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LotjaGi2g1v0273300.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0273300
Transcript ID LotjaGi2g1v0273300.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description ATP-dependent RNA helicase, putative; TAIR: AT2G01130.2 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|F4IM84|DEXH5_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|K7LD94|K7LD94_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0273300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:74451189..74465139) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AGCCATAAGTATGGAAAAGTTGTTGTCTTCAGTAAGGTCCCGCTTCCAAACTACAGACGTGATTTGGATGATAAACGCCC GCTGAGAGAGGTATGTTTGTTAATCATGTTCCATGATCTGCTCACTACTTCTCTGAATAATTTGATGAGGATAAACTGAT TAACATCAAGTAAAAACAATAGTTTCCCTAAGTGTTCTTCCTTTTCGTCCTGTGTTTTCTCCATCACTACTTGATTTTCT TGATTTGTTCTTAGATCTTAAAGTATTTAGGTAAAGTTTCTAAATGCAAACTAATATTTCTCATTGAGAGACATTTTAGT AAAGCTTTTATTAATTGACAGGTGAACCTGCATAGTACTGTGTTAAGGCGAGTTGATGCATATCTTGAAGATTACAAAAC CAAAAAGTCCAGAATGAAGAAAAGCTTTTCAGAATTGTTGTCTGCAAGGCCAATCAGTAGCTGTGGTATTGGTACAGATG AAGAGCTCTATGAGCAACCTGAGCTACTAATATCTAGTAAAGCTGTTCTGGAGACAATTCTCTGGCAGAAAAGTTTACAA ATGCGTGACGAGCAACAAGCTTGGCAGGTAATCTTCCCTGAAAGTATAAAAGATTAGTTTGTTTACAAATGTGGCATGTG TCTTCATAATTTAGATTTCAAGACATTCTCTTTGGCAATATATTAAGTTTGTTTGTGTAAGATGGTGATACGAACCTTAT TCATAGTTTCCTACCTGCCTAATTCCTTGTAAGATGTTAAAACAGCCTTGCAGGAATTTATAGGCATAACTGAAAAAGAG AAGCTCTTGCCATGGGTGTGGATTTCTGTGTGCATTTGAGATACAAAAGTGTCAGTATATGATAATGAGATATGTGGATG ATAGGGTTATGAAATGGAAGGTGTAAGGAGACTTTTCATAGTGCTTTTGGGAGCTGAGATGAAAAATCTTAGGATGTATG 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CCCCTATTCTTATTGGTTGGGTGTATATGGTTCCTAATGTAGGGCTTCACCTACCCCGTTAGAACTCATTTTTTGGAGGA CATTCTGGAAACGTCGGGGTACAGATTGACCCCGGAGAATCAAATTGATGATTATGGTCAGGAAAGGATTTGGAAAATGA ACAAGCAGGCTCCAAGAAAGAGGAAAAGCCAAATTGCTTCTGCTGTAGAGGTACTTAGAAGATTTTTTTGAAGTTTGAAC TACTGTTCCTATTGCTTATTATAGATTTATTGAAGTCGTTTTGTGGATTATGAAAGTTCATCTTGGAAAAATGTGACCAG GATGCATTAAGAGATGCTGATTTCAAAGATTATAGTCTGCAAACAAGGGAGTCTTTGTCATGTTGGAATCCTGACTGCAT TGGTTTTAACCTAATAGAATACATCTTATGCAATATATGTGAGAATGAAAGGCCAGGTGCTGTTTTGGTTTTTATGACTG GGTGGGATGATATAAGTGCTCTGAAGGAGAAGCTCCTAACACATCCTGTCTTGGGAGATCCAAGCCAAGTCTTGTTGCTT ACGTGTCATGGTTCAATGGCCAGTTCGGAGCAGGTAATATGTTGTCTTCTGATGGTACATTTTTTGAGTTTATATAGTAA TCTGCAGATATTACGTAGCACATAAGGTTTGTATTGTCTATACTCATTTAGAAGCACTAATTTGTAGAAAGGTAGAAGCA