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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0050800 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0050800.1 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | CCR4-NOT transcription complex subunit 1; TAIR: AT1G02080.2 transcription regulator; Swiss-Prot: sp|A1A5H6|CNOT1_DANRE CCR4-NOT transcription complex subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1KJP7|I1KJP7_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0050800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:5298508..5321528) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTTACATAACAAACCCTAAACCCAATTGGAAAATGGCCCAAGCCTGCAACTAAATAAAAAGGCTATCACAACAACATA AACATTCACAACGCGATCACTTTCCAAATACCCAAATCTTCTTCTTCACTCTCAATCTCTCTCGCGCATTCGTTTCTGCT CTTCGCTCTCGCTCTCGTGTGCCCTCGATTTCCCATCGTGTTCCCTGTGGTGATGATTCTGCACTCCTCGTCGTCGCTCA CCATGGCCGATTTCACCTCCACTGCTTCCGACCAGATTCGGTTCCTGCTCAACTCCTTGAACGAAGTCAACTCTGACTCC GTTTTCCATCAACTCTCTCAGGTCTTGATTCATCAACTTGAATTTTGTTGATTTTGTTTTTCACACTTCATTTTGAGGGT TTCTGTCAAATTTTGGGAATTGACAACATGCTTTGTGTTTGAACTGTTGTTTGTGCTGCGTGATTGGTAAAATTTCTTGC TTTTTGATGTGGGGTTTTTCGAAAACGCGATTTTAGGGTTAAATTGATGTGCTTGTGTGAGTGTGTTTATGGTTTAATTT TGTGATCATAGTGTGTAATTGGTAAATTTCTTCGATGCTGATGAGTTTAAGAAATGGACCATTTCGTTGTGGTTTTGGGG TGGGTGGGTTGAAAATTTGATCTTTAGTTCGAATCTTCGGACTATTGTGATTAAAATAGTCTGGGTGGGTGATTTTGTAG AGACAATTAGAGTTCTGTGGTGGTGGTTGATAATGTGACTCATTTTGCCATGATATATTTGTACTATTTTCCGGTATTGT TCTGCATTTTGCTTTCCCCTTAAATTGCCGTAATCTGTGGAATAATAGGCTGAAATTGGTGTCAGAAGCTTGCTGCGGTA GATTTGGTTTAGGGTGCTATTTAATTTTTAAACAATTCATATTTGGAGTGTTCTCTGTATTTTTGGTCTGACTAGATTGG 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0050800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATTCTGCACTCCTCGTCGTCGCTCACCATGGCCGATTTCACCTCCACTGCTTCCGACCAGATTCGGTTCCTGCTCAA CTCCTTGAACGAAGTCAACTCTGACTCCGTTTTCCATCAACTCTCTCAGTTCACTGAGTTTGGAACTGTTGGATGCATTT TGCTGCTTCGGACTTGCTTGGATCACTTTAATTATGTCAGAAGAGATATGAATGACATGCAAAATGAGCCAATTCTGGGG GCAGTCATTAAGCACCTCTTGGACAAACCAAACTTCAGCACAGTGTTGTCTGAGTCAGTGAAGAATGTAGAAATTAATGA AAGCTTTCTCCAAAGTTTTTGTAACGGATTGCAGTTGTCCTTATTGGAAAAAATTGCCATCAGCCTCGCTTTGTCGGATT CCGAAAATCCCGATGCCAGGTTATGTGGAAAGAATTTTTGCATGGCTCAGATTGAGGAATTGGGTGCCAGCCCTGGTTCT