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LotjaGi3g1v0124300.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0124300
Transcript ID LotjaGi3g1v0124300.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Clustered mitochondria protein homolog; TAIR: AT3G52140.1 tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein; Swiss-Prot: sp|F4J5S1|CLU_ARATH Clustered mitochondria protein; TrEMBL-Plants: tr|I1MJM1|I1MJM1_SOYBN Clustered mitochondria protein homolog; Found in the gene: LotjaGi3g1v0124300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:15201214..15217059) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTTATTTAATTTCCTTCGCATGGTTTAAAATTTAACATTACTGGGATTATCCGTTATGCAGTCTTTTTGACAAATTTTCT TCCAATGATTTTATGAGCCAAGTCAAGCTTTGCCATACCTATTTGATCCTTTGATTTTCCAATCATTAAGTGATTGTCAA ATTTTTCTCACGTTTATAATTTGTACTGCTGAATGATATTTTATAATTTATGTAGTCCAATTAAGGTTAACTTGTCTTCA TTTTATTTCTTTATTGTTGGTAATGGATATAGGAACTTCATAGCTAATATCCTTCCCAACTGGTGCAGGTGATCTTCAAC TTTACCCTGTTTCTGTTAAAACTCAAACTGGGGAGAAGCTTGAGCTACAGGTGAGTTAACTTCATGAAGCTTTTGATTGT TATTTGGCATTGTGTGAACTGAGGAATCAAGAGGTTTTTAGATGATATTGGCAGAGATTTTGCATTTAAAACTATTTATC GTATCAAGTTAACATCTTTGGCATATTGTGTGGTATATCTCATGGAAAGCGTTTTCTAAGCTGTTTAGTTGATTCACAGT TGAATCCAGGAGACTCTGTCATGGATATAAGACAGTTTCTTCTTGATGCTCCAGAGACATGCTTTATTACATGCTATGAT TTACTACTGCATACAAAGGATGCATCCACTCATCACCTGGAAGATTATAATGAAATTTCCGAGGTAGCTGATATTACAAC TGGTGGTTGCTCCTTGGAAATGGTTCCTGGTATGAACTTTAGCTCTTGCAGTAGTAAGATGTGTAGCCATTGGTGGATTA TAATATGATGAATTGTCTTTGCAGCATTTTATGATGATAGATCTATAAGGGCTCATGTCCACCGCACAAGAGAGTTGCTT TCTCTTTCTAACCTCCATTCTTCACTATCAACATCACTTGCCCTCCAGAATGAGATCGCACAAAATAAAGCTGCAAATTC 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CATTTTATATAATGGCAGGCACATCCTGATTTGATACATGCATTCCAAGCTGCTTCAGCAAACGGTGGACCAAGTTCAGG TGCTTCTGCTAACAAATCTCTCAATGCTGCAATAATGGGTGAGGCTCTCCACAGAGGAAGGGGAATTGATGAAAGGGCGG CACGTGCTGCTGCTGAAGTCAGGAAGAAGGCTGCAGCTAGGGGTCTGTTGGTACGTCCACACGGTGTGCCGGTACAGGCC ATGCCGCCCCTGACCCAACTTCTGAATATCATAAATTCCGGTGCGACTCCAGATGCTGCTGTTGCGGAAAATGGGAACGT AGACAGAGCAAAGAAGGAAGAAAATGGCATTCCTTCAAGTGATCCAACTGATGCCAAAAGCGGCCAATCAGTGCCGGTTC AAGAACAGGCTCCAGTTGGACTGGGAAAGGGGTTTTCATCATTGGATGGTAAGAAACCAAAGTCAAAACCAAAGGCTGGG GCTTGA 