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LotjaGi3g1v0273900.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0273900
Transcript ID LotjaGi3g1v0273900.3
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description V-type proton ATPase subunit a; TAIR: AT2G28520.1 vacuolar proton ATPase A1; Swiss-Prot: sp|Q8RWZ7|VHAA1_ARATH V-type proton ATPase subunit a1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0S3SGJ3|A0A0S3SGJ3_PHAAN V-type proton ATPase subunit a; Found in the gene: LotjaGi3g1v0273900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:53490977..53512190) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

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CTTGGAAGTTTTATGGAGATGCTATTTGGTGGGCGCTATATTCTTCTTATGATGGCACTATTTTCAATCTATTGTGGGTT AATCTACAATGAATTCTTTTCTGTTCCTTTTCACATATTTGGTGCATCAGCCTATCAATGCCGTGATAGTTCATGCAGGT GTGTATTATTATGTCTCTTAGAGCCTCTGATTTATGTACCGGTTAAATGTCTTTTTGTTTTATTCTGTAGAAATGTGATG CCTTACTTGTTGCTGCAGAATGTTCCCCTTTCCCCGTTTAGTATTTTTCTGAGTTACCTTGTGCATTCAACATTTTTCAA CTAATGTTACAATTTTTTTCCTTTTCGTTTTAAAATTAAATGGTTAGAACAATTTTCGAACTTAAATGGCTGCTCTTATG TATCCTATTTGGTGTTGACATGACCTAAGCATCTCCACTTGCATCTGTGCATTTTGAGCAGCATTGGGGTTGGGAAACGA GTTAAGTTATTTGCTTAAATATGTCATCTAGGCTTTAGATCATGTGGAGTTTTGGGGTTTTTTTTTGGTTTATTTAAATT TTTTTCTCATTTGAATTGTTCTATTTTTTATTTATTTATGTTAGCTGAGAATGTGGTCAACTTAGAACTTATTTTGCAAG GCCATACTTTTTGGTTAGCACCAATCCTTTGACTTTGATTCTGAGTGATTTTTTTTATCATTCTTCGTCTTTTATCAGGG ATGCACATACTGTTGGCTTAATCAAATACCGAGATCCATACCCGTTTGGTGTGGATCCCAGCTGGCGTGGAAGTCGTTCG GAATTGTCTTTTCTTAACTCTCTGAAGATGAAGATGTCCATTCTGTTTGGTGTGACCCATATGAACTTAGGAATTTTATT AAGTTATTTCAATGCTCGTTTCTTTGGATGCTCACTGGATATAAGGTGTCTCACTCTTCTGTCTGGTCCGTGCAGTTATT ATGTTATCTTTTAGTAGAATGTTTTAACCTACTCTATATGTGGTCCCCAGGTACCAGTTTGTGCCACAGATGATTTTCCT TAACAGTCTATTTGGGTATCTTTCCCTTCTCATTATTGTTAAGTGGTGTACTGGCTCTCAAGCGGACCTTTATCATGTAA TGATATATATGTTTTTAAGCCCCACAGACGATCTTGGTGAGAATCAGTTGTTCTGGGGCCAAAGACCACTTCAAGTATGA ATCTAGTTCCTTGTTTATTTTTACTTTATACAATTGTGTTCTGTTTCCTGGTCTCATCCTGTATTACTGGTCTTGATGTG CAGATTGTATTATTGCTTTTGGCCATAGTTGCAGTTCCGTGGATGCTCTTTCCAAAACCTTTTATACTAAAGAAGCGGCA CACTGAGGTGCCACTTTTACCTGCCTTGTATATGATTTAGCAAGTTTATTTTATTCAACCAAGCTCTGTTTACGTTAGCA TTTGTGTACATATGCTTCCTTTTTTGACTCCGAATTTCTGCTAAAGGTTGATCACCATCGATTGTCTTTAAGAAGTCAGA