TTTAGTTGCCATGAACAAATTCACAATATTATCATGTTCCTCAAGCAGTCTGAGGGTCTTTCCAAGCATGCGGACTCCTT CATGCAGATATTGTCACTGGTGCAGTTCAAGGACACACCACCTTATGTTTTGACTCCAGTGCTACCAGATGAGATGCATG AGGCTGATTTTTTAAGGAATATGGAGTTGTTCCATGAGTCTGGAGAAAATGATTTCGATGCTATTTTGGCTGACATACAG AAGGAAATGAACATGGGAGATATTGTGAAGGAACTAGGCTATGGCTGCACGGTTGATGTCTTACAATGTAAGGAGATATT GTCGCTCTTCTTACCTATAACTGATAAAACGCTCTCGAAATTACTTGGTGCTATTGTTCGTACCCATGCTGGGCTGGAGG ACAACCAGAGCACATTCTTAACTTTTGGCACGGCCCTTGGATACAACAACTTGGCTGAGTTGCCGCCACTGAGCTCTTGG AATATTGATGTCTTGATAGATACAGTCAAACTCCTTGCACCTCAGACAAATTGGGTACGGGTCATTGAAAATCTAGATCA TGAAGGATTTTTCCTTCCTAGCGAAGAAGCTTTTTCTTTTCTCATGGCTGTATATAAACATGCCTATAAGGAGCCATTTC CTCTCCATGCAATCTGTGGGTTTGTCTGGAAGAATACAGAGGGTCAGCTGTCTTTCCTCAAATATGCCGCATCAGCACCG CCAGAATTGTTTACCTTTGCACACTCTGCAAGACAGCTGGCATATGTTGATGCGATTAATGGACACAAGCTTCAAAGTGG ACATGCAAATCATGCCTGGCTGTGTCTTGACCTTTTGGATGTTCTCTGCCAGCTAGCTGAGAAGGGTCATGCCAGCATTG TTCGATCTATCCTTGATTATCCCCTTAAACACTGTCCAGACGTCTTGCTTCTTGGGATGGCACACATTAATACTACTTAC AATCTCTTCCAGCGTGAAGTATCTCTGGCTGTTTTTCCCATGATAGTAAATAGTGCTGTAGGCAGTGGAATGATTCTACA CCTTTGGCATGTTAATCCCAATCTGGTCTTGCGAGGGCTTATGGATTCTCAAAACAGTGATGTAGACAGCATTACTAAAA TTGTGGACATTTGCCAAGAGCTAAAGATTCTATCGTCAGTGCTGGAAATTATTCCCTCTTATTATAGTATAAGATTAGCA GCTGTAGCTTCAAGAAAAGAATTTCTTGATCTTGGGAAGTGGTTGAGTAGCATCTTGACTACGTACAAGGATGTCTTCTT TGAGGAGTGCCTCAAGTTCTTAAAGGAAGTCCATTTTTCAGGATCACAGAACCTCTCTGGCAATTCTTTTCATCAGCCTG GTGCTGTTCTGAATCTCTATACTGAGACAGCTGCTACCCTCTTGAAGGTTCTTAAATCTCATACTGACTTGGTTACATCT 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TTGGTCGCCGCTGCTGAGAAAAGAGAAACTCCTATTGAGGGTCCAGGATCGGAAGTTCAGGACAAGATATCATTTATAAT TAATAATATATCATCTACCAATGTTGAAGCTAAAGCCAAAGAGTTCGATGAAATTTTGAAAGAGCAGTACTATCCATGGT TTGCACAGTATATGGTTATGAAAAGAGTGAGCATTGAGCCAAATTTTCATGATGTGTACCTGAAATTCCTTGATAAAGTT AATTCAAAGGCTTTGAACAAAGAGATTGTGCAGGCAACTTATGAAAATTGCAAGGTTCTTTTAGGATCAGAACTCATAAA GTCAAGTTCAGAAGAGCGCTCTCTGCTGAAAAATCTGGGGAGCTGGCTTGGAAAGTTGACAATTGGTCGAAATCAGGTTT TGAGGGCTCGTGAAATTGACCCAAAATCTTTGATTATAGAGGCATATGAGAAGGGGCTGATGATTGCTGTTATTCCATTT ACTTCAAAGATCCTCGAACCATGCCAGAGCAGTCTTGCATATCAGCCCCCTAATCCTTGGACCATGGGCATTTTGGGATT GCTTGTTGAGATTTATTCAATGCCAAACCTAAAAATGAACCTCAAGTTTGACATAGAGGTATTGTTCAAAACTCTTGCCG TAGAGATGAAGGATGTCACACCAACTTCTCTCCTGAAGGATCGCAAAAGAGAAATTGAAGGGAATCCTGATTTTTCTAAT