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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi2g1v0273300 |
Transcript ID | LotjaGi2g1v0273300.2 |
Related isoforms 1 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | ATP-dependent RNA helicase, putative; TAIR: AT2G01130.2 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|F4IM84|DEXH5_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|K7LD94|K7LD94_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0273300 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:74451189..74465139) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGCCATAAGTATGGAAAAGTTGTTGTCTTCAGTAAGGTCCCGCTTCCAAACTACAGACGTGATTTGGATGATAAACGCCC GCTGAGAGAGGTATGTTTGTTAATCATGTTCCATGATCTGCTCACTACTTCTCTGAATAATTTGATGAGGATAAACTGAT TAACATCAAGTAAAAACAATAGTTTCCCTAAGTGTTCTTCCTTTTCGTCCTGTGTTTTCTCCATCACTACTTGATTTTCT TGATTTGTTCTTAGATCTTAAAGTATTTAGGTAAAGTTTCTAAATGCAAACTAATATTTCTCATTGAGAGACATTTTAGT AAAGCTTTTATTAATTGACAGGTGAACCTGCATAGTACTGTGTTAAGGCGAGTTGATGCATATCTTGAAGATTACAAAAC CAAAAAGTCCAGAATGAAGAAAAGCTTTTCAGAATTGTTGTCTGCAAGGCCAATCAGTAGCTGTGGTATTGGTACAGATG AAGAGCTCTATGAGCAACCTGAGCTACTAATATCTAGTAAAGCTGTTCTGGAGACAATTCTCTGGCAGAAAAGTTTACAA ATGCGTGACGAGCAACAAGCTTGGCAGGTAATCTTCCCTGAAAGTATAAAAGATTAGTTTGTTTACAAATGTGGCATGTG TCTTCATAATTTAGATTTCAAGACATTCTCTTTGGCAATATATTAAGTTTGTTTGTGTAAGATGGTGATACGAACCTTAT TCATAGTTTCCTACCTGCCTAATTCCTTGTAAGATGTTAAAACAGCCTTGCAGGAATTTATAGGCATAACTGAAAAAGAG AAGCTCTTGCCATGGGTGTGGATTTCTGTGTGCATTTGAGATACAAAAGTGTCAGTATATGATAATGAGATATGTGGATG ATAGGGTTATGAAATGGAAGGTGTAAGGAGACTTTTCATAGTGCTTTTGGGAGCTGAGATGAAAAATCTTAGGATGTATG 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CCCCTATTCTTATTGGTTGGGTGTATATGGTTCCTAATGTAGGGCTTCACCTACCCCGTTAGAACTCATTTTTTGGAGGA CATTCTGGAAACGTCGGGGTACAGATTGACCCCGGAGAATCAAATTGATGATTATGGTCAGGAAAGGATTTGGAAAATGA ACAAGCAGGCTCCAAGAAAGAGGAAAAGCCAAATTGCTTCTGCTGTAGAGGTACTTAGAAGATTTTTTTGAAGTTTGAAC TACTGTTCCTATTGCTTATTATAGATTTATTGAAGTCGTTTTGTGGATTATGAAAGTTCATCTTGGAAAAATGTGACCAG GATGCATTAAGAGATGCTGATTTCAAAGATTATAGTCTGCAAACAAGGGAGTCTTTGTCATGTTGGAATCCTGACTGCAT TGGTTTTAACCTAATAGAATACATCTTATGCAATATATGTGAGAATGAAAGGCCAGGTGCTGTTTTGGTTTTTATGACTG GGTGGGATGATATAAGTGCTCTGAAGGAGAAGCTCCTAACACATCCTGTCTTGGGAGATCCAAGCCAAGTCTTGTTGCTT ACGTGTCATGGTTCAATGGCCAGTTCGGAGCAGGTAATATGTTGTCTTCTGATGGTACATTTTTTGAGTTTATATAGTAA TCTGCAGATATTACGTAGCACATAAGGTTTGTATTGTCTATACTCATTTAGAAGCACTAATTTGTAGAAAGGTAGAAGCA