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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi1g1v0785100 |
Transcript ID | LotjaGi1g1v0785100.3 |
Related isoforms 3 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | Exportin-4; TAIR: AT3G04490.2 exportin-4 protein; Swiss-Prot: sp|Q499Y0|XPO4_XENLA Exportin-4; TrEMBL-Plants: tr|K7N067|K7N067_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0785100 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:135760506..135775751) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTACAAGCATTTTATTTTTTGTATGAACTCATAGGAATACAAATACATGTCTAATCATGTCCTTGTTATGTATTTGTTTT CAGATCCCTATTAATCCAGGAGCTACTGAGGCAATTATATTGTCATTAGGCCAGTCTTCTCAGCCATATAAGACTTGTCA ATTCATTCTTGGTGAGTTTACATTTGTTGTTTTCAAGCAAAATATTTGCTTATACAAATGGAACTAGTATGCCAAATAAA TGATTTGAAGTAATCACTGGCAGGCAAGAATATGCAAATCAACTTGGATTATAAGTGTTGATGGACATGTTTATGCTACA TTTACTACTTTACTTAATCATCACATTCCAGGACCTACTGCTGTTTTAAAATGTGAAAATTGCTGTTCAAATAATTTCCT AAAGTCATCATTTGTATCTTAGATAATATTAGTGTATTTTTGGTTTTGCTTGATAATTGGATAGTGAAAACAGCCAACTT GAATGCAATTCATTAGTATCATGCTATGCTTATTGCCAAGTAATTGTTCAGTAATTTAATTTGTCTCATCAGTAAAAATA TAAATGACTCCGCTATTTGATATTTAGGACACTTTTTTAGCAGTGATGCAAATACTATGTATGCATGAGAGGTAAGGAGA ACAAATAGAGTAGAAGGAAGGGGAAAAGTGATCAAAACTTTGTAATGTTTTTAAGGAGAGTTAAGCAGGGTAGTGTTCCC CCCTTCTTCCTCCTCAAGGTCCCAAAATTATGGAGTAAGAGTTTTCTTTAAATAAATAAATTGAAGTATCCTCTATCTCT TTCCCCAAAATTAACTCCCGAAAGAAGTGGAAAAGAAGAAGGATCAATTGTCCCTCCATCTCTTCCCTACATTTTACCTT CTCTTCCTCCAACTTCTCTGCTCAAAAGCTTCCAAACATAACCATAAAAGATTTTGCATTGCTTAAGAACAGATGTACAG 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GCGGGAACATCGGAGTTCCTTGGACTTGTGCTCCTTCGTCTGAGTCTGAGGTCTTGGCTTGCGCAAATGGGACTGCCATT TTTGCTGCTGCTTTTTTTCAGCCTCCCTAACTCTAATATAGTATCAGAGTCTGTCCTAGATCCATTTGTTGACTCCCCAT ATTTGGGTAGTGCAAACCTCAACTCTTGAGCTAGCTTTTCGGTTGAGTTAGGCCTCCCTAATTCTTGATTACTTAATTGT TTAAGCCTTGATTAGTACTGTATAAAAAGTGAACGACAGATGAACTTATGTTGCTTTTTCTCTTCAATGACGAATATACA ATTTACTTTTCACATCAGGATTATGTTTTCAAGATTTTTGTTCTCTTTCAAATCAAACATAGATTCCTTAATGCTCTGTT TTTTGTGAATAATTATAACATTATTTTGAAGATAGCATATTCATTGTCTTTTGTGGTCTTTTTCAGAGAGGAACATCCAT