AAAGATGTTGGGGTGTCTCAAGCACAACTGGTTTCTGATATAAAACCTGGCCTTGTACCGCCTGTAAATCAAGTGGAGTT ACCACCGCTTGAAGTCACAAATCCATCCAATCCACATATGTTGTCTCCGTATGCTGGTCCTCTACATATAACCACGGGAC CATTGATTGATGATGAGAAAGTAACACCTCTGGGCCTCTCTGATCAACTTCCAACCGCTCAAGGACTGTTACAAGCCACT ACTAACCCATCACCTTTTAGCCAGCTCTCAACACAGATCCCTAACATAGGGACTCATGTTATTATCAATCCAAAGCTCAG TGGTTTTGGATTGCAAATGCATTTTCAGAGAGCGGTACCTATTTCAATGGATAGAGCTATCAAAGAGATAGTCACTGGTA TTGTGCAGCGCAGTGTTTCCATAGCAACACAAACAACTAAGGAGCTTGTTTTGAAGGATTATGCTATGGAATCAGATGAA ACACGTATATTAAATGCTGCACATTTGATGGTTGCTAGTCTGTCCGGAAGTTTGGCTCATGTCACATGCAAAGAACCTTT ACGAACATCAATATCAAACCAACTGAGGACGGCACTTCAGAATATAAATATTGCAAGTGAAATCTTGGAACAAGCTGTCC AACTTGTCACCAATGATAATCTTGATCTTGGTTGTGCTGTCATTGAACAGGCTGCTACCGATAAGGCAATAAGCACCATA GATACAGAGATTGGTCAACAACTTTCTGTGAGAAGGAAGCATCGAGAAGGTATGGGCTCTACATTTTTTGACGCGAACAT GTATCAACAAGGTTCAATGGGTGGTGTTCCAGAGCCCCTTCGACCCAAACCTGGTCAGCTGTCCCTCTCACAACAGCGCG TTTATGAGGACTTTGTTCGGCTTCCGTGGCAAAACCAGTCTACCCAGAACTCACATTCTATATCTGGTGGTGTTTCTATT CAATCTGGAGGTACTGGTCTCACTGGTACCAGTGGTACTGTATCCGGACAAATGAGCCCTGGCTACTCTGTGAACACAGG ATATGAAGGGGTCCCTCGACCAATAGATGATATTTCAGAATCTAATTTGGCTCCGCATTTTAGTGCTTCCTCTGTTCACA TCAGAGCCGCTGACAGTGTTTCCCAGCATAGTCTGGAGAAAGACTCTGTTGCCTCATTTCCTTCAACTGCTTCCACCCCT GAATTACATACAGTGGATTCTTCTGATGCTGTTAAAGATTCTGGAGCTTCTTCACAGCCACCGGTTTCATCAGGTGCCAT GGAGCGCCTCGGAAGTAGCTTCTTGGAGCCTACTCTCACTACACGCGATGCTTTGGATAAGTACCAACTTGTAGCACAAA AGTTGGAAGCTGTCGTCAACAATGATTCCCGGGAAGCAGATATACAGGGCATCATTTCTGAGGTTCCTGAGATCATACTC AGATGTGTTAGTCGAGATGAGGCTGCTTTAGCTGTTGCTCAAAAGGTTTTCAAGGGTTTATATGACAATGCAACTAACAA CATTCATGTCTTTGCTCATCTTGCTATCCTAACTGCCATTCGTGATGTTTGCAAGCTTGCTGTCAAGGAACTTACTAGTT GGGTAATTTATTCAGAAGAAGAAAGGAAATATAACAAAGATATTACTGTTGGCCTCATCCGCAGTGAATTGCTAAATCTG ACTGAGTACAATGTTCATATGGCAAAACTTATTGATGGGGGAAGGAACAAGGCTGCTACTGAGTTTTCTATCTCTCTTCT GCAAATCCTGGTTATTGAGGAACCTAAAGTTATTTCAGAACTTCAGAGTCTCGTTGATGCTTTGGCAAAGCTTGCCACCA AGCCTGGATTCCCTGAATCATTACAACAGCTTATTGAGATGATAAAGAACCCTGCGGCTAATACTTCTGCTCTATCTGCT AGTAATGCTGGAAAAGATGATAAGGCAAGGCAATCAAGAGACAATAAGGGTCCTGGTCCACTTGCTGCAAACCGGGAAGA CATGAACAATGTAGATTCTATTGAACCGGATCCTGCTGGATTCCGTGACCAGGTTTCCATGTTGTTCCAAGATTGGTATA GGATATGTGAACTTCCAGGTGCCAATGATACAGCTTCTACCCATTTCATCTTACAGTTGCATCAGAATGGGTTGCTTAAG 