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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0087600 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0087600.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ABC transporter ATP-binding protein; TAIR: AT4G39850.1 peroxisomal ABC transporter 1; Swiss-Prot: sp|Q94FB9|AB1D_ARATH ABC transporter D family member 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2SHL3|A0A0B2SHL3_GLYSO ABC transporter D family member 1; Found in the gene: LotjaGi6g1v0087600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:17723018..17742879) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAAGCAAGCAACCACAGTTTTAAACAACTTCTCTAATCAGCATTGGTCACCATTAATAACATTAAAAACTTACCAAGAAA CTTAAAACTCCGGAAACCCGACCCGAATACGACACCGTCTACTGAAAGCGAAACTCAACTAGTTTATCTTGTAGGAGAAA GAAAAAAAAAAGAAAAACAAGAAGAAAGAACACGAGTTCTCTTTTGTACCGTCGCATCTCACATTTTCGTTCCCAAAATC CATTGCGGTCTTTTCACAAACACCTTGTGTGCGCTTCACGACGGACGCAACCTCAATCAAATTCAAAGAGGTATTGAAAT CTTGTTGCTACCTGATTCTGATGCTTTTTTCATCACTGGTTGCTGAATTCACAGCTTCACTCCGATTCTTCTTTGTCTTC ATTTGATTGATTTCCGATTTGCTAATTGAGGGTTTTTGTTTTTGTTTTTCTCGGAATGAACGATCGTGGGTTTTGCTGTA GATTCTGATGACTCCTGATTCTGATCGTTGTTGTTGTTGAGGATTGGTTTTGACCACGATCATCACCAACCAACCAACCA ACGTTTGCCTGCAATTTCTGGGTTCTTGAGCTGAGCTAGGATTTTATGGTCGATAATAATAAGGACGAGTATGCTCTCTT ACCACGTGATGATGGAGCATGGTTAACACTATTCGCCTTTTAAGGTGACCCATTTCTAACACTAAATTTTCTGTGATTTT GAGGTATATAAAGTACATTACTAGCTGCCTCTGTTTGTTTGTTCTGGTTGTGAAATACTGGTATGAAGTGTGTTATGAAG TACTACGTCAAAATTTCTGAAAACTAGGGTGTGACACAATATGATATGTATGTAAAACAATAACAATTTTGCCTTTTCCT ACTAGTGGGTGGTTACATGAATCATATAACACCATAACTCCATAAACACCCTATCATGTATAAATTTTATAGATAGGCTA 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TCCTGCACTAATACCATTCCATTCCACGGAGTTACGGCTGATCGATGGCGAGGGTAATTGGGAACTTCGTCAGATCAAGC AATGATTTTCGTAAGGTAGAACTGCCAGCAGACTCCCATTTGTTACTATATGAGATATGAGATGTGCCGAGCCGTGAAGA TATTGTAGCAGATTGCAAAGTTGAAATTAGGGTTGCCAATGATGGTATTCCTATTATCTTTCATTTTGGGTTTTACCATA TTCCCCAAGCTTCAATTACTGCTCCATAGACTTCTGGGGACAAACAAACCGAAACAGCATAACGGCCAAAATAGTTGGTA GTGAGTTAGAACATCTTTGTCACGATCTTGGCAGTGTATGAAGATCAATCATGTACAGGTCATTTTTTAGGTGGTTAATA TTCATTCATATTTATAACCATTGAATGTAATAAAACGGCTTGAATCAAGAGTTGTTCCTGGAGATATTATCTTCGCCTGA