AGAAAAAAGGAAATAGATCTATCCAAATAATACTACCATATCAAAATGATTTACATGATCATAAATAAAATAGGAAAATA ATAGTATTCACAACACATACTTTGGTAAAAAATAAAGAAGCATATGCTGATGTGTTTTACCTTCCTGCTTACTAGTAATA TCCACTTAATATTACATTTTATATATTGGATATGCAGAGGTTAATATTTGAAGAGCCTGAAGATGGAGTACGAAAAATAG 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TGCTATCTTCAATTGCCTGGATCCAATATTAACTATAGCTGCTGGTCTTAGTGTGAGAGATCCTTTTCTAACACCTTTGG ATAAAAAGGACGTAAGTTTTTCCTGCTTTAAATGACTGTATCATATTCATTTTTTGTAGATGTCATTTGAAATTTACTTG TGTTCTGGCTCATCATTCCTCCTTCTCATGAACTCAAGTTGTAAAAATAAATTTGGTCAAATTTGCTGTTTCTATTGTTC AAACTTCAAATACTAATTTTAGTTGAATTTTACCTAGACAATTCCTGTTGTGTTGACATTTATTTGAATTGGCCTTGTGT AAAGAAGTCAGATAGAATAGAAGCCCTAATAAGAACAGTTGATCAGATTGAGGATAACCCTATTGTTTAAGGTGGACAAA GATCGATAAATATTCTTCCAAAAAAAATGGTTTTTGACAGAACAATGATGAAGTTTGACCCACCTAACTGACTCATCTTG TGGGTAATTTTTTTTTTTGACGGTGCTCTATACTCAGCATGCTGCATTTTATATGCGTGGAGGAATTTTACAATTGGTAT TTAGTATTTACAAGTCAAATAAATATGGGAGACTTAACAAATAAGACTCATACTATCTTATCGACTCTTTCCTTCATGTT ATGTTATCAATATTTGTGAAAAAAACATGTATTTTGGCCCATTTCTTTTCAAACTTATTGCTTGATTGATTTATCAAATT TGTTTATTGCAGCTTGCAGAGGCAGCAAAATCTCAGTTCTGCCATGAATACAGTGACCACCTTACTCTTGTGAGAGCTTA TGAGGGCTGGAAGGATGCTGAAATTGACCAAGCAGGGCAAGAATATTGCTGGAAGAATTTTCTTTCAGCACAATCCATGA AAGCTATTGATGGGCTTCGGATAGAATTCTTATCCCTCCTCAAGGATATTGGATTAGTTGATAGCAACACAACCAGCTGC 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TTTTTATACTGTCTTTACTCTTTTGAATTATTAATTTTTGGTTTGTCTTCCTCAATTGCACGTTCATTTTGTTTGACTAG AATTCAGTTAATGCTCGGGAAACTAAAATTCCATATCCATGGCTAGTTTTTAATGAGAAGATAAAAGTGAACTCAGTATT TCTCCGTGACTCAACAGCTGTGTCTGATTCAGTGGTGCTTCTTTTTGGTGGCAGCATCTCAAAAGGAGATACTGTAAGTT CCTTTTGATTTTTTTATTGCTTCTAATGTTAAGTCTAAAAAAATTGGAGTTTCAAATTGCTGTGTAATTTTTAATCCTAT GATGATTTTCTGGAATTCCATTCTCTTTCCGGCAGGATGGTCACTTAAAAATGTTTGGAGGATATCTGGAGTTTTTCATG AAGGCTGATGTTGCTGACATGTACCTGAGTATAAGGAGAGAACTTGACATCTTCATTCAGAGCAAAGTAGGTTTAAATTA ATTCAATGCCAGTACTAGTTTCCCCTTGATATTTGAATCATGATGAAACTAAAAGAGAAAGCAGAAAACATTGAAAGTCA AACTTAGGTCTCTCTCATTGTTATTTGGTTTTGTTCACAAAACCATTGACTTGTTAAGGTCCTACATAACATATTGACTA GAGAGTAGAGATATGACCAAGGAAATCCTTTTTAGGACCTCCCTTAATGGGTTGTCCACATAACTTTGAAGTTCAAGAAT GAACCTGTCTGGGAAAACCATTGAAGTCAATCGCACCAGTGACTATTCCAACTTCCAAGAGAAATTATTGATTCCATGTT CTAGATGTCTAGTCTTGGGCATGAGAGGGTGTGTGAAACTCTTAAATTGACTAGATATGGCCTATAAGAAGTCCTTATAA AGGGTAGGGAAATCCTGACTCTCTACTCTTGGGGTAGAGTTAGGTCTTGTTTGAATTCTAAAAAAGATTTAAAATAGTTT