AGAAAAAAGGAAATAGATCTATCCAAATAATACTACCATATCAAAATGATTTACATGATCATAAATAAAATAGGAAAATA ATAGTATTCACAACACATACTTTGGTAAAAAATAAAGAAGCATATGCTGATGTGTTTTACCTTCCTGCTTACTAGTAATA TCCACTTAATATTACATTTTATATATTGGATATGCAGAGGTTAATATTTGAAGAGCCTGAAGATGGAGTACGAAAAATAG 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TGCTATCTTCAATTGCCTGGATCCAATATTAACTATAGCTGCTGGTCTTAGTGTGAGAGATCCTTTTCTAACACCTTTGG ATAAAAAGGACGTAAGTTTTTCCTGCTTTAAATGACTGTATCATATTCATTTTTTGTAGATGTCATTTGAAATTTACTTG TGTTCTGGCTCATCATTCCTCCTTCTCATGAACTCAAGTTGTAAAAATAAATTTGGTCAAATTTGCTGTTTCTATTGTTC AAACTTCAAATACTAATTTTAGTTGAATTTTACCTAGACAATTCCTGTTGTGTTGACATTTATTTGAATTGGCCTTGTGT AAAGAAGTCAGATAGAATAGAAGCCCTAATAAGAACAGTTGATCAGATTGAGGATAACCCTATTGTTTAAGGTGGACAAA GATCGATAAATATTCTTCCAAAAAAAATGGTTTTTGACAGAACAATGATGAAGTTTGACCCACCTAACTGACTCATCTTG TGGGTAATTTTTTTTTTTGACGGTGCTCTATACTCAGCATGCTGCATTTTATATGCGTGGAGGAATTTTACAATTGGTAT TTAGTATTTACAAGTCAAATAAATATGGGAGACTTAACAAATAAGACTCATACTATCTTATCGACTCTTTCCTTCATGTT ATGTTATCAATATTTGTGAAAAAAACATGTATTTTGGCCCATTTCTTTTCAAACTTATTGCTTGATTGATTTATCAAATT TGTTTATTGCAGCTTGCAGAGGCAGCAAAATCTCAGTTCTGCCATGAATACAGTGACCACCTTACTCTTGTGAGAGCTTA TGAGGGCTGGAAGGATGCTGAAATTGACCAAGCAGGGCAAGAATATTGCTGGAAGAATTTTCTTTCAGCACAATCCATGA AAGCTATTGATGGGCTTCGGATAGAATTCTTATCCCTCCTCAAGGATATTGGATTAGTTGATAGCAACACAACCAGCTGC 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TTTTTATACTGTCTTTACTCTTTTGAATTATTAATTTTTGGTTTGTCTTCCTCAATTGCACGTTCATTTTGTTTGACTAG AATTCAGTTAATGCTCGGGAAACTAAAATTCCATATCCATGGCTAGTTTTTAATGAGAAGATAAAAGTGAACTCAGTATT TCTCCGTGACTCAACAGCTGTGTCTGATTCAGTGGTGCTTCTTTTTGGTGGCAGCATCTCAAAAGGAGATACTGTAAGTT CCTTTTGATTTTTTTATTGCTTCTAATGTTAAGTCTAAAAAAATTGGAGTTTCAAATTGCTGTGTAATTTTTAATCCTAT GATGATTTTCTGGAATTCCATTCTCTTTCCGGCAGGATGGTCACTTAAAAATGTTTGGAGGATATCTGGAGTTTTTCATG AAGGCTGATGTTGCTGACATGTACCTGAGTATAAGGAGAGAACTTGACATCTTCATTCAGAGCAAAGTAGGTTTAAATTA ATTCAATGCCAGTACTAGTTTCCCCTTGATATTTGAATCATGATGAAACTAAAAGAGAAAGCAGAAAACATTGAAAGTCA AACTTAGGTCTCTCTCATTGTTATTTGGTTTTGTTCACAAAACCATTGACTTGTTAAGGTCCTACATAACATATTGACTA GAGAGTAGAGATATGACCAAGGAAATCCTTTTTAGGACCTCCCTTAATGGGTTGTCCACATAACTTTGAAGTTCAAGAAT GAACCTGTCTGGGAAAACCATTGAAGTCAATCGCACCAGTGACTATTCCAACTTCCAAGAGAAATTATTGATTCCATGTT CTAGATGTCTAGTCTTGGGCATGAGAGGGTGTGTGAAACTCTTAAATTGACTAGATATGGCCTATAAGAAGTCCTTATAA AGGGTAGGGAAATCCTGACTCTCTACTCTTGGGGTAGAGTTAGGTCTTGTTTGAATTCTAAAAAAGATTTAAAATAGTTT 