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LotjaGi1g1v0470300.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0470300
Transcript ID LotjaGi1g1v0470300.2
Related isoforms 4
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description F-box protein family; TAIR: AT3G06240.1 F-box family protein; Swiss-Prot: sp|Q8GXC7|FBK50_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g06240; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0JBR7|A0A0R0JBR7_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0470300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:98071565..98116184) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GAATTATTTCTGAAAACTATTTTAAAAACTGAAAACTAAAACTGCTATCAAACAGACCCTAAGCTATCACTTTTTAAATT TAAGCAATCAGATTTACCACCTCATGTTGCTCTAATGCTACTCCAAAATAAGTTATCCAACTTGATTATTCCAGGGTTCA AAGGAAGGAGCACGGAGGAGCGCCCTTCGCTCTCTTCGATTCTTCTCCCTGACGAATTGATTGAAGCGATTCTGCTGCGA CTACCGGTGAGTTGTCTTCTCCGTTTCAAATCCGTCTCAAAATCATGGTTGTCTCTAATTTCCAATCCCCAATTTGCCAA ATCCCACTTTGACCTAGCTGCTGCACCCACGCACCGTCTCCTCCTGAATTGCACTCGTGAACTCCGATTCCAGTCCTTAG ACGTTGATTCATCGCCACCCAACAATGAAACTGCAGTGCTCAAATACCTCCGTGAAGAGTTTGATGGTTATGGTAGAGAT ATAGATTTACATTACAACCCCAAACTTGTAGTCCTGGGTTCTTGCAGAGGGTTTCTATTTTTACTTTCAAACAATTTTCC AGCTCATGATTTCGTTGTGTGTAATCCGTTAACGGGTGAGCATAGACGAATTCCATCATCTACTAGTTTTAGTTACTCTT ATTCTTCACTGTATGGTATTGGGTATGATCAATCAACTGATGACTACTTGCTAGTTTCTATAAGATCGAATGTTCGTGAT CCTAGAATTGAGGTTTTTTCGTTGAAAACCAATTTACCCAGCTCGCTCACACTGGATAATGAATATCAGTCTCTCGGTTC TGATTTTCAACACGGTTTGTTCTTAAATGGGTCTCTCATTGGTTGGTTACCGTTACGTCTAGTGATACCAATCCTCATGT ACTTCTTGCTTTTGATTTGGTTAACAAGAGTTCATCGGAGATTGCTCTGTCACCTGATTTAGCTCGGCAGTTGAAGAATG 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GTTGGGTTGATAGACATTCACTTTCTTTTTGGGTTGAGAGTACCGAGTTGGGCATTGAACTATTTCTTTTGCTTTTCGTT TTGAATAATTAAATTTGATGTAATTTACTTGGGTTTTTCAGACGCATGTTTCATACTCTTTCAGATGATTATTTAATGTA GAATTTTTGCGCTGTTGATTATTTTCCACGTGCTTTTGGAAAGGTTAAGTTTCAAGAATTTCGTAAAATTGAACATTTGT CATTAATTCAAGATTAATTAATTAACCGACGGAAATTCCTTATGAAACTTGTGACATTTGGCTACTGTGTGACACTCGAG AAATCGGGGCGTTACATTCACCGCCTTCACTTTCAATTTGAACTTCAAAACTTACATTCATGGACCTCTCGTCTCAAACT GGAATGTCGCATCAGCAAGTGTCTGGACATCCTACGCCGCCAATTGCTCCCCAATGGGAATACAACGTTAGCAAGATTTA