TCTAATATTTTAAAACTAAAACAAATAGCTAGGCTCTAATTAAGTGTTATTAGAAATTAGACTGTTATAAACCTACAATT CTAAAAGCTTAAGCTACTTGGTGGAACCACATGAATAGTTTTTATATTGTATCTATGACATGACTTCTCACATAAAGCCG TATGTTTGAAGTGAGGATATTACACAGGAACACCCAACTTATGTTGAAATTCAACTTCTATTAGAATAATGGGGTAGTAA GAATCAAACTCTACTACTTGATCATAGAAGCTTTGGTATCCCGTCATAAACTGATTATTCTAAAAGCTCAAGTCATTAGG TCACATGAATAGTTCATATATTATGTCTGATATAAGCCTATGTTAATGACTCTACTTATATGACATTTCAGATTCCACTA CAAATTGGAGCATATATGATTAAAGTTCGTTACATATATCTCCAATTCGGGGACCTCTGAAAATGTCATCTTGTTGGTCA TTTGAGTCATATTTGCTCACGAAATGACAACCAATATTAACACACTTGATTTTCTCATAAAAGTCAAAATTTGAAGTATC CTGGTTATCACCAACGAGTTTCATCTGTCTGTCTCTGACTTCTTGAAAATAAAATTCTCCGAGCAACTGTAAAAGCGCTC ATGTGATAGATTAGGGGAAGAAAAAAGAAACTATATGATTTTATTGATGAGACTTCCCCTAACTCCAGACCAGAGATCAA CACATGTTAGGAACTAAGAATACACGTTTTTCTTCTGAAGGTTGAGAGCCTGAGATATCTTCCACAACTAACAGAAACCA ACCCATTGGGCTTAAGAGATGAAGTGGCATCGTCTACTCGCGTATGTATTTTAATACATTAAAAGTAGATGAGAGAGCTT CCTTAGAAAGCTTAAACATTAAATAGCTGTATAATAAAAGTGAAAAAATGATAGCTTGGATAACTATTGGTTAGAGTTAC AACTTACTAGGAAGTAAAATATGGTAACAACTCTATATCTAACATGATAATTGATTAAACATAACCTGTTGATGCTTTCT TAATGCATACAGAAACATCTTGTTTTGATATTTTGTTAGACCAGCTTGCATTGATCAATGTGATTTATATTTAAACATAA ACTGTTGGCAGCTACTATCTCCAATGATGGGTATACACTCATTTCACGAACTCCTGTCTGCTGTACGGTTCCTGATTTCT GACAACAAAGGTGAAGGCAAATTTCTATTCAGTTGCCAGCTACTTGGACCGTCAAAGCCATCTACAGTGTCATTACCGCA GGCATTGGTTTCAAGGACTGAGAGTGGACCTGGCGGTGATAACTCCAAAAGTCAGCTTCAAACATTGCTGACACGTGCCG GATATGATGTTCCCTTATACAAGACCATACAATTGAAGAACAATCAGTTTCAGTCTACAGTTGAGTTTCAAGGAGTGCAG TTAATGGGACAACCTTGTAACAACAAGAAGAATGCAGAAAAAGATGCTGCAGCTGAGGCACTAGAGTGGCTTATGAGTAG AAGTCAGACAGGGAATGAGTACACCAATAACATGACAATGCTAAAAAAAATTAAGAAGGATCATAATTAAGCAGTCAACT ATAATGAGCTTTCTGGGAAGGCAATAGAATTCAAGATGAATGTACTTGATGAAATCTTCCACTCATGAAATAGATGGACA GAAAGGCATGGCAGCACTGTTAAGATGAGCCTGTTTGGATGCGTACCAAGTAGCCCTTATCGAACCTTATTAGTGCATTT TTTAAGAAGCTCCAGTAAGTGCTTTTTGATATGTTTCCAAACGAGCTCGTGCCTGGGGCTTTGAGCCAATTTTGGAGCTA ATATAACAGTCATCTCCAACCTTCACCCAAAGCAGATAATGGATATTTTGTGTACTTGAAGCAACAATTGCCATTGAAAG CTTGAGGGCGATTAAATGTCCAGTTTGATGCATTACCATCCTAAGTGGGACAAAAGATGGTTAAGCAGATTCCCTTTACA TTGGAAGGAGAGTGGAGTGTATTCATTCATAAATTATAAGCACATCCATGGCAGCATGTTCCAGAGGTTCAATATCATTT TGGTACCACAAGATATTTGTTTATGCATGTATTCAGGATATTGTGGAGTTCTGTTTAATTTTAGATGCTAAATGTGATTG TGAATATTACGAATTATGGATATATGCAAGAATCTATTTAAATGGCCTCCTCAACGAAGACAAGGAGATTTATTTTTCAG TTTACTCATTTATGACGAAGCATTTACTTTGAAACATTCTTCTTCTTCTTGGTACTTCTCGTACAAACGTGTAACATATC CTCTGAGCTTGTTCTTAGCTCTTTCCCGAAACTTTCAGTGATTTAGTTGATCAGTCAACTTTTTCCAAACTATACAAACT TGATCTGTCAAATATCAAATAGTACAAAGAC