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CTTGAGGGCGATTAAATGTCCAGTTTGATGCATTACCATCCTAAGTGGGACAAAAGATGGTTAAGCAGATTCCCTTTACA TTGGAAGGAGAGTGGAGTGTATTCATTCATAAATTATAAGCACATCCATGGCAGCATGTTCCAGAGGTTCAATATCATTT TGGTACCACAAGATATTTGTTTATGCATGTATTCAGGATATTGTGGAGTTCTGTTTAATTTTAGATGCTAAATGTGATTG TGAATATTACGAATTATGGATATATGCAAGAATCTATTTAAATGGCCTCCTCAACGAAGACAAGGAGATTTATTTTTCAG TTTACTCATTTATGACGAAGCATTTACTTTGAAACATTCTTCTTCTTCTTGGTACTTCTCGTACAAACGTGTAACATATC CTCTGAGCTTGTTCTTAGCTCTTTCCCGAAACTTTCAGTGATTTAGTTGATCAGTCAACTTTTTCCAAACTATACAAACT TGATCTGTCAAATATCAAATAGTACAAAGAC 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0273300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAAAGGGAGAGATACCCATCTTCTCTTTTGCACCACAGGCATCTTACTAAGAAGACTACTAGTTGATAGAAGCTTAAA AGGCGTAACCCATATTATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGGATTAATGAAGATTTTCTGCTTGTTGTCCTTAAAGATC TCCTAGCTCGCCGACGAGAATTGAAACTGATTTTGATGAGTGCCACCCTTGATGCGGATCTCTTCTCTTCATACTTTAAT GGAGCTTCAATCATGAAGATCCCGGGCTTCACCTACCCCGTTAGAACTCATTTTTTGGAGGACATTCTGGAAACGTCGGG GTACAGATTGACCCCGGAGAATCAAATTGATGATTATGGTCAGGAAAGGATTTGGAAAATGAACAAGCAGGCTCCAAGAA AGAGGAAAAGCCAAATTGCTTCTGCTGTAGAGGATGCATTAAGAGATGCTGATTTCAAAGATTATAGTCTGCAAACAAGG GAGTCTTTGTCATGTTGGAATCCTGACTGCATTGGTTTTAACCTAATAGAATACATCTTATGCAATATATGTGAGAATGA AAGGCCAGGTGCTGTTTTGGTTTTTATGACTGGGTGGGATGATATAAGTGCTCTGAAGGAGAAGCTCCTAACACATCCTG TCTTGGGAGATCCAAGCCAAGTCTTGTTGCTTACGTGTCATGGTTCAATGGCCAGTTCGGAGCAGAGGTTAATATTTGAA GAGCCTGAAGATGGAGTACGAAAAATAGTGCTAGCAACAAATATTGCTGAAACTAGTATCACCATAAATGATGTTGTTTT TGTTCTTGACTGTGGAAAGGCAAAAGAATCATCATATGATGCACTTAATAACACACCTTGTTTGCTTCCCACCTGGATCT CCAAAGTTTCTGTTCAACAAAGAAAAGGAAGAGCTGGTCGTGTTCAACCGGGAGAATGTTACCATCTTTATCCTAGATGT GTATATGGTGCTTTTGCAGAATATCAATTGCCAGAAATTTTGAGGACACCTTTGCAATCTCTCTGTCTGCAAATCAAAAG TTTAAAACTAGGAAGTATATCTGAGTTCTTGTCTAGGGCTTTACAGTCTCCTGAGATACTTGCGGTGCAAAATGCAATTG AATATTTAAAAATAATTGGAGCTTTGGATGAGAATGAGAATCTGACTATTCTAGGCCACTATTTGACAAAGTTTCCAATG GAACCAAAACTTGGCAAGATGCTTATATTTGGTGCTATCTTCAATTGCCTGGATCCAATATTAACTATAGCTGCTGGTCT TAGTGTGAGAGATCCTTTTCTAACACCTTTGGATAAAAAGGACCTTGCAGAGGCAGCAAAATCTCAGTTCTGCCATGAAT ACAGTGACCACCTTACTCTTGTGAGAGCTTATGAGGGCTGGAAGGATGCTGAAATTGACCAAGCAGGGCAAGAATATTGC TGGAAGAATTTTCTTTCAGCACAATCCATGAAAGCTATTGATGGGCTTCGGATAGAATTCTTATCCCTCCTCAAGGATAT TGGATTAGTTGATAGCAACACAACCAGCTGCAATTCATGGAGCTATGATATGTATCTCATACGAGCAGCTGTTTGCTATG