TGGTTGAACACACTGCTTGGATTGGTCCTTGTGTTCCTAGCAAGAATGATTACATGGACATAACAGAAGATTGATAATAT GATTCATGCTTGTAATATTGTATTAGATTTGACATTTGAATATTTTCCTACATGCATTAAAACAATGCTCATTTATTGTA ACCATGTCTGTTTGTCCCATATTATTGTCTCTGCATTTTGGTGTTTCTGCCTTTGTGACAATATCTGGTTTGAGAAGTCC GAATTTTTAAGTTTCATATTAATCCGGTTTAGCAACTCTCGGACGTCTTAAAAAGGGGTGGGGTGACAAATTTAATTATC AAGCAGTCCGAAACTTATAGTCTTGGAGAGATCTGAAACTTATAGTCTCGGATCACTCTTACGAGATGCAGCAGGATGCA GTAAGTTAAGACCAAACCAAAGGCATATTCCCCAATTTAGATTATGTATTGTTATTATGCTTCACTTTTCAAATGCTTAA TTTGGATTATGTATTGTTATTTTGCTTAAGTTGGATTATATAATTTTTCAATTTTAAAGTCATGTTATTTTTCCTGCAAT TAGACTAAACGTATGGTTACTGAACTGTAATTAACTTATCCGAAAGTGTAACTCTCGGACGGAGTCCGAGACCTCAACAA CCGGACTGGGATGGAGGTTCAAGTCCCGGAGGGTAGTCCCGACATTTTTTTAAAAAGACTGAAGTGACAATTCTAATGCA TGGGGTGGGAAATCTAATTCCCCTCGTTGTTCCTTCTTCCTTCTTATTCTCTTTAGGCTTTGTTTGGATTGGGGGAGGGG GATGGAGTGGAGTGGAGTGGTGGGGAAGGAGGGAGTGATCAATTGTTTGTTTTATTTAAAATATGATGGAAGAGAGTGGT AAGTAGTGGTCCAAGATCCATTATGCTCCATTACTTTCCTTCTGATTTGCTCCCCCCAAAATTGGATGAAAATGAATGGA AAGAAAAACTGATCACTTACTTAAATTATGAAAATACTATTCTACCCATGGTAACCTCCATACATAACTTCTCCTAGTTT GTGACCCTAATTTTCTCCCATTACGTATCAATCATGCTAATGCAAGTAAAACCACACATGCTGCACATCTTCTGGGCACA TGGACAACTCTTTTACCATTTCAAGTTTTCCCTCTGTTTATTGGAAGGCTTCATTGAGGCTTGGCAATTGTTTCGATGAT TGGTGCGTGTGGCAATTTCCCACTCACGCTGGGCACTTTCTTTCGTGCTGACATGTAGCCTCTGTTTCCCACTATTTTTG CAATTATCTTACCTTCTTTTTTCTATTTTCTTGGCTTTTACCTTTGAATCTATCTTGTAATTGTTTGAAGGGTAACACCC TTTGTGCCTTTTATATTTACATATTTGTGGCTTATCCTAAAAAAAAAAGGTTTTTCCTCTTGCTTTAATCAAGGCAGACA 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TAATTGGAAAAAAATAAAAATCCAAAAACTTTATTTTGCTTATGTAGATTTTTTATTTTCTATGTCAGCTTCATTAATAC AGTCAGCGTAACACTTCATCACTCGCCGGACTAGCTCCATACGTTTTTCAAAGATAGGGATTTATTCCATAATTTTTTCC GATCAGGGACCTGGTTCAGACGGCAAGACAAAGACAGAGACTAATTTGAGGATCAAGCCTAAATTATAACATATTCCGTT CCGTCCATTATACAAACAATGCACTGGTAACTTTGTTCCGCTCCGTTAGGGATGACAACGGGTAGGATCGGGCACGGGTT TTACAATTACCAAACCCAAACCCATATCTCAGAACCCAAACCCAAACCCAAACACAAATCCTATGGGCAATAAAATGAAA CTCATGCCCAAATCCATTGGGTTTCGGATTTACCCGAAACCCAAACCCAAACCCATTAGTTACGTAAAATAGCAATCCAA TCCAGAACTTTCATATAAAAAAAAAGTGAAATTCATAGAAAGAAAAAATAACAAATACTATTCATCATCCTCATCCATCA CTAAAGTGAGATCATCAAACACTAAGAACAAAGTTTATAAATATATATATGTATGAGGATTTTTTTTGTAATTTTATGTT