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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi4g1v0107000 |
Transcript ID | LotjaGi4g1v0107000.4 |
Related isoforms 7 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; TAIR: AT3G50590.1 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P39706|SWD1_YEAST COMPASS component SWD1; TrEMBL-Plants: tr|I1K1T0|I1K1T0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0107000 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:15002830..15018567) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGAGTGGACCACGCTGCAGCATCTGGATCTCCGCCACATTGGCCGTGGCGTCAGACCCTTGCAGCCTCATGCTGCTTG CTTCCATCACCACCAGGCCCTCGTCGCCGTCGCCATTGGTACCTACATCGTTGGTGAGCCACTAACCTCAACTCTCTCTC TCTCTGTGCCTTCAGTTCTGTAAGCTTAGTTAGTTCACTGTGTTTCGTCGAATCGACTTTGACGGTTGTGTGCTTCGCCA ATTTGGAACTTGAAACTTGTGATTGATACAGGAAGAAGAAATAGAGTTGAACTTTCTGTTAATTTTTATGTAATGCTTGT TAAATGTATGTTGCTTATGTGAAGCTTTGGGTTTAGAAGGCGTTTACGAATGAAAGCGATCCTCTGTGTTGAGTTGATGG TGTTTGTTATAGATATTGACTAGCATCTAGTTATGAACTATGAAGCAGAAGCTAACATTGGGACATACCTAATTGTGTGT GTGTTGTGTGTGAGCTTAGAGATTTATAATGTCTTAGTATATGTCATGTGTCGATACTTGACATTTTGTAAGCCCTTACG GAAAAACATTGGGCATCATTTCTATTGATATTTTCCGAAACACTTTCCTTTCAAAACTTGTCCTAGGCGAACTGTCCATG TAAAACGAAAAATTAACTACAATAGTGGCTAAGGAAAAATTGCTTATATGTTTATAATGTAGCCAACCTTTATTTGTTTG TTCCTTTTCAAATTTTAAATGGCCTTGTCTATGTCGTCTAATAACTGTTTCGGAGCTAGGAAATTTTAAAATTAGACTTG CATGTATGTGTGGTGGATACGTGTCATTAGTGAATCCTACAGGGTTGTGTCAGATACGGAATCGTCGTGCGCCATGCAGA CACGGCTCCAAGATGATTTATCTTTATTTAATATGTTATGATTAGCTTTGATATTGTCGACTACTGTTAGCAACTTAGCA 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CTTCTTGCTAAACACAGAATAAACTGCATTCGAACTGCCATCAAAAGAAACATGGAGGTCCAGAATTATGCATATTCAAA GCAAATGCTAGAACTACTATTTACCAAAGCGCCTCCAAGCAAGCAAGAGGAATTTAGAACCTTGATTGACCTGTGTGTTC AGAGGGGTTTGACTAATAAATCCATTGATCCCTTGGAAGATCCCTCACAGTTCTGTTCTGCCACTTTAAGCAGGCTTTCA ACCATTGGATATGATGTCTGTGATCTCTGCGGAGCCAAATTTTCAGCAGTGACTGCACCCGGATGCATTGTCTGTGGAAT GGGTAGCATCAAAAGATCAGATGCTGTTGCAGGACCAGTTTCTTCACCGTTTGGTTGA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0107000.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGTGGACCACGCTGCAGCATCTGGATCTCCGCCACATTGGCCGTGGCGTCAGACCCTTGCAGCCTCATGCTGCTTG CTTCCATCACCACCAGGCCCTCGTCGCCGTCGCCATTGGTACCTACATCGTTGAATTAGATGCATTAACAGGGAGCAAGA TTTCTGCTCTTGGCGTTGGTGCGCCCGTTGTTCGAATGTCTTACAGTCCTACAAGTGGGCATACTGTGATTGCAATTCTC CAGGATTGTACAATACGGTCTTGTGATTTTGACTTAGAGCAAACATGTGTGTTGCATTCCCCAGAAAAGAAGACTGAACA