ACAGTTACAATGATACATTTTCTTTGGAATGAATATTCTTAGAGTTTGGGTTAAGCCTAACTCTACCACAAAAGCTAGCT TAGGATGATGAATACTCTACCCTTTATAAGGACTATCTTAGCCATATCTCTAGTCAATGTGGCACCTCTAATACCATCTT AGGATTTGGGTTAAGCCTAACTCTACCCTAAAAGCTAGCTCAGGGATAAGAATTTTTATACCCTTTATAAGAACTGTTTT CGCCGTGTCTCTAGTTAATGTGGGACTTTAGCAAATATGTTGAAGTAGTAATATACTTATGACTCCTGCGGGCAATGCAA ACACATTTTCTGGCTTTAGTTTTCTTTATTCTTTACTTCTGTTGCACTAGAAATTAAACTGATGTGAAGGCCAAGATTAT TAATCTTTTATTCTTCTGACATTATACAGAGATTTCAAGGTCGTAGTTATGGTCTTTTGAATACTTCTGAGATGGATCTT GAGGTAGAACCAGATTCTGCCAGGCAACATCATGAAGAATTCAATTTTAGTGAAGTTTTTGTTCACCAAATGATCCACTC CATTGAGTTTATTCTAGGTTCAGTTTCGAATACAGCATCATATCTTCGACTTTGGGCATTAAGGTTTGCTCTGCCATTAT CCTCCATCTCCATGAATTTCTATTTTATAGATTCTTGTTCCTTGGTTGACTTTTCTTACCACTTGCAGTTTGGCTCACTC AGAACTTTCTACTGTTTTCTATGAGAAAGTCCTGCTTCTTGCTTGGGGGTGAGTTTGATATATAACCTGTCTTTTATACT CTCAACATTTCAATCTTCTACGTGCCTCCCTCAATAGACGAAACAAAAATTCATAGCTGAACTTGGATGAAATGAGACTC TTTATGATTGATGTGAATAACAGTAATCTGTGAACCACAAAATCACATAATTCTAAAGGATTGTTTTCATAGTCCACAGT GTGCACTTAAACTTTTGGATATGTATAGTGTCAGAATGTTGGGATATTTCACTAATGTTAACATTAATAGGAAGGGCCAA TTTTACACCATTGACATGCCAGTTTATCAATCAAATTTCCTCACTTCTCTGTTATTTTAAACTATTGTTTTGATATGCTT GGATTTGTGACTATAACAAACCTTTATAAGATTCAAAGAATTAAGGAGAAGCCTCCATTGTTGCATTCATAGTTTTTTTG ATCTTTATTCTTTTATTATTAATGCCATTCCTGGTTCCAATTAAAATAGGTATGACAACCTTGTCATTCGGTTGGTGGGG CTAGCTGTTTTTACCTTCGCAACTGCCTTTATACTACTTATGATGGAGAGTCTTAGTGCTTTTCTTCATGCTCTGCGGCT TCACTGGGTTGAATTTCAAAATAAATTCTACCATGGTGATGGCTTCAAGTTCAAGCCCTTTTCATTTGCCGCCTTAACAG AGGAAGACGATTGA 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0273900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGACCAGTTCATCGACAACTTGCCGCCGATGGATCTGATGCGATCGGAGAAGATGACCTTCGTTCAACTCATCATCCC CGCCGAGTCCGCTCACCGAGCCATCTCCTATTTGGGCGAACTCGGCCTCCTCCAATTCCGAGATTTAAATGCTGAAAAAA GCCCTTTCCAGAGAACGTTTGTTAATCAGGTCAAGAGGTGTGCAGAAATGTCAAGAAAGCTACGATTCTTCAAGGATCAA ATCAATAAAGCTGGTCTAATCTCTTCTACTCGTATTGTATTGCAACGGGACATTGACTTAGAGGATTTGGAGGTACAACT TGCTGAGCATGAACATGAGCTGATTGAAATGAACTCTAATAGTGACAAACTTCGACAATCATATAATGAACTTCTGGAAT TCAAGATTGTATTGCAGAAGGCATGCGGTTTTCTTGTTTCAAGTAATGGCCATGCTGTCTCGGACGAGAGAGAATTACAG GAGAATATATACTCAAATGATGACTATGTTGAGACAGCATCTTTGCTTGAACAGGATATGGTGCCTCAACCATCAAATCC ATCTGGTTTAAGATTTATCTGCGGGATAATCTGTAAATCCAAGGTTCTTAGGTTTGAGAGAATGTTGTTTCGAGCTACAA