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0124300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATATAAGACAGTTTCTTCTTGATGCTCCAGAGACATGCTTTATTACATGCTATGATTTACTACTGCATACAAAGGA TGCATCCACTCATCACCTGGAAGATTATAATGAAATTTCCGAGGTAGCTGATATTACAACTGGTGGTTGCTCCTTGGAAA TGGTTCCTGCATTTTATGATGATAGATCTATAAGGGCTCATGTCCACCGCACAAGAGAGTTGCTTTCTCTTTCTAACCTC CATTCTTCACTATCAACATCACTTGCCCTCCAGAATGAGATCGCACAAAATAAAGCTGCAAATTCTGGAGAAACCTTAAA ACCTGAAGCTCCTGAGCTTGATGGGCTTGGTTATATGGAGGACATTTCTGGTTCATTGGGTAATTTATTATCATCCCCAT TGAAGGATATTAAATGTTTGGACAGCATGGTGTTTTCATCCTTCAATCCTCCTCCGAACTATAGAAGGCTTGTTGGAGAT TTGATTTATTTGGATGTGATAACTCTTGAGAGTAATAAGTTTTCTATTACGGGAAGTACAAAAATGTTTTATGTCAACTC AAGCTCAGCAAACACTCTTGACCCAAGGCCAAGTAAAGCTACTTTTGAAGCTACAACTCTTGTTGCTCTCTTACAGAAAA TCAGCCCAAAGTTCAAAAAAGCTTTCCGCGAAATATTGGAGGGTAGAGCTGCTGCCCATCCTTTTGAAAATGTGCAGTCA TTGTTGCCACCTAATTCGTGGCTTGGCTTTTACCCTGTTCCAGACCACAGACGCGATGCAGCCAGAGCTGAAAATTCCTT GACTCTTCTGTATGGCAGTGAGCCAATTGGCATGCAAAGAGATTGGAATGAGGAATTACAATCTTGTCGAGAATTTTCTC ATATAACTCCACAGGAGAGGATTTTGCGGGATAGGGCACTTTATAAAGTGACATCAGACTTCGTTGATGCAGCCATTAAT GGTGCTGTTGGAGTGATAAGTGGGTGTATTCCTCCAATAAACCCAACCGATCCAGAATGCTTTCACATGTATGTGCACAA CAATATATTCTTTAGTTTTGCTATTGATGCTGACCTTGAGAAGCTGTCCAAAAAACATCCGGATAGTAATTCACAAACAC GGAGTGCTGACAGTCAGGTTCCCAATGGGGGGAAAAATGATACTTCAAGTACAGAAGATCTTAATGGCACAGAAGTCACT GATGATGTTTCTCCTGAAGGTCAGCTGGCTGAGAATGAGCAAGCCACATATGCTTCGGCGAACAATGATTTGAAGGGCAC CAAGGCTTACCAGGAAGCTGATGTCCCTGGACTTTACAATCTTGCTATGGCTATAATTGACTACAGGGGTCACAGAGTTG TAGCTCAGAGTGTTTTACCAGGCATTCTTCAAGGGGACAAGTCAGACTCTCTCTTGTATGGCTCTGTTGACAATGGGAAA AAAATTTGCTGGAATGAAGATTTTCATTCTAAGGTATCTGAGGCTGCCAAACGCCTCCATTTGAAGGAACATTTAGTCCT TGATGGATCTGGAAATGTTTTCAAATTAGCTGCACCAGTGGAGTGCAAGGGCATTGTTGGTGGCGATGACAGGCATTATC TTCTTGATTTGTTGAGGGCAACTCCTCGGGATGCCAACTATAGTGGACCTGGTTCTCGATTTTGTATCTTGAGACAAGAA TTAATTACTGCCTTTTGTCAGGTCCAAGCAGCTGAGACAACCAAATCTGAGGAGACGAGTACTCAAGGTGCAGATAATTT GGCTACTGATTCTCAAAATGGCATTGACGCTGACAAGCCGGATTTAACAGTAGAAGAAAAAGCGGAGGATGCGAAAGGAC ATGCTTCTGCATCTACTGAAACCTCTGGTTGCAAAGACGAAATTACTTTCAATCCTAATGTTTTCACTGGATTCAAACTT GCTGGGAGTCCAGAGGAAATTGCAGCTGATGAAGCAAATGTGAGAAAAGTTAGTCAATATCTTACTGACGTCGTACTTCC GAAGTTTGTACAAGACCTATGCACCCTTGAAGTTTCACCTATGGATGGCCAAACATTAACAGAAGCACTTCATGCTCATG