AATTTCTTCTGATTCAGAAGTTCATATGGCTTTGACCCCTCTACAACCTGTTGTGTTTTTTGGGTTCCATAAACGAATGA GCGTGACAGTTGTTGGAACTGTTGAAGGTGGTAGAGCACCTACCAAAATTAAGACAGACTTGAAGAAGCCTATTGTAAAT CTTGCTTGTCATCCTCGCCTCCCTATTCTGTATGTTGCTTATGCAGAAGGTTTGATTCGAGCATATAACATTCAGTCCTA TGCTATTCATTACACACTACAACTTGACAACACCATAAAGCTTGTTGGTGCTGGTGCATTTGCATTTCATCCAACTCTGG AATGGGTTTTTGTGGGGGATCGACGGGGTACACTTTTGGCATGGGATGTATCAACTGAAAGACCTAGTATGATTGGAATA AAACAAGTTGGTTCACAGCCAATAAAATCAGTGGCTTGGCTCCCCATGTTGCGTTTACTTGTAACTCTATCCAAGGATGG AAATCTGCAAGTTTGGGAAACACGTATTACAGTTAATCCTAATAGACCTCCAATGGCAGCTAATTTTTTTGAGCCTGCAG CAATTGAATCGATTGATGTCCCTCGCCTCCTTTCCCAACAGGGTGGAGAAGCAGTTTATCCATTGCCGCGAATTAAAGCT ATAGAATTTCATCCAAAATCTAATCTAGCAGCACTAGTATTTGCAAATGTGACAAGTGCAGACACTTCAAAAAATAAGGC CGCATACAGTAGAGAAGGGAGAAAGCAACTTTTTGCAGTTTTACAAAGTGCACGGGGATCTTCAGCATCTGTCTTAAGGG AAAAACTTTCAGCCTTGGGTTCATCAGGAGTGCTAGCGGACCATCAACTTCAAGCAAAACTACAAGAGCATACTCTGAAA GGTCATCTTACAATATCAGACATTGCAAGGAAGGCTTTTCTTTACAGTCATTTTATGGAAGGCCATGCAAAAATTTCTCC AATATCACGTGTCCCTCTCATCACTGTTCTAGATACCAAGCATCATCTGAATGATTTTCCAGTTTGCGAGCCATTTCATT TGGAGCTAAATTTCTTTAATAAAGCCAACCGAGTTCTTCATTATCCAGCCAGAGCGTTCTATGTGGATGGACTGAACCTA ATGGCACATAACCTATCGTCTGGATCTGACAGTATCTACCGGAAGCTCTATAATTCGATTCCTGGAAGTGTGGAGTACCG AGCAAAATACTTGGTGTACAGTAAAAAGCAGCGGTTATTTCTTGTAGTTTATGAGTTTAGTGGTGCTACAAATGAAGTTG TATTTTACTGGGAAAATACTGATGCACAGACAGCAAACAGTAAGAGCAGCACCGTTAAAGGTCGAGATGCAGCATTTATT GGCTCCAATGAGAACCAATTTGCTATTCTTGATGACGACAGAACAGGGTTGGCTGTATATACTCTACCAGGAGGGGCTTC TAAAGAAGCTAAGGACAATGATAAAGTTTTTGAAGAAAACCAACCTGCAGAGACTAGTGTTGGTTCAATTCGTGGCCCGA CGCCATTTATGTTTGAAACTGAAGTTGATCGTATCTTTTCTACACCAATAGATTCAACTTTGATGTTTGCTTCTCATGGG AACCAAATTGGCCAAGTAAAGCTCATACAAGGGTACCGCTTATCGACTTCAACTGCCAATGGCCATTATATCTCAACCAA CAGTGAGGGAAAAAAGTCAATTAAGTTGAAAAGAAACGAGATTGTTCTTCAGACATTAAATTTCCCGTGTCACGATATTT TCTATTTTGAAACCCTAACTCAAGCTCACTATAGATCTCTCCTGTGGGTTGGACCTGCCCTTCTTTTCTCGACTGCTACT GCAATCAGTATACTTGGTTGGGATGGAAAAGTGAGGTCAATCCTCTCAATCAGTATGCCTTATGCAGTCTTGGTTGGTTC TTTGAATGACCGGTTATTGCTGGCTAACCCTACTGAAATAAATCCCAGACAGAAAAAGGGAGTAGAGATCAAAAGCTGTC TTGTTGGTCTCCTTGAACCAATTCTTATTGGATTTGTCACAATGCAGCTAAGTTTTGAGCAGAAGCTTGATCTGTCAGAA ATATTATACCAAATAACTTCGAGGTTTGACAGCTTGCGCATAACACCAAGGTCTCTGGACATACTTGCTAGAGGATCTCC GGTTTGTGGAGATTTAGCTGTGTCCTTATCACAATCAGGTCCTCATTTCACCCAGGTGATGCGGGGTGTTTATGCTGTGA AAGCTCTTCGTTTTTCCACTGCTTTATCTGTTTTGAAAGATGAATTTCTGCGATCTAGAGATTATCCAAGATGTCCTCCC