TATGAATCAGCATATATTCCTATTTTTTGTGTTACCCAAAATTTTAGAAGTTCGTAAATAATCACTAGTCCCGATACACT ATTGTACTGCATATCCAAGTATTCCTGCCATGATTTTCATCCTCCATTTAATAAATGGTTCCTGAATTTGAGAGGTTTTG GGTATATTTCTTTGCAGAGACTGGGCAATGAATTGATAGAGAGACTAGCAAATCCAACACTCAGATCAAGGCTCGCCAAT GCTTTGCATGCACTAACAAGTGCAAATCAGCTTTCTTCCTCCCTTGATCGAATAAATTACCAGAGATTTAGGAAAAATCT TAACATCTTCCTTGTTGAAGTTCGTGGATTTCTGAGGACCATGTGA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0785100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCCTTGTTATGTATTTGTTTTCAGATCCCTATTAATCCAGGAGCTACTGAGGCAATTATATTGTCATTAGGCCAGTC TTCTCAGCCATATAAGACTTGTCAATTCATTCTTGAAAATTCCCTGGTAGCAACTGCAAGGTTTCACGCGGCTGCAGCAA TCAGAGAAGCAGCTATCAGAGAATGGGGTTTTCTTAATACTGATGACAAGAGAGGCTTGATTAGTTTTTGTCTATGCTAT GCTATGCAACATGCGAGTTCTCCTGATGGCTATGTCCAAGCAAAGGTATCTTCTGTGGCTGCTCAGTTGATGAAAAGGGC TTGGCTTGAGTTTGCAGCAGCAGAGAAGGAGACACTCTTTTATCAGGTGAACCAGGCTATTGTGGGCATTCATGGATTAG ATGTGCAGTTTGCTGGAATCAAATTTCTTGAATCGTTGGTATCTGAATTTTCTCCATCTACTTCAAGTGCTATGGGCCTT CCAAGGGAATTTCATGAGCAGTGTAGGACTTCATTTGAAAAAGACTACCTGAAGACATTCTACCGATGGACACAAGAAGC TGCTTCAAGTGTCACAAGTAGGATTATTGAATCTGACTCTGTTGTACCTGAGGTTAAAGTTTGCACTACTGCACTGGATC TCATGCTTCAAATCCTAAATTGGGATTTTCGTTGCAATACCAGTGACACAAAAATAAATGTAAATATCTTCTCTTCTGGA GTTAGGCAAGACGGGGATACTCCTAAAAGATCTGAATGTCACCTAGTGCAGCCTGGTTCAGATTGGCGTGACGTGTTGAT ATTAAGTGGTCATGTTGGATGGCTTTTGAGTCTATACGCAGCATTGAGGCAGAAGTTTTCACGTGAAGGCTACTGGCTTG ACTGCCCTATTGCAGTCTCTGCTCGAAAGCTAATTGTACAATTTTGTTCTTTAACAGGAACTGTATTTCTTTCTGATGAT AAAAAAATGCATGAGCACCATCTTCTGCAACTCCTCTCAGGGATAATAGCGTGGGTAGATCCTCCTGAAGCTGTTTCAAA AGCTATTGAATGTGGGAGAAGTGAAAGTGAGATGCTTGATGGTTGTCGTGCACTATTGGCTCTTGCAAATGTAACAAATC CCTGTGTGTTTGACGATCTCCTAAAGTCCATGAGGCCCATTGGTACCCTTACCTTTTTGTCGATGTTGATGTCTGAAGTA ATTAAAGTCCTCATGACTAACAACACTGAAGAGGAGTCTTGGAGCTATGAAGCTCGTGATGTCTTATTGGATACTTGGAC TGCCCTTCTAATGCCAATAAATACTATCACTGTGAATGCTTTGCTTCCGTCTGAAGGGATACAAGCTGCTGCAAATCTCT TTGGTTTCATTGTTGAATGCGAGCTAAGAATGGCCTCTGCTTCAGCATTTAATGATGGGGGCGATTCAGATTATCTTCAT GGTTCTGTATCTGCCATGGATGAAAGGTTAAGCTCCTATGCTCTTATTGCACGAGCTGCAATTGATGTTACAATTCCTTT