CDS sequence (LotjaGi2g1v0273300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAAGGGAGAGATACCCATCTTCTCTTTTGCACCACAGGCATCTTACTAAGAAGACTACTAGTTGATAGAAGCTTAAA AGGCGTAACCCATATTATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGGATTAATGAAGATTTTCTGCTTGTTGTCCTTAAAGATC TCCTAGCTCGCCGACGAGAATTGAAACTGATTTTGATGAGTGCCACCCTTGATGCGGATCTCTTCTCTTCATACTTTAAT GGAGCTTCAATCATGAAGATCCCGGGCTTCACCTACCCCGTTAGAACTCATTTTTTGGAGGACATTCTGGAAACGTCGGG GTACAGATTGACCCCGGAGAATCAAATTGATGATTATGGTCAGGAAAGGATTTGGAAAATGAACAAGCAGGCTCCAAGAA AGAGGAAAAGCCAAATTGCTTCTGCTGTAGAGGATGCATTAAGAGATGCTGATTTCAAAGATTATAGTCTGCAAACAAGG GAGTCTTTGTCATGTTGGAATCCTGACTGCATTGGTTTTAACCTAATAGAATACATCTTATGCAATATATGTGAGAATGA AAGGCCAGGTGCTGTTTTGGTTTTTATGACTGGGTGGGATGATATAAGTGCTCTGAAGGAGAAGCTCCTAACACATCCTG TCTTGGGAGATCCAAGCCAAGTCTTGTTGCTTACGTGTCATGGTTCAATGGCCAGTTCGGAGCAGAGGTTAATATTTGAA GAGCCTGAAGATGGAGTACGAAAAATAGTGCTAGCAACAAATATTGCTGAAACTAGTATCACCATAAATGATGTTGTTTT TGTTCTTGACTGTGGAAAGGCAAAAGAATCATCATATGATGCACTTAATAACACACCTTGTTTGCTTCCCACCTGGATCT CCAAAGTTTCTGTTCAACAAAGAAAAGGAAGAGCTGGTCGTGTTCAACCGGGAGAATGTTACCATCTTTATCCTAGATGT GTATATGGTGCTTTTGCAGAATATCAATTGCCAGAAATTTTGAGGACACCTTTGCAATCTCTCTGTCTGCAAATCAAAAG TTTAAAACTAGGAAGTATATCTGAGTTCTTGTCTAGGGCTTTACAGTCTCCTGAGATACTTGCGGTGCAAAATGCAATTG AATATTTAAAAATAATTGGAGCTTTGGATGAGAATGAGAATCTGACTATTCTAGGCCACTATTTGACAAAGTTTCCAATG GAACCAAAACTTGGCAAGATGCTTATATTTGGTGCTATCTTCAATTGCCTGGATCCAATATTAACTATAGCTGCTGGTCT TAGTGTGAGAGATCCTTTTCTAACACCTTTGGATAAAAAGGACCTTGCAGAGGCAGCAAAATCTCAGTTCTGCCATGAAT ACAGTGACCACCTTACTCTTGTGAGAGCTTATGAGGGCTGGAAGGATGCTGAAATTGACCAAGCAGGGCAAGAATATTGC TGGAAGAATTTTCTTTCAGCACAATCCATGAAAGCTATTGATGGGCTTCGGATAGAATTCTTATCCCTCCTCAAGGATAT TGGATTAGTTGATAGCAACACAACCAGCTGCAATTCATGGAGCTATGATATGTATCTCATACGAGCAGCTGTTTGCTATG GGCTATATCCCGGAATTTGCTCTGTTGTGCATAATGAGAAGTCATTTTCTCTGAAAACAATGGAGGATGGCCAAGTTCTC TTACATTCGAATTCAGTTAATGCTCGGGAAACTAAAATTCCATATCCATGGCTAGTTTTTAATGAGAAGATAAAAGTGAA CTCAGTATTTCTCCGTGACTCAACAGCTGTGTCTGATTCAGTGGTGCTTCTTTTTGGTGGCAGCATCTCAAAAGGAGATA CTGATGGTCACTTAAAAATGTTTGGAGGATATCTGGAGTTTTTCATGAAGGCTGATGTTGCTGACATGTACCTGAGTATA AGGAGAGAACTTGACATCTTCATTCAGAGCAAACTACTATCTCCAATGATGGGTATACACTCATTTCACGAACTCCTGTC TGCTGTACGGTTCCTGATTTCTGACAACAAAGGTGAAGGCAAATTTCTATTCAGTTGCCAGCTACTTGGACCGTCAAAGC