TCAGGTATCTTTGGGTTCGGGTTTGGGCGGGTTTGGGCACGGATTTAACTAATACCAAACCCATACCCATAAATGACTAC AGTAACGGGCAAAACCCAAACCCAAACCCAAATCCAGTCAACTCGAATTTTGCCCGTCAAATCGGATCGGGTTCGGGCGG GTACCCATGAGTTTGGGCAAAATTGCCATCCCTACGCTCCGTCATAAAATATCCAAACAATGGAATGAAATTTTTATTCC ATTCCGCTCCACTCCATTCCGTTCAATTATATTCCATTCCGCTCCGCTCCATTATGTTCCATCAATCCAAACATAGCCTT AGGTTTCCATTCAATGGAAGGAGCAAATAGATTTTGAGCTCTATCTGTTGGTGAAAGATGACCATGCAGCGACGCCGACG ACGAAGGAGGAGCACGGCGGAGAACCCTTCGCTCTCTTCCGTTCTTCTCCCTGACGAGTTGATTGAAGCGATTCTGGTGA GACTACCAGTGAGTTCTCTTCTCCGATTCAAATCAGTGTGCAAATCGTGGCTCTCTGTAATTTCCGATCCCCAATTTGCG AAATCCCAATTTGACCTAGCTGCTTCACCCACCCACCGTCTCCTTCTCAGTGTCACTGATGACCTCAAATTCCAATCCTT AGACATTGATTCATCACCACCCAATGACGATGAATCTGCAGTGCTCAACTACCCGCGTGAACAGCAGCCTTATTCTCATG GTAATACTTTATTTTCTAGCCTTCGGGTCCTGGGTTCTTGCAGAGGGTTTCTACTTTTACTTTCACGTTCACCCAATCAA CCAGGAGGTCATTTCATTGTGTGTAATCCATCAACGGGTTTCCATAGAAAAATTCCATCATCTTATAGTTTTAGTGATTA TACGCATTTTCAGTATGGTTTTGGGTATGATCAATCAACTGATGACTACTTGTTAGTTTCTATTAATTCGTTTCCCGGTG ATCCTAGTTCTTCAATTAAGTTGTTTTCTTTGAAAACCAATTTAACATGCTCGCTGCCACTGGATAATGAATATCACTAT CTCGATTGTGGTTGTCCAAGCGATTTGTTCTTACATGGGTCCCTTCATTGGTTGGTTACGTCTAGAATTACGAGGCTTCA TGTACTTCTTGCTTTTGATTTGGTAGGGAAGAGTTTATCAAAGATTGCTCAGTCACCTGATTTAGCTCAGCAGTTGAACA ATAAACCATATGATTTAAGGGAGATGGCAGGATGTCTTGCTCTATGTTACTCTGCTTATGGTGAAATGGCTGAAATGTGG ATAATGAAAGAGTATAAAGTGCAATCATCTTGGACTAAGATTGTTTTCTCTACTCATGATGAATCACCCTGCTTTTTTCC AATATGTTTCACTAAATGTGGTGATGTATTTGGATCAGATGAGTTTGGAAGATTATTGAGACTCAACGATAAAGGAAAGC TACTTCCAGTTTATCCGTGGGATTGGTCTTGGGAGAGCAGATATCGTCTATTATATAGTCGTATGTATACAGCAAGTATA CTGTCACTCCCTAGTTAATTTGCGGACCAACAAAAAACAGACATGAAGTATCAATGTATGTAATTCTGCAAACCTTTTCA CCATTTTAGTACTATTACTATCTACCAAATGCATGCTTACATGAAAATGGTTCTTTAACCTATCTTATACTCTCTCCTTC CTAGCTAGTTATGTTCCTCTCTCTATAAATAAGTGATACATGAAATTCCAAAGAAAGCTGATATTTTAAGGTTTACTGAA TTCACTGTTGGATAGGGAAAATATTCTGTCTCGCTTGCTCAGAATAATGAATGGCAATTTGGGTGGAAAACTATGTAATA GAAACTGCTATGATCTAGTGTGAAATAACAGTACTCAAACTAAAATCTTATGCAGTATATAATTTGGTGATATTTACAAT ATGCTAATTTTTCTTACAGGCTTGAAGCATGCAAGGATACTCTTAATAGTCAGGTCAATGTCCTAGCTTTCCTTCAAATG ATGATACTACAAGAAGAAAACATGATGTGAAAAAGTCTTGTATAACCGGTATCTGTTGTTTTAGTGGTGATTTTAGTTCT