ACTTATGAGAGTGTTTTCTGAACGGGTTGCACGCCTTAATCAGGGCAGGGGCATTATGGACTTGACTGAAACTATGGAAG AGCTTTATTCATTGTTGCTTATTATTGGCCATGTAATTGCAGACGAAGGGGAGGGGGAAACACCTCTGGTTCCTAATGCC ATACAAACCCAAGTAGTTGTGGATTCTGTGGAAGAAGATAAACATCCTGTTATTTTACTTTCCAGCTCAATCTTAAAATT TGCTGAGCAGTGCCTAAATCCAGAAATGAGAGCATCAATTTTCAGTCCCCGACTTATGGAGTCAATTATATGGTTCCTTG CAAGGTGGTCTCATACATATTTAATGTCTTGCGATGGGATTGGGGAGAAAATCTTGGATTCAAGTCATCATTATGAGCAT AGTTCAAAAAAGGCTTTGCTTAGTTTCTTTGGAGAGCATAAACAAGGGAGACTTGTTCTTGATATTATTGTCCATATATC CTTGATCACACTTACGTCCTATCCCGGGGAAAAGGATCTGCAGGGCCTCACTTGTTACCTTCTACTTCATTCCTTGGTTC AGCACAAGCATATATGCATTCACCTTGTTACTCTGAATTCATGGCATGAACTAGCAACTGCATTTTCCGGTGAAAAGACG TTGTTCTTGTTGGACACTGCTCATCAGCGGTCTCTTGCACAAACACTTGTTCGCTCAGCCTCGGGCATAAAAAATTTAGA AGCATCAAACCAGTATGTAAGGAATCTCATGGGTCATATTGCTAAATATATAGTGGAGATATCCAGCAAGAGTAATTTCA AAAGTATTGCCCAACAACCAGATATCCTCCTGTCGGTCAGCTGCATGTTAGAACGGCTACGAGGAGCTGCAAGTGCTTCT GAACCTCGAACACAGAAGGCAATCTATGAGCTAGGATTCTCTGTAATGAATCCCATACTAGTTCTTCTTGAAGTATATAA ACACGAGTCTGCAGTAGTCTACCTGCTACTTAAATTTGTAGTTGGTTGGGTCGATGGACAAATTACTTACTTGGAGGCCC AAGAAACTGCTGCTGTTGTTGATTTCTGCATGCGCTTACTACAGCTGTATTCATCTCACAATATTGGCAAGATATCGCTT AGTCTTTCAAGCAGCTTACTTAGTGAGGCAAAAACAGATCAGTATAGAGATTTGCGAGCTCTTCTTCAACTTCTTTCGAG TCTTTGCTCTAAAGACATGATTGATTTCTCATCAGATTCAATTGAGACCCAAGGCACTAACATATCTCAGGTGGTTTACT TTGGTCTTCACATAGTTACACCACTGATTTCAATGGACCTCCTGAAATATCCCAAACTTTGTCATGATTATTTTTCTCTC TTGTCCCATATGTTGGAGGTTTATCCTGAAACATTCGCACAACTGAATAGAGAAGCCTTTGCTCATGTACTTGGGACCCT TGATTTTGGCCTTCACCATCAGGATGCAGATGTGGTTAGTAAGTGTTTGAGAGCTCTTCAAGCTCTTGCTTCCTACCACT ACAAGGAGACTGCTAATGGTAATATAGGCTTGGGTTCACATGCCGTTGGTCTTGAGGATTCAAGTGGTAAGATTCAAGAA GGCCTTCTGAGCCGCTTTCTCCGTTCATTGTTGCAGTTACTCCTTTTTGAGGATTACAGTTCTGATCTAATCAGCGTTGC AGCAGATGCTCTCCTTCCATTAATCCTATGTGAACAAGGCCTGTATCAGAGACTGGGCAATGAATTGATAGAGAGACTAG CAAATCCAACACTCAGATCAAGGCTCGCCAATGCTTTGCATGCACTAACAAGTGCAAATCAGCTTTCTTCCTCCCTTGAT CGAATAAATTACCAGAGATTTAGGAAAAATCTTAACATCTTCCTTGTTGAAGTTCGTGGATTTCTGAGGACCATGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0785100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSLLCICFQIPINPGATEAIILSLGQSSQPYKTCQFILENSLVATARFHAAAAIREAAIREWGFLNTDDKRGLISFCLCY