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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0436400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0436400.3 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Niemann-Pick C1 protein; TAIR: AT1G42470.1 Patched family protein; Swiss-Prot: sp|P56941|NPC1_PIG Niemann-Pick C1 protein; TrEMBL-Plants: tr|K7KHM4|K7KHM4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0436400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:93074803..93094885) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCAGTTTTGACTATCACAATACTCAACCGCAAACGGTTTTCTCTTTGTGGCGCACACACCACAACACTCCTCTCAGCAAC CACAACCGTTTCCACCGTAACCGAAAGCTCTCGCCGTCGCAATGGACCTTCTCCGGCTAGGGTTTCTCACCTCGCTCTCT CTATTACAGGCAATGACTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACAATTCTCAGTTTGCTCTGTTCAGCT TCACTCCAATTCGAATTCTATGCACGAGTACTCATCATCATTCGTCAGATTCAGAGGATGCAAGTTGTTTTTGGTGTTTT GACTGTTTTCTCTATTTTTCTTTCTTATCTGTTCGGTTTACCGCGAAAATGGAAGGGGAAGAGACTGAGAAAGTGACAGC AGAGAGAGCAATTTAGTAAAGTGAAATTTCAATTTCAGTTTTCTGAGAGTTGGAAACGGTGGAGGAGGATCAAGGACTTC AAATTGTTGATGATTTTTTGCTGGTTACTAAATTCAGCTTCATGATTCTTCAAATTTGTTGATGATTTTTGCGGTTCATA TTTTGCAGGTTTGGCTAATTTTATCTTCTGTAGAAGCTGACGATTCATCCACAAGGCTTCTTTTGGCATCCAATGCCGAA ACGCCAGGGTAAGTCTTCTTTATACCTTAAAATGTTAGGTGTTAGTCTCTTGCTGAAAAGTGAAAATCAATTGATTCATG CACAGCTATGTTTGGTAATGTATATATTTACAGCGCTAAGAAAATTTTCATGCCTGTATGAGTAGTAATAGTACATACTG GATAGAAATTGAATGTCTGTGCACCGATCTGGAAAACCGAAAATTTTGGTAATGTATATATCTACAGTGATAAGGAAATT TCCATGCCTGTATTAGTAGTACATACTGGATAGAAATTGAATGTCTGTGTTCCGATCTGGAAAACTGAAAATTTTAGCTC 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GGTTCTTGATATTTAGAATATCAATTATCAAATTATCTAGTTAATTTGTTTACCAGCACTATTATGCTTTGTAGGGTGTG ATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAATGCTGTCTCGGTGGTCAACCTAGTTATGTCAGTGGGCATTGCTGTCGAGTTTTG TGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGTCAGTATAATACCTATATTTCTTGTTTAAAATTTTAGATCTATCACTTCTTCCC TTCTTGATTTAGGTGAAATTTAGTGAGAAATATATCTTTGTATATTTTTGTCATTCTCTATCTTGTATTATCTTTGTAAA AACTTCCCATAAAACTTGAATTGGTGTTATAGTTTCTGGTGACAAAATAAATGCTGAAAATGACTACTTGTTTATTGGTG CACTTTCAAGTTATAAATCTGCGCCTATAAAAAAAAACAAAAAAAAGTTATAAATCTGCAAAATATTTGAAAGACATGTC ACTATCTTGATTTATTTATGAACTAGTTTCTGTCAATTTCACATGGCCAAATCTTGCTACAGGTAGCAAGTGGGGACAAA GATCAACGTGTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGGTGATTTTGTGATAGCCTAGAAAAAATATA GTGTTCGGTTTCTTGACTTGCACACTTGCATGGAAGCAGCAATGTAGAAGCAATATTCTCCAAGCTACTCTTTGGTGTAG