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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0060900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0060900.3 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Structural maintenance of chromosomes protein; TAIR: AT2G27170.3 Structural maintenance of chromosomes (SMC) family protein; Swiss-Prot: sp|Q56YN8|SMC3_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 3; TrEMBL-Plants: tr|M5WT05|M5WT05_PRUPE Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0060900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:8529780..8543175) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGTACATTAAGCAGGTAATTGTGCTTCGAATTGCATTTTATTAACTGCTGTTATCCGAATTAATACGTTTGATTAAACT GTATATTATGTTGCTATTTGGAGTTGGTTCCTTGCTAAATGGTCTTCTGATGCATTTGCGTGTATTTTTTTCTTTCTTTT TTTGAAGATTGTGATTGAAGGTTTCAAGAGTTACCGAGAGCAAATTGCCACCGAGACTTTCAGTCCAAAAGTGAATTGTG TTGGTAATATAATTTTACTTGAAAGCTTTTCAATGCTTTCTTCTATTGATTCTGGAAAAATACTTTGAAATGCATAGTAT GGGCATCTTATTTCATGATGGTAGCTCAACGTAGTACCGAAATGATGCAATATGTAATAAACTTAAAAGTCAAATTTTAT TTGTCCAGAGATAGATATATTTGCATAGATGACATATTTTTTTCTTGTGTGTAAAAACCTATTAGTATTTTTAGAATAAT AAGTCATAATAATCACCCTAAATGGTTTCATAAACAATTGCAAATGGACATACATATAATAATTTTCATTATAAAATGGC TATATAGTCCTTTCTCTCTCTTTGGATTAAAGGGTTTTTCTTTAAAAGAGAGAGAAGTACAAAGCTGAGGGTAATGTGTT GTCTTTGGAGGGGCAAAGAGGAAAAAAAGGCTGAAAAACTTAGTATGAAAGTAAAGCCTGCCAATTCCACTGCTTGACCA AGGAAGCCCTCTAAACCAACCCATGGCATTAGCTGAACACCATAGCAATGAAGACAGCTGTTCCCATATAAGGGAATATA TATATATATATATATATATTCTTGAAAATCCTGCCAACGCAAAACTGGCACATTTCCATTAAACATTCCTGTACTTTGCA GAGCCTTTTAAAAGCTAAACTATAGAACTCTAGCATCTGGACTAGATTGGATTGATTGCTAGTCTTGTAAGCGCTAAGAG 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GGCCTGCTGTATTTGGGCCTAGGTTTGATTTTATCTATATCTATTAGTTAGTTTTAGTATGGTTTGGTATTGACTCTATT TTTTATTATTTGAGTAGGGCCTATGTTGGGCCAGAGTCATTAGCTTAGTAGGGTGTGGTGATGAGATGAGAGAATGAAAA GATTAGGAACTCCATGCATTTATTTGTAGTTTATAATTGCACACTCCATGTTCTGTTAGCCTTCATAAGTCAATCATAAA TTTGGACGTAGTCATTTTTTAATTCCGGTTCTAATGCGTGTAGTTGAATGCTTGTCTTCTTATTTTAGATAGAAGAAGCT CGCAACAAGGTTTCTGAAACATCATCAAAGATGTATAATGATGTTCTTGATGCACATGAGAAATCCAAAGATTTAGAGAA TACATTGAAAGACGTAACGAAAGAACTTCATAACTTTAACAAAGAAAAAGAGGTTATTGACAAGAGACGAAAAGAGGCAC TAAAGAAGCACACGGAGCTTGAACTTGATGTCAAAGATTTACAGGAGAAGATCTCTGGAAATATCCGAGCCAAAGTACTA TTCTAATGCAATCATCTCAGAAGTTCTTCTAGAAGGGATAGTTATATACTTGGTTAATCTATTACCTACATGCTTTCAGA