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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0067600 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0067600.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Glycine-tRNA ligase, alpha subunit; TAIR: AT3G48110.1 glycine-tRNA ligase; Swiss-Prot: sp|Q8L785|SYGM2_ARATH Glycine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2; TrEMBL-Plants: tr|K7KEC9|K7KEC9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0067600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:7354732..7390138) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTAAAAACAAAATCTTGAATGTTTGGGCAAACATTTTGAGTATGAAATAAAAGGGCTAAGCTAAACCCAATCCTATTACC TATCCCTCTTGTGTGGAAGAAGCAAGTGAAGTGTAGAATCAGTATCAGTATCACTGCGGTGTGCAACCAACCATGGCTAT CATGGCGTTGCCACTAGTCATCTCGTTTCTCAAACCCCACACCGCCACCCGCTTCTTCCCCACACTCCTCCGTCGTCGTT TCGCCACCGTCTCCGCCACCTCCACTCCTCCTTCACCTTCTTCCCTCTCCCACCACTCTTCATCTTCTTCTTCTACGAAC CCCAACACTGCTCCTCGCAAGGCATCCTCCGTCACCTTCCAGCAAGCCATTCAACGCCTTCAGGTCTTACCAGCTCCTCC CCAAGCTCCCATTTTTCATTTTTTTAGCAAATTTTGTGTTTTGTTCAGCTTGTGAGTAGTCAATTGCAAAAGGGTCACAT TATCTGCCAATTGCAAAAGTGTCAAGTTTGTGTTTTGTTTAGCTTGTGAGCAGCCAATTGCAAAAGGGTCACTTTATCTG CCATTTTTTTATTAAAAAGTGTTTTTTTGTTGTTCTTGTTCATGTTGCAGGAATATTGGGCTTCTGTTGGATGTTCCATA ATGCAATGTAGCAACACAGAGGTAATTATTTTGCTGCATTGCCATTGCCATTGTCCATTCAATTGTTTTTCAAAGTAGTT TTTTTCCTCCACAGTTAGTATGATAGGATAATGTGGTGCCATTTGGTGATTAACTTGGCTGATCCCATCTAGTGAAAAAA GAAGTTTTTTTAATATTATTATTGCTTGGTTTTAAGCTTTGACTTCTTGAGATGAAGTCCAGTTTCGAATTTTTGGTTGT GTAAAATTATGTGTGAACAATACATGTTGCCAATAGTGGTTGTATTGTGTTTCTTTTTCTCCTTGGTTTTGTTTGTGTTT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0067600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTATCATGGCGTTGCCACTAGTCATCTCGTTTCTCAAACCCCACACCGCCACCCGCTTCTTCCCCACACTCCTCCG TCGTCGTTTCGCCACCGTCTCCGCCACCTCCACTCCTCCTTCACCTTCTTCCCTCTCCCACCACTCTTCATCTTCTTCTT CTACGAACCCCAACACTGCTCCTCGCAAGGCATCCTCCGTCACCTTCCAGCAAGCCATTCAACGCCTTCAGGAATATTGG GCTTCTGTTGGATGTTCCATAATGCAATGTAGCAACACAGAGGTTGGAGCTGGGACTATGAATCCTCTTACATATTTAAG GGTTCTTGGTCCAGAACCATGGAATGTTGCGTATGTGGAACCTAGCATCCGCCCTGATGATAGTCGATATGGAGAAAACC CAAATAGGCTCCAAAGACACACTCAGTTTCAGGTGATATTGAAGCCTGATCCTGGAAATTCGCAGGACCTTTTTATCCAC AGCCTTTCAGCTTTAGGTATTGATGTTACTGCGCATGATATACGATTTGTGGAGGACAACTGGGAGAGTCCGGTTCTTGG TGCTTGGGGTTTGGGTTGGGAAGTCTGGATGGATGGGATGGAGATTACTCAATTCACCTACTTTCAGCAGGCTGGAAGTC TCCCGTTATCTCCTGTATCTGTGGAAATCACTTATGGCCTTGAGCGTATCCTGATGTCGCTGCAGGGAGTTGATCACTTC AAAAAGATAAAATATTCTGATGGAATTACATATGGGGAACTGTTCTTGGAGAATGAAAAGGAAATGAGTGCGTATTACTT GGAGCATGCCAGTGTTGATCATGTTCAAAAACATTTTGATTTCTTTGAGGAGGAAGCTCGTTGCTTGCTTTCTTCAGGCC TTGCAATCCCTGCGTATGATCAACTTCTGAAAACGTCTCATGCTTTTAATATCTTGGACTCTCGAGGCTTTGTTGGAGTA ACAGAGCGTGCTCGATATTTTGGTCGCATGCGTAGTTTAGCTCGGCAGTGTGCACAACTTTGGCTGAAGACCAGGGAGAT