GCATTAATGTTCGCTATATTGGCAAAGTGGCTGGAGGGACTAAACATCTGCCTCATTTGTGGGATCTTTGTAATAATGAA ATTGTTGTTAGATCGGCGAAGCATGTAATCAAGGACTTGTTGAGAGACACAGAGGATCATGATCTTGCACCAGCAATTTC TCATTTCTTGAACTGCCTATTTGGAAGTTGTCAAGCCCCTGGTGGAAAAATAAATGCTAATAGCACACAGTCCAGAACTC CTAAAAAGGAACAAGAAGGGAATCAGTCTTCTGGAAAGCATTCCAAAGGGCAAACACAATGGAAAGGAAGGGCATCTTTA AGAAAAACTCAACCTTCATATGTGAATATGAGCTCTGATACTGTTTGGTCAGACATTCAAGAATTTGCAATGCTCAAATA TGAGTTTGAGTTGCCAGAGGATGCAAGGTCACGGGTTAGGAAAATTTCTGTTATACGTAATCTCTGTCTGAAGGCCGGTA TAACCATTGCAGCTCGTAGATATGATCTTAGTTCTGCAGCACCCTTCCAAACATCAGATGTTTTGGATCTTCGACCAGTA GTCAAGCATTCAGTACCTGCATGTTCAGAAGCCAAGGAACTTGTTGAAACGGGAAAACTTCAATTGGCTGAGGGCATGCT CAGTGAAGCCTACACTTTATTTTCAGAGGCATTCTCCATTTTACAACAGGTTACTGGTCCTATGCATCGGGAGGTTGCTA ATTGCTGTCGGTATCTTGCCATGGTTTTGTATCATGCTGGAGATATGGCTGGGGCTATCATGCAACAACATAAGGAACTA ATTATCAACGAACGTTGTCTTGGTCTAGATCATCCTGATACCGCTCACAGCTATGGAAATATGGCTCTGTTCTACCATGG ACTTAACCAGACGGAACTTGCCCTTCGCCATATGTCCCGGGCTTTGATCTTATTAAGTTTGTCATCAGGGCCAGATCATC CTGATGTAGCAGCTACTTTTATAAATGTTGCGATGATGTATCAGGATATAGGAAAGATGGATACAGCTCTTCGTTATCTG CAAGAAGCTTTAAAGAAGAACGAAAGGCTTCTTGGCGAGGAACATATTCAAACTGCTGTCTGTTATCATGCTCTTGCCAT TGCATTTAATTGTATGGGTGCTTTCAAGCTCTCTCACCAGCATGAGAAAAAAACATATGATATACTTGTAAAACAACTTG GTGAGGATGATTCAAGGACACGGGACTCGCAGAACTGGATGAACACATTTAAGATGCGTGAACTACAGATGAATGCTCAA AAGCAAAAGGGTCAAGCTCTGAATGCAGCTTCGGCTCAGAAGGCTATTGATATCTTGAAGGCACATCCTGATTTGATACA TGCATTCCAAGCTGCTTCAGCAAACGGTGGACCAAGTTCAGGTGCTTCTGCTAACAAATCTCTCAATGCTGCAATAATGG GTGAGGCTCTCCACAGAGGAAGGGGAATTGATGAAAGGGCGGCACGTGCTGCTGCTGAAGTCAGGAAGAAGGCTGCAGCT AGGGGTCTGTTGGTACGTCCACACGGTGTGCCGGTACAGGCCATGCCGCCCCTGACCCAACTTCTGAATATCATAAATTC CGGTGCGACTCCAGATGCTGCTGTTGCGGAAAATGGGAACGTAGACAGAGCAAAGAAGGAAGAAAATGGCATTCCTTCAA GTGATCCAACTGATGCCAAAAGCGGCCAATCAGTGCCGGTTCAAGAACAGGCTCCAGTTGGACTGGGAAAGGGGTTTTCA TCATTGGATGGTAAGAAACCAAAGTCAAAACCAAAGGCTGGGGCTTGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0124300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDIRQFLLDAPETCFITCYDLLLHTKDASTHHLEDYNEISEVADITTGGCSLEMVPAFYDDRSIRAHVHRTRELLSLSNL HSSLSTSLALQNEIAQNKAANSGETLKPEAPELDGLGYMEDISGSLGNLLSSPLKDIKCLDSMVFSSFNPPPNYRRLVGD LIYLDVITLESNKFSITGSTKMFYVNSSSANTLDPRPSKATFEATTLVALLQKISPKFKKAFREILEGRAAAHPFENVQS