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CTAATTAACTCCCTTGTGTTGTATGTAGGAATGCAGGGTATTCAGGGACGAACTCCGCATGCACAGTCAGCCGGAATGTT GGCTGTATTTTCTGTTGGTGCTGCATTGGATATTTTTCAGACACTAATTGTGGACTTGGACACGGAAGGGCGTTACCTTT TCCTAAATGCTATTGCTAACCAACTGCGTTATCCCAATACTCACACACACTACTTTTCCTTCATCCTGCTCCATTTGTTT GCAGAGTCTAACCAGGAAATTATCCAAGAACAAATTACAAGAGTCGTGTTAGAACGCTTAATTGTTAATCGACCTCATCC TTGGGGTCTCCTGGTTACTTTTATTGAGCTGGTCAAGAATCGCATGTATAGCTTCTGGAACAGATCTTTCATAAGATGCG CGCCAGAGATCGAAAAACTATTTGAATCACTATTTGAATCAGTCTCAAGATCTTGTGGAGGTCCAAAACCAGTGGATGAG TCTGGATGGGTCTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0050800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MILHSSSSLTMADFTSTASDQIRFLLNSLNEVNSDSVFHQLSQFTEFGTVGCILLLRTCLDHFNYVRRDMNDMQNEPILG AVIKHLLDKPNFSTVLSESVKNVEINESFLQSFCNGLQLSLLEKIAISLALSDSENPDARLCGKNFCMAQIEELGASPGS FSCHEQIHNIIMFLKQSEGLSKHADSFMQILSLVQFKDTPPYVLTPVLPDEMHEADFLRNMELFHESGENDFDAILADIQ KEMNMGDIVKELGYGCTVDVLQCKEILSLFLPITDKTLSKLLGAIVRTHAGLEDNQSTFLTFGTALGYNNLAELPPLSSW NIDVLIDTVKLLAPQTNWVRVIENLDHEGFFLPSEEAFSFLMAVYKHAYKEPFPLHAICGFVWKNTEGQLSFLKYAASAP PELFTFAHSARQLAYVDAINGHKLQSGHANHAWLCLDLLDVLCQLAEKGHASIVRSILDYPLKHCPDVLLLGMAHINTTY NLFQREVSLAVFPMIVNSAVGSGMILHLWHVNPNLVLRGLMDSQNSDVDSITKIVDICQELKILSSVLEIIPSYYSIRLA AVASRKEFLDLGKWLSSILTTYKDVFFEECLKFLKEVHFSGSQNLSGNSFHQPGAVLNLYTETAATLLKVLKSHTDLVTS GLLKEELESLHISIIDSNPRLQNGGTTDSSASDGYAEDIEAEANSYFHQMFSEQLHINAMVQMLARFKESSVKREKSIFE CMIQNLFEEYRFFPKYPERQLKIAAVLFGSVIKHQLVTHLSLGIALRYVLDALRKPADSKMFLFGSLALEQFVGRLVEWP QYCNHILQISHLRSTHSEIVALIEQALARISSGHIDGDGASHASIIGNHNSAQATFGHVELTGSSVIQPGQPHLSMQLQQ RHENSFDDRHKASIGSSSDVKPLLSTLGQSSVVTPADASSTNKLHSIVSTSSMLSSSPGFVRPSRGATSAKFGSVLNIET LVAAAEKRETPIEGPGSEVQDKISFIINNISSTNVEAKAKEFDEILKEQYYPWFAQYMVMKRVSIEPNFHDVYLKFLDKV NSKALNKEIVQATYENCKVLLGSELIKSSSEERSLLKNLGSWLGKLTIGRNQVLRAREIDPKSLIIEAYEKGLMIAVIPF TSKILEPCQSSLAYQPPNPWTMGILGLLVEIYSMPNLKMNLKFDIEVLFKTLAVEMKDVTPTSLLKDRKREIEGNPDFSN KDVGVSQAQLVSDIKPGLVPPVNQVELPPLEVTNPSNPHMLSPYAGPLHITTGPLIDDEKVTPLGLSDQLPTAQGLLQAT TNPSPFSQLSTQIPNIGTHVIINPKLSGFGLQMHFQRAVPISMDRAIKEIVTGIVQRSVSIATQTTKELVLKDYAMESDE TRILNAAHLMVASLSGSLAHVTCKEPLRTSISNQLRTALQNINIASEILEQAVQLVTNDNLDLGCAVIEQAATDKAISTI DTEIGQQLSVRRKHREGMGSTFFDANMYQQGSMGGVPEPLRPKPGQLSLSQQRVYEDFVRLPWQNQSTQNSHSISGGVSI QSGGTGLTGTSGTVSGQMSPGYSVNTGYEGVPRPIDDISESNLAPHFSASSVHIRAADSVSQHSLEKDSVASFPSTASTP