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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0107000 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0107000.3 |
| Related isoforms 7 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; TAIR: AT3G50590.2 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P39706|SWD1_YEAST COMPASS component SWD1; TrEMBL-Plants: tr|I1K1T0|I1K1T0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0107000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:15002830..15018567) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGAGTGGACCACGCTGCAGCATCTGGATCTCCGCCACATTGGCCGTGGCGTCAGACCCTTGCAGCCTCATGCTGCTTG CTTCCATCACCACCAGGCCCTCGTCGCCGTCGCCATTGGTACCTACATCGTTGGTGAGCCACTAACCTCAACTCTCTCTC TCTCTGTGCCTTCAGTTCTGTAAGCTTAGTTAGTTCACTGTGTTTCGTCGAATCGACTTTGACGGTTGTGTGCTTCGCCA ATTTGGAACTTGAAACTTGTGATTGATACAGGAAGAAGAAATAGAGTTGAACTTTCTGTTAATTTTTATGTAATGCTTGT TAAATGTATGTTGCTTATGTGAAGCTTTGGGTTTAGAAGGCGTTTACGAATGAAAGCGATCCTCTGTGTTGAGTTGATGG TGTTTGTTATAGATATTGACTAGCATCTAGTTATGAACTATGAAGCAGAAGCTAACATTGGGACATACCTAATTGTGTGT GTGTTGTGTGTGAGCTTAGAGATTTATAATGTCTTAGTATATGTCATGTGTCGATACTTGACATTTTGTAAGCCCTTACG GAAAAACATTGGGCATCATTTCTATTGATATTTTCCGAAACACTTTCCTTTCAAAACTTGTCCTAGGCGAACTGTCCATG TAAAACGAAAAATTAACTACAATAGTGGCTAAGGAAAAATTGCTTATATGTTTATAATGTAGCCAACCTTTATTTGTTTG TTCCTTTTCAAATTTTAAATGGCCTTGTCTATGTCGTCTAATAACTGTTTCGGAGCTAGGAAATTTTAAAATTAGACTTG CATGTATGTGTGGTGGATACGTGTCATTAGTGAATCCTACAGGGTTGTGTCAGATACGGAATCGTCGTGCGCCATGCAGA CACGGCTCCAAGATGATTTATCTTTATTTAATATGTTATGATTAGCTTTGATATTGTCGACTACTGTTAGCAACTTAGCA 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0107000.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGTGGACCACGCTGCAGCATCTGGATCTCCGCCACATTGGCCGTGGCGTCAGACCCTTGCAGCCTCATGCTGCTTG CTTCCATCACCACCAGGCCCTCGTCGCCGTCGCCATTGGTACCTACATCGTTGAATTAGATGCATTAACAGGGAGCAAGA TTTCTGCTCTTGGCGTTGGTGCGCCCGTTGTTCGAATGTCTTACAGTCCTACAAGTGGGCATACTGTGATTGCAATTCTC CAGGATTGTACAATACGGTCTTGTGATTTTGACTTAGAGCAAACATGTGTGTTGCATTCCCCAGAAAAGAAGACTGAACA AATTTCTTCTGATTCAGAAGTTCATATGGCTTTGACCCCTCTACAACCTGTTGTGTTTTTTGGGTTCCATAAACGAATGA GCGTGACAGTTGTTGGAACTGTTGAAGGTGGTAGAGCACCTACCAAAATTAAGACAGACTTGAAGAAGCCTATTGTAAAT CTTGCTTGTCATCCTCGCCTCCCTATTCTGTATGTTGCTTATGCAGAAGGTTTGATTCGAGCATATAACATTCAGTCCTA TGCTATTCATTACACACTACAACTTGACAACACCATAAAGCTTGTTGGTGCTGGTGCATTTGCATTTCATCCAACTCTGG