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LotjaGi1g1v0785100.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0785100
Transcript ID LotjaGi1g1v0785100.3
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Exportin-4; TAIR: AT3G04490.2 exportin-4 protein; Swiss-Prot: sp|Q499Y0|XPO4_XENLA Exportin-4; TrEMBL-Plants: tr|K7N067|K7N067_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0785100
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:135760506..135775751) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

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GCGGGAACATCGGAGTTCCTTGGACTTGTGCTCCTTCGTCTGAGTCTGAGGTCTTGGCTTGCGCAAATGGGACTGCCATT TTTGCTGCTGCTTTTTTTCAGCCTCCCTAACTCTAATATAGTATCAGAGTCTGTCCTAGATCCATTTGTTGACTCCCCAT ATTTGGGTAGTGCAAACCTCAACTCTTGAGCTAGCTTTTCGGTTGAGTTAGGCCTCCCTAATTCTTGATTACTTAATTGT TTAAGCCTTGATTAGTACTGTATAAAAAGTGAACGACAGATGAACTTATGTTGCTTTTTCTCTTCAATGACGAATATACA ATTTACTTTTCACATCAGGATTATGTTTTCAAGATTTTTGTTCTCTTTCAAATCAAACATAGATTCCTTAATGCTCTGTT TTTTGTGAATAATTATAACATTATTTTGAAGATAGCATATTCATTGTCTTTTGTGGTCTTTTTCAGAGAGGAACATCCAT TATGAATCAGCATATATTCCTATTTTTTGTGTTACCCAAAATTTTAGAAGTTCGTAAATAATCACTAGTCCCGATACACT ATTGTACTGCATATCCAAGTATTCCTGCCATGATTTTCATCCTCCATTTAATAAATGGTTCCTGAATTTGAGAGGTTTTG GGTATATTTCTTTGCAGAGACTGGGCAATGAATTGATAGAGAGACTAGCAAATCCAACACTCAGATCAAGGCTCGCCAAT GCTTTGCATGCACTAACAAGTGCAAATCAGCTTTCTTCCTCCCTTGATCGAATAAATTACCAGAGATTTAGGAAAAATCT TAACATCTTCCTTGTTGAAGTTCGTGGATTTCTGAGGACCATGTGA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0785100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTCCTTGTTATGTATTTGTTTTCAGATCCCTATTAATCCAGGAGCTACTGAGGCAATTATATTGTCATTAGGCCAGTC TTCTCAGCCATATAAGACTTGTCAATTCATTCTTGAAAATTCCCTGGTAGCAACTGCAAGGTTTCACGCGGCTGCAGCAA TCAGAGAAGCAGCTATCAGAGAATGGGGTTTTCTTAATACTGATGACAAGAGAGGCTTGATTAGTTTTTGTCTATGCTAT GCTATGCAACATGCGAGTTCTCCTGATGGCTATGTCCAAGCAAAGGTATCTTCTGTGGCTGCTCAGTTGATGAAAAGGGC TTGGCTTGAGTTTGCAGCAGCAGAGAAGGAGACACTCTTTTATCAGGTGAACCAGGCTATTGTGGGCATTCATGGATTAG ATGTGCAGTTTGCTGGAATCAAATTTCTTGAATCGTTGGTATCTGAATTTTCTCCATCTACTTCAAGTGCTATGGGCCTT CCAAGGGAATTTCATGAGCAGTGTAGGACTTCATTTGAAAAAGACTACCTGAAGACATTCTACCGATGGACACAAGAAGC TGCTTCAAGTGTCACAAGTAGGATTATTGAATCTGACTCTGTTGTACCTGAGGTTAAAGTTTGCACTACTGCACTGGATC TCATGCTTCAAATCCTAAATTGGGATTTTCGTTGCAATACCAGTGACACAAAAATAAATGTAAATATCTTCTCTTCTGGA GTTAGGCAAGACGGGGATACTCCTAAAAGATCTGAATGTCACCTAGTGCAGCCTGGTTCAGATTGGCGTGACGTGTTGAT ATTAAGTGGTCATGTTGGATGGCTTTTGAGTCTATACGCAGCATTGAGGCAGAAGTTTTCACGTGAAGGCTACTGGCTTG ACTGCCCTATTGCAGTCTCTGCTCGAAAGCTAATTGTACAATTTTGTTCTTTAACAGGAACTGTATTTCTTTCTGATGAT AAAAAAATGCATGAGCACCATCTTCTGCAACTCCTCTCAGGGATAATAGCGTGGGTAGATCCTCCTGAAGCTGTTTCAAA AGCTATTGAATGTGGGAGAAGTGAAAGTGAGATGCTTGATGGTTGTCGTGCACTATTGGCTCTTGCAAATGTAACAAATC CCTGTGTGTTTGACGATCTCCTAAAGTCCATGAGGCCCATTGGTACCCTTACCTTTTTGTCGATGTTGATGTCTGAAGTA ATTAAAGTCCTCATGACTAACAACACTGAAGAGGAGTCTTGGAGCTATGAAGCTCGTGATGTCTTATTGGATACTTGGAC TGCCCTTCTAATGCCAATAAATACTATCACTGTGAATGCTTTGCTTCCGTCTGAAGGGATACAAGCTGCTGCAAATCTCT TTGGTTTCATTGTTGAATGCGAGCTAAGAATGGCCTCTGCTTCAGCATTTAATGATGGGGGCGATTCAGATTATCTTCAT GGTTCTGTATCTGCCATGGATGAAAGGTTAAGCTCCTATGCTCTTATTGCACGAGCTGCAATTGATGTTACAATTCCTTT ACTTATGAGAGTGTTTTCTGAACGGGTTGCACGCCTTAATCAGGGCAGGGGCATTATGGACTTGACTGAAACTATGGAAG AGCTTTATTCATTGTTGCTTATTATTGGCCATGTAATTGCAGACGAAGGGGAGGGGGAAACACCTCTGGTTCCTAATGCC ATACAAACCCAAGTAGTTGTGGATTCTGTGGAAGAAGATAAACATCCTGTTATTTTACTTTCCAGCTCAATCTTAAAATT TGCTGAGCAGTGCCTAAATCCAGAAATGAGAGCATCAATTTTCAGTCCCCGACTTATGGAGTCAATTATATGGTTCCTTG CAAGGTGGTCTCATACATATTTAATGTCTTGCGATGGGATTGGGGAGAAAATCTTGGATTCAAGTCATCATTATGAGCAT AGTTCAAAAAAGGCTTTGCTTAGTTTCTTTGGAGAGCATAAACAAGGGAGACTTGTTCTTGATATTATTGTCCATATATC CTTGATCACACTTACGTCCTATCCCGGGGAAAAGGATCTGCAGGGCCTCACTTGTTACCTTCTACTTCATTCCTTGGTTC AGCACAAGCATATATGCATTCACCTTGTTACTCTGAATTCATGGCATGAACTAGCAACTGCATTTTCCGGTGAAAAGACG TTGTTCTTGTTGGACACTGCTCATCAGCGGTCTCTTGCACAAACACTTGTTCGCTCAGCCTCGGGCATAAAAAATTTAGA AGCATCAAACCAGTATGTAAGGAATCTCATGGGTCATATTGCTAAATATATAGTGGAGATATCCAGCAAGAGTAATTTCA AAAGTATTGCCCAACAACCAGATATCCTCCTGTCGGTCAGCTGCATGTTAGAACGGCTACGAGGAGCTGCAAGTGCTTCT GAACCTCGAACACAGAAGGCAATCTATGAGCTAGGATTCTCTGTAATGAATCCCATACTAGTTCTTCTTGAAGTATATAA ACACGAGTCTGCAGTAGTCTACCTGCTACTTAAATTTGTAGTTGGTTGGGTCGATGGACAAATTACTTACTTGGAGGCCC AAGAAACTGCTGCTGTTGTTGATTTCTGCATGCGCTTACTACAGCTGTATTCATCTCACAATATTGGCAAGATATCGCTT AGTCTTTCAAGCAGCTTACTTAGTGAGGCAAAAACAGATCAGTATAGAGATTTGCGAGCTCTTCTTCAACTTCTTTCGAG TCTTTGCTCTAAAGACATGATTGATTTCTCATCAGATTCAATTGAGACCCAAGGCACTAACATATCTCAGGTGGTTTACT TTGGTCTTCACATAGTTACACCACTGATTTCAATGGACCTCCTGAAATATCCCAAACTTTGTCATGATTATTTTTCTCTC TTGTCCCATATGTTGGAGGTTTATCCTGAAACATTCGCACAACTGAATAGAGAAGCCTTTGCTCATGTACTTGGGACCCT TGATTTTGGCCTTCACCATCAGGATGCAGATGTGGTTAGTAAGTGTTTGAGAGCTCTTCAAGCTCTTGCTTCCTACCACT ACAAGGAGACTGCTAATGGTAATATAGGCTTGGGTTCACATGCCGTTGGTCTTGAGGATTCAAGTGGTAAGATTCAAGAA