CATCTACAGTGTCATTACCGCAGGCATTGGTTTCAAGGACTGAGAGTGGACCTGGCGGTGATAACTCCAAAAGTCAGCTT CAAACATTGCTGACACGTGCCGGATATGATGTTCCCTTATACAAGACCATACAATTGAAGAACAATCAGTTTCAGTCTAC AGTTGAGTTTCAAGGAGTGCAGTTAATGGGACAACCTTGTAACAACAAGAAGAATGCAGAAAAAGATGCTGCAGCTGAGG CACTAGAGTGGCTTATGAGTAGAAGTCAGACAGGGAATGAGTACACCAATAACATGACAATGCTAAAAAAAATTAAGAAG GATCATAATTAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0273300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKGRDTHLLFCTTGILLRRLLVDRSLKGVTHIIVDEIHERGINEDFLLVVLKDLLARRRELKLILMSATLDADLFSSYFN GASIMKIPGFTYPVRTHFLEDILETSGYRLTPENQIDDYGQERIWKMNKQAPRKRKSQIASAVEDALRDADFKDYSLQTR ESLSCWNPDCIGFNLIEYILCNICENERPGAVLVFMTGWDDISALKEKLLTHPVLGDPSQVLLLTCHGSMASSEQRLIFE EPEDGVRKIVLATNIAETSITINDVVFVLDCGKAKESSYDALNNTPCLLPTWISKVSVQQRKGRAGRVQPGECYHLYPRC VYGAFAEYQLPEILRTPLQSLCLQIKSLKLGSISEFLSRALQSPEILAVQNAIEYLKIIGALDENENLTILGHYLTKFPM EPKLGKMLIFGAIFNCLDPILTIAAGLSVRDPFLTPLDKKDLAEAAKSQFCHEYSDHLTLVRAYEGWKDAEIDQAGQEYC WKNFLSAQSMKAIDGLRIEFLSLLKDIGLVDSNTTSCNSWSYDMYLIRAAVCYGLYPGICSVVHNEKSFSLKTMEDGQVL LHSNSVNARETKIPYPWLVFNEKIKVNSVFLRDSTAVSDSVVLLFGGSISKGDTDGHLKMFGGYLEFFMKADVADMYLSI RRELDIFIQSKLLSPMMGIHSFHELLSAVRFLISDNKGEGKFLFSCQLLGPSKPSTVSLPQALVSRTESGPGGDNSKSQL QTLLTRAGYDVPLYKTIQLKNNQFQSTVEFQGVQLMGQPCNNKKNAEKDAAAEALEWLMSRSQTGNEYTNNMTMLKKIKK DHN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
PANTHER | 1 | 752 | 752 | 0.0 | – | |
Gene3D | 1 | 89 | 89 | 7.2E-34 | – | |
ProSiteProfiles | 1 | 88 | 88 | 14.017 | ||
PANTHER | 1 | 752 | 752 | 0.0 | – | |
CDD | 3 | 87 | 85 | 7.3906E-44 | – | |
SUPERFAMILY | 4 | 100 | 97 | 4.43E-12 | ||
SUPERFAMILY | 65 | 452 | 388 | 2.33E-53 | ||
CDD | 92 | 317 | 226 | 1.63482E-72 | – | |
Gene3D | 174 | 326 | 153 | 6.5E-48 | – | |
ProSiteProfiles | 175 | 349 | 175 | 15.309 | ||
Pfam | 177 | 308 | 132 | 9.0E-15 | ||
SMART | 203 | 309 | 107 | 6.4E-14 | ||
Gene3D | 351 | 455 | 105 | 2.3E-20 | – | |
SMART | 371 | 461 | 91 | 2.9E-33 | ||
Pfam | 372 | 460 | 89 | 1.4E-21 | ||
Pfam | 527 | 609 | 83 | 1.7E-17 | ||
Gene3D | 694 | 780 | 87 | 6.2E-13 | – | |
SUPERFAMILY | 711 | 790 | 80 | 9.26E-12 | – | |
ProSiteProfiles | 715 | 780 | 66 | 8.591 | ||
CDD | 715 | 778 | 64 | 4.70371E-7 | ||
Pfam | 716 | 778 | 63 | 1.7E-8 | ||
SMART | 716 | 779 | 64 | 0.0056 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0273300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…