATTGAACTGTCCATTTGGTTCCCCAGCTGTAAAGCCAGATGA TTTGCTTTCGTCTAAGATCCAAAGTATGTGTCCAACAATTACTGGGAACGTTTGCTGTACAAAAGCTCAATTTGACACAT TGCAGACACAAGTGCAACAGGCAATTCCTTTTCTTGTAGGTTGTCCAGCTTGCTTAAGAAACTTCTTGAATCTGTTCTGT GAGCTTACATGCTCTCCAAATCAGAGTTTATTCATCAATGTGACTTCAGTTGACAAGGCTGGTGGTAATTCGACAGTGGG TGGGATTGATTATTTTGTAAGTGATGCTTTTGGTGAAGGGTTATATGAGTCCTGCAAGGATGTGAAGTTTGGCAGCATGA ACTCTCGAGCTATACAATTTATTGGTGCCGGTGCTCAAAATTTTAAAGAGTGGTTTGCTTTTATTGGTAGAAAAGCAGCC CCTAATAGTCCCGGTTCACCATATGCGATTATGTTCCGGCCTAATGCAACCAAGTCATCTGGGATGAAACCTATGAATGT TTCAGCTTATTCATGCAGTGATACTTCTCTTGGCTGTTCTTGTGGTGACTGTCCTTCATCTTCAGTATGCTCTAATTCAG CTTCAACTACCATCAATAAGGCGAATTCCTGCTCCATAAAAGTGGGGAGTTTAACGGTGAAGTGCGTTGACTTTATTTTG GCAGTCTTATACATAATACTAATTTGTGTGTTCTTGGGTTGGGCACTGTATCATCGTATAAGGGAAAGAAAGATGACCTA TCGAACAGAACCAGTGTCCAATGTCATTAGTGGTGGTGTGTTGTATGCTCGTAATCAGGAGAAGGATGAAAACCTCCCAA TGCAGATGATTGAAGATGTTCCACAAAACAGAAATGGAGTCCGGCTCTCAGTTGTGCAAGGATACATGTCAAATTTTTAC AGGAAATATGGATCACTTGTAGCTAGACATCCAATTAACGTCTTGGCTTTAACTCTGGCTATAGTTCTTTTACTTTGTCT TGGTCTAATTCGATTCAAGGTTGAGACACGGCCTGAGAAACTCTGGGTTGGACCTGGGAGTAAAGCAGCACAAGAGAAGC AGTTTTTTGATAGCCATCTTGCTCCATTTTACAGAATTGAACAGCTCATACTGGCAACAGTCCCAGATCATATGAATAGC ACATCACCAAGAATTGTATCTGCGGACAACATCAGATTTCTGTTCGAAGTACAAAAGAAGGTTGACGCAATTCGTGCTAA TTATTCTGGCTTAATGGTATCTCTCCAAGACATCTGTATGAAGCCACTAGACAAAGATTGTGCCACTCAAAGTGTCCTGC AGTACTTCAAAATGGACCCTAGAAATTTTGATGATAGTGGGGCAGTTGAGCATCTCAATTACTGTTTCCAGCAATATTCC TCAGCAGATCAATGCATGAGCGCATTTAAAGCTCCTCTTGATCCTAGCACCGTGTTAGGAGGTTTTTCTGGGAAAGACTA TTCTGGGGCATCCGCTTTTATTGTAACTTATCCGGTAAATAATGCTATTGATGAAGAAGGTAATGAAACAGCAAAAGCAG TTGCTTGGGAGAAGGCCTTTATTCAGTTGGTGAAGGATGAACTGTTACCAATGGCGCAATCAAGGAATTTGACGCTTGCT TTTTCGTCTGAAAGCTCCATTGAGGAAGAGTTGAAAAGAGAAAGTACTGCTGATGCTATTACTATATTGGTTAGCTACCT TGTGATGTTTGCTTATATATCTCTTACTTTAGGAGATACACCCCATCCTTCTTCTTTCTATATTTCTTCAAAGGTATTGC TTGGTCTTTCAGGAGTAATTCTCGTTATGCTGTCTGTCCTTGGATCAGTTGCCATTTTTAGTGCCCTTGGTGTAAAATCT ACTCTGATCATTATGGAAGTTATCCCATTTCTTGTTCTAGCTGTTGGGGTGGATAATATGTGCATCCTAGTTCATGCTGT GAAAAGGCAACCGCTGGAATTGCCTTTAGAAGGAAGAATAAGCAATGCGCTTGTGGAAGTTGGACCATCAATAACACTGG CTAGTCTGTCAGAGGTGTTAGCTTTTGCAGTTGGAAGCTTTATTTCCATGCCTGCATGCCGTGTCTTTTCCATGTTTGCT GCATTGGCAGTTCTTTTGGATTTTGTCCTGCAAGTTACTGCTTTTGTAGCTCTGATAGTTCTTGACTCTCAGCGAGCAGA GGATAAGAGAGTTGATTGTTTTCCATGCATAAAAGTGCATTCATTTCATGCAGACCCTGATAAAGGTATTAGACAAAGGA AACCTGGTTTATTGGCTCGATATATGAAGGAGGTTCATGCTCCCATTCTTAGTATTTGGGGAGTAAAAATAGTTGTCATC GCTATTTTTGTGGCATTTGCATTGGCTAGCATTGCATTGAGCACTAGAATTGAACCTGGTTTAGAGCAGGAGATTGTTCT TCCCCGAGATTCGTATCTTCAGGGCTATTTCAATAATGTTTCAGAATATCTTAGAATTGGACCACCTTTGTATTTTGTTG TAAAGAACTATAACTACAGCTCAGAATCAACTCATACAAATCAGCTTTGCTCCATTAGCCAATGCAATTCAGACTCTCTT