AATGGGTTTTTGTGGGGGATCGACGGGGTACACTTTTGGCATGGGATGTATCAACTGAAAGACCTAGTATGATTGGAATA AAACAAGTTGGTTCACAGCCAATAAAATCAGTGGCTTGGCTCCCCATGTTGCGTTTACTTGTAACTCTATCCAAGGATGG AAATCTGCAAGTTTGGGAAACACGTATTACAGTTAATCCTAATAGACCTCCAATGGCAGCTAATTTTTTTGAGCCTGCAG CAATTGAATCGATTGATGTCCCTCGCCTCCTTTCCCAACAGGGTGGAGAAGCAGTTTATCCATTGCCGCGAATTAAAGCT ATAGAATTTCATCCAAAATCTAATCTAGCAGCACTAGTATTTGCAAATGTGACAAGTGCAGACACTTCAAAAAATAAGGC CGCATACAGTAGAGAAGGGAGAAAGCAACTTTTTGCAGTTTTACAAAGTGCACGGGGATCTTCAGCATCTGTCTTAAGGG AAAAACTTTCAGCCTTGGGTTCATCAGGAGTGCTAGCGGACCATCAACTTCAAGCAAAACTACAAGAGCATACTCTGAAA GGTCATCTTACAATATCAGACATTGCAAGGAAGGCTTTTCTTTACAGTCATTTTATGGAAGGCCATGCAAAAATTTCTCC AATATCACGTGTCCCTCTCATCACTGTTCTAGATACCAAGCATCATCTGAATGATTTTCCAGTTTGCGAGCCATTTCATT TGGAGCTAAATTTCTTTAATAAAGCCAACCGAGTTCTTCATTATCCAGCCAGAGCGTTCTATGTGGATGGACTGAACCTA ATGGCACATAACCTATCGTCTGGATCTGACAGTATCTACCGGAAGCTCTATAATTCGATTCCTGGAAGTGTGGAGTACCG AGCAAAATACTTGGTGTACAGTAAAAAGCAGCGGTTATTTCTTGTAGTTTATGAGTTTAGTGGTGCTACAAATGAAGTTG TATTTTACTGGGAAAATACTGATGCACAGACAGCAAACAGTAAGAGCAGCACCGTTAAAGGTCGAGATGCAGCATTTATT GGCTCCAATGAGAACCAATTTGCTATTCTTGATGACGACAGAACAGGGTTGGCTGTATATACTCTACCAGGAGGGGCTTC TAAAGAAGCTAAGGACAATGATAAAGTTTTTGAAGAAAACCAACCTGCAGAGACTAGTGTTGGTTCAATTCGTGGCCCGA CGCCATTTATGTTTGAAACTGAAGTTGATCGTATCTTTTCTACACCAATAGATTCAACTTTGATGTTTGCTTCTCATGGG AACCAAATTGGCCAAGTAAAGCTCATACAAGGGTACCGCTTATCGACTTCAACTGCCAATGGCCATTATATCTCAACCAA CAGTGAGGGAAAAAAGTCAATTAAGTTGAAAAGAAACGAGATTGTTCTTCAGGTGCACTGGCAAGAAACTCTTAGGGGTT ATGTTGCTGGAATTTTAACGACACACAGAGTCCTTATTGTTTCAGCGGCCCTTGATATACTCGCAGGCACTTCTACCAAT TTTGACAAGGGACTTCCTTCATATAGATCTCTCCTGTGGGTTGGACCTGCCCTTCTTTTCTCGACTGCTACTGCAATCAG TATACTTGGTTGGGATGGAAAAGTGAGGTCAATCCTCTCAATCAGTATGCCTTATGCAGTCTTGGTTGGTTCTTTGAATG ACCGGTTATTGCTGGCTAACCCTACTGAAATAAATCCCAGACAGAAAAAGGGAGTAGAGATCAAAAGCTGTCTTGTTGGT CTCCTTGAACCAATTCTTATTGGATTTGTCACAATGCAGCTAAGTTTTGAGCAGAAGCTTGATCTGTCAGAAATATTATA CCAAATAACTTCGAGGTTTGACAGCTTGCGCATAACACCAAGGTCTCTGGACATACTTGCTAGAGGATCTCCGGTTTGTG GAGATTTAGCTGTGTCCTTATCACAATCAGGTCCTCATTTCACCCAGGTGATGCGGGGTGTTTATGCTGTGAAAGCTCTT CGTTTTTCCACTGCTTTATCTGTTTTGAAAGATGAATTTCTGCGATCTAGAGATTATCCAAGATGTCCTCCCACATCTCA TTTATTTCACCGGTTCAGGCAGTTGGGTAATGCCTGTATCAGGTTCGGTCAATTTGATAGTGCAAAAGAAACATTTGAAG TTATAGCAGACTATGAAAGCATGCTTGATCTGTTTATATGCCACCTTAATCCCAGCGCCATGCGTCGTCTTGCTCAGAAA TTGGAAGAAGAAGGTCTTGACTCAGAATTGAGGCGTTATTGTGAAAGGATATTACGAGTTCGATCTAGTGGATGGACACA