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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0058500 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0058500.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Clustered mitochondria protein homolog; TAIR: AT3G52140.2 tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein; Swiss-Prot: sp|F4J5S1|CLU_ARATH Clustered mitochondria protein; TrEMBL-Plants: tr|V7BVK6|V7BVK6_PHAVU Clustered mitochondria protein homolog; Found in the gene: LotjaGi3g1v0058500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:6148523..6164527) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTCCCTATTCTTTCTCTCTTGTCCACTATTTAAGCGCCTCCTATGAGCTAGCCACCACGCTTCTTCCAAAACCTCCTTCC TTCACATTCCGTCACTCTAAAACCCTGTTACTCTTCCTCTATATGTTCGTTCTGTGATTACAAGTCACTCTTTCTGGTAA CCTCGCTCGCTCTGCACACCACAAAATGACAATGAAATCTCTATCTGCATTTTACAAGCACTTGTTGTTTATTTATTTGT TTTGTTTTGATTCAGGAATGGCTGGAAAGTCGAATAAGGCGAAGAACAAAAGAGGATCGCACCACAATAACAACGGCGGC GGCGATGATAACCGAAACGCTGCGGAGAAAGTTCTGCCAATTGAAATGGACCAGGACCATGGTGAGGTAAAAGACAACAA CGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATGATGCTGCTGATGAAGCGCCAACTGCAGCCGAACAAGCGCCAAATGCAGCCG AGCAAGCGCAAGGTAAAGAGAATAATTCAAGTTGCATGGTTTTCAATTCAATGTATTAGAAATGTGTATATGTCATATGT GTATGTGTGTTTGATAATTTGATTAATGCCTTGATAATGCAGATGATGTTTTACTCTTTCCTGTCCCTGTCAAAACACTA ACCGGGGACAAGCTCGAGCTACAGGTGAGTTTGTTTTTCACAATTCATGACAACTTGGTATAAAATTTGTTTGATTTGGG GTAGCTATGAAATTAAAATTTATTTTATCAAGCTTAGTAGTTAGTTAGGAGCCACAAATGTCGGCCACAAATTTGTTTGA TTCCGGGTAGCAATGAAATTTAAATGATGGGAATTAATATTTTTTTTTTCCTTTATGAAAGTTCTATTGAAAAGCTATCG ATGAAAAATGCGATTTTTCTATTAAATAAGTGAATCCGAGCTGTTAATTACTTGTTATTTGATGGATTGATTTACAGTTG 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0058500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGGAAAGTCGAATAAGGCGAAGAACAAAAGAGGATCGCACCACAATAACAACGGCGGCGGCGATGATAACCGAAA CGCTGCGGAGAAAGTTCTGCCAATTGAAATGGACCAGGACCATGGTGAGGTAAAAGACAACAACGCTGCTGCTGCTGCTG CTGCTGCTGATGATGCTGCTGATGAAGCGCCAACTGCAGCCGAACAAGCGCCAAATGCAGCCGAGCAAGCGCAAGATGAT GTTTTACTCTTTCCTGTCCCTGTCAAAACACTAACCGGGGACAAGCTCGAGCTACAGTTGAACCCTGGAGACACTGTCAT GGGCGTAAGACAGTTCCTTCTTGAAGCTCCGGACACGTGTTTTGTCACGTGCTATGACTTGTTGTTACACACAAAGGATG GGGATGTTCATCACCTGGGAGATTACAGTGGAATTTCAGAGGTAGCTGACATCACTACTGGTGGTTGCTCCTTGGAAATG