CTACTAATTCTCTGAAGGAATTGATGGACAATCAATTTTTAGATATGAACTCATGAAGGAGCATACATGATCTTTCTTGA CCACCTTACAAAACTATGGGGAATTTATTCCCTCCAGTTTAATTTTCAACACATTTCATGGTTTTTGTGCCACATCTGCA TCTGCGCATCCACATATTATTTTGTCTTATATTTATGTATCATATCTTTCCTAAACAATACATTCTTTTTTATGCGATTG CAGTGGTATCACACTAACAAAATTGGTTGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGGTATTGAACT CATCCTTAGTTTATGATCAGACTAATACATCATATATGTTTGTGATAACTAGCCTGTGTTTTGCAGATTTATTACTTTCA GATGTACTTGTCGTTAGTACTTCTTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTCAGTGACATTTCCTTCGTATAAT TCGTTTTTTATATATGAAAATGCATCAAGTAGAAGATACAATGCTGAAGAATTGCAGCTGAGTTGCACTGTTTAATATGT GTTGGGTTTCCATCTTTGAACTTTGTTCTAGTGGCTGAAAGCATAATATTATACTCTTTTTTTTTTGCTGCAGGTGGTAT TAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTACTATCATTGAACAAGAGGAAAATCGTTCATCAACTTCTTCATAGCTATAA ACTTTCAATCATCTGTAAAGTACAGGATGCTTTAGGCGGAAAAGAAGATAGGAAGCATACCAGTTTTGACATGTTCGCTA CGAAACTTATATATATGACCCTTTGGAATCCATTTAGTAATCTCTTGCTTGTAAGGCTACGGTGAAAGTTCATGAAATAC AAATTTAAATCGTAGGACTGTGGAAGAAAAAGAAAGTTCTGTAACACGTTAGTGTAATTATTAGTTATTACAGTCAAATA TTTAACATGTATTAAGTATAATTGATATTTTCATTTTAACAAGTTATCTTTCCTTTATTTCTATAATGTACTGCTATTTT TTTTAGTTACAGGAGGAAAATAATGATGTACTGCTATTTAACTTTATGATTGTGATCGAGTAAATATAGCCTTTTGTATT GAT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0436400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGACCTTCTCCGGCTAGGGTTTCTCACCTCGCTCTCTCTATTACAGGTTTGGCTAATTTTATCTTCTGTAGAAGCTGA CGATTCATCCACAAGGCTTCTTTTGGCATCCAATGCCGAAACGCCAGGGGAAAGACATTCTGAGGATTATTGTGCAATGT ATGACATTTGTGGAACACGCAGCGATGGTAAAGTATTGAACTGTCCATTTGGTTCCCCAGCTGTAAAGCCAGATGATTTG CTTTCGTCTAAGATCCAAAGTATGTGTCCAACAATTACTGGGAACGTTTGCTGTACAAAAGCTCAATTTGACACATTGCA GACACAAGTGCAACAGGCAATTCCTTTTCTTGTAGGTTGTCCAGCTTGCTTAAGAAACTTCTTGAATCTGTTCTGTGAGC TTACATGCTCTCCAAATCAGAGTTTATTCATCAATGTGACTTCAGTTGACAAGGCTGGTGGTAATTCGACAGTGGGTGGG ATTGATTATTTTGTAAGTGATGCTTTTGGTGAAGGGTTATATGAGTCCTGCAAGGATGTGAAGTTTGGCAGCATGAACTC TCGAGCTATACAATTTATTGGTGCCGGTGCTCAAAATTTTAAAGAGTGGTTTGCTTTTATTGGTAGAAAAGCAGCCCCTA ATAGTCCCGGTTCACCATATGCGATTATGTTCCGGCCTAATGCAACCAAGTCATCTGGGATGAAACCTATGAATGTTTCA GCTTATTCATGCAGTGATACTTCTCTTGGCTGTTCTTGTGGTGACTGTCCTTCATCTTCAGTATGCTCTAATTCAGCTTC AACTACCATCAATAAGGCGAATTCCTGCTCCATAAAAGTGGGGAGTTTAACGGTGAAGTGCGTTGACTTTATTTTGGCAG TCTTATACATAATACTAATTTGTGTGTTCTTGGGTTGGGCACTGTATCATCGTATAAGGGAAAGAAAGATGACCTATCGA ACAGAACCAGTGTCCAATGTCATTAGTGGTGGTGTGTTGTATGCTCGTAATCAGGAGAAGGATGAAAACCTCCCAATGCA