GTTGGAGTGTAGTTAGAGTTTAGAATTTAATTATGTTTCGAAGTATGAAAGTTAGCAAATCCTAATTGGAATTAATATAT TTTTTTTTTTTGTATCTTTATGTCTTTCCTCTTAATAGTATTCTTGTGTTAGCAGTTTTTCCCCTTTCTGTCTCTTAATT TACTGTTTTTTATTTATTTTATGTTCTGGCACATATATGTACGTTATGTTCACTTCACTATATGATTTGTTTTTTTATGT GTAAACAGAAAAAGGCCTTAATTGAGCCTGCAGATGAAAATGTTTGCAATGCATGCAGAGTGCATCATATGATATTAATT ACTGTTCTCTAAGTTATGTATGCCATGAGCCATCATGTGTTATTTGTAGTTAGAAACCAGGCAAATGCTGAAAAAGAACT ATCTGTTGAAAAGTCTCATATTGATTAGATATATGGCCTAATATGTCCTTATAAATGGGAGGGAAATTCTCATCTCTAGG CTAGCTTTTGGGGTAGAGTTAGGTCTAACCTGAATTCTAAGGCTATCAGTAGAAACTACATTGGTTTTGACAGGATTTTC ATTTATGGATGCTGTAACTTTTCAACAGGAAAGTAATGCTCTAGACATACTCAATAGAAATCCTATATGGTGCTGTACGT AGCTTGTATCTTCTCTAAGGCTTTATTATTATTGCAGATGAAAAATAATGGATGGATGTAGAAAATCAGCTTGAAACTAC TTAAATACATGGAAGATCATGTCTCTTGCCAGTAAATATATGATGCAAGGAAAGTGTGATACTGTTTCAGTTACTGGTTT GATGTTTACCAAGTCTACACTTTTTTTTATGATAATCTTTCTGCAGATAGCAAAGCTCTAGAATCTGGGATCAAGTGGTA GAGATGTATACTAACACCATAGCTTGAGAGTTGGACAAGTTTGTGCACTCTTTTCAAGGGCACACATACTAGAGTTGATT TTGTCTTGAAAGATATTGGTAATGGTAACCCACTCGCTCTATGATAATGTTTCAGGAAATGAATTTGAGACTTAGGGCCC GTTTGATGGTCAGGATAGGATATGATAGGATATGATATGTGAACAGGATATCAACAGGATAGGATAAGACCAGGATAGAC TCTTATCATATCCTGTGTTTGAGGTGCACATGATAATGACAGGATATGATAAGGAAAAATGTATCAGATTTATATTTGAA TAAAAAATACATTTAAAATTGATCATTCTATTAAATTTAATTTCTTTACATTTTCATGAATGAGTCTATATTTTAAAATA AATAAAATTAATTTAAATTTTATTAATTAGCCTATTTTATTGTTTTGAAGATACCCTATATTTTAAATAAAATTATGCAG TTAACCGATTGGTTTTCACTTAGCTGTGACACGTGATAATTAACGATAAAAGTTAACTAAATTAAGAATATTATTATTTG AAAAGTAATTTATATTTGAATTATAAATTATTATATAAGTAGATAAGTAGTTTTAAATAATTGAAGATGAAAATAAAAAA TTAATCTATTACTATTAAAAAATCAATATTTGTAATCAATGTTTTTCACTTAGTTGTGACACGTGATAAACAATAAAAAT TAACTAAATTAAAAATATTATTATTTCAAAAATACTTTATATTTAAATTATTATATAAGTAGATAAATAATTTTTAAATA ATAGGAGATGAAAATATTAAATTAGTCTATTATTATTAATAAATCAATATTTGTAAGTGAGTAGTCTATTTTTACTATTT ATGAATAATAATTTTATTTATTTTTTATTTTAGTTAAATTAATATTTTTATATTTATTAATTAATATTATTATAAATTAT AAATTATATAATATTAAAATAAATTAATTTGGAGTTAAGATACTGAAAGAAAATATATAACTGGTATCCTATCCTGCTCT ATCCTAGCTCCCCTCAGGATAACTTTTACACATGATTGACAGGATAGGATAGAAGACAGGATAGTGTTATCATATCCTGC TGGTGCAACAAACAACAGATAACAACAGGATATGATTATTATCCTGTCCTATCCTATCCTATCCTATCCTGGTCACCAAA CGGACCCTTACTGGTTTTAATGGGCTGTTGGATCAAAATAATAGTTGGAAAAAAAAGAGCTTGGTTGGATTTGCAAATTT