TTAAATGAGATATCTAAGGCGTCTCTAGTACCAGAGACGAGTTATATTGCCAAGCCAGCTGCCTCGTGGCTTGATGATTT TCTTGTGTGGATATCTCCAGAAGCATTTGGATGCTGCAGGAAGTTCACAAATGGGAGTTATTGCCCTCCTGATGATCAGC CTCCATGTTGTGCTCCTGAAGATGACTCTTGTGTTTCTGGAGCATGTAAAGATTGCACAACGTGTTTCCGTCACTCAGAT CTTCGTAATGATCGTACATCTACAATGCAATTTAGGGACAAACTCCCATGGTTTCTTAGTGCTTTGCCATCTGCTGATTG TGCAAAAGGTGGTCATGGGGCGTACACCAGCAGTGTTGATTTGAAAGGCTATGACAGTGGCATTATTCAAGCATCATCGT TCCGTACATATCACACCCCACTCAACAAGCAGGTTGACTATGTTAATTCCATGAGGGCTGCTCGAGAGTTCAGTTCAAAA GTTTCTGATTCTTTGAAGATTGAGATTTTCCCATATTCAGTGTTCTATATGTTTTTTGAGCAATACCTTAATATATGGAA GACTGCACTGGTCACTCTTGCTATAGCTATTGGTGCAGTATTTATTGTGTGCTTGGTTATCACATGCAGTTTGTGGAGTT CAGCAATCATTTTGTTGGTTTTGGCTATGATTGTTGTTGATCTTCTGGGTGTGATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAAT GCTGTCTCGGTGGTCAACCTAGTTATGTCAGTGGGCATTGCTGTCGAGTTTTGTGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGT AGCAAGTGGGGACAAAGATCAACGTGTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGTGGTATCACACTAA CAAAATTGGTTGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGATTTATTACTTTCAGATGTACTTGTCG TTAGTACTTCTTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTGGTATTAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTAC TATCATTGAACAAGAGGAAAATCGTTCATCAACTTCTTCATAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0436400.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MYDICGTRSDGKVLNCPFGSPAVKPDDLLSSKIQSMCPTITGNVCCTKAQFDTLQTQVQQAIPFLVGCPACLRNFLNLFC ELTCSPNQSLFINVTSVDKAGGNSTVGGIDYFVSDAFGEGLYESCKDVKFGSMNSRAIQFIGAGAQNFKEWFAFIGRKAA PNSPGSPYAIMFRPNATKSSGMKPMNVSAYSCSDTSLGCSCGDCPSSSVCSNSASTTINKANSCSIKVGSLTVKCVDFIL AVLYIILICVFLGWALYHRIRERKMTYRTEPVSNVISGGVLYARNQEKDENLPMQMIEDVPQNRNGVRLSVVQGYMSNFY RKYGSLVARHPINVLALTLAIVLLLCLGLIRFKVETRPEKLWVGPGSKAAQEKQFFDSHLAPFYRIEQLILATVPDHMNS TSPRIVSADNIRFLFEVQKKVDAIRANYSGLMVSLQDICMKPLDKDCATQSVLQYFKMDPRNFDDSGAVEHLNYCFQQYS SADQCMSAFKAPLDPSTVLGGFSGKDYSGASAFIVTYPVNNAIDEEGNETAKAVAWEKAFIQLVKDELLPMAQSRNLTLA FSSESSIEEELKRESTADAITILVSYLVMFAYISLTLGDTPHPSSFYISSKVLLGLSGVILVMLSVLGSVAIFSALGVKS TLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCILVHAVKRQPLELPLEGRISNALVEVGPSITLASLSEVLAFAVGSFISMPACRVFSMFA ALAVLLDFVLQVTAFVALIVLDSQRAEDKRVDCFPCIKVHSFHADPDKGIRQRKPGLLARYMKEVHAPILSIWGVKIVVI AIFVAFALASIALSTRIEPGLEQEIVLPRDSYLQGYFNNVSEYLRIGPPLYFVVKNYNYSSESTHTNQLCSISQCNSDSL LNEISKASLVPETSYIAKPAASWLDDFLVWISPEAFGCCRKFTNGSYCPPDDQPPCCAPEDDSCVSGACKDCTTCFRHSD LRNDRTSTMQFRDKLPWFLSALPSADCAKGGHGAYTSSVDLKGYDSGIIQASSFRTYHTPLNKQVDYVNSMRAAREFSSK VSDSLKIEIFPYSVFYMFFEQYLNIWKTALVTLAIAIGAVFIVCLVITCSLWSSAIILLVLAMIVVDLLGVMAILNIQLN AVSVVNLVMSVGIAVEFCVHITHSFTVASGDKDQRVKEALGTMGASVFSGITLTKLVGVIVLYFSRTEVFVIYYFQMYLS LVLLGFLHGLVFLPVVLSIFGPPSRCTIIEQEENRSSTSS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TIGRFAM | 1 | 1221 | 1221 | 0.0 | ||