GATGATTGAAGATGTTCCACAAAACAGAAATGGAGTCCGGCTCTCAGTTGTGCAAGGATACATGTCAAATTTTTACAGGA AATATGGATCACTTGTAGCTAGACATCCAATTAACGTCTTGGCTTTAACTCTGGCTATAGTTCTTTTACTTTGTCTTGGT CTAATTCGATTCAAGGTTGAGACACGGCCTGAGAAACTCTGGGTTGGACCTGGGAGTAAAGCAGCACAAGAGAAGCAGTT TTTTGATAGCCATCTTGCTCCATTTTACAGAATTGAACAGCTCATACTGGCAACAGTCCCAGATCATATGAATAGCACAT CACCAAGAATTGTATCTGCGGACAACATCAGATTTCTGTTCGAAGTACAAAAGAAGGTTGACGCAATTCGTGCTAATTAT TCTGGCTTAATGGTATCTCTCCAAGACATCTGTATGAAGCCACTAGACAAAGATTGTGCCACTCAAAGTGTCCTGCAGTA CTTCAAAATGGACCCTAGAAATTTTGATGATAGTGGGGCAGTTGAGCATCTCAATTACTGTTTCCAGCAATATTCCTCAG CAGATCAATGCATGAGCGCATTTAAAGCTCCTCTTGATCCTAGCACCGTGTTAGGAGGTTTTTCTGGGAAAGACTATTCT GGGGCATCCGCTTTTATTGTAACTTATCCGGTAAATAATGCTATTGATGAAGAAGGTAATGAAACAGCAAAAGCAGTTGC TTGGGAGAAGGCCTTTATTCAGTTGGTGAAGGATGAACTGTTACCAATGGCGCAATCAAGGAATTTGACGCTTGCTTTTT CGTCTGAAAGCTCCATTGAGGAAGAGTTGAAAAGAGAAAGTACTGCTGATGCTATTACTATATTGGTTAGCTACCTTGTG ATGTTTGCTTATATATCTCTTACTTTAGGAGATACACCCCATCCTTCTTCTTTCTATATTTCTTCAAAGGTATTGCTTGG TCTTTCAGGAGTAATTCTCGTTATGCTGTCTGTCCTTGGATCAGTTGCCATTTTTAGTGCCCTTGGTGTAAAATCTACTC TGATCATTATGGAAGTTATCCCATTTCTTGTTCTAGCTGTTGGGGTGGATAATATGTGCATCCTAGTTCATGCTGTGAAA AGGCAACCGCTGGAATTGCCTTTAGAAGGAAGAATAAGCAATGCGCTTGTGGAAGTTGGACCATCAATAACACTGGCTAG TCTGTCAGAGGTGTTAGCTTTTGCAGTTGGAAGCTTTATTTCCATGCCTGCATGCCGTGTCTTTTCCATGTTTGCTGCAT TGGCAGTTCTTTTGGATTTTGTCCTGCAAGTTACTGCTTTTGTAGCTCTGATAGTTCTTGACTCTCAGCGAGCAGAGGAT AAGAGAGTTGATTGTTTTCCATGCATAAAAGTGCATTCATTTCATGCAGACCCTGATAAAGGTATTAGACAAAGGAAACC TGGTTTATTGGCTCGATATATGAAGGAGGTTCATGCTCCCATTCTTAGTATTTGGGGAGTAAAAATAGTTGTCATCGCTA TTTTTGTGGCATTTGCATTGGCTAGCATTGCATTGAGCACTAGAATTGAACCTGGTTTAGAGCAGGAGATTGTTCTTCCC CGAGATTCGTATCTTCAGGGCTATTTCAATAATGTTTCAGAATATCTTAGAATTGGACCACCTTTGTATTTTGTTGTAAA GAACTATAACTACAGCTCAGAATCAACTCATACAAATCAGCTTTGCTCCATTAGCCAATGCAATTCAGACTCTCTTTTAA ATGAGATATCTAAGGCGTCTCTAGTACCAGAGACGAGTTATATTGCCAAGCCAGCTGCCTCGTGGCTTGATGATTTTCTT GTGTGGATATCTCCAGAAGCATTTGGATGCTGCAGGAAGTTCACAAATGGGAGTTATTGCCCTCCTGATGATCAGCCTCC ATGTTGTGCTCCTGAAGATGACTCTTGTGTTTCTGGAGCATGTAAAGATTGCACAACGTGTTTCCGTCACTCAGATCTTC GTAATGATCGTACATCTACAATGCAATTTAGGGACAAACTCCCATGGTTTCTTAGTGCTTTGCCATCTGCTGATTGTGCA AAAGGTGGTCATGGGGCGTACACCAGCAGTGTTGATTTGAAAGGCTATGACAGTGGCATTATTCAAGCATCATCGTTCCG TACATATCACACCCCACTCAACAAGCAGGTTGACTATGTTAATTCCATGAGGGCTGCTCGAGAGTTCAGTTCAAAAGTTT CTGATTCTTTGAAGATTGAGATTTTCCCATATTCAGTGTTCTATATGTTTTTTGAGCAATACCTTAATATATGGAAGACT GCACTGGTCACTCTTGCTATAGCTATTGGTGCAGTATTTATTGTGTGCTTGGTTATCACATGCAGTTTGTGGAGTTCAGC AATCATTTTGTTGGTTTTGGCTATGATTGTTGTTGATCTTCTGGGTGTGATGGCCATTCTTAATATCCAGTTGAATGCTG TCTCGGTGGTCAACCTAGTTATGTCAGTGGGCATTGCTGTCGAGTTTTGTGTGCACATCACCCATTCTTTCACTGTAGCA AGTGGGGACAAAGATCAACGTGTTAAGGAGGCTCTGGGTACAATGGGTGCTTCAGTCTTCAGTGGTATCACACTAACAAA ATTGGTTGGAGTTATTGTTCTTTACTTCTCAAGAACAGAAGTTTTTGTGATTTATTACTTTCAGATGTACTTGTCGTTAG TACTTCTTGGTTTTCTGCACGGACTTGTTTTCTTGCCGGTGGTATTAAGCATCTTTGGTCCACCTTCAAGATGTACTATC ATTGAACAAGAGGAAAATCGTTCATCAACTTCTTCATAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0436400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDLLRLGFLTSLSLLQVWLILSSVEADDSSTRLLLASNAETPGERHSEDYCAMYDICGTRSDGKVLNCPFGSPAVKPDDL LSSKIQSMCPTITGNVCCTKAQFDTLQTQVQQAIPFLVGCPACLRNFLNLFCELTCSPNQSLFINVTSVDKAGGNSTVGG IDYFVSDAFGEGLYESCKDVKFGSMNSRAIQFIGAGAQNFKEWFAFIGRKAAPNSPGSPYAIMFRPNATKSSGMKPMNVS AYSCSDTSLGCSCGDCPSSSVCSNSASTTINKANSCSIKVGSLTVKCVDFILAVLYIILICVFLGWALYHRIRERKMTYR TEPVSNVISGGVLYARNQEKDENLPMQMIEDVPQNRNGVRLSVVQGYMSNFYRKYGSLVARHPINVLALTLAIVLLLCLG LIRFKVETRPEKLWVGPGSKAAQEKQFFDSHLAPFYRIEQLILATVPDHMNSTSPRIVSADNIRFLFEVQKKVDAIRANY SGLMVSLQDICMKPLDKDCATQSVLQYFKMDPRNFDDSGAVEHLNYCFQQYSSADQCMSAFKAPLDPSTVLGGFSGKDYS GASAFIVTYPVNNAIDEEGNETAKAVAWEKAFIQLVKDELLPMAQSRNLTLAFSSESSIEEELKRESTADAITILVSYLV MFAYISLTLGDTPHPSSFYISSKVLLGLSGVILVMLSVLGSVAIFSALGVKSTLIIMEVIPFLVLAVGVDNMCILVHAVK RQPLELPLEGRISNALVEVGPSITLASLSEVLAFAVGSFISMPACRVFSMFAALAVLLDFVLQVTAFVALIVLDSQRAED KRVDCFPCIKVHSFHADPDKGIRQRKPGLLARYMKEVHAPILSIWGVKIVVIAIFVAFALASIALSTRIEPGLEQEIVLP RDSYLQGYFNNVSEYLRIGPPLYFVVKNYNYSSESTHTNQLCSISQCNSDSLLNEISKASLVPETSYIAKPAASWLDDFL VWISPEAFGCCRKFTNGSYCPPDDQPPCCAPEDDSCVSGACKDCTTCFRHSDLRNDRTSTMQFRDKLPWFLSALPSADCA KGGHGAYTSSVDLKGYDSGIIQASSFRTYHTPLNKQVDYVNSMRAAREFSSKVSDSLKIEIFPYSVFYMFFEQYLNIWKT ALVTLAIAIGAVFIVCLVITCSLWSSAIILLVLAMIVVDLLGVMAILNIQLNAVSVVNLVMSVGIAVEFCVHITHSFTVA SGDKDQRVKEALGTMGASVFSGITLTKLVGVIVLYFSRTEVFVIYYFQMYLSLVLLGFLHGLVFLPVVLSIFGPPSRCTI IEQEENRSSTSS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 5 | 5 | - | – | |
| SignalP_EUK | 1 | 26 | 26 | - | – | |
| Phobius | 1 | 26 | 26 | - | – | |
| Phobius | 6 | 21 | 16 | - | – | |
| PANTHER | 11 | 1289 | 1279 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 11 | 1289 | 1279 | 0.0 | – | |
| Phobius | 22 | 26 | 5 | - | – | |
| Phobius | 27 | 289 | 263 | - | – | |
| Pfam | 49 | 281 | 233 | 8.9E-64 | ||
| TIGRFAM | 51 | 1273 | 1223 | 0.0 | ||
| TMHMM | 288 | 310 | 23 | - | – | |
| Phobius | 290 | 309 | 20 | - | – | |
| Phobius | 310 | 382 | 73 | - | – | |
| TMHMM | 382 | 404 | 23 | - | – | |
| Phobius | 383 | 402 | 20 | - | – | |
| Phobius | 403 | 630 | 228 | - | – | |
| Pfam | 424 | 909 | 486 | 3.6E-52 | ||
| SUPERFAMILY | 586 | 793 | 208 | 2.22E-18 | – | |
| TMHMM | 628 | 650 | 23 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 630 | 793 | 164 | 40.542 | ||
| Phobius | 631 | 652 | 22 | - | – | |
| Phobius | 653 | 663 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 662 | 684 | 23 | - | – | |
| Phobius | 664 | 688 | 25 | - | – | |
| Phobius | 689 | 693 | 5 | - | – | |
| Phobius | 694 | 719 | 26 | - | – | |
| TMHMM | 694 | 716 | 23 | - | – | |
| Phobius | 720 | 738 | 19 | - | – | |
| Phobius | 739 | 761 | 23 | - | – | |
| Phobius | 762 | 766 | 5 | - | – | |
| Phobius | 767 | 793 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 771 | 793 | 23 | - | – | |
| Phobius | 794 | 841 | 48 | - | – | |
| TMHMM | 841 | 863 | 23 | - | – | |
| Phobius | 842 | 865 | 24 | - | – | |
| Phobius | 866 | 1116 | 251 | - | – | |
| Pfam | 1057 | 1272 | 216 | 1.3E-31 | ||
| SUPERFAMILY | 1081 | 1273 | 193 | 6.41E-22 | – | |
| Gene3D | 1096 | 1285 | 190 | 3.5E-7 | – | |
| Phobius | 1117 | 1140 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 1121 | 1143 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1141 | 1146 | 6 | - | – | |
| TMHMM | 1147 | 1169 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1147 | 1167 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1168 | 1178 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 1176 | 1198 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1179 | 1200 | 22 | - | – | |
| Phobius | 1201 | 1211 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1212 | 1237 | 26 | - | – | |
| TMHMM | 1213 | 1235 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1238 | 1248 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 1242 | 1264 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1249 | 1272 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1273 | 1292 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Lipid transporter activity | Enables the directed movement of lipids into, out of or within a cell, or between cells. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0436400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…