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LotjaGi3g1v0023900.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0023900
Transcript ID LotjaGi3g1v0023900.1
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B; TAIR: AT1G17720.1 Protein phosphatase 2A, regulatory subunit PR55; Swiss-Prot: sp|Q39247|2ABB_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B beta isoform; TrEMBL-Plants: tr|A0A0S3SFT0|A0A0S3SFT0_PHAAN Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B; Found in the gene: LotjaGi3g1v0023900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:2628299..2643847) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CGTACGTGGATGTTGTTTTGTTTTTTTTTCCTCGCCAACAACGCCAAAGAACCGTTTGCTCAAAATTCCCATTTCACCCT TCTAGAGAGAGAAAGTCCTACATAGAGAGAGAACATTTTTGGTCTTTTTTTTCTCTTGTGTTCCTTCCAATGGTTCTTTC AACTGGGAACAACCCAAAGAGAAATTAAGAAATTGTTGTTTCTTTTTTAGATGGGTCACCTATGATCTTGTGAAAACCCA GAAACACCAATCTCTGATGCACTCATAGGATTCATTGCCCGATTCTTCTGCTGATTGAGGTTGTCACAAATGGACGGTGG TGCCGATGAGGTTGTCGCACCAGCAGCTCCGGCGGGTCCACCGCACCCTCTCGACTGGAAATTCTCCCAGGTTTTCGGTG AACGTGCGGCTGGGGAAGAGGTTCAGGAAGGTAATTGATTGTGTATTTAGTGGTGTTGGGATTATACAAAAGGGGTTTGT TTGTTTTCTTGTGTCACTTTGTCGGATCCAATTCTTGTGTTCGGATTAGGGTTTGATTCGATCTGTTTCGGATCGTGTTT TGTTAGTATGTTTGTTTTCTGGGGAGTAATGCTTGTTTTGGCTTCTGGGTCATTGGTTTTGACGTTTGATTTGGGGGGAG TAGTGAGCTTCCGTTCCTTTGACCGGGAACTGTTTTGTTGTAGGTAGTGTGTTTACATTGTGAATTTACTGGATTGGGGT GTGAGGCCGTGGAACTGAGCTGTTAAGGTGTTTTTGGTTTTAGTGGCTTAAGAATTGGTTTCCTTAGCTTGTGTTAGTTT ATTTGAGTGTGGTGGGTTAGATCTTGGCATTGAGGATTGACTTCCGGTGTCTGATCTTAATTAGCCTTCAGTTTTGGCTG AGTTCGCTTGGTTGAAGTGCCGGTAATGATTATGGTGGTGTCTCTTGAATGGAAGTGCTTAGCTGTTAGTTTAAAAATAA 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GTGGCTGTTTCCCGATTCCCGGGTAGGCAGAAAACCTTATTTTGTTACTGGATGGGCAGCATCATCTCTCTTCTTTTTTC TCCCTAATATTCTTTCCCTCTATTTCTGCACCTCCTTCCGAAAGAGAAGGTGCAGTCAATGTTTCAAATTGTGTTTGGCT TGCAAGTGAAGAAGAAAAATGTCATTGTAGCTCTCCTACAACAGATACTAAAGGATGTTCAATATCTGCCACTAGGATCA TTGTTAAAAAAATGTAGTTTTGTTTTTCCTTTTCTCTTTTTTTTGCCCAGATATCTGTGGGATGGAGCAGTTGAAACCTG CAGTGCATCATTTTTTCATTGATTATTTTTGTGTTGGAATCTTATTTGACACGGTTCAAGGTCTAAATTTTGTTGTACCC GTCAATATTATGGTAATAATTTTAGGTTGCAATGTAGGATATAAATTGCTCTACTGTCTCTGCAACCTTTCATCCTGGTG GAGTTGGCCACTATTTTTGCCGGTTCACTCACTAGTACTAGAGTCATTTTTAGAAGTTACAAGTCTTAGCTTTTGAGTAA ATGTGTCTTCAATTTTATGCGAATCGTGAAATCAAACACCCCTAAATAGCGTATTGACGTGCGGTTCAAATCCTTAAGCT TATAGTATGTAAAAGGCAATAATATATGGGGCATTTTGTGGAGTGTTGATTGATTGAAGGATGATTGTTTTCTCATACAA ACTTATATAACATGACATCTATTGGCAGAACATTTAAGATTTGTTTGGAACAAATCAAGCAGAGTAACAGACCTTTTGTG TTTGGTCTTTTGGAGGAACTAACTCACCTTCACAAAAAGCAAGAATTAGCTCTCCTTTTTTCAAAGTTCAGTAGAAAAAG TTATAATAATAATAATAATAATAAGGCTTAATACATCAGAAGGCACCTGAAATTGTAAAGGGAATCAGTTCCAGGGCCTG 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0023900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGACGGTGGTGCCGATGAGGTTGTCGCACCAGCAGCTCCGGCGGGTCCACCGCACCCTCTCGACTGGAAATTCTCCCA GGTTTTCGGTGAACGTGCGGCTGGGGAAGAGGTTCAGGAAGTGGACATAATTTCTGCTATTGAATTTGACAAGTCTGGCG ATCATCTTGCTACTGGTGATCGTGGTGGTCGAGTGGTTCTCTTTGAGAGGACAGATGCAAAAGATCATGGTGGATCAAGA AGGGATTTGGAGAGTATGGACTATTCTATTGGTAGGCATCCTGAATTCCGTTACAAAACAGAGTTTCAGAGTCATGAGCC TGAGTTTGACTATCTTAAGAGCTTGGAAATTGAAGAGAAAATCAACAAAATCAGATGGTGCCAAACAGCTAATAGTGCCC TTTTCCTTCTCTCTACAAATGATAAAACCATCAAATTTTGGAAGGTTCAAGAAAAGAAGGTCAAGAAAATTGCTGAAATG AATGTTGATCCTTCAAAAAATATGGGAAATGGCTGTATTGCTAGTTCAAGTAATTCAAATAGTCCTAGACCATCTCTTTC