GTTCCTGCTTTGTATGATGATATATCTATAAGGGCTCATGTTCACCATATTCGGGAATTGCTTTCCCTTTCCAACCTCCA TTCTTCCTTATCCACCTCACTTGCCCTGCAGAATGAGCAAGCACAAAATAAAGCTGCAAATTCAGGAGATGCATTGAAGG TTTCTGAGCTTGATGGACTTGGTTGTATGGACGATGTCCTTGGTTCGGTGGGTAATTTGCTAACGGCCCCATTGAAGGAT GTTAAATGTGTGGAAAGCATAGCGTTTTCGTCCTTCAATCCTCCTCCAAGCTATAGAAGGCTTGTTGGAGATTTACTTTA TTTGGATGTGGTAACCCTTGAGGGTAATACATTTTGTATAACAGGAAGTTCAAGGATGTTTTATGTCAACTCAAGTACAG GGAACACTTTTGACCCAATGCCTGGAAAAGCTGCTTTTGACGCAACAACTCTTGTTTCTCTCTTACAAAAGATTAGTCCC AAGTTTAAAAAAACTTTCCGTGAAATTTTGGAGCTTAGAGCTTCTGCCCATCCTTTCGAAAATGTGCAATCTTTGTTGCT TCCCAATTCGTGGCTTGGATTATTCCCTGTTCCTGAGCACAGGCGTGACTCAGCCAGGGCTGAGAATTCTTTGACTCTTC TATATGGAAGTGAGCCGATTGGCATGCAAAGAGATTGGAATGAAGAGCTACAATCTTGTCGAGAATTTCCTCATACATCT CCACAGGAGAGGATTTTGCGGGATAGGGCACTTTATAAAGTGACATCAGACTTTGTTGATGCAGCAATTAATGGTGCTAT TGGCGTGATCTCCGGTTGTATTCCTCCAATAAACCCAACTGACCCAGAATGTTTTCACATGTATGTGCACAACAGTATAT TCTTTAGTTTTGCTGTTGATACGGACCTTGAGCAGCTGTCAAAGAAATCTACAGATGCTAACTCAAAAACATGGAGCACA GCCACTCTGCATGGTTCTTCTGAAAAGTCTTCCCAATTCCAGGTTTCCGATGGGAGCATAAATGATGGTTCAAGTTCAGA AGATCTTATTAATGATATTGAAGTCGCTCAAGATATTCCTCCTGAAACTCAACTGGCTGAGAGTGAGCAGGCCACATATG CTTCTGCAAATAATGATTTGAAGGGCACAAAAGCTTACCAAGAAGCTGATGTCCCAGGAATTTATACTCTTGCCATGGCT ATAATTGACTACAGGGGCCACAGAGTGGTAGCTCAGAGTGTCTTACCAGGCATTCTTCAAGGGGACAAGTCGGACTCTCT ACTGTATGGCTCTGTTGATAATGGAAAGAAAATTAACTGGAATGAAAATTTTCATTCTAAAGTATTAGATGCCGCGAAAC GCCTTCATTTGAAGGAGCACTCAGTCATTGATGGATCTGGAAGTGTTTTCAAATTAGCTGCGCCAGTGGAATGCAAGGGC ATTGCTGGCAGTGATGACCGGCATTATATACTAGATTTGTTGAGGGTAACTCCTCGGGATGCAAACTATACTGGACCTGG TTCCCAATTTTGTATCTTAAGAGCAGAATTGATAGCTGCCTTTTGCCGGGCCCAAGCAGCAGAGAAATCAAAATCCAAGG AGAATAATTCTGAGGGGCCAGATAACTTGGTTACTGTTTCCCAAGATGTTGCAGATGCTAACAAACCGGATTTGATGGAG GAAAGGAAGACTGAGGATGCTAAAGAACTTTCTCCTGCATGTGCTGAAGGCTTTGATCATTATGACGGAATAGTTTTTAA CCCTAATGTTTTCACAGAATTCAAACTAGAGGGGAGCCCAGAGGAAATAGCTGCTGATGAAAACAATGTGAGAGAAGTTA GTTTATATCTTAATGACGTAGTGATTCCAAAGTTTATACAAGATCTATGCACGCTGGAAGTTTCACCAATGGACGGCCAG ACATTAACTGAAGCCCTCCATGCTCATGGAATTAATGTTCGCTATATTGGCAAAGTGGCTGGTGGGACTAAACATCTACC CCATCTGTGGGACCTTTGTACTAATGAGATTGTTATGAGATCTTCCAAGCATATTATCAAGGACATACTGAGAGACACTG AGGATCATGATCTGGCGGGGGCAATATCTCATTTGTTTAACTGCCTATTTGGAAGTTGTCAAGCTACTGGTGGAAAAGTA GTTGCTAATGGCGTACATTCCAGTAGTCCTAAAAAGGTACATGCAGGGCATCGTTCCACAGGAAACCATTCCAAAGGGCC AGCGCGATGGAAAGGAAGGGCATCTTTAAGAAAGAGTCAAGCTATCTATACGAGTATTAACTCTGAAGCTCTTTGGTCTA