ELHTVDSSDAVKDSGASSQPPVSSGAMERLGSSFLEPTLTTRDALDKYQLVAQKLEAVVNNDSREADIQGIISEVPEIIL RCVSRDEAALAVAQKVFKGLYDNATNNIHVFAHLAILTAIRDVCKLAVKELTSWVIYSEEERKYNKDITVGLIRSELLNL TEYNVHMAKLIDGGRNKAATEFSISLLQILVIEEPKVISELQSLVDALAKLATKPGFPESLQQLIEMIKNPAANTSALSA SNAGKDDKARQSRDNKGPGPLAANREDMNNVDSIEPDPAGFRDQVSMLFQDWYRICELPGANDTASTHFILQLHQNGLLK GDDITDRFFRVLLELAVAHCLSTEVNNSGALQSPQQLPAMSFLAIDIYAKLVFYILKGSNKLFLLPKILAVTVRCILKDA EEKKASFNPRPFFRLFINWLLDLGSLEPVTDGANLQILIAFANAFHALQPLKVPAFSFAWLELISHRSFMPKMVTGNGQK GWPHIQRLLVDLFQFMEPFLRHAELGDPVRFLYKGTLRVLLVLLHDFPEFLCDYHFTFCDVIPPSCIQMRNIILSAFPRS MRLPDPSTPNLKIDLLQEITQSPRILSEVDAALKAKQMKTDVDEYLKTRQQNSPFLSELKEKLLLSPNEAASAGTRYNVP LINSLVLYVGMQGIQGRTPHAQSAGMLAVFSVGAALDIFQTLIVDLDTEGRYLFLNAIANQLRYPNTHTHYFSFILLHLF AESNQEIIQEQITRVVLERLIVNRPHPWGLLVTFIELVKNRMYSFWNRSFIRCAPEIEKLFESLFESVSRSCGGPKPVDE SGWV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 1956 | 1956 | - | – | |
| PANTHER | 11 | 2395 | 2385 | 0.0 | ||
| PANTHER | 11 | 2395 | 2385 | 0.0 | – | |
| Pfam | 486 | 632 | 147 | 1.9E-30 | ||
| Pfam | 659 | 829 | 171 | 1.3E-67 | ||
| Gene3D | 665 | 832 | 168 | 2.7E-66 | ||
| Gene3D | 945 | 1194 | 250 | 6.0E-107 | ||
| Pfam | 973 | 1192 | 220 | 2.9E-91 | ||
| Pfam | 1314 | 1455 | 142 | 1.0E-51 | ||
| MobiDBLite | 1507 | 1544 | 38 | - | – | |
| MobiDBLite | 1507 | 1548 | 42 | - | – | |
| MobiDBLite | 1587 | 1626 | 40 | - | – | |
| MobiDBLite | 1587 | 1629 | 43 | - | – | |
| MobiDBLite | 1836 | 1871 | 36 | - | – | |
| Gene3D | 1870 | 2159 | 290 | 4.9E-113 | – | |
| Phobius | 1957 | 1976 | 20 | - | – | |
| Phobius | 1977 | 2404 | 428 | - | – | |
| Pfam | 2022 | 2384 | 363 | 2.1E-149 | ||
| Gene3D | 2160 | 2383 | 224 | 1.4E-97 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Regulation of translation | Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and pathways resulting in the formation of proteins by the translation of mRNA or circRNA. | ||
| Cellular component | CCR4-NOT core complex | The core of the CCR4-NOT complex. In Saccharomyces the CCR4-NOT core complex comprises Ccr4p, Caf1p, Caf40p, Caf130p, Not1p, Not2p, Not3p, Not4p, and Not5p. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0050800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…