GAATGGTGGATCTCCAGATAGATCATGCAATTATCCAAGCAATGACTTCTCATTTCCACCAGGGGGCATACCATCACTGA GATTACCCGTGGTAGTAAGTAACCATGAGAGCAGCTTGGTGGCTCGATGCCGTAGAGTATATGCCCATGCTCATGACTAT CATATCAATTCTATTTCAAATAACAGCGATGGTGAAACTTTCATATCAGCCGATGATTTGCGAATAAATCTCTGGAACCT GGAAATTAGCAATCAAAGTTTTAATATTGTTGATGTAAAGCCTGCAAATATGGAGGATCTGACAGAGGTTATAACATCAG CAGAATTCCACCCTACACATTGTAATATGTTGGCGTATAGCAGTTCAAAGGGTTCAATTCGTCTGGTTGACTTGCGCCAA TCAGCTTTATGCGATTCTCATTCCAAACTATTTGAGGAACAGGAAGCCCCAGGCTCCAGGTCATTCTTCACAGAGATTAT TGCTTCTATCTCGGACATAAAATTTGGGAATGATGGAAGATACATACTTAGTCGTGATTACATGACTTTAAAGTTATGGG ACATTAATATGGACTCCGGGCCTGTTGCAACTTTCCAGGTTCATGAGTATTTGAGACCTAAGCTTTGTGATTTGTATGAA AATGATTCAATTTTCGATAAGTTCGAGTGTTGTCTGAGTGGTGATGGATTGCGGGTAGCCACTGGTTCATACAGTAATTT ATTCCGTGTATTTGGTTGTGCCCCTGGAAGTGCTGAGGCTACAACTTTAGAAGCCAGTAAAAATCCAATGAGACGACAAG TTCCAACCCCTTCAAGGCCTTCTAGATCACTGGGAAATAGCATAACACGAATTGGAAGACGGGGAGCAGAAACCCCTGGG GTTGATGCAAATGGGAATTCTTTTGATTTCACAACAAAGTTGCTGCACTTGGCATGGCATCCAACTGAAAATTCAATTGC TTGTGCTGCTGCAAATAGCTTGTACATGTACTACGCGTGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0023900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDGGADEVVAPAAPAGPPHPLDWKFSQVFGERAAGEEVQEVDIISAIEFDKSGDHLATGDRGGRVVLFERTDAKDHGGSR RDLESMDYSIGRHPEFRYKTEFQSHEPEFDYLKSLEIEEKINKIRWCQTANSALFLLSTNDKTIKFWKVQEKKVKKIAEM NVDPSKNMGNGCIASSSNSNSPRPSLSNGGSPDRSCNYPSNDFSFPPGGIPSLRLPVVVSNHESSLVARCRRVYAHAHDY HINSISNNSDGETFISADDLRINLWNLEISNQSFNIVDVKPANMEDLTEVITSAEFHPTHCNMLAYSSSKGSIRLVDLRQ SALCDSHSKLFEEQEAPGSRSFFTEIIASISDIKFGNDGRYILSRDYMTLKLWDINMDSGPVATFQVHEYLRPKLCDLYE NDSIFDKFECCLSGDGLRVATGSYSNLFRVFGCAPGSAEATTLEASKNPMRRQVPTPSRPSRSLGNSITRIGRRGAETPG VDANGNSFDFTTKLLHLAWHPTENSIACAAANSLYMYYA 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

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PANTHER 4 519 516 0.0
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SUPERFAMILY 42 511 470 2.14E-34
PRINTS 48 68 21 5.2E-160
PRINTS 95 123 29 5.2E-160
ProSitePatterns 108 122 15 -
SMART 108 148 41 8.6
PRINTS 124 152 29 5.2E-160
MobiDBLite 168 198 31 -
SMART 227 266 40 0.94
Pfam 230 266 37 0.14
ProSitePatterns 236 250 15 -
PRINTS 238 265 28 5.2E-160
ProSitePatterns 253 267 15 -
PRINTS 266 293 28 5.2E-160
SMART 277 317 41 11.0
PRINTS 294 322 29 5.2E-160
PRINTS 323 350 28 5.2E-160
SMART 336 374 39 420.0
PRINTS 351 378 28 5.2E-160
SMART 378 432 55 450.0
PRINTS 379 404 26 5.2E-160
PRINTS 405 431 27 5.2E-160
MobiDBLite 447 467 21 -
PRINTS 488 517 30 5.2E-160

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component Protein phosphatase type 2A complex A protein complex that has protein serine/threonine phosphatase activity that is polycation-stimulated (PCS), being directly stimulated by protamine, polylysine, or histone H1; it constitutes a subclass of several enzymes activated by different histones and polylysine, and consists of catalytic, scaffolding, and regulatory subunits. The catalytic and scaffolding subunits form the core enzyme, and the holoenzyme also includes the regulatory subunit.
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Molecular function Protein phosphatase regulator activity Modulates the activity of a protein phosphatase, an enzyme which catalyzes of the removal of a phosphate group from a protein substrate molecule.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0023900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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