AAGATGCTGCAAAACAACTGGGGATACTTGAGAAAGAAATTCAAGACTCAATGGATGAACTGGACAAAATCAGCCCTTTA TATGAGGATCATGTTAAGAAAGAACAAGACATAACAAAGCGGTATGCTATGGTTGTATATGTTTTACTAATATGCTTCAA TAAAGTATATTGTACTTAACTCTTCTAGTGTTTGTATTCTGACTGTCATGGTAGTATGTTTTTTACTCACTCTATTATAA CATGTTAATCTTTAATTTAGTTAAGTACTATTTTGACTACAAAATTTGGATTGGTTAGGGTACATGATGGAGAAATATAT 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TTAAGACGTATTCGGGGGGCTGGTTGATAATTTCATATTGCATCATGTTTGATACTACTGTAATGTGCAGGATGTCAGAA GAGGGTTGAATTCAGTTCGGAAGATCTGCAGGCAGCACAACATTTCTGGAGTTCATGGCCCAATTATCGAGTTACTGAAT TGTGATGACAAATTTTTCACTGCAGTTGAAGTTACAGCAGGAAACAGGTAATTTCTCACCATGAGTCATATTCATAGATT GTATTTTTGGGATTTAGGGTGGGGGTGGTGAGAGAGATTTGGCACATCCATAGCATGTAGTTGTTCCATTTTTTTTAGTT TCAGTCTCTGTTCTTGGCCTGATCTCTTTACTGGTCTTTTTAAACAGCTTATTTCATGTGGTTGTTGAAAGTGATGACAA GTCAACCGAGATAATTAGACATCTTAATTCACAGAAAGGTGGAAGAGTTACATTTATTCCTCTCAACAGAGTAAAGGCTC CACACATCACTTATCCACAGAGTTCTGATGTCATACCTCTTTTAAAGAAGTTGAATTTTAGAGATGACTATAAACCCGCA TTCAGTCAGGTTAGCTCTACACGAATTTTATGTTGTAATTACGCATGGGCATGTCGCAGCATCTTCAGGTTCTATCTGCT AAATAACATAACTAAGATGGTTTATCTGGTTATGACATCATAGTAAAATTGATGCACAGTTGAGAAGCATCTTGAGTTAG GATAATAATTGTATTGAAGGACTTTTGTGTTAATTAGGGGTTATTATAATATCATTATGAATTATAGGATTTTCTCCTCT TTTAGAGATCCTATCCTATTTATTAGGAATTTATCTTTGATAAGTTATTCATTCTTCGGAGAATATATGTTTGATCTTAT TAAAATTTGGGAGGCCTAACTCTACCCCAAAAGCTAGCTTAGGGGCAAAGTTTACTCTACCCAATATATGGACATATTTA 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AATTTCTAAAGCTCTTGCAAAAAAGGTTTTATTGGATTTTATATCATTCTCAGTTATCACCTGAGAGCTTCTTTTCTGTG GAGTTGCTTGGGAAAATTTCACTGCTTCTTCCTTATCATTTTTCCCCCTTAATTGCATGTAGGAGAAGTCACTTGTGGAT GTCCAGAATCAGATTGAACAACTTAAAGCTAGCTTGGCAATGAAAAAAGCTGAAATGGGCACGGATCTCATTGATCATTT AACACCAGAGGAAAAAAAACTTTTGTCAGATTTGAACCCTGAAATCAAAAACCTTAAAGAGAAGCTTGTTGCTTGCAAGA CTGATCGCATTGAGGTTATTGAATGAATTAAATTGATGCTCATTATATTTAATGGGACTGTGTCCTTGTCTTACCTTAAA TTTTGCAGACTGAAGCACGAAAAGCAGAGCTGGAAACTAATCTAACTACTAACCTTAGGAGAAGGAAACAAGAGTTGGAA GCTGTAATATCATCTGTGGATGCTGACTCATTGGTTGTTGACTCTGAATTGAAGGGGCAGGAACTTAGTGATGCTAAAAT ATTGGTTGATGATGTATCCGGACAGCTTAAAAGTAAGAAGTTCAATTAATGTCTTGAAGTTCAAATTATGGTTCCTCATT TGACCAAATATTCCTCTTCAGGAGTCTCTGAAAGTATGAATGACCGAACGAGGCAAATTAAAAAGATCAAAGATGAAATG AATAAATTGAAGGTAGTGTGCTCTTATAAAATTGTTGTTGGTCTTACGTGCGGTTACTTCATGATAATGACAGCTTTTGG TTGTAGTCTTTGGAGGATGAGTACGAACGCAAACTTCAGGAAGAAGCAAAAGAACTAGAGCAATTGCTGAGTAAGAAAAA TATATACTCTGCCAAAGAAGAGGAGTATACCAAGAAAATAAGGGAACTGGGCCCGTTGACATCTGATGCTTTTGAGACGT