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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0302600 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0302600.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent RNA helicase, putative; TAIR: AT5G04895.1 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|F4HYJ7|DEXH3_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2S1Y1|A0A0B2S1Y1_GLYSO Putative ATP-dependent RNA helicase DHX36; Found in the gene: LotjaGi3g1v0302600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:63170221..63185628) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCGACAGAGATCGAAGGTTGAAGAGGGGAGAAGAGCAAGGGCAAAATACGGAAATGGGTTTGAAAATGGGTTTGAATAAA CCCTTGCCGGTTTACATACTAATATAATATGGATATGAGACTTCCGTATTCAATACGGAAATGTGTCTTCCGTATTCTAT TAAAGAGGGGCTTTCCAGTAATTTCCCCACTTTAAGTGGGGCGGGGAGCCCAACTCCCGTTCTCATTGCGGCACTCATGG TTCTGTCTTCGTTTCTTCCATTGTCGAAAGCAAAGCAAAGGAAGCCATAGCAGCACCGCGATGCCTCAACCTCACTCCTT ACAACAACAACAACAACAACAATGCATAATCCAAAATCTGCAGCATCTTTCCTCATAGCACGTGCCAAGTCCCTCCAACT CCACCATCTCCACCACCACCGCGTCCCTTCAACATCATGGTCACTCTTCAAGCTTCAGCCATGGCTTTCTTCACTCAACG CCAAATCCTTCATCGCCACGCGCCTCTTCTCTGGCTACTACGGCCTCGAGCAGTTCTCCGATGATGAATATGACTGTGAT TTCGAGAATCACCAGGTTTACCCTTTTCTTCTATTTTCATTTAAAGTTTATTTCTTTTGAATGATTTGGTTATTGGGCTT CTGTGGAAATGGGTTTTGGTTAGGTATTTTAAGTGGGGTTGTCAATTTTTTTAAATTTTTAGATTGCTTGGATTAAACTG AAATGTAAGTGGCTAGAACTCAGTTGATGACTGAAACTTTTCTGGCATCCTTGTGGAAGAGACAGGACTAAAGTGTTGTT TTTTATTATTATTGGTATTTCTTGAATATATTTGTTTTTTGTGTGTTTTGCTGTTTTTTTAATGACTTATGGTTAGGTAT TTGAAGTGGGGTTTGTGATTTTTCCCCTGTGCTTTCTTATGCTTGAATTAAACTGAATTTTAAGCGAAAAGATCACAAGA 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GTAAAGCATTCATGTTTGATTAGCTGTAAGTTTTACTTGTGGTGTTGCTCAGAAGAATTTAAACTCTCTTGTTTGGCCTG AGGTCAGCTTTCTAATGCATGCTGAAACCTTGATGTTTTGCCTTTCTGCATGCTTATTTTTAAATCTTAACTGTTTGAAA GTTGGGATCTATATATATATATATATATATTTTACACTTGGTTGTAAATTGTGTGCCTTGTCTGCAATCCCCTGTTCTGC AATCCCTGTTTATCTCTAAAATCTGATGAAGTGTGAAGATATTCTATGTTTGCCTTAGAAACTAAAATTGAATTCTGTTG AAGTGCATTTGCTGATAAGATGAATTTGTTACTTTCATAACATGGAACAGGATGCTCTTTCTAAATCTAGCTTCGAGAAC TATAGTTCAAGGACACGCGATTCATTATCTTCTTGGGCACCTGACTGTATAGGATTTAATCTCATTGAGGCTGTTCTGTG TCATATATGTCGGAAGGAACGACCAGGTGCTGTCTTAGTATTTATGACTGGGTGGGAGGATATAAGCTGTTTAAGGGATC AGCTTAAAGCACATCCTCTTTTAGGGGATCCCAATAGGATTCTGCTTCTAACATGTCATGGTTCGATGGCAACTTCTGAA CAGGTTGGTTATTTCCCTTGTTCATTCTTTTGGGTCTGAGTTTGCATTCTAATGTACTCCGAAACCCTTATTGTTTCTAC TTTATGTGATTTTATTTCTGAATCTGATAAACCTATCATGTCTTTTTGTTGGCAACCAACTTGAAATACGTCATGTGATA AAATTAGATTATTTTATGCTTTTGTTGTTAAAATTGTATTATATAAAATATTGATCAATTATTGTTGCTTTACCATACTT TTTTGTATGCATTACAAATGCTGTAGTTTGAGAGATATTATGTATAACCTTTTTTTCCTTTTATTGATGGTAATAAGTCT 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CAGGCAAGTATCCATGCCTTTTAAGCTGCCTTTACTATATCTTCTATTAACATTTGTAGTAGTACATGGATACTGATGCT CAATCCCCTATTAAATATAATTTTTTGGTGCCATTACAATATCTCATATCTTTCTTTTGTTCCGATAAATATAGATGTGT TGAAGTTGAAAAAAAGCCTTTGGTTTCATCTTCAAATTGCTATTTGTATGCTTCATGATTGTATGGCATTATTGATTTTG CTATGCATACAAACATGCGAATAATTGTCACGTACATGTTGGCTCAATGTTTGCAGAGAAAGGGTAGGGCTGGTCGTGTG CAGCCAGGTGAATGCTACCACTTGTACCCAAAATGTGTTTATGAAGCTTTTTCTGAATATCAACTTCCTGAACTACTGAG AACGCCCTTGAACTCTCTTTGCTTGCAAATAAAAAGTTTGCAGGTTGAGAGCATAGGGGAGTTCTTATCAGCAGCTTTGC AGGCACCAGAACCACGGACTGTAAGTACCATTGCCCTTTAATTGTATATTTGTATTCGTTAGAAGTTTATCAAAAGTTTA ATCTGATGACAAGATATAGATATATCAAATTATCAACAGCCATCAAGAACAACCATTTATTTTTGGAAAATACAAAAACA AAAGATTTCTTGGGTAAGGTATTTTCTAGTCAAGGAACTGTTTACTCTAGAATCTAGATTGTAAAATAATATGTTTGGAA TAATATCAGTTACCCTTCCGTAAGAGCATGGCACAGACGTACAAGTTTGGAATTTAGATATAGTAACCCACCACAGATGC TTATGATCTCATTTGACCTGAGAACTTCCTTCTTAGGACTTATAAAACCAATAGTAGTTCTAGGGTCTTGAGATTATAAA AATATTGTTTCATATTTGTGAGGATTGGATTTTCATCAGTTGTGAATTCCTTAGTAGCTTGATTTGTAATTTCTAATGAA ATAGGAATGTGGTTAAATTTAGGCTTTTATCTCAATTTGAGATCACTTTGGTTTCAAATTAAGGATTTCTATTCTTGACA TTATTACTAGTAATAACTTCCGTTTGGAAATGGTAGTGGTCCAGTAAGCATTGCGTTGTTACTAGTAATAATATGAGGGA GAGATGAGAAGGTATAAATTATAGGATGGAAAAAATAGAATGGAACCCAAGATTTTGGAGTGGACATTGAGAGGGAAAGC CCAAGTCTCTCAACCTGAGCGTAGGATATTGTGTTCTTTTCAATCTATCAATAAACTGAGTTTTGTTCATTCTGTCACTA CTACCGACATGATTTTGGCTTCGAATGTTGCTGTTTTGGCCTAATCTTCTCATATCAATCACTTTTAACAATTTTTTGTC ACAAATCACAATACAGTCACTGCATTTTCAATATTATGAAATAATCAATTTATTTGAGTGTAGCTACTTGTACCACCTAT AATCTCAAATAATATGGGAACTTCACTATTTGTGAAAACTGAAAAGCATAGGCTTTGCCTGTATGACCTTTAATTTTCCT GTTTTGATTAATGATTