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LotjaGi1g1v0748400.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0748400
Transcript ID LotjaGi1g1v0748400.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description NHL repeat-containing protein 2; TAIR: AT1G56500.1 haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein; Swiss-Prot: sp|A4IF69|NHLC2_BOVIN NHL repeat-containing protein 2; TrEMBL-Plants: tr|I1NBR0|I1NBR0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0748400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:132085392..132102731) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTGGTCATGGCATTTCAAACAACTCACTCTCGTCTATCATCCCCAACCACCGCAACCAACTTCTTCTTCTCCGCCTCCTC CCCCTCCCCCAATCTCAGATCACTGAAACCTACTTCGCTTCCATCTCGATTCTTCCATTGCCGATCGAAACGCCTCGTTT TCACGCCGAGACTTATCACGAGAGCTTGCGCGGTGAAGGTCGAGGAGAAGGACGTTGCTGGAAAATCAGGAGAATGGGGG AGGGTTTCTGCTGTGTTGTTTGACATGGATGGTGTGCTCTGCAACAGTGAAGAGCCTTCTAGAAGAGCCGGTGTCGATGT TTTCGCTGAGATTGGCGTCCAGGTCACCGTCGATGATTTTGTGCCGTTCATGGGAACTGGTATGGTGCTTCTCTTCATTT CTCAACTCCTTGGTTTACTTCAATTTCTATCTCTGCATTAATTTCCGAACATGCTTTTCTGTTTTCCTTGATCTGCATTT GATTATTCCAAACTTCACTTGTGTTGAGCTATGCTTTTGCTAGAACTAAACATTTGCTTAATTTGGAGTGTGAATACACT TTGCAACCTGTTAATTCGTCTGTAAGACTAGTGGTTATCATTATCATTATGGCGTGGGAACAATAGTAGTGTATAATCTC GCATTGGTCGAAATTAAATCCAACTGTTAATGCTTTCTCCCGAAACTATCATGAGCTTACGATTTTTGTAAACCATGTGC CATTGTTCTTAAGGAAGGGGTGCATATTCTCCAGCACTGACATTATGTGTTCCAGTGTTTCTGTGGGAGTTAGAGTGTGC ATTCACTGATTGATCACAAATGAATATCATAACTGACCGGGTGCATGTTCTCCAGCACTGCCATTCTATTTAGTATTTAC TGTCTTTGTATATGATAACCTCAAACCATGGTGCCAGTGGCCATTGTTAACTCTTCATTTATTTAGAAGTGAAGAAACGT 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GCTCATCTTGTCAAGCCCAAAACTTCAGCCAGCAGCTTACTGCAACCAGTTTCCCCGTGA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0748400.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCATTTCAAACAACTCACTCTCGTCTATCATCCCCAACCACCGCAACCAACTTCTTCTTCTCCGCCTCCTCCCCCTC CCCCAATCTCAGATCACTGAAACCTACTTCGCTTCCATCTCGATTCTTCCATTGCCGATCGAAACGCCTCGTTTTCACGC CGAGACTTATCACGAGAGCTTGCGCGGTGAAGGTCGAGGAGAAGGACGTTGCTGGAAAATCAGGAGAATGGGGGAGGGTT TCTGCTGTGTTGTTTGACATGGATGGTGTGCTCTGCAACAGTGAAGAGCCTTCTAGAAGAGCCGGTGTCGATGTTTTCGC TGAGATTGGCGTCCAGGTCACCGTCGATGATTTTGTGCCGTTCATGGGAACTGGAGAAGCGAACTTTTTGGGAGGTGTAG CCTCTGTTAAGGGAGTTAAAGGATTTGATCCTGAAGCTGCAAAAAAGAGGTTCTTTGAAATATATTTAGAGAAGTATGCA AAACCAGATTCTGGAATAGGATTTCCAGGTGCCCTTGAACTCATCTCTCAGTGTAAAAGCAAAGGACTTAAAGTTGCTGT TGCATCTAGTGCTGATCGTATCAAGGTTGATGCAAATCTAGCTGCTGCTGGTTTGCCATTGTCATTGTTTGATGCGATTG TGTCTGCAGATGCTTTTGAGAATTTGAAACCTGCTCCTGATATTTTCTTAGCTGCATCAAGAATATTGAATGTGCCTCCT AGTGAGTGTATCGTTATAGAAGACGCACTAGCTGGAGTTCAAGCTGCCAAAGCTGCACAAATGAGATGTATAGCTGTAAG GACTACATTATCAGATGAGGCTTTGGAACCTGCTGGTCCAACTTTTATCCGAGATGACATAGGAAGTGTTTCTCTTGATG AAATTCTTAATGGTGGCTCTGATGGATATAATAAGAGGATGCAGGGCTCACAAAGTCTAAATAATTTTGCACAAACTTCA ACTACTATGCTTGCGGGAAAGTTGCAGGGTTCGCGGCGAGATATACTGAGATTTGGAAGTCTGGGCATCGCTATCTCTTG CCTTGTCTTCACCGTAAGTAACTGGAAGGCAATGCAATACACTTCCCCTAAAGCGGTTTGGAATCTCTTGTTTGGTGTTA CCCAGCCACCCTTGGGACAGAAAGAAGGTAACTCACGATCTGATAGGATCCAGCAATTTGTGAACTACATAGCTGATCTA GAAAGCAGGGGAAACACTCAGGTTGTTCCAGAATTTCCATCTAAACTTGATTGGCTAAATACAGCCCCGCTCCAGTTTCG TAGGGACCTGAAAGGAAAAGTTGTTCTGCTTGATTTCTGGACTTATTGTTGTATAAACTGTATGCATGTCTTACCAGACC TAGATTTTCTGGAGAAAAAGTACAAAAATATGCCGTTCCTTGTTGTGGGTGTTCATTCTGCCAAGTTTGATAATGAGAAA GATTCTGAAGCGATTCGCAATGCAGTTCTGCGCTATGATATCACTCACCCTGTTGTCAATGATGGAGACATGTACCTTTG GCAGAAGTTGGGCATAAGTTCATGGCCAACATTTGCTATCATTGGCCCCAATGGTAAGCTCCTTGCACAACTTGCAGGAG AAGGTCGCAAAAAGGATCTTGATGATTTTGTGGAAGCAGCACTTCTGTTTTATGGAAAGCAGAACATGTTGGACGATACA CCAATTACATTAAGTTTAGAGAAAGATAATGATCCTCGCCTATTAACATCTCCATTGAAGTTTCCTGGAAAGTTAGCAAT TGATGTCCTCAACAACAGGCTTTTTATTTCTGACAGCAACCATAACCGCATAGTTGTTACTGACCTAAATGGGAATTTTA TTGTACAAATTGGGAGCAGTGGGGAGGAAGGTCTGCAGGACGGTTCCTTTGATGATGCCACCTTCAACCGCCCTCAGGGC CTTGCTTATAATGCAAAGAAAAATATTCTCTATGTTGCAGACACCGAAAACCATGCTTTGAGGGAAATTGATTTTGTTAA TGATAAAGTGCGCACTCTTGCTGGAAATGGGACCAAGGGCTCTGATTATATTGGAGGAGGAAAAGGAGACACTCAGCTCC TCAATTCCCCTTGGGATGTCTGCTTTCATCCACTTGAAGAGAAGATTTATATTGCCATGGCTGGCCAACACCAGATTTGG GAGCACAATATATTGAATGGAATTACAAGAGCATTTAGTGGTGATGGCTATGAAAGAAATTTAAATGGATCAAGTTCTAC AAGCACATCATTTGCACAACCTTCTGGTCTTTCATTGTCTCGAGATCTAACGGAGATCTACGTCGCTGATAGTGAGAGTA GTTCAATTCGAGCTGTTGATCTAAAAACAGGAGGATCACGGTTGTTAGCTGGTGGTGACCCTGTCTTCTCAGACAATTTG TTTAAGTTTGGCGATCAAGATGGAATAGGCTCTGAAGTACTTCTTCAACATCCGCTGGGGGTTTTATGTGGAAAGGATGG TGAAATTTACATCACAGATAGCTACAATCACAAGATCAAGAAGTTTGATCCAACTAGTAAAAGAGTTAGCACCATTGCAG GGACAGGAAAAGCTGGTTTCAGGGATGGAACAGCTGTAACAGCTCAGCTTTCTGAACCATCAGGCATTATTGAAGGGAAC AGCGGGAGACTATTCATAGCTGATACAAACAACAGCATAATTCGATATCTAGATTTGAATACTGATGAATTTGAACTCCA TACCTTGGAGCTTAAAGGATTTCAGCCTCCTAAACCAAAATCAAGATCTTTTAAACGTCTCAGGAGACGTCCCTCAGCCG ACACTGTGCCAATCACCATTGATGCCATTTCATCAGAGGAGGGAAACTTGTCTATAGACATATCATTGCCAAATGAGTAT CATTTCTCAAAGGAAGCACGCAGTAGATTCAGTGTTGATATTGAATCTGAAGGCTCTGTTGATATTGATCCCCTGGATGG ACTCCTTAGTCCAGAAGGATCTGCAACCCTTCACTTTAAGAGATCCTCCACCTCTGCTGCTGTTGGAAGAATTAATTGCA AGATTTACTATTGCAAGGAAGATGCGGTTTGTTTGTACCAATCCTTGCTGTTTGAGGTCCCCTTCAGAGAGGGAGTTTCT GACTCTACTAGAGCAAACGTCACTCTTGCTCATCTTGTCAAGCCCAAAACTTCAGCCAGCAGCTTACTGCAACCAGTTTC CCCGTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0748400.