| Pfam | 1 | 229 | 229 | 1.3E-61 | ||
| Phobius | 1 | 237 | 237 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 1237 | 1237 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1237 | 1237 | 0.0 | – | |
| TMHMM | 235 | 257 | 23 | - | – | |
| Phobius | 238 | 257 | 20 | - | – | |
| Phobius | 258 | 330 | 73 | - | – | |
| TMHMM | 328 | 350 | 23 | - | – | |
| Phobius | 331 | 350 | 20 | - | – | |
| Phobius | 351 | 578 | 228 | - | – | |
| Pfam | 372 | 857 | 486 | 3.3E-52 | ||
| SUPERFAMILY | 534 | 741 | 208 | 2.09E-18 | – | |
| ProSiteProfiles | 578 | 741 | 164 | 40.542 | ||
| TMHMM | 579 | 598 | 20 | - | – | |
| Phobius | 579 | 600 | 22 | - | – | |
| Phobius | 601 | 611 | 11 | - | – | |
| Phobius | 612 | 636 | 25 | - | – | |
| TMHMM | 613 | 635 | 23 | - | – | |
| Phobius | 637 | 641 | 5 | - | – | |
| Phobius | 642 | 667 | 26 | - | – | |
| TMHMM | 642 | 664 | 23 | - | – | |
| Phobius | 668 | 686 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 684 | 706 | 23 | - | – | |
| Phobius | 687 | 709 | 23 | - | – | |
| Phobius | 710 | 714 | 5 | - | – | |
| Phobius | 715 | 741 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 719 | 741 | 23 | - | – | |
| Phobius | 742 | 789 | 48 | - | – | |
| TMHMM | 789 | 811 | 23 | - | – | |
| Phobius | 790 | 813 | 24 | - | – | |
| Phobius | 814 | 1064 | 251 | - | – | |
| Pfam | 1005 | 1220 | 216 | 1.2E-31 | ||
| SUPERFAMILY | 1029 | 1221 | 193 | 6.02E-22 | – | |
| Gene3D | 1044 | 1233 | 190 | 3.3E-7 | – | |
| Phobius | 1065 | 1088 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 1069 | 1091 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1089 | 1094 | 6 | - | – | |
| TMHMM | 1095 | 1117 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1095 | 1115 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1116 | 1126 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 1124 | 1146 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1127 | 1148 | 22 | - | – | |
| Phobius | 1149 | 1159 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1160 | 1185 | 26 | - | – | |
| TMHMM | 1161 | 1183 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1186 | 1196 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 1190 | 1212 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1197 | 1220 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1221 | 1240 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Lipid transporter activity | Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0436400.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…