ACATCTCATTTATTTCACCGGTTCAGGCAGTTGGGTAATGCCTGTATCAGGTTCGGTCAATTTGATAGTGCAAAAGAAAC ATTTGAAGTTATAGCAGACTATGAAAGCATGCTTGATCTGTTTATATGCCACCTTAATCCCAGCGCCATGCGTCGTCTTG CTCAGAAATTGGAAGAAGAAGGTCTTGACTCAGAATTGAGGCGTTATTGTGAAAGGATATTACGAGTTCGATCTAGTGGA TGGACACAGGGTATATTTGCTAACTTTGCTGCTGAGAGTATGGTTCCAAAAGGACCTGAATGGGGTGGTGGAAACTGGGA AATTAAAACCCCAACTACTGTCAAGGATATACCTAAGTGGGAGCTTGCTGCGGAAGTGACACCATACATGAAGACTGATG AGGGTACGATTCCATCCATTATTGTAGATCATATTGGTGTCTATTTAGGCTTAATTAGAGGAAGGGGCAATATTGTTGAG GTGAGGGAAGATAGCTTGGTTAAGGCCTTTATGCCAGGAGGTAACGAGAATAAATTAAACGGTCTTGAAGCATCTTCAGT TAAATCCATATCTAATCAATCGGATGTGAATCCCAGAGGTGGTTCAATGATGGGTCTGGAAAGCCTTAATAAACAACTTG CTAGTTCCTCTGCTGATGAGCAGGCTAAAGCAGAAGAAGAATTTAAGAAATCCATGTATGGAGCTGCTGATGGTAGCAGC AGTGATGAAGAAGGAGTATCCAAAAAGAAAATACACATTAAAATTCGAGACCCAATTTCCTCTTCTACTGTGGATGTAAA TAAGATTAAAGAAGCCACTAGACAGCTTAAACTTGGTGAAGGGTTACCTCCTCCAACGAGGACCAGGTCGTCAATCAGTG GAAACCAGGATCTTGGCCAGATTTTGTCCCTGCCACCAGCAACTACTGGAATGGGTTCTGCTACTGCTTCAACTCCTGCT GACCCTTTTGGTACAGACGCCTTCACTCAACCTGATTCCACTTCGCAGCCAACTATTGGGGTTGTGAGTGGGGGAGCTAA AGCAGGACCTATTCCAGAGGATTTCTTTCAGCATACAGTTTCTTCCCTTCAGGTTGCTGCATCGCTGCCTCCTGCTGGAA CTTTTCTCTCAAGATTCACTCCAGGGGGTCCAATAAGCAACACAACTCCAAATCAGGTTAGCGTTTCTGAAGCTGATGTT GGGTTTCAAGGTGGTGTTCCCCCTCAAGCCATTCAACAACCTGCTGTTCCAATCGAGTCCATAGGACTTCCTGATGGTGG TGTCCCTCCGCAATCCTCAGCACAGGCTGTGGTCATGCCCCAATCTCAGTTGCAGGCTGCTCAGGCACAATTTTCTAGCC AACCTCTTGATCTTAGTGTACTTGGAGTACCAAATTCTGCTGATTCAGGGAAGCCTTCACAAAGTAGTTCTGCACCGGTT TCTGTACATCCTGGACAGGTTCCCCGTGGGGCTGCTGCTTCTGTATGTTTCAAGATTGGACTTGCTCACCTTGAGCTAAA TAATCTTTCAGATGCATTGTCTTGCTTTGATGAAGCTTTTCTTGCATTAGCTAAGGAACAATCTCGTGGAAGTGATATAA AAGCTCAAGCAACAATCTGTGCTCAATACAAATTAGCAGTCACTCTTCTTCGGGAAATTGGACGTCTACAGAAGGTCCAT GGTCCAAGTGCAATCAGTGCAAAAGATGAGATGGCGAGACTTTCACGTCACCTCGGTTCATTGCCTCTTCTTGCTAAACA CAGAATAAACTGCATTCGAACTGCCATCAAAAGAAACATGGAGGTCCAGAATTATGCATATTCAAAGCAAATGCTAGAAC TACTATTTACCAAAGCGCCTCCAAGCAAGCAAGAGGAATTTAGAACCTTGATTGACCTGTGTGTTCAGAGGGGTTTGACT AATAAATCCATTGATCCCTTGGAAGATCCCTCACAGTTCTGTTCTGCCACTTTAAGCAGGCTTTCAACCATTGGATATGA TGTCTGTGATCTCTGCGGAGCCAAATTTTCAGCAGTGACTGCACCCGGATGCATTGTCTGTGGAATGGGTAGCATCAAAA GATCAGATGCTGTTGCAGGACCAGTTTCTTCACCGTTTGGTTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0107000.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEWTTLQHLDLRHIGRGVRPLQPHAACFHHHQALVAVAIGTYIVELDALTGSKISALGVGAPVVRMSYSPTSGHTVIAIL QDCTIRSCDFDLEQTCVLHSPEKKTEQISSDSEVHMALTPLQPVVFFGFHKRMSVTVVGTVEGGRAPTKIKTDLKKPIVN LACHPRLPILYVAYAEGLIRAYNIQSYAIHYTLQLDNTIKLVGAGAFAFHPTLEWVFVGDRRGTLLAWDVSTERPSMIGI KQVGSQPIKSVAWLPMLRLLVTLSKDGNLQVWETRITVNPNRPPMAANFFEPAAIESIDVPRLLSQQGGEAVYPLPRIKA IEFHPKSNLAALVFANVTSADTSKNKAAYSREGRKQLFAVLQSARGSSASVLREKLSALGSSGVLADHQLQAKLQEHTLK GHLTISDIARKAFLYSHFMEGHAKISPISRVPLITVLDTKHHLNDFPVCEPFHLELNFFNKANRVLHYPARAFYVDGLNL MAHNLSSGSDSIYRKLYNSIPGSVEYRAKYLVYSKKQRLFLVVYEFSGATNEVVFYWENTDAQTANSKSSTVKGRDAAFI GSNENQFAILDDDRTGLAVYTLPGGASKEAKDNDKVFEENQPAETSVGSIRGPTPFMFETEVDRIFSTPIDSTLMFASHG NQIGQVKLIQGYRLSTSTANGHYISTNSEGKKSIKLKRNEIVLQTLNFPCHDIFYFETLTQAHYRSLLWVGPALLFSTAT AISILGWDGKVRSILSISMPYAVLVGSLNDRLLLANPTEINPRQKKGVEIKSCLVGLLEPILIGFVTMQLSFEQKLDLSE ILYQITSRFDSLRITPRSLDILARGSPVCGDLAVSLSQSGPHFTQVMRGVYAVKALRFSTALSVLKDEFLRSRDYPRCPP TSHLFHRFRQLGNACIRFGQFDSAKETFEVIADYESMLDLFICHLNPSAMRRLAQKLEEEGLDSELRRYCERILRVRSSG WTQGIFANFAAESMVPKGPEWGGGNWEIKTPTTVKDIPKWELAAEVTPYMKTDEGTIPSIIVDHIGVYLGLIRGRGNIVE VREDSLVKAFMPGGNENKLNGLEASSVKSISNQSDVNPRGGSMMGLESLNKQLASSSADEQAKAEEEFKKSMYGAADGSS SDEEGVSKKKIHIKIRDPISSSTVDVNKIKEATRQLKLGEGLPPPTRTRSSISGNQDLGQILSLPPATTGMGSATASTPA DPFGTDAFTQPDSTSQPTIGVVSGGAKAGPIPEDFFQHTVSSLQVAASLPPAGTFLSRFTPGGPISNTTPNQVSVSEADV GFQGGVPPQAIQQPAVPIESIGLPDGGVPPQSSAQAVVMPQSQLQAAQAQFSSQPLDLSVLGVPNSADSGKPSQSSSAPV SVHPGQVPRGAAASVCFKIGLAHLELNNLSDALSCFDEAFLALAKEQSRGSDIKAQATICAQYKLAVTLLREIGRLQKVH GPSAISAKDEMARLSRHLGSLPLLAKHRINCIRTAIKRNMEVQNYAYSKQMLELLFTKAPPSKQEEFRTLIDLCVQRGLT NKSIDPLEDPSQFCSATLSRLSTIGYDVCDLCGAKFSAVTAPGCIVCGMGSIKRSDAVAGPVSSPFG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
PANTHER | 1 | 1587 | 1587 | 0.0 | – | |
PANTHER | 1 | 1587 | 1587 | 0.0 | – | |
Phobius | 1 | 706 | 706 | - | – | |
Gene3D | 2 | 282 | 281 | 1.7E-16 | ||
SUPERFAMILY | 27 | 275 | 249 | 2.81E-21 | ||
SMART | 50 | 89 | 40 | 80.0 | ||
SMART | 134 | 183 | 50 | 130.0 | ||
SMART | 192 | 229 | 38 | 94.0 | ||
ProSiteProfiles | 206 | 282 | 77 | 9.573 | ||
SMART | 234 | 273 | 40 | 0.17 | ||
ProSiteProfiles | 248 | 275 | 28 | 8.737 | ||
ProSitePatterns | 260 | 274 | 15 | - | ||
Phobius | 707 | 727 | 21 | - | – | |
Phobius | 728 | 772 | 45 | - | – | |
Phobius | 773 | 792 | 20 | - | – | |
Phobius | 793 | 1587 | 795 | - | – | |
MobiDBLite | 1155 | 1226 | 72 | - | – | |
MobiDBLite | 1166 | 1221 | 56 | - | – | |
MobiDBLite | 1342 | 1362 | 21 | - | – | |
MobiDBLite | 1342 | 1365 | 24 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0107000.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…