LLPPNSWLGFYPVPDHRRDAARAENSLTLLYGSEPIGMQRDWNEELQSCREFSHITPQERILRDRALYKVTSDFVDAAIN GAVGVISGCIPPINPTDPECFHMYVHNNIFFSFAIDADLEKLSKKHPDSNSQTRSADSQVPNGGKNDTSSTEDLNGTEVT DDVSPEGQLAENEQATYASANNDLKGTKAYQEADVPGLYNLAMAIIDYRGHRVVAQSVLPGILQGDKSDSLLYGSVDNGK KICWNEDFHSKVSEAAKRLHLKEHLVLDGSGNVFKLAAPVECKGIVGGDDRHYLLDLLRATPRDANYSGPGSRFCILRQE LITAFCQVQAAETTKSEETSTQGADNLATDSQNGIDADKPDLTVEEKAEDAKGHASASTETSGCKDEITFNPNVFTGFKL AGSPEEIAADEANVRKVSQYLTDVVLPKFVQDLCTLEVSPMDGQTLTEALHAHGINVRYIGKVAGGTKHLPHLWDLCNNE IVVRSAKHVIKDLLRDTEDHDLAPAISHFLNCLFGSCQAPGGKINANSTQSRTPKKEQEGNQSSGKHSKGQTQWKGRASL RKTQPSYVNMSSDTVWSDIQEFAMLKYEFELPEDARSRVRKISVIRNLCLKAGITIAARRYDLSSAAPFQTSDVLDLRPV VKHSVPACSEAKELVETGKLQLAEGMLSEAYTLFSEAFSILQQVTGPMHREVANCCRYLAMVLYHAGDMAGAIMQQHKEL IINERCLGLDHPDTAHSYGNMALFYHGLNQTELALRHMSRALILLSLSSGPDHPDVAATFINVAMMYQDIGKMDTALRYL QEALKKNERLLGEEHIQTAVCYHALAIAFNCMGAFKLSHQHEKKTYDILVKQLGEDDSRTRDSQNWMNTFKMRELQMNAQ KQKGQALNAASAQKAIDILKAHPDLIHAFQAASANGGPSSGASANKSLNAAIMGEALHRGRGIDERAARAAAEVRKKAAA RGLLVRPHGVPVQAMPPLTQLLNIINSGATPDAAVAENGNVDRAKKEENGIPSSDPTDAKSGQSVPVQEQAPVGLGKGFS SLDGKKPKSKPKAGA 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 1292 1292 0.0
PANTHER 1 1292 1292 0.0
Hamap 1 1237 1237 33.891
Pfam 2 74 73 2.3E-12
SUPERFAMILY 126 238 113 4.97E-23
Gene3D 154 233 80 4.2E-7
Pfam 160 227 68 1.1E-5
ProSiteProfiles 254 548 295 48.323
Pfam 281 547 267 5.8E-84
MobiDBLite 364 407 44 -
MobiDBLite 372 407 36 -
MobiDBLite 574 598 25 -
MobiDBLite 574 593 20 -
Pfam 678 862 185 2.5E-50
CDD 680 863 184 1.19576E-48
MobiDBLite 764 801 38 -
Gene3D 882 1147 266 9.1E-42
SMART 891 924 34 180.0
ProSiteProfiles 891 924 34 6.048
SUPERFAMILY 893 1002 110 3.26E-12
Pfam 939 1002 64 9.4E-9
SUPERFAMILY 970 1088 119 6.64E-16
ProSiteProfiles 975 1008 34 6.018
SMART 975 1008 34 49.0
ProSiteProfiles 975 1050 76 11.181
Pfam 1015 1088 74 2.7E-12
ProSiteProfiles 1017 1050 34 9.086
SMART 1017 1050 34 0.097
MobiDBLite 1240 1295 56 -
MobiDBLite 1254 1268 15 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Biological process Intracellular distribution of mitochondria Any process that establishes the spatial arrangement of mitochondria within the cell.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0124300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…