GGGTATATTTGCTAACTTTGCTGCTGAGAGTATGGTTCCAAAAGGACCTGAATGGGGTGGTGGAAACTGGGAAATTAAAA CCCCAACTACTGTCAAGGATATACCTAAGTGGGAGCTTGCTGCGGAAGTGACACCATACATGAAGACTGATGAGGGTACG ATTCCATCCATTATTGTAGATCATATTGGTGTCTATTTAGGCTTAATTAGAGGAAGGGGCAATATTGTTGAGGTGAGGGA AGATAGCTTGGTTAAGGCCTTTATGCCAGGAGGTAACGAGAATAAATTAAACGGTCTTGAAGCATCTTCAGTTAAATCCA TATCTAATCAATCGGATGTGAATCCCAGAGGTGGTTCAATGATGGGTCTGGAAAGCCTTAATAAACAACTTGCTAGTTCC TCTGCTGATGAGCAGGCTAAAGCAGAAGAAGAATTTAAGAAATCCATGTATGGAGCTGCTGATGGTAGCAGCAGTGATGA AGAAGGAGTATCCAAAAAGAAAATACACATTAAAATTCGAGACCCAATTTCCTCTTCTACTGTGGATGTAAATAAGATTA AAGAAGCCACTAGACAGCTTAAACTTGGTGAAGGGTTACCTCCTCCAACGAGGACCAGGTCGTCAATCAGTGGAAACCAG GATCTTGGCCAGATTTTGTCCCTGCCACCAGCAACTACTGGAATGGGTTCTGCTACTGCTTCAACTCCTGCTGACCCTTT TGGTACAGACGCCTTCACTCAACCTGATTCCACTTCGCAGCCAACTATTGGGGTTGTGAGTGGGGGAGCTAAAGCAGGAC CTATTCCAGAGGATTTCTTTCAGCATACAGTTTCTTCCCTTCAGGTTGCTGCATCGCTGCCTCCTGCTGGAACTTTTCTC TCAAGATTCACTCCAGGGGGTCCAATAAGCAACACAACTCCAAATCAGGTTAGCGTTTCTGAAGCTGATGTTGGGTTTCA AGGTGGTGTTCCCCCTCAAGCCATTCAACAACCTGCTGTTCCAATCGAGTCCATAGGACTTCCTGATGGTGGTGTCCCTC CGCAATCCTCAGCACAGGCTGTGGTCATGCCCCAATCTCAGTTGCAGGCTGCTCAGGCACAATTTTCTAGCCAACCTCTT GATCTTAGTGTACTTGGAGTACCAAATTCTGCTGATTCAGGGAAGCCTTCACAAAGTAGTTCTGCACCGGTTTCTGTACA TCCTGGACAGGTTCCCCGTGGGGCTGCTGCTTCTGTATGTTTCAAGATTGGACTTGCTCACCTTGAGCTAAATAATCTTT CAGATGCATTGTCTTGCTTTGATGAAGCTTTTCTTGCATTAGCTAAGGAACAATCTCGTGGAAGTGATATAAAAGCTCAA GCAACAATCTGTGCTCAATACAAATTAGCAGTCACTCTTCTTCGGGAAATTGGACGTCTACAGAAGGTCCATGGTCCAAG TGCAATCAGTGCAAAAGATGAGATGGCGAGACTTTCACGTCACCTCGGTTCATTGCCTCTTCTTGCTAAACACAGAATAA ACTGCATTCGAACTGCCATCAAAAGAAACATGGAGGTCCAGAATTATGCATATTCAAAGCAAATGCTAGAACTACTATTT ACCAAAGCGCCTCCAAGCAAGCAAGAGGAATTTAGAACCTTGATTGACCTGTGTGTTCAGAGGGGTTTGACTAATAAATC CATTGATCCCTTGGAAGATCCCTCACAGTTCTGTTCTGCCACTTTAAGCAGGCTTTCAACCATTGGATATGATGTCTGTG ATCTCTGCGGAGCCAAATTTTCAGCAGTGACTGCACCCGGATGCATTGTCTGTGGAATGGGTAGCATCAAAAGATCAGAT GCTGTTGCAGGACCAGTTTCTTCACCGTTTGGTTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0107000.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEWTTLQHLDLRHIGRGVRPLQPHAACFHHHQALVAVAIGTYIVELDALTGSKISALGVGAPVVRMSYSPTSGHTVIAIL QDCTIRSCDFDLEQTCVLHSPEKKTEQISSDSEVHMALTPLQPVVFFGFHKRMSVTVVGTVEGGRAPTKIKTDLKKPIVN LACHPRLPILYVAYAEGLIRAYNIQSYAIHYTLQLDNTIKLVGAGAFAFHPTLEWVFVGDRRGTLLAWDVSTERPSMIGI KQVGSQPIKSVAWLPMLRLLVTLSKDGNLQVWETRITVNPNRPPMAANFFEPAAIESIDVPRLLSQQGGEAVYPLPRIKA