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LotjaGi1g1v0529600.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0529600
Transcript ID LotjaGi1g1v0529600.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Importin-like protein; TAIR: AT2G31660.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4IRR2|SAD2_ARATH Importin beta-like SAD2; TrEMBL-Plants: tr|I1N4Z0|I1N4Z0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0529600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:105661663..105679091) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGATCTTCCTAGTCTCGCTGTTATACTCCAAGCCGCTCTTAGCCCCAATCCCGAAGAACGCAAAGCAGCTGAGCAGAG CTTGGATCAGGTAGTTAGTTCTCACTTCTTCATTTCTTGAATTTCGGATTTGCTGATCGTATTGCTGCTTTGTGTTGATT CAATGTTGCACTGCCTTAATTCCATGAATTTATCTTGATTCATGTTGATTATGCTGTTTATTTGCATTAGTGTTCATTTA TGGGTGCTAATTGGGTGTAGCAGTGGTTTTAATTTGATGAAATTTCAATTTCAACTTTTAATTTTTTTGAAATTTTGTGA TGTACAGTTCCAGTATGCACCTCAGCATCTGGTGAGACTGTTGCAAATTATTGTGGACAATAACTGTGACATGGGTGTGA GACAAGTGGCTAGCATTCATTTCAAGAACTTTATTGCCAAGAATTGGTCTCCTCTTGACTCCGGTATATGCGCGCCGCCG CACTTTATTGTAGTTGGTGATTAAGATTAGAGAATGAATTTCTGAAGTCCTTTTGTTTAATTGATCATACTGTTCTTTAT TTGCTGATATAGATGCCCCACAGAAGATATTGCAGAGTGATAAAGATGTAGTGAGGAATCATATTCTCACGTTTGTTACT CAAGTTCCTCCTTTGTTGAGGTACAATTGTTCATTTGTTGCTGCCTGTTGTTTGTTAGCAACTTTCTGTGTTCGCGTTTT ATCTGATTATTTCCGTTGTATTGACTTGTGTGCCTTTCTCGCATGTTTGTTGGGTTTATAGGGTGCAACTCGGTGAGTGC CTGAAAACAGTTATACATTCTGATTATCCTGAACAGTGGCCTCATCTTCTTGATTGGGTGAAGCATAACTTACAGGATCA ACAAGTCTATGGTGCCTTATTTGTGCTGCGTATTCTTTCTAGAAAATACGAGTAAGTTTGAATTTATTTTATTTTAACTG 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CAGATCCATTGAGGTTTGAGAACCTCACTCAGACACTTGAATTCAAATATCAAGCGCTTGCTAATGGCGTTGCTCAACAT GCTGAGCTGAGACGAGCTGAAATTGAGAAGGAAAAATTAGAGAAGTCATCAGTTGGCACAGCTTCTTAA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0529600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATCTTCCTAGTCTCGCTGTTATACTCCAAGCCGCTCTTAGCCCCAATCCCGAAGAACGCAAAGCAGCTGAGCAGAG CTTGGATCAGTTCCAGTATGCACCTCAGCATCTGGTGAGACTGTTGCAAATTATTGTGGACAATAACTGTGACATGGGTG TGAGACAAGTGGCTAGCATTCATTTCAAGAACTTTATTGCCAAGAATTGGTCTCCTCTTGACTCCGATGCCCCACAGAAG ATATTGCAGAGTGATAAAGATGTAGTGAGGAATCATATTCTCACGTTTGTTACTCAAGTTCCTCCTTTGTTGAGGGTGCA ACTCGGTGAGTGCCTGAAAACAGTTATACATTCTGATTATCCTGAACAGTGGCCTCATCTTCTTGATTGGGTGAAGCATA ACTTACAGGATCAACAAGTCTATGGTGCCTTATTTGTGCTGCGTATTCTTTCTAGAAAATACGAGTTCAAGTCAGATGAG