GCTTGGCTTCCCCCTTGGTCTCATCTCTGAACCTGATCAAATTGTATTACCAAAGGAAGTTTTGGAGGCTGCGTGTGAGA AGGTGCATGATCATTCAAGAGCATTTGTTCTTGAAATTGGAACTGAAGAGCTGCCACCTCACGATGTTGTTGATGCAAGC AAACAACTGAAAGATTTAATGTTGCAATTACTGGAACAGCAGAGGTTAAAGCATGGTGAAGTGCAAGTTTTCGGCACCCC TCGTAGATTAGTGGTTGCTGTTGAAAATCTTTTCACAAAACAAACAGAAAAGGAGGTTGAAATTCGAGGGCCTCCTGTTT CAAAAGCATTTGATCATGAAGGAAATCCAACAAAGGCCATTGAGGGTTTTTCACGTAGATACTCTGTTCCGCTGGATTTG GTGTACAGAAAGGTTGATGGGAAAACAGAATATGTATACGCTCGTATAAAAGAGTCTTCAAGACATGCTTTGGAGGTTTT GTCCGAAGATTTGCCTGCTACTATTGCTAAAATTTCTTTTCCAAAGACAATGCGTTGGAATTCACAGGTGATGTTTAGCA GGCCTATTCGTTGGATTCTGGCCCTGCATGGACAAGCAGTAGTCCCATTTATATTTTCTGGGGTGATGAGTGGAAACTTG TCTTGTGGTCTTCGTAATACTGCTTCAGCCGTTGTCCAGGTAGAAAATGCAGAATCATATTCATTTGCAATGAAAAATGC GGGAATCAATGTTGCAGTTGAGGACCGTAAGAAAATTATTGTTGAGCGATCTAATACATTAGCAGAAAGTGTAAATGGCC AAATTCTTATTCCAAATGGTTTGCTGGATGAGGTTGTGAATCTTGTTGAGGCACCTGTTCCAGTGCTTGGAAAGTTTAAA GAAACCTTCTTAGATCTTCCGAAAGAACTTTTGATTATGGTTATGCAAAAGCATCAGAAGTATTTTGCTATATGTGATGC TGATGGGAAATTGTTGCCATACTTTATAGCTGTTGCGAATGGTGGAATTGATGAGACTACAGTGAGGAAAGGAAATGAAT CTGTGCTCAGGGCTCGCTACGAAGATGCTAAGTTCTTTTATGAGATGGACACTCGAAAAAGGTTTTCAGAATTCCGAGAG CAACTGAAAAATATTCTCTTTCATGAGAAGCTTGGAACCATGCTGGATAAAATTACTCGTGTTGAAAACTTGGTTACTAA GCTAAGTTGCATCCTGGATATCGGTGAAGATATGCTACAAATTATCCAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCTGATCTTG CCACTGCAGTTGTCACTGAATTTACCTCACTTTCAGGAGTTATGGGGCGTCACTATGCCCTTAGAGATGGATACTCTGTG CAGATTGCAGAGGCTTTATTCGAGATCACGCTTCCTAGATTCTCTGGTGACATTCTTCCCAATAGCGATGCTGGCATAGT TTTGGCAATTGCTGATAGGTTAGATAGCCTGGTAGGTTTATTTACTGCTGGCTGTCAACCTAGTTCCTCAAATGATCCAT TTGGTCTGCGGAGAATCTCATATGGTCTTGTGCAATTATTGGTAGAAAGGAATAAAAATCTAGATTTTAAAGAGGCTCTG GAACTTGCTGCAGCTGTCCAGCCCCTTAAAGCAGATCCTCATTTGATAGATGAAGTACATCAATTTGTTACTCGAAGATT AGAGCAATTTCTGGTTGACAAGGGGGTGAGTCCAGAATTTGTTCGTTCCATCCTTGCAGAGAGGGCAAATTTTCCCTGTC TAGCCGCAAAATCTGCATATAAAATGGAAGAATTATCAAAAGGCAAGCTTTTCCCCAAAGTAGTGGAAGCATACTCTCGG CCAACAAGAATTGTCCGTGGGAAGGAAATTGAGCTTCATATGGAGGTGGACGTGGCTGCTTTTGAGACAAATGAAGAAAG AGTTTTGTGGAGCACATTTTTGTCAGTCAAAAAGAGTATCAATCCTGGTATTGACATCGATGATTTTGTAGATATTTCAT CTCAGCTTGTACAGCCTCTTGAGGATTTCTTTAATAATGTCTTCGTAATGGTGGATGATGACAAGATCAGAGAAAACAGG CTAGCGCTGCTAAAAGGAATTGCTGAACTCCCTAAAGGAATAGCAGACCTTACAGTTATACCAGGATTTTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0067600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAIMALPLVISFLKPHTATRFFPTLLRRRFATVSATSTPPSPSSLSHHSSSSSSTNPNTAPRKASSVTFQQAIQRLQEYW ASVGCSIMQCSNTEVGAGTMNPLTYLRVLGPEPWNVAYVEPSIRPDDSRYGENPNRLQRHTQFQVILKPDPGNSQDLFIH SLSALGIDVTAHDIRFVEDNWESPVLGAWGLGWEVWMDGMEITQFTYFQQAGSLPLSPVSVEITYGLERILMSLQGVDHF KKIKYSDGITYGELFLENEKEMSAYYLEHASVDHVQKHFDFFEEEARCLLSSGLAIPAYDQLLKTSHAFNILDSRGFVGV