TGTTTACCCAACACAAAAATAAAGGATATGCAAAGTTTACAATTCATTGCAATTGCTGATTTTATTTTATCAGGTTAAAT ATGTTTTTCGTCCCTGAACTTTGAGCGAGATTTGGTATTCGTCCCTCGCCGGAGTAAAAGCCGAGATAGACCCCTAAACA TAAGGGAAATAGTTGGTTTTAGTCCCTTCCGGGGTGGTGGCGCTGACCACCGCGGCCACATGTCACGACAAGCTACGATG ATAATCTGGACCTATTATAATGTTTGACCTAACGTCTGCTCTTTTTGTCTTAGATAATGACATTTTAGATGTTAAATATT AAAACTTTTCAATTGTATGTAAGGTGTTTGATGTGCAGTTGAAGGAGAAATCAGTGATGG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0470300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCTACTCCAAAATAAGTTATCCAACTTGATTATTCCAGGGTTCAAAGGAAGGAGCACGGAGGAGCGCCCTTCGCTCTC TTCGATTCTTCTCCCTGACGAATTGATTGAAGCGATTCTGCTGCGACTACCGGTGAGTTGTCTTCTCCGTTTCAAATCCG TCTCAAAATCATGGTTGTCTCTAATTTCCAATCCCCAATTTGCCAAATCCCACTTTGACCTAGCTGCTGCACCCACGCAC CGTCTCCTCCTGAATTGCACTCGTGAACTCCGATTCCAGTCCTTAGACGTTGATTCATCGCCACCCAACAATGAAACTGC AGTGCTCAAATACCTCCGTGAAGAGTTTGATGGTTATGGTAGAGATATAGATTTACATTACAACCCCAAACTTGTAGTCC TGGGTTCTTGCAGAGGGTTTCTATTTTTACTTTCAAACAATTTTCCAGCTCATGATTTCGTTGTGTGTAATCCGTTAACG GGTGAGCATAGACGAATTCCATCATCTACTAGTTTTAGTTACTCTTATTCTTCACTGTATGGTATTGGGTATGATCAATC AACTGATGACTACTTGCTAGTTTCTATAAGATCGAATGTTCGTGATCCTAGAATTGAGGTTTTTTCGTTGAAAACCAATT TACCCAGCTCGCTCACACTGGATAATGAATATCAGTCTCTCGGTTCTGATTTTCAACACGGTTTGTTCTTAAATGGGTCT CTCATTGGTTGGTTACCGTTACGTCTAGTGATACCAATCCTCATGTACTTCTTGCTTTTGATTTGGTTAACAAGAGTTCA TCGGAGATTGCTCTGTCACCTGATTTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0470300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLLQNKLSNLIIPGFKGRSTEERPSLSSILLPDELIEAILLRLPVSCLLRFKSVSKSWLSLISNPQFAKSHFDLAAAPTH RLLLNCTRELRFQSLDVDSSPPNNETAVLKYLREEFDGYGRDIDLHYNPKLVVLGSCRGFLFLLSNNFPAHDFVVCNPLT GEHRRIPSSTSFSYSYSSLYGIGYDQSTDDYLLVSIRSNVRDPRIEVFSLKTNLPSSLTLDNEYQSLGSDFQHGLFLNGS LIGWLPLRLVIPILMYFLLLIWLTRVHRRLLCHLI 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 240 240 -
Gene3D 20 115 96 5.0E-7
ProSiteProfiles 25 71 47 9.656
PANTHER 30 249 220 1.2E-41
PANTHER 30 249 220 1.2E-41
SUPERFAMILY 30 84 55 3.66E-13
Pfam 31 67 37 5.7E-8
SMART 31 71 41 5.1E-6
TIGRFAM 136 241 106 2.6E-12
Phobius 241 263 23 -
TMHMM 241 263 23 -
Phobius 264 275 12 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0470300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…