GAGAGGACTCCGGTTTATCGCATTGTTGAGGAAACGTTTCCCCACCTTCTCGATATATTCAACAGGCTTGTCCAAATTGT TAATCCATCACTTGAAGTAGCAGATTTAATCAAGCTTATCTGTAAAATTTTCTGGTCCTCCATTTATTTAGAGATTCCAA AGCTGTTGTTTGATCAAAATATCTTCAATGCTTGGATGATACTTTTTCTAAATGTATTGGAGAGGCCTGTCCCCTTGGAA GGTCAACCTATGGATCCCGAGCTCAGAAAATCATGGGGTTGGTGGAAGGTCAAGAAGTGGACAGTTCACATTCTAAATAG GCTCTACACTCGTTTTGGTGACTTAAAGCTGCAAAACCCCGAAAACAAAGCCTTTGCTCAGATGTTTCAGAAGCATTATG CAGGGAAGATCTTAGAGTGTCACTTAAATCTGTTGAATGTTATTCGCGTCGGGGGCTATTTACCTGACAGAGTTATCAAC TTGATCCTTCAATATCTAAGCAACAGTATTTCAAGGAATAGTATGTATACTCTGCTGCAGCCTCGGCTTGATGTCCTCCT TTTTGAAATAGTTTTTCCCCTCATGTGCTTCAATGATAACGATCAAAAGCTTTGGGAGGAAGATCCACATGAGTATGTAA GGAAAGGCTATGACATAATTGAAGATTTGTATAGTCCTAGGACTGCGTCTATGGATTTTGTGAGTGAGTTGGTTCGAAAA CGCGGGAAAGAAAATCTTCATAAGTTCATTCAATTCATAGTTGAAATTTTCAGAAGGTATGATGAAGCTTCCATAGAATA CAAGCCGTATAGACAGAAAGATGGTGCTCTTCTTGCTATTGGTGCACTTTGTGACAAATTGAAGCAGTCCGAGCCGTACA AATCTGAACTTGAGCGTATGTTAGTGCAACATGTCTTTCCTGAGTTTAACAGTCCTGTTGGCCACCTTAGAGCTAAGGCA GCATGGGTTGCAGGACAATATGCCCATATTAACTTCTCAGATCAGAACAATTTCCGGAGGGCATTGCAGTGTGTTGTATC CAGAATGCAAGATCCCGAACTTCCTGTGCGTGTGGATTCTGTTTTTGCTTTGCGTTCTTTTATTGAAGCTTGCAAAGGTA ATTTGAATGAAATCCGTCCTATTCTTCCTCAGCTCCTTGATGAGTTTTTCAAACTTATGAATGAGGTTGAGAATGAGGAC CTTGCAGCTGCATTTTGGAGATGTATGAACACTGCAGAAGCTGATGATGAAGCTGATGATCCAGGTGCTCTAGCTGCAGT TGGTTGTTTACGTGCTATTAGCACAATCCTTGAATCAGTGAGCAGGCTTCCTCACCTTTTTGTTCAAATTGAGCCAACCT TGCTTCCGATAATGCGAAGAATGTTAACAACTGATGGTCAAGAGGTTTTTGAAGAAGTTCTGGAGATTGTATCATATATG ACCTTTTTCTCTCCAACAATATCATTGGATATGTGGACTCTTTGGCCGTTGATGATGGAAGCACTGGCAGATTGGGCAAT TGATTTCTTTCCAAACATTTTAGTTCCTTTGGACAACTATATTTCAAGGGGAACTGCCCATTTCCTTACTTGCAAAGAAC CCGACTATCAACAGAGTCTATGGAACATGATTTCATCTATAATGGCTGATAAGAATATGGAGGATAATGATATTGTACCA GCTCCAAAGCTTATTGAAGTTGTCTTCCAGAATTGCAGAGGGCAGGTGGACCATTGGGTTGAGCCGTATCTCCGAATTAC GGTTGAACGCTTGCATCGGACTGAAAAATCATATTTGAAATGTCTTTTCTTTCAAGTGATTGCAGATGCTCTATACTACA ATGCTGTGCTGACTCTCAGCATACTGCAAAAGTTAGGTGTTGCATCAGAAATATTCCATGTTTGGTTTCATTTGCTGGAA CAAGTCAAGAAGAGCGGTTTGCGTGCTAATTTCAAAAGGGAACATGAGAAGAAAGTGTGCTGCCTTGGTTTAACATCATT ACTGGCACTCCCAGCTGATCAGTTACCAGGGGAGGCTTTAGGCCGGGTGTTCCGGGCCACTCTTGAACTTTTAGCTGCAT ACAAGGATCAAGTTGCAGAGGCTGCGAAAGAGGAAGAAGCTGAAGATGATGATGATATGGATGGCTTTCAGACTGATGAT GACGATGAGGATGGCAGTGGTTTTGACAAGGAAATGGGAGTTGATGGTGATGATGGGGATGAAGCTGATGCTATCACGCT TAGAAAGTTGGCTGAACAGGCGAAGTCATTCCGGCCCCATGATTCAGATGACGATGATTCAGATGATGACTTTAGTGATG ATGAAGAGTTGCAGTCCCCAATTGACGAGGTGGATCCTTTTATTTTCTTTGTGGATGCAATCAAAGTGATACAATCTTCA