GGGGAAATATGCTTTTTAATCAAGCACCAGCTGGTGAACAAATCATGGATCCTGTTTCAACTGAGATGATTGAGAAAACA GTGTTCGTTGTGTTTTTCTCTGGGGATCAGGCAAGAACAAAGATTCTGAAGATTTGTGAGGCATTTGGTGCCAATTGTTA TCCTGTTCCAGAAGATATAAGTAAGCAGAGGCAAATAACTAGGGAGGTTTCTTCACGTCTTACTGACTTAGAGGCAACTT TGGATGCTGGGATTAGGCACCGGAACAAAGCTCTAGCTTCTATCACCGACCATCTAGCAAACTGGATGAACATGGTAAGA AGAGAGAAGGCCGTGTATGATACACTGAACATGTTAAATTTTGATGTCACAAAAAAATGCCTTGTTGGAGAGGGCTGGTG CCCTATGTTTGCTAAAACACAGGAGGCGCTGCAACGTGCAACTTTTGATAGTAATTCTCAAGTTGGCATAATCTTCCATC CGATGGATGCAGTGGAATCACCTCCTACATACTTTAGGACCAACACTTTCACAAGCCCATATCAGGAAATTGTTGATGCA TATGGTGTTGCTAGATACCAAGAAGCAAATCCTGCAGTTTACACGACTGTTATATTCCCCTTCCTATTTGCTTTGATGTT TGGGGACTGGGGACATGGAATTTGCCTGTTACTGGGAGCGTTAGTTCTTATAGTACGTGAAAACAAGCTCAGCACGCAGA AACTTGGAAGTTTTATGGAGATGCTATTTGGTGGGCGCTATATTCTTCTTATGATGGCACTATTTTCAATCTATTGTGGG TTAATCTACAATGAATTCTTTTCTGTTCCTTTTCACATATTTGGTGCATCAGCCTATCAATGCCGTGATAGTTCATGCAG AAATGTGATGCCTTACTTGTTGCTGCAGAATGTTCCCCTTTCCCCGTTTAGTATTTTTCTGAGTTACCTTGTGGATGCAC ATACTGTTGGCTTAATCAAATACCGAGATCCATACCCGTTTGGTGTGGATCCCAGCTGGCGTGGAAGTCGTTCGGAATTG TCTTTTCTTAACTCTCTGAAGATGAAGATGTCCATTCTGTTTGGTGTGACCCATATGAACTTAGGAATTTTATTAAGTTA TTTCAATGCTCGTTTCTTTGGATGCTCACTGGATATAAGGTACCAGTTTGTGCCACAGATGATTTTCCTTAACAGTCTAT TTGGGTATCTTTCCCTTCTCATTATTGTTAAGTGGTGTACTGGCTCTCAAGCGGACCTTTATCATGTAATGATATATATG TTTTTAAGCCCCACAGACGATCTTGGTGAGAATCAGTTGTTCTGGGGCCAAAGACCACTTCAAATTGTATTATTGCTTTT GGCCATAGTTGCAGTTCCGTGGATGCTCTTTCCAAAACCTTTTATACTAAAGAAGCGGCACACTGAGAGATTTCAAGGTC GTAGTTATGGTCTTTTGAATACTTCTGAGATGGATCTTGAGGTAGAACCAGATTCTGCCAGGCAACATCATGAAGAATTC AATTTTAGTGAAGTTTTTGTTCACCAAATGATCCACTCCATTGAGTTTATTCTAGGTTCAGTTTCGAATACAGCATCATA TCTTCGACTTTGGGCATTAAGTTTGGCTCACTCAGAACTTTCTACTGTTTTCTATGAGAAAGTCCTGCTTCTTGCTTGGG GGTATGACAACCTTGTCATTCGGTTGGTGGGGCTAGCTGTTTTTACCTTCGCAACTGCCTTTATACTACTTATGATGGAG AGTCTTAGTGCTTTTCTTCATGCTCTGCGGCTTCACTGGGTTGAATTTCAAAATAAATTCTACCATGGTGATGGCTTCAA GTTCAAGCCCTTTTCATTTGCCGCCTTAACAGAGGAAGACGATTGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0273900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDQFIDNLPPMDLMRSEKMTFVQLIIPAESAHRAISYLGELGLLQFRDLNAEKSPFQRTFVNQVKRCAEMSRKLRFFKDQ INKAGLISSTRIVLQRDIDLEDLEVQLAEHEHELIEMNSNSDKLRQSYNELLEFKIVLQKACGFLVSSNGHAVSDERELQ ENIYSNDDYVETASLLEQDMVPQPSNPSGLRFICGIICKSKVLRFERMLFRATRGNMLFNQAPAGEQIMDPVSTEMIEKT VFVVFFSGDQARTKILKICEAFGANCYPVPEDISKQRQITREVSSRLTDLEATLDAGIRHRNKALASITDHLANWMNMVR REKAVYDTLNMLNFDVTKKCLVGEGWCPMFAKTQEALQRATFDSNSQVGIIFHPMDAVESPPTYFRTNTFTSPYQEIVDA YGVARYQEANPAVYTTVIFPFLFALMFGDWGHGICLLLGALVLIVRENKLSTQKLGSFMEMLFGGRYILLMMALFSIYCG LIYNEFFSVPFHIFGASAYQCRDSSCRNVMPYLLLQNVPLSPFSIFLSYLVDAHTVGLIKYRDPYPFGVDPSWRGSRSEL SFLNSLKMKMSILFGVTHMNLGILLSYFNARFFGCSLDIRYQFVPQMIFLNSLFGYLSLLIIVKWCTGSQADLYHVMIYM FLSPTDDLGENQLFWGQRPLQIVLLLLAIVAVPWMLFPKPFILKKRHTERFQGRSYGLLNTSEMDLEVEPDSARQHHEEF NFSEVFVHQMIHSIEFILGSVSNTASYLRLWALSLAHSELSTVFYEKVLLLAWGYDNLVIRLVGLAVFTFATAFILLMME SLSAFLHALRLHWVEFQNKFYHGDGFKFKPFSFAALTEEDD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 416 416 -
PANTHER 7 523 517 0.0
PANTHER 7 523 517 0.0
PIRSF 9 841 833 1.4E-275
Pfam 37 833 797 6.3E-281
Coils 100 127 28 -
Phobius 417 445 29 -
TMHMM 423 445 23 -
Phobius 446 465 20 -
TMHMM 462 484 23 -
Phobius 466 483 18 -
Phobius 484 569 86 -
PANTHER 529 841 313 0.0
PANTHER 529 841 313 0.0
Phobius 570 588 19 -
TMHMM 572 594 23 -
Phobius 589 607 19 -
TMHMM 607 629 23 -
Phobius 608 625 18 -
Phobius 626 659 34 -
Phobius 660 677 18 -
TMHMM 661 683 23 -
Phobius 678 735 58 -
Phobius 736 758 23 -
Phobius 759 777 19 -
TMHMM 777 799 23 -
Phobius 778 799 22 -
Phobius 800 841 42 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component Vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain The V0 domain of a proton-transporting V-type ATPase found in the vacuolar membrane.
Molecular function Proton transmembrane transporter activity Enables the transfer of a proton from one side of a membrane to the other.
Cellular component Proton-transporting V-type ATPase, V0 domain A protein complex that forms part of a proton-transporting V-type ATPase and mediates proton transport across a membrane. The V0 complex consists of at least four different subunits (a,c,d and e); six or more c subunits form a proton-binding rotor ring.
Biological process Proton transmembrane transport The directed movement of a proton across a membrane.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0273900.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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