IEFHPKSNLAALVFANVTSADTSKNKAAYSREGRKQLFAVLQSARGSSASVLREKLSALGSSGVLADHQLQAKLQEHTLK GHLTISDIARKAFLYSHFMEGHAKISPISRVPLITVLDTKHHLNDFPVCEPFHLELNFFNKANRVLHYPARAFYVDGLNL MAHNLSSGSDSIYRKLYNSIPGSVEYRAKYLVYSKKQRLFLVVYEFSGATNEVVFYWENTDAQTANSKSSTVKGRDAAFI GSNENQFAILDDDRTGLAVYTLPGGASKEAKDNDKVFEENQPAETSVGSIRGPTPFMFETEVDRIFSTPIDSTLMFASHG NQIGQVKLIQGYRLSTSTANGHYISTNSEGKKSIKLKRNEIVLQVHWQETLRGYVAGILTTHRVLIVSAALDILAGTSTN FDKGLPSYRSLLWVGPALLFSTATAISILGWDGKVRSILSISMPYAVLVGSLNDRLLLANPTEINPRQKKGVEIKSCLVG LLEPILIGFVTMQLSFEQKLDLSEILYQITSRFDSLRITPRSLDILARGSPVCGDLAVSLSQSGPHFTQVMRGVYAVKAL RFSTALSVLKDEFLRSRDYPRCPPTSHLFHRFRQLGNACIRFGQFDSAKETFEVIADYESMLDLFICHLNPSAMRRLAQK LEEEGLDSELRRYCERILRVRSSGWTQGIFANFAAESMVPKGPEWGGGNWEIKTPTTVKDIPKWELAAEVTPYMKTDEGT IPSIIVDHIGVYLGLIRGRGNIVEVREDSLVKAFMPGGNENKLNGLEASSVKSISNQSDVNPRGGSMMGLESLNKQLASS SADEQAKAEEEFKKSMYGAADGSSSDEEGVSKKKIHIKIRDPISSSTVDVNKIKEATRQLKLGEGLPPPTRTRSSISGNQ DLGQILSLPPATTGMGSATASTPADPFGTDAFTQPDSTSQPTIGVVSGGAKAGPIPEDFFQHTVSSLQVAASLPPAGTFL SRFTPGGPISNTTPNQVSVSEADVGFQGGVPPQAIQQPAVPIESIGLPDGGVPPQSSAQAVVMPQSQLQAAQAQFSSQPL DLSVLGVPNSADSGKPSQSSSAPVSVHPGQVPRGAAASVCFKIGLAHLELNNLSDALSCFDEAFLALAKEQSRGSDIKAQ ATICAQYKLAVTLLREIGRLQKVHGPSAISAKDEMARLSRHLGSLPLLAKHRINCIRTAIKRNMEVQNYAYSKQMLELLF TKAPPSKQEEFRTLIDLCVQRGLTNKSIDPLEDPSQFCSATLSRLSTIGYDVCDLCGAKFSAVTAPGCIVCGMGSIKRSD AVAGPVSSPFG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 730 | 730 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 1611 | 1611 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1611 | 1611 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 2 | 282 | 281 | 1.7E-16 | ||
| SUPERFAMILY | 27 | 275 | 249 | 2.87E-21 | ||
| SMART | 50 | 89 | 40 | 80.0 | ||
| SMART | 134 | 183 | 50 | 130.0 | ||
| SMART | 192 | 229 | 38 | 94.0 | ||
| ProSiteProfiles | 206 | 282 | 77 | 9.573 | ||
| SMART | 234 | 273 | 40 | 0.17 | ||
| ProSiteProfiles | 248 | 275 | 28 | 8.737 | ||
| ProSitePatterns | 260 | 274 | 15 | - | ||
| Phobius | 731 | 751 | 21 | - | – | |
| Phobius | 752 | 796 | 45 | - | – | |
| Phobius | 797 | 816 | 20 | - | – | |
| Phobius | 817 | 1611 | 795 | - | – | |
| MobiDBLite | 1179 | 1250 | 72 | - | – | |
| MobiDBLite | 1190 | 1245 | 56 | - | – | |
| MobiDBLite | 1366 | 1386 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 1366 | 1389 | 24 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0107000.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…