GATCCATTGAGGTTTGAGAACCTCACTCAGACACTTGAATTCAAATATCAAGCGCTTGCTAATGGCGTTGCTCAACATGC TGAGCTGAGACGAGCTGAAATTGAGAAGGAAAAATTAGAGAAGTCATCAGTTGGCACAGCTTCTTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0529600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDLPSLAVILQAALSPNPEERKAAEQSLDQFQYAPQHLVRLLQIIVDNNCDMGVRQVASIHFKNFIAKNWSPLDSDAPQK ILQSDKDVVRNHILTFVTQVPPLLRVQLGECLKTVIHSDYPEQWPHLLDWVKHNLQDQQVYGALFVLRILSRKYEFKSDE ERTPVYRIVEETFPHLLDIFNRLVQIVNPSLEVADLIKLICKIFWSSIYLEIPKLLFDQNIFNAWMILFLNVLERPVPLE GQPMDPELRKSWGWWKVKKWTVHILNRLYTRFGDLKLQNPENKAFAQMFQKHYAGKILECHLNLLNVIRVGGYLPDRVIN LILQYLSNSISRNSMYTLLQPRLDVLLFEIVFPLMCFNDNDQKLWEEDPHEYVRKGYDIIEDLYSPRTASMDFVSELVRK RGKENLHKFIQFIVEIFRRYDEASIEYKPYRQKDGALLAIGALCDKLKQSEPYKSELERMLVQHVFPEFNSPVGHLRAKA AWVAGQYAHINFSDQNNFRRALQCVVSRMQDPELPVRVDSVFALRSFIEACKGNLNEIRPILPQLLDEFFKLMNEVENED LAAAFWRCMNTAEADDEADDPGALAAVGCLRAISTILESVSRLPHLFVQIEPTLLPIMRRMLTTDGQEVFEEVLEIVSYM TFFSPTISLDMWTLWPLMMEALADWAIDFFPNILVPLDNYISRGTAHFLTCKEPDYQQSLWNMISSIMADKNMEDNDIVP APKLIEVVFQNCRGQVDHWVEPYLRITVERLHRTEKSYLKCLFFQVIADALYYNAVLTLSILQKLGVASEIFHVWFHLLE QVKKSGLRANFKREHEKKVCCLGLTSLLALPADQLPGEALGRVFRATLELLAAYKDQVAEAAKEEEAEDDDDMDGFQTDD DDEDGSGFDKEMGVDGDDGDEADAITLRKLAEQAKSFRPHDSDDDDSDDDFSDDEELQSPIDEVDPFIFFVDAIKVIQSS DPLRFENLTQTLEFKYQALANGVAQHAELRRAEIEKEKLEKSSVGTAS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
SUPERFAMILY 1 981 981 1.03E-135
Phobius 1 23 23 -
Gene3D 1 942 942 1.3E-211
Phobius 1 2 2 -
Phobius 3 14 12 -
PANTHER 3 561 559 0.0
PANTHER 3 561 559 0.0
Phobius 15 23 9 -
ProSiteProfiles 24 99 76 20.047
Phobius 24 1008 985 -
SMART 24 99 76 2.7E-11
Pfam 24 98 75 1.9E-17
Pfam 153 446 294 4.1E-8
PANTHER 561 991 431 0.0
PANTHER 561 991 431 0.0
Coils 851 871 21 -
MobiDBLite 861 900 40 -
MobiDBLite 863 900 38 -
MobiDBLite 913 938 26 -
MobiDBLite 923 938 16 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Biological process Intracellular protein transport The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell.
Molecular function Ran GTPase binding Interacting selectively and non-covalently with Ran, a conserved Ras-like GTP-binding protein, implicated in nucleocytoplasmic transport, cell cycle progression, spindle assembly, nuclear organization and nuclear envelope (NE) assembly.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0529600.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…