TERARYFGRMRSLARQCAQLWLKTREMLGFPLGLISEPDQIVLPKEVLEAACEKVHDHSRAFVLEIGTEELPPHDVVDAS KQLKDLMLQLLEQQRLKHGEVQVFGTPRRLVVAVENLFTKQTEKEVEIRGPPVSKAFDHEGNPTKAIEGFSRRYSVPLDL VYRKVDGKTEYVYARIKESSRHALEVLSEDLPATIAKISFPKTMRWNSQVMFSRPIRWILALHGQAVVPFIFSGVMSGNL SCGLRNTASAVVQVENAESYSFAMKNAGINVAVEDRKKIIVERSNTLAESVNGQILIPNGLLDEVVNLVEAPVPVLGKFK ETFLDLPKELLIMVMQKHQKYFAICDADGKLLPYFIAVANGGIDETTVRKGNESVLRARYEDAKFFYEMDTRKRFSEFRE QLKNILFHEKLGTMLDKITRVENLVTKLSCILDIGEDMLQIIQDAASLAMSDLATAVVTEFTSLSGVMGRHYALRDGYSV QIAEALFEITLPRFSGDILPNSDAGIVLAIADRLDSLVGLFTAGCQPSSSNDPFGLRRISYGLVQLLVERNKNLDFKEAL ELAAAVQPLKADPHLIDEVHQFVTRRLEQFLVDKGVSPEFVRSILAERANFPCLAAKSAYKMEELSKGKLFPKVVEAYSR PTRIVRGKEIELHMEVDVAAFETNEERVLWSTFLSVKKSINPGIDIDDFVDISSQLVQPLEDFFNNVFVMVDDDKIRENR LALLKGIAELPKGIADLTVIPGF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 18 | 18 | - | – | |
| SignalP_GRAM_POSITIVE | 1 | 45 | 45 | - | – | |
| Phobius | 1 | 1 | 1 | - | – | |
| Phobius | 2 | 13 | 12 | - | – | |
| Phobius | 14 | 18 | 5 | - | – | |
| Phobius | 19 | 1063 | 1045 | - | – | |
| MobiDBLite | 36 | 66 | 31 | - | – | |
| Gene3D | 55 | 270 | 216 | 1.6E-106 | – | |
| Hamap | 67 | 347 | 281 | 51.677 | ||
| TIGRFAM | 68 | 352 | 285 | 2.9E-124 | ||
| ProSiteProfiles | 68 | 342 | 275 | 80.948 | ||
| CDD | 68 | 346 | 279 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 68 | 346 | 279 | 5.96E-116 | – | |
| Pfam | 69 | 346 | 278 | 2.2E-130 | ||
| PRINTS | 121 | 136 | 16 | 4.2E-57 | ||
| PRINTS | 142 | 162 | 21 | 4.2E-57 | ||
| PRINTS | 173 | 197 | 25 | 4.2E-57 | ||
| PRINTS | 199 | 219 | 21 | 4.2E-57 | ||
| PRINTS | 222 | 237 | 16 | 4.2E-57 | ||
| Gene3D | 271 | 350 | 80 | 3.8E-32 | – | |
| PRINTS | 307 | 323 | 17 | 4.2E-57 | ||
| PANTHER | 312 | 1063 | 752 | 0.0 | ||
| Hamap | 379 | 1060 | 682 | 22.253 | ||
| TIGRFAM | 379 | 1060 | 682 | 3.0E-178 | ||
| Pfam | 382 | 926 | 545 | 1.4E-179 | ||
| SUPERFAMILY | 709 | 863 | 155 | 1.46E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 736 | 1025 | 290 | 48.05 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Glycine-tRNA ligase activity | Catalysis of the reaction: ATP + glycine + tRNA(Gly) = AMP + diphosphate + glycyl-tRNA(Gly). | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Cellular component | Cytoplasm | All of the contents of a cell excluding the plasma membrane and nucleus, but including other subcellular structures. | ||
| Biological process | Glycyl-tRNA aminoacylation | The process of coupling glycine to glycyl-tRNA, catalyzed by glycyl-tRNA synthetase. The glycyll-tRNA synthetase is a class-II synthetase. The activated amino acid is transferred to the 3'-OH group of a glycine-accepting tRNA. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0067600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…