ACTATTCCATCGTCCATGTATTTTTGTAAGCTTGAGTTTCTTTCTTTATTACATGGCCAGCTGAAATGCTTTTAACTCGC TTGATTATGATATCATCAGAGTTGTCGAAATCAAGATTCTACAGGAAGAAGAGGTTTGTCGAGTAATTATAGCGAAGACT GTAAAAGCATAATGAAAATATACAAATATTATAACAGAATTCACTAATTCCAGATGTAATGTAAATAATATTTCAGTATA TATCTAGTTCATATCTAGGATTGATTAAATGAATCTACGAACAAAATGAGGGGTAACCACCCACCTGACTACCGACTCCA ACCGGGGTATGAACACTAGTAAAGCAGAAAATAATAGTACCCAAGTCCGTCTACTTAAACAACTTCACAAAGCATCAACA TGGACAAACTTGAAACGGACTTTCAAATAAACCCCACAACTCAAACCCAAGGACTAAGATGCCGCAGATGATGTAAAGGC TGTTGCCAAACGGCGACCTTCCTCACGGTGGCAATGGCAAGGGCCACTGAGCGAAGGCAGTTGCCAAATTGCGACCTTGC TCACGGTGGCAATGGTAAGGGCCACTGAGTCAAAGGTGTGATACGTATGAAGAGACTAATGTTTTAAGGGTGTCAAAAGA TTGAGAGAAGGATAATCTGGTAGGGACGAAAGCCAGCGTGAACACTTAGGGGAGAGTGTTTAGAGAAATTAATGCGAGGT AAGAGATCAGTACAACCTAAGTACTTCATTTAACATTAGTGTTAGTAACGATGAGCATCAACCCAAGGATTGAGCTTAGC CGTCCTTAATTAGCATCGATCTGGATGATGTTGTCGATGAATTTTTTTTAAATTGATTGTCTCAGCTATGCTGAAGCTTC TTAGCGTCGGGTCAAGACCAACGCAATAGGACATAACTAAATAAGTTGTTTCTTGCAGTAAACTATATTTGGGCATGTGA TTTTTAATCACTTTTTTATTTGAGTTTACTTTCCTTATTACTTTTACCATGTATATTTTGTAAGTGAGAGATATATTTCA TGAACACAAATTAACCGGAAAGTCCACACAACCTTGCTTATAAAACTGTGACACAAATAAGCTGGTATTGGATAAAGAAA TCATAGATTGTATAGAGAATTCCAACATTAAATAAAAAATAAACAACCAATACTCATGACTAGCTAGTTAAGTTAGTGGA TCTATGAATTGTTTGCTCTACTTTTAATCAAAAAGCCTCTAAAGCAGCACCAAAAGAAAAGACATGATAATCTTCAGCGC TGCACCATGCATGATGATCATGATCATGTTTACACCCACACTCATCCGACTTGTTCAATCTTTTTGAGCTATTGTCTTTC TTTTCCGAAGCCACTACTTTTATTTTGATCTCCACTTGCACTTCTGGTACACTGAAGGTGGTGGAAGAGTCTCCATCACA AGAATCAATCTTCACCCACTCTTTGAACTCCATGTTTTGTGATTCAAGAATTGCCTTCCATGGAATCTCACCCTTCCCCA CGAGACGTGACCCTCCAAAAATCCTCCTTAACACTTTTGTGGCTGCTCCGTTGCTTTGTCTTAGCTCTAAGACAAGGCTT TCCTTCTGAAGGGTCTCAAAGAATTCTTCAGGACACGAACAATCTAGACTGAAGGACTCGTTCCAAAAAGGGTTGGATTT GGAAGATACCATTTTGCTGTTGAGTTGAATGCTTGATCTGTTGTTTCCTGCAGGAAGATACAACCTTGCAAATAAGTTTT TCGTGATCCCAACATTTTGGGCTTGTATTATTCTTATCTCACAGCTGAAAGATGGAAGATCCATTAAGAATTGGAGAGTT TATCTAGTACTTTTATGTTTTAGCAATTTAGCTGGGAAAATGAAAGGGAGGTATGCTAAGACTTCAGAGTTAAGAGTAAG AGGTTTATTGTTTGAGTTTGAGTTGTTCTCTATGGACGGTTATGATATATATAGTGCATATTGTACATTTAAAAAAAGGG GAAGTTGGATATGCTTTCTAGGAAGATGATCTTATCCTAAAATACTTTTATATGGTAAAATTATAACTAGCCTATCACAA TTGTTATTTGTGCATACTAGCA
CDS sequence (LotjaGi6g1v0087600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTTCCCTTCAGCTGTTGAAACTAACTCAGCATGGCCAGAGCTTTCTGGCTTCAAGGAGGAAAGCTTTACTACTTGC ATCTGGTATCTTAGTTGCTGGTGGAACAGCTGCATATATGCAATCAAGGTTTAGAGCCAATAAACATGATTTATTTGGCC AATGCAATGGCCAACATAGTGATAAAGAAGTCACAGAGGACGAGGTTATGAAAGAAACTACTCCGCCAAAAAATAAACAA AAGAAAGGGGGAGCGAAGTCACTTCAAGTCCTTGCTGCAATTCTTCTTTCTGAGATGGGAAAATTAGGTGCAAGGGATCT TTTAGCTTTAATTGGCATAGTGGTGCTGCGAACTGCTTTGAGCAACCGGCTTGCTAAAGTGCAAGGCTTCCTATTTCGTG CTGCTTTTCTTCGACGTGTACCATTGTTTTTCCGGTTAATTTCAGAAAATATTCTTTTGTGCTTCCTCTTATCAACCATT CATTCTACATCAAAGTTCATAACAGGAACTTTGAGTCTGCATTTCAGAAAAATATTGACAAAGCTTATCCATTCCCACTA TTTTGAGAACATGGTATACTACAAAATATCACATGTGGATGGTCGTATTACTAACCCAGAGCAAAGACTTGCCAGTGATG TGCCGAAGTTCTGTTCGGAATTAAGTGAAATTGTACAGGATGATCTAACAGCAGTGACTGATGGAATTCTATATACATGG CGGCTGTGTTCTTATGCTAGCCCAAAATATGTCTTCTGGATATTGGCCTATGTACTCGGAGCTGGGACTGCGATCAGAAA CTTCTCTCCTTCGTTTGGCAAACTTATGTCCAGAGAGCAGCAACTGGAAGGAGAGTATCGACAGCTTCAGTCACGATTAA GGACTCACTCAGAAAGTATAGCATTTTATGGTGGAGAGAGGAGAGAAGAATCTCATATTCAAGAGAAATTTAAGGCATTG GTTAGGCACATGAATAGAGTGCAACATGACCATTGGTGGTTTGGCATGATTCAGGACTTTTTATTGAAGTACCTTGGTGC AACTGTTGCTGTTATTTTGATCATTGAACCGTTCTTTTCTGGACATTTAAGGCCCGACAGTTCAACTTTAGGGCGTGCAG AGATGTTAAGCAATCTAAGATATCATACCAGTGTTATAATTTCCTTATTTCAGTCTCTGGGAACTCTTTCTATCAGTGCA AGACGGCTCAATCGTCTCAGTGGGTATGCTGATCGTATTTATGAGTTAATGTCTGTATCAAGGGAGCTACACTTGGTGGA TGAGAAATCTTCACTGCAAAGACAAGGGAGTAGAAATTGCATAAGTGAAGCTAACTACATTGAATTTTCTGGTGTCAAGG TTGTGACCCCCACTGGTAACGTCTTGGTGGATGATCTGACCCTCAGGGTTGAGCCAGGATCCAATCTTTTGATTACAGGT CCAAATGGCAGTGGAAAGAGCTCTCTTTTCAGGGTTTTAGGCGGTCTTTGGCCAATGATATCTGGACATATCGTGAAACC TGGCATTGGTTCTGATCTTAATAAGGAAATTTTCTATGTGCCACAACGACCATACACAGCTGTAGGAACACTTCGTGATC AGCTAATTTATCCTCTTACTGCAGATCAAGAGGTTGAACCACTCTCAGATTGGGGGATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTT GACCTTGAATACTTGTTGGATCGTTACCCGGCTGAAAAAGAGGTAAACTGGGGTGATGAACTTTCATTGGGCGAGCAACA GAGACTGGGCATGGCTAGACTTTTCTACCATAAGCCTAAATTTGCAATTCTTGATGAGTGCACAAGTGCTGTCACTACGG ATATGGAAGAACGATTTTGTGCTAAAGTTCGAGCTATGGGAACATCATGCATTACCATATCACATCGTCCAGCGTTGGTT GCCTTCCATGATGTGGTTTTGTCCTTGGATGGTGAAGGTGGATGGAGTGTACATTATAGAAGGGAGGACTCTTCTACTGA