ACATTCAAGAGTTTGCTGTGATCAAATACAAGTTTGACTTGCCTGATGATGCAAGGTCACGTGTAAAGAAAATTTCTGTT GTACGTAATCTCTGCCAAAAGATTGGTATAACCATCGCAGCTCGTAAATATGATCTTAATTCTACAACACCTTTCCAAAC ATCAGATATCCTGGATCTCCGTCCTGTTGTCAAGCATTCAATTCCTGTGTGTTCAGAAGCCAAGGAACTTGTGGAAACAG GAAAACTTCAATTGGCTGAGGGCATGCTCAATGAAGCCTATTCTTTATTTTCAGAGGCATACTCAATTCTACAACAGGTT ACTGGTCCAATGCATCGTGAGGTAGCTAATTGCTGTCGGTATCTTGCCATGGTTTTGTATCATGCTGGAGACATGGCTGG GGCTATTTCTCAACAACATAAGGAGTTAATTATAAATGAACGTTCTCTTGGTCTAGATCATCCTGACACTGCTCACAGTT ATGGCAATATGGCTCTCTTCTATCATGGACTCAACCGATCAGAACTTGCCCTTCGACACATGTCGCATGCTTTGCAACTA TCAAGTTTGTCATCAGGCCCTGATCATCCTGATGTTGCAGGGACTTTTATCAATGTAGCAATGATGTATCAGGATATAGG AAAGATGGACATAGCTCTTCGTTATCTGCAAGAAGCTTTAAAGAAGAATGAAAGGCTTCTTGGCAAGGAACATATTCAAA CTGCTATTTGTTATCATGCTCTTGCTATTGCATTTAACTGTATGGGTGCTTTCAAACTCTCTTATCAGCATGAAAAGAAA ACATATGATTTACTTGTAAAACAACTTGGTGAAGATGATTCAAGGACTCAAGAATCACAAAACTGGATGAATGCATTTAA GATGCGTGAACTACAGATGAGTGCTCAAAAGCAGAAGGATCAAGCTCTAAATGCAGCATCTGCTCAGAAGGCTATTGATA TCTTGAAGGCACGTCCTGATTTAATACCTGCACTCCAAGCTGCTTCAATTACTGGGGGATCCAGAAGTTCAGGTTCATCT ACAAACAAATCCCTCAATGGTGCAATAGAGACTCTCCCCAGAGGAAGGGGAACTGATGAAAGGGCTGCACGCGCAGCTGC AGAAGTCAGGAAGAAGGCTGCAGCAAGGGGCCTGTTAGTACGTCCTCATAACGCACCAGTTCAAACATTGCCTCCCCTTA CCCAGCTTCTCAATATTATAAATTCAGGTGTGACTCCAGGTGGTGTGGAGAACAGGGAGGATGCCGGCGGCCGGCGCAGT AAAGAAGGAAGACAATGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0058500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAGKSNKAKNKRGSHHNNNGGGDDNRNAAEKVLPIEMDQDHGEVKDNNAAAAAAAADDAADEAPTAAEQAPNAAEQAQDD VLLFPVPVKTLTGDKLELQLNPGDTVMGVRQFLLEAPDTCFVTCYDLLLHTKDGDVHHLGDYSGISEVADITTGGCSLEM VPALYDDISIRAHVHHIRELLSLSNLHSSLSTSLALQNEQAQNKAANSGDALKVSELDGLGCMDDVLGSVGNLLTAPLKD VKCVESIAFSSFNPPPSYRRLVGDLLYLDVVTLEGNTFCITGSSRMFYVNSSTGNTFDPMPGKAAFDATTLVSLLQKISP KFKKTFREILELRASAHPFENVQSLLLPNSWLGLFPVPEHRRDSARAENSLTLLYGSEPIGMQRDWNEELQSCREFPHTS PQERILRDRALYKVTSDFVDAAINGAIGVISGCIPPINPTDPECFHMYVHNSIFFSFAVDTDLEQLSKKSTDANSKTWST ATLHGSSEKSSQFQVSDGSINDGSSSEDLINDIEVAQDIPPETQLAESEQATYASANNDLKGTKAYQEADVPGIYTLAMA IIDYRGHRVVAQSVLPGILQGDKSDSLLYGSVDNGKKINWNENFHSKVLDAAKRLHLKEHSVIDGSGSVFKLAAPVECKG IAGSDDRHYILDLLRVTPRDANYTGPGSQFCILRAELIAAFCRAQAAEKSKSKENNSEGPDNLVTVSQDVADANKPDLME ERKTEDAKELSPACAEGFDHYDGIVFNPNVFTEFKLEGSPEEIAADENNVREVSLYLNDVVIPKFIQDLCTLEVSPMDGQ TLTEALHAHGINVRYIGKVAGGTKHLPHLWDLCTNEIVMRSSKHIIKDILRDTEDHDLAGAISHLFNCLFGSCQATGGKV VANGVHSSSPKKVHAGHRSTGNHSKGPARWKGRASLRKSQAIYTSINSEALWSNIQEFAVIKYKFDLPDDARSRVKKISV VRNLCQKIGITIAARKYDLNSTTPFQTSDILDLRPVVKHSIPVCSEAKELVETGKLQLAEGMLNEAYSLFSEAYSILQQV TGPMHREVANCCRYLAMVLYHAGDMAGAISQQHKELIINERSLGLDHPDTAHSYGNMALFYHGLNRSELALRHMSHALQL SSLSSGPDHPDVAGTFINVAMMYQDIGKMDIALRYLQEALKKNERLLGKEHIQTAICYHALAIAFNCMGAFKLSYQHEKK TYDLLVKQLGEDDSRTQESQNWMNAFKMRELQMSAQKQKDQALNAASAQKAIDILKARPDLIPALQAASITGGSRSSGSS TNKSLNGAIETLPRGRGTDERAARAAAEVRKKAAARGLLVRPHNAPVQTLPPLTQLLNIINSGVTPGGVENREDAGGRRS KEGRQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 76 | 76 | - | – | |
| MobiDBLite | 29 | 45 | 17 | - | – | |
| Hamap | 60 | 1354 | 1295 | 33.77 | ||
| PANTHER | 62 | 1347 | 1286 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 62 | 1347 | 1286 | 0.0 | – | |
| Pfam | 104 | 180 | 77 | 2.6E-10 | ||
| SUPERFAMILY | 237 | 342 | 106 | 4.18E-24 | – | |
| Gene3D | 238 | 337 | 100 | 1.0E-6 | ||
| Pfam | 264 | 330 | 67 | 3.5E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 358 | 664 | 307 | 48.328 | ||
| Pfam | 385 | 663 | 279 | 1.2E-84 | ||
| MobiDBLite | 689 | 710 | 22 | - | – | |
| Pfam | 794 | 978 | 185 | 6.3E-48 | ||
| CDD | 796 | 979 | 184 | 5.91066E-47 | ||
| MobiDBLite | 886 | 911 | 26 | - | – | |
| Gene3D | 998 | 1259 | 262 | 7.2E-42 | ||
| ProSiteProfiles | 1007 | 1040 | 34 | 6.225 | ||
| SMART | 1007 | 1040 | 34 | 180.0 | ||
| SUPERFAMILY | 1009 | 1120 | 112 | 4.93E-13 | ||
| Pfam | 1048 | 1089 | 42 | 0.0087 | – | |
| SUPERFAMILY | 1086 | 1243 | 158 | 4.12E-15 | ||
| SMART | 1091 | 1124 | 34 | 37.0 | ||
| ProSiteProfiles | 1091 | 1124 | 34 | 6.402 | ||
| ProSiteProfiles | 1091 | 1166 | 76 | 11.08 | ||
| Pfam | 1094 | 1161 | 68 | 8.0E-11 | – | |
| ProSiteProfiles | 1133 | 1166 | 34 | 8.467 | ||
| SMART | 1133 | 1166 | 34 | 1.2 | ||
| MobiDBLite | 1269 | 1306 | 38 | - | – | |
| MobiDBLite | 1269 | 1288 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 1342 | 1365 | 24 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Biological process | Intracellular distribution of mitochondria | Any process that establishes the spatial arrangement of mitochondria within the cell. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0058500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…