GGCTATATCCCGGAATTTGCTCTGTTGTGCATAATGAGAAGTCATTTTCTCTGAAAACAATGGAGGATGGCCAAGTTCTC TTACATTCGAATTCAGTTAATGCTCGGGAAACTAAAATTCCATATCCATGGCTAGTTTTTAATGAGAAGATAAAAGTGAA CTCAGTATTTCTCCGTGACTCAACAGCTGTGTCTGATTCAGTGGTGCTTCTTTTTGGTGGCAGCATCTCAAAAGGAGATA CTGATGGTCACTTAAAAATGTTTGGAGGATATCTGGAGTTTTTCATGAAGGCTGATGTTGCTGACATGTACCTGAGTATA AGGAGAGAACTTGACATCTTCATTCAGAGCAAACTACTATCTCCAATGATGGGTATACACTCATTTCACGAACTCCTGTC TGCTGTACGGTTCCTGATTTCTGACAACAAAGGTGAAGGCAAATTTCTATTCAGTTGCCAGCTACTTGGACCGTCAAAGC CATCTACAGTGTCATTACCGCAGGCATTGGTTTCAAGGACTGAGAGTGGACCTGGCGGTGATAACTCCAAAAGTCAGCTT CAAACATTGCTGACACGTGCCGGATATGATGTTCCCTTATACAAGACCATACAATTGAAGAACAATCAGTTTCAGTCTAC AGTTGAGTTTCAAGGAGTGCAGTTAATGGGACAACCTTGTAACAACAAGAAGAATGCAGAAAAAGATGCTGCAGCTGAGG CACTAGAGTGGCTTATGAGTAGAAGTCAGACAGGGAATGAGTACACCAATAACATGACAATGCTAAAAAAAATTAAGAAG GATCATAATTAA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0273300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MKGRDTHLLFCTTGILLRRLLVDRSLKGVTHIIVDEIHERGINEDFLLVVLKDLLARRRELKLILMSATLDADLFSSYFN GASIMKIPGFTYPVRTHFLEDILETSGYRLTPENQIDDYGQERIWKMNKQAPRKRKSQIASAVEDALRDADFKDYSLQTR ESLSCWNPDCIGFNLIEYILCNICENERPGAVLVFMTGWDDISALKEKLLTHPVLGDPSQVLLLTCHGSMASSEQRLIFE EPEDGVRKIVLATNIAETSITINDVVFVLDCGKAKESSYDALNNTPCLLPTWISKVSVQQRKGRAGRVQPGECYHLYPRC VYGAFAEYQLPEILRTPLQSLCLQIKSLKLGSISEFLSRALQSPEILAVQNAIEYLKIIGALDENENLTILGHYLTKFPM EPKLGKMLIFGAIFNCLDPILTIAAGLSVRDPFLTPLDKKDLAEAAKSQFCHEYSDHLTLVRAYEGWKDAEIDQAGQEYC WKNFLSAQSMKAIDGLRIEFLSLLKDIGLVDSNTTSCNSWSYDMYLIRAAVCYGLYPGICSVVHNEKSFSLKTMEDGQVL LHSNSVNARETKIPYPWLVFNEKIKVNSVFLRDSTAVSDSVVLLFGGSISKGDTDGHLKMFGGYLEFFMKADVADMYLSI RRELDIFIQSKLLSPMMGIHSFHELLSAVRFLISDNKGEGKFLFSCQLLGPSKPSTVSLPQALVSRTESGPGGDNSKSQL QTLLTRAGYDVPLYKTIQLKNNQFQSTVEFQGVQLMGQPCNNKKNAEKDAAAEALEWLMSRSQTGNEYTNNMTMLKKIKK DHN 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

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Pfam 372 460 89 1.4E-21
Pfam 527 609 83 1.7E-17
Gene3D 694 780 87 6.2E-13
SUPERFAMILY 711 790 80 9.26E-12
ProSiteProfiles 715 780 66 8.591
CDD 715 778 64 4.70371E-7
Pfam 716 778 63 1.7E-8
SMART 716 779 64 0.0056

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Helicase activity Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0273300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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