GGCCTTCTGAGCCGCTTTCTCCGTTCATTGTTGCAGTTACTCCTTTTTGAGGATTACAGTTCTGATCTAATCAGCGTTGC AGCAGATGCTCTCCTTCCATTAATCCTATGTGAACAAGGCCTGTATCAGAGACTGGGCAATGAATTGATAGAGAGACTAG CAAATCCAACACTCAGATCAAGGCTCGCCAATGCTTTGCATGCACTAACAAGTGCAAATCAGCTTTCTTCCTCCCTTGAT CGAATAAATTACCAGAGATTTAGGAAAAATCTTAACATCTTCCTTGTTGAAGTTCGTGGATTTCTGAGGACCATGTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0785100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSLLCICFQIPINPGATEAIILSLGQSSQPYKTCQFILENSLVATARFHAAAAIREAAIREWGFLNTDDKRGLISFCLCY AMQHASSPDGYVQAKVSSVAAQLMKRAWLEFAAAEKETLFYQVNQAIVGIHGLDVQFAGIKFLESLVSEFSPSTSSAMGL PREFHEQCRTSFEKDYLKTFYRWTQEAASSVTSRIIESDSVVPEVKVCTTALDLMLQILNWDFRCNTSDTKINVNIFSSG VRQDGDTPKRSECHLVQPGSDWRDVLILSGHVGWLLSLYAALRQKFSREGYWLDCPIAVSARKLIVQFCSLTGTVFLSDD KKMHEHHLLQLLSGIIAWVDPPEAVSKAIECGRSESEMLDGCRALLALANVTNPCVFDDLLKSMRPIGTLTFLSMLMSEV IKVLMTNNTEEESWSYEARDVLLDTWTALLMPINTITVNALLPSEGIQAAANLFGFIVECELRMASASAFNDGGDSDYLH GSVSAMDERLSSYALIARAAIDVTIPLLMRVFSERVARLNQGRGIMDLTETMEELYSLLLIIGHVIADEGEGETPLVPNA IQTQVVVDSVEEDKHPVILLSSSILKFAEQCLNPEMRASIFSPRLMESIIWFLARWSHTYLMSCDGIGEKILDSSHHYEH SSKKALLSFFGEHKQGRLVLDIIVHISLITLTSYPGEKDLQGLTCYLLLHSLVQHKHICIHLVTLNSWHELATAFSGEKT LFLLDTAHQRSLAQTLVRSASGIKNLEASNQYVRNLMGHIAKYIVEISSKSNFKSIAQQPDILLSVSCMLERLRGAASAS EPRTQKAIYELGFSVMNPILVLLEVYKHESAVVYLLLKFVVGWVDGQITYLEAQETAAVVDFCMRLLQLYSSHNIGKISL SLSSSLLSEAKTDQYRDLRALLQLLSSLCSKDMIDFSSDSIETQGTNISQVVYFGLHIVTPLISMDLLKYPKLCHDYFSL LSHMLEVYPETFAQLNREAFAHVLGTLDFGLHHQDADVVSKCLRALQALASYHYKETANGNIGLGSHAVGLEDSSGKIQE GLLSRFLRSLLQLLLFEDYSSDLISVAADALLPLILCEQGLYQRLGNELIERLANPTLRSRLANALHALTSANQLSSSLD RINYQRFRKNLNIFLVEVRGFLRTM 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 19 19 -
Phobius 1 2 2 -
Phobius 3 10 8 -
PANTHER 4 1143 1140 0.0
PANTHER 4 1143 1140 0.0
Phobius 11 19 9 -
Gene3D 15 238 224 8.4E-21
SUPERFAMILY 18 1111 1094 1.01E-18
Phobius 20 1145 1126 -
Gene3D 686 1144 459 1.2E-27
Pfam 941 1010 70 5.2E-6

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nuclear export signal receptor activity Combining with a nuclear export signal (NES) on a cargo to be transported, to mediate transport of a the cargo through the nuclear pore, from the nuclear lumen to the cytoplasm. The cargo can be either a RNA or a protein.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0785100.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…