AMQHASSPDGYVQAKVSSVAAQLMKRAWLEFAAAEKETLFYQVNQAIVGIHGLDVQFAGIKFLESLVSEFSPSTSSAMGL PREFHEQCRTSFEKDYLKTFYRWTQEAASSVTSRIIESDSVVPEVKVCTTALDLMLQILNWDFRCNTSDTKINVNIFSSG VRQDGDTPKRSECHLVQPGSDWRDVLILSGHVGWLLSLYAALRQKFSREGYWLDCPIAVSARKLIVQFCSLTGTVFLSDD KKMHEHHLLQLLSGIIAWVDPPEAVSKAIECGRSESEMLDGCRALLALANVTNPCVFDDLLKSMRPIGTLTFLSMLMSEV IKVLMTNNTEEESWSYEARDVLLDTWTALLMPINTITVNALLPSEGIQAAANLFGFIVECELRMASASAFNDGGDSDYLH GSVSAMDERLSSYALIARAAIDVTIPLLMRVFSERVARLNQGRGIMDLTETMEELYSLLLIIGHVIADEGEGETPLVPNA IQTQVVVDSVEEDKHPVILLSSSILKFAEQCLNPEMRASIFSPRLMESIIWFLARWSHTYLMSCDGIGEKILDSSHHYEH SSKKALLSFFGEHKQGRLVLDIIVHISLITLTSYPGEKDLQGLTCYLLLHSLVQHKHICIHLVTLNSWHELATAFSGEKT LFLLDTAHQRSLAQTLVRSASGIKNLEASNQYVRNLMGHIAKYIVEISSKSNFKSIAQQPDILLSVSCMLERLRGAASAS EPRTQKAIYELGFSVMNPILVLLEVYKHESAVVYLLLKFVVGWVDGQITYLEAQETAAVVDFCMRLLQLYSSHNIGKISL SLSSSLLSEAKTDQYRDLRALLQLLSSLCSKDMIDFSSDSIETQGTNISQVVYFGLHIVTPLISMDLLKYPKLCHDYFSL LSHMLEVYPETFAQLNREAFAHVLGTLDFGLHHQDADVVSKCLRALQALASYHYKETANGNIGLGSHAVGLEDSSGKIQE GLLSRFLRSLLQLLLFEDYSSDLISVAADALLPLILCEQGLYQRLGNELIERLANPTLRSRLANALHALTSANQLSSSLD RINYQRFRKNLNIFLVEVRGFLRTM
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
Phobius | 1 | 19 | 19 | - | – | |
Phobius | 1 | 2 | 2 | - | – | |
Phobius | 3 | 10 | 8 | - | – | |
PANTHER | 4 | 1143 | 1140 | 0.0 | – | |
PANTHER | 4 | 1143 | 1140 | 0.0 | – | |
Phobius | 11 | 19 | 9 | - | – | |
Gene3D | 15 | 238 | 224 | 8.4E-21 | ||
SUPERFAMILY | 18 | 1111 | 1094 | 1.01E-18 | ||
Phobius | 20 | 1145 | 1126 | - | – | |
Gene3D | 686 | 1144 | 459 | 1.2E-27 | ||
Pfam | 941 | 1010 | 70 | 5.2E-6 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Nuclear export signal receptor activity | Combining with a nuclear export signal (NES) on a cargo to be transported, to mediate transport of a the cargo through the nuclear pore, from the nuclear lumen to the cytoplasm. The cargo can be either a RNA or a protein. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0785100.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…