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAFQTTHSRLSSPTTATNFFFSASSPSPNLRSLKPTSLPSRFFHCRSKRLVFTPRLITRACAVKVEEKDVAGKSGEWGRV SAVLFDMDGVLCNSEEPSRRAGVDVFAEIGVQVTVDDFVPFMGTGEANFLGGVASVKGVKGFDPEAAKKRFFEIYLEKYA KPDSGIGFPGALELISQCKSKGLKVAVASSADRIKVDANLAAAGLPLSLFDAIVSADAFENLKPAPDIFLAASRILNVPP SECIVIEDALAGVQAAKAAQMRCIAVRTTLSDEALEPAGPTFIRDDIGSVSLDEILNGGSDGYNKRMQGSQSLNNFAQTS TTMLAGKLQGSRRDILRFGSLGIAISCLVFTVSNWKAMQYTSPKAVWNLLFGVTQPPLGQKEGNSRSDRIQQFVNYIADL ESRGNTQVVPEFPSKLDWLNTAPLQFRRDLKGKVVLLDFWTYCCINCMHVLPDLDFLEKKYKNMPFLVVGVHSAKFDNEK DSEAIRNAVLRYDITHPVVNDGDMYLWQKLGISSWPTFAIIGPNGKLLAQLAGEGRKKDLDDFVEAALLFYGKQNMLDDT PITLSLEKDNDPRLLTSPLKFPGKLAIDVLNNRLFISDSNHNRIVVTDLNGNFIVQIGSSGEEGLQDGSFDDATFNRPQG LAYNAKKNILYVADTENHALREIDFVNDKVRTLAGNGTKGSDYIGGGKGDTQLLNSPWDVCFHPLEEKIYIAMAGQHQIW EHNILNGITRAFSGDGYERNLNGSSSTSTSFAQPSGLSLSRDLTEIYVADSESSSIRAVDLKTGGSRLLAGGDPVFSDNL FKFGDQDGIGSEVLLQHPLGVLCGKDGEIYITDSYNHKIKKFDPTSKRVSTIAGTGKAGFRDGTAVTAQLSEPSGIIEGN SGRLFIADTNNSIIRYLDLNTDEFELHTLELKGFQPPKPKSRSFKRLRRRPSADTVPITIDAISSEEGNLSIDISLPNEY HFSKEARSRFSVDIESEGSVDIDPLDGLLSPEGSATLHFKRSSTSAAVGRINCKIYYCKEDAVCLYQSLLFEVPFREGVS DSTRANVTLAHLVKPKTSASSLLQPVSP 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 334 334 -
SUPERFAMILY 78 292 215 5.13E-45
SFLD 80 289 210 1.6E-41
SFLD 80 289 210 1.6E-41
PRINTS 80 91 12 1.5E-8
CDD 82 268 187 4.99334E-42
Gene3D 82 282 201 5.3E-49
Pfam 83 266 184 7.0E-26
Gene3D 95 165 71 5.3E-49
PRINTS 178 191 14 1.5E-8
PANTHER 203 1061 859 0.0
PANTHER 203 1061 859 0.0
TIGRFAM 207 266 60 7.8E-13
PRINTS 210 226 17 1.5E-8
PRINTS 228 248 21 1.5E-8
Phobius 335 355 21 -
Phobius 356 1068 713 -
Gene3D 381 552 172 1.5E-33
ProSiteProfiles 403 549 147 10.946
SUPERFAMILY 407 545 139 7.9E-27
Pfam 432 526 95 1.8E-11
Gene3D 556 722 167 1.4E-32
SMART 572 614 43 0.0058
SUPERFAMILY 573 902 330 1.07E-40
ProSiteProfiles 578 610 33 5.818
CDD 617 958 342 1.75165E-177
ProSiteProfiles 630 660 31 6.846
Pfam 635 660 26 7.8E-6
ProSiteProfiles 686 720 35 5.017
SMART 744 786 43 130.0
ProSiteProfiles 751 782 32 5.366
Gene3D 796 898 103 4.8E-25
ProSiteProfiles 815 845 31 10.691
Pfam 816 842 27 4.2E-4
ProSiteProfiles 869 900 32 4.277

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Molecular function Hydrolase activity Catalysis of the hydrolysis of various bonds, e.g. C-O, C-N, C-C, phosphoric anhydride bonds, etc. Hydrolase is the systematic name for any enzyme of EC class 3.
Biological process Cell redox homeostasis Any process that maintains the redox environment of a cell or compartment within a cell.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0748400.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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