AATGGGGATTGATACAATGAAGGAAACAGAAACCAAACGACAGAGTGATGCAAAAACTGTTCAACGAGCATTTGCCATGA TCAATAAGGATTCTGCATTCTCAAGTTCAAAGGCACCGTCGTATATTGCAGAGGTGATATCTTCATCTCCATCTATGAGT CATACAATATCACCATCTGCTGTTCCCCAACTCCGTGGTAATACTAGGGCATTACCGCTGAGAGTAGCTGCCATGTGTAA AGTATTGGTACCCACTGTACTTGATAAACAAGGTGCACGACTATTTGCTGTTGCTATTCTTGTTGTTTCTAGAACATGGG TCTCAGATCGTATTGCATCGCTGAATGGTACTACTGTGAAGTTTGTTTTAGAGCAGGATAAAGCTTCCTTTATTCGGTTA ATTGGTTTAAGTATTCTTCAAAGTGGTGCATCTTCTTTCATTGCACCTTCTATAAGACACTTGACAGCCAAGCTGGCCCT AGGGTGGCGGATTCGTTTGACACAACATCTACTCAATAACTACTTGAGACACAATGCATTCTACAAGGTCTTCCACATGG CAAGCAAAAATATTGATGCAGATCAGAGGATAACTCAAGATTTGGAGAAGTTAACAGCAGACTTGTCTGGATTGGTTACT GGATTAGTAAAGCCATCTGTGGATATTTTATGGTTCACATGGAGAATGAAGCTTTTAACTGGTCAGAGAGGAGTTGCTAT ACTCTATGCTTACATGTTACTTGGCCTGGGATTTTTAAGAACTGTTACGCCGAATTTTGGTGATTTGATTAGCCAAGAAC AACAGCTTGAAGGAACCTTTAGGTTTATGCATGAAAGACTTTGTGCTCATGCTGAATCTGTTGCTTTCTTTGGAGGTGGT GCTCGAGAAAAAGCTATGGTTGAATCAAGGTTCAGAGAGCTTCTGACCCATTCCAAGTACCTTCTAAAAAAGAAGTGGTT GTTTGGTATACTCGACGATTTTATCACTAAGCAACTCCCTCATAATGTGACTTGGTTGCTTAGCTTGTTGTATGCTATGG AACATAAGGGAGACCGTGCCTCAATAAGTACTCAGGGTGAGCTGGCACATGCATTGAGGTTCTTAGCATCTGTTGTTTCT CAAAGCTTTTTAGCTTTTGGTGACATTCTTGAGTTGAATAGGAAGCTTGTAGAGCTTTCGGGTGGCATTAATCGTATTTT TGAACTTGAAGAGTTCCTGGATGCAGCACAATCTGAGAACTTAATCAACGGTGGTGCTGTACATCCAGTGAGGGACAATC ATTCTAAAGATGTTATTTCATTTTCTAAGGTTGATATTGTAACTCCTACCCAGAAGATGTTGGCCAGAGAGTTGACTTGT GATGTTGAGCTTGGGGGAAGCCTGCTTGTTACTGGTCCAAATGGAAGTGGAAAAAGTTCAATTTTCAGGGTTCTTAGAGG ACTCTGGCCCATTGCTTCTGGAAGACTCTACCGACCATCTGAAGATATGGATCAAGAGGCTGGATCAGGTTGTGGCATCT TCTATGTTCCTCAGCGGCCATATACATGCTTGGGAACCCTGCGGGATCAAATTATATATCCCCTGTCCCGTGAGGAAGCA GAGTTTAAAGCATTGAAGTTGTACGGAAAAGGTGAAAAACATCCTGTTACTGGAAATTTGTTGGACATGCATTTGGAAGT TATCCTAGCGAATGTTCGGTTGAATTATCTTCTAGAAAGAGACGCAAGTGGCTGGGATGCAAAGCTAAATTGGGAAGACA TTCTATCACTTGGAGAACAACAGAGGCTAGGCATGGCGCGCTTGTTCTTCCATAAGCCTAAAGTTGGTATCCTCGACGAG TGTACCAATGCAACTAGTGTGGATGTTGAAGAGCACCTATATGGACTTGCGAAGCAAATGGGAATCACATTTGTTACTTC GTCACAACGTCCTGCACTAATACCATTCCATTCCACGGAGTTACGGCTGATCGATGGCGAGGGTAATTGGGAACTTCGTC AGATCAAGCAATGA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0087600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MASLQLLKLTQHGQSFLASRRKALLLASGILVAGGTAAYMQSRFRANKHDLFGQCNGQHSDKEVTEDEVMKETTPPKNKQ KKGGAKSLQVLAAILLSEMGKLGARDLLALIGIVVLRTALSNRLAKVQGFLFRAAFLRRVPLFFRLISENILLCFLLSTI HSTSKFITGTLSLHFRKILTKLIHSHYFENMVYYKISHVDGRITNPEQRLASDVPKFCSELSEIVQDDLTAVTDGILYTW RLCSYASPKYVFWILAYVLGAGTAIRNFSPSFGKLMSREQQLEGEYRQLQSRLRTHSESIAFYGGERREESHIQEKFKAL VRHMNRVQHDHWWFGMIQDFLLKYLGATVAVILIIEPFFSGHLRPDSSTLGRAEMLSNLRYHTSVIISLFQSLGTLSISA RRLNRLSGYADRIYELMSVSRELHLVDEKSSLQRQGSRNCISEANYIEFSGVKVVTPTGNVLVDDLTLRVEPGSNLLITG PNGSGKSSLFRVLGGLWPMISGHIVKPGIGSDLNKEIFYVPQRPYTAVGTLRDQLIYPLTADQEVEPLSDWGMVELLKNV DLEYLLDRYPAEKEVNWGDELSLGEQQRLGMARLFYHKPKFAILDECTSAVTTDMEERFCAKVRAMGTSCITISHRPALV AFHDVVLSLDGEGGWSVHYRREDSSTEMGIDTMKETETKRQSDAKTVQRAFAMINKDSAFSSSKAPSYIAEVISSSPSMS HTISPSAVPQLRGNTRALPLRVAAMCKVLVPTVLDKQGARLFAVAILVVSRTWVSDRIASLNGTTVKFVLEQDKASFIRL IGLSILQSGASSFIAPSIRHLTAKLALGWRIRLTQHLLNNYLRHNAFYKVFHMASKNIDADQRITQDLEKLTADLSGLVT GLVKPSVDILWFTWRMKLLTGQRGVAILYAYMLLGLGFLRTVTPNFGDLISQEQQLEGTFRFMHERLCAHAESVAFFGGG AREKAMVESRFRELLTHSKYLLKKKWLFGILDDFITKQLPHNVTWLLSLLYAMEHKGDRASISTQGELAHALRFLASVVS QSFLAFGDILELNRKLVELSGGINRIFELEEFLDAAQSENLINGGAVHPVRDNHSKDVISFSKVDIVTPTQKMLARELTC DVELGGSLLVTGPNGSGKSSIFRVLRGLWPIASGRLYRPSEDMDQEAGSGCGIFYVPQRPYTCLGTLRDQIIYPLSREEA EFKALKLYGKGEKHPVTGNLLDMHLEVILANVRLNYLLERDASGWDAKLNWEDILSLGEQQRLGMARLFFHKPKVGILDE CTNATSVDVEEHLYGLAKQMGITFVTSSQRPALIPFHSTELRLIDGEGNWELRQIKQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 22 | 22 | - | – | |
| Phobius | 23 | 42 | 20 | - | – | |
| Phobius | 43 | 101 | 59 | - | – | |
| MobiDBLite | 56 | 82 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 60 | 79 | 20 | - | – | |
| PANTHER | 89 | 225 | 137 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 89 | 225 | 137 | 0.0 | – | |
| Pfam | 91 | 359 | 269 | 9.5E-82 | ||
| Gene3D | 96 | 425 | 330 | 4.1E-6 | ||
| Phobius | 102 | 120 | 19 | - | – | |
| Phobius | 121 | 139 | 19 | - | – | |
| Phobius | 140 | 160 | 21 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 142 | 417 | 276 | 1.7E-10 | ||
| ProSiteProfiles | 151 | 341 | 191 | 10.813 | ||
| Phobius | 161 | 249 | 89 | - | – | |
| PANTHER | 223 | 320 | 98 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 223 | 320 | 98 | 0.0 | – | |
| Phobius | 250 | 268 | 19 | - | – | |
| Phobius | 269 | 340 | 72 | - | – | |
| Coils | 279 | 299 | 21 | - | – | |
| PANTHER | 313 | 636 | 324 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 313 | 636 | 324 | 0.0 | – | |
| Phobius | 341 | 359 | 19 | - | – | |
| Phobius | 360 | 378 | 19 | - | – | |
| Phobius | 379 | 398 | 20 | - | – | |
| Phobius | 399 | 903 | 505 | - | – | |
| Gene3D | 443 | 705 | 263 | 2.0E-42 | – | |
| SUPERFAMILY | 445 | 651 | 207 | 2.87E-37 | ||
| CDD | 447 | 655 | 209 | 1.2592E-78 | – | |
| ProSiteProfiles | 447 | 676 | 230 | 13.832 | ||
| Pfam | 464 | 609 | 146 | 1.9E-19 | ||
| SMART | 472 | 651 | 180 | 5.5E-7 | ||
| ProSitePatterns | 581 | 595 | 15 | - | ||
| PANTHER | 634 | 1336 | 703 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 634 | 1336 | 703 | 0.0 | – | |
| Pfam | 746 | 1011 | 266 | 2.4E-77 | ||
| SUPERFAMILY | 760 | 1069 | 310 | 3.01E-6 | ||
| Phobius | 904 | 922 | 19 | - | – | |
| Phobius | 923 | 1337 | 415 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 1094 | 1325 | 232 | 3.71E-26 | ||
| Gene3D | 1095 | 1331 | 237 | 1.3E-30 | – | |
| ProSiteProfiles | 1099 | 1336 | 238 | 9.504 | ||
| CDD | 1099 | 1330 | 232 | 1.18148E-61 | – | |
| Pfam | 1117 | 1283 | 167 | 2.7E-14 | ||
| SMART | 1124 | 1327 | 204 | 0.25 | ||
| ProSitePatterns | 1255 | 1269 | 15 | - |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. | ||
| Molecular function | ATPase activity | Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate + 2 H+. May or may not be coupled to another reaction. | ||
| Molecular function | ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances | Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate, to directly drive the active transport of a substance across a membrane. | ||
| Biological process | Transmembrane transport | The process in which a solute is transported across a lipid bilayer, from one side of a membrane to the other. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0087600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…