AAGGCTTCTCTCTTGTGTCAGTAATATGATTTTTTTCCTCTTTGTTTTTTTTATGTGGATGAGATGATTTTTTTAATGGA TAGGAAAATAAGATATTTTGGAAAGATCAAGAAATGAAAGTTGATTTATACAGAAAGCACTAAAGCACGTCATTTTCTTT CCCTTTGTCATTAGTTTATGTAAACACTCTATTAGCAACATTTCATGCAAGGTTTCCAAACCTAACTTCTGCAACGGTGT ATTTTCATGAAAGCTATATTCGTTCTCACCTTAGTTGCCATGAAATACGGCATGCCTAACTATTGCAGCGGTGTAAATAT ATACCTTGTTTAAGCTCGTAAAATCTTAAGTTTAGCGTCTGCAACATATTGTTTTCCTTGACATTCATATCTGAATTATT TTATTTTTTATTATATTTTTTAAATGTAGATTTTGTATTTAGTAAATAATTGAGATAAATTTGAGTACGATGCATATTTT TCATGTTTTCACTTTTATTAAAAGAAGGAACTTTTACAGTTTATGGCCTGCTGCATTCCTGCATTATAATTTACCATTTT CTCTGTACTTTGGTTTCAGCTACCTTTAGTTAACTCATTTCCTTTCGGCATTGGACATGGCAGGTACAAGCGAAGGAATA TAAAAGATTTGAACAAAATGCTGCACAGATGCAATGAGCAATTGCAACAGTTTAGTCATGTAAACAAGAAAGCACTTGAC CAGTACATAAATTTCACGGAACAACGAGAAGAACTTCAACAAAGGCAAGCTGAACTTGATGCAGGAGATGAGGTATTTTA CTGGGATTTAGTTTTGAAAGTCCTTCATAATTACTTAAAAGGAACGAGGTGAAGTGATTTGAATATTATTTCTTGTGTAA TTACACATTTACAAACTCCAATTATATAGATTACCATATATCAAACTAATTGCTAACTGAATGAAAAAGGAAACAAATCT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0060900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTACATTAAGCAGATTGTGATTGAAGGTTTCAAGAGTTACCGAGAGCAAATTGCCACCGAGACTTTCAGTCCAAAAGT GAATTGTGTTGTTGGTGCTAATGGATCTGGGAAGACAAACTTTTTCCATGCCATTCGTTTTGTGTTGAGCGATCTCTTTC AGAACCTACGCAGTGAGGATAGGCATGCACTACTCCATGAAGGGGCTGGACACCAGGTTTTATCTGCATTTGTGGAGATT GTGTTTGATAATTCAGACAACCGTATCCCGGTTGACAAGGAAGAAGTGCGCCTGCGTCGGACTATTGGTTTGAAGAAGGA TGAGTATTTTCTCGATGGAAAACACATAACAAAAACTGAAGTGATGAATTTACTGGAAAGTGCTGGATTCTCTCGCTCAA ATCCTTATTATGTTGTACAACAAGGAAAGATAGCATCACTGACCTTGATGAAAGACTCTGAACGATTGGATTTACTGAAG GAGATAGGTGGTACTAGAGTTTATGAGGAGAGACGTCGTGAAAGTTTGAAAATAATGCAGGAAACTGGCAAGTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0060900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MYIKQIVIEGFKSYREQIATETFSPKVNCVVGANGSGKTNFFHAIRFVLSDLFQNLRSEDRHALLHEGAGHQVLSAFVEI VFDNSDNRIPVDKEEVRLRRTIGLKKDEYFLDGKHITKTEVMNLLESAGFSRSNPYYVVQQGKIASLTLMKDSERLDLLK EIGGTRVYEERRRESLKIMQETGK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 184 | 184 | 3.1E-45 | – | |
| PANTHER | 1 | 182 | 182 | 1.0E-124 | – | |
| PANTHER | 1 | 182 | 182 | 1.0E-124 | – | |
| SUPERFAMILY | 1 | 182 | 182 | 3.82E-34 | ||
| Pfam | 2 | 132 | 131 | 4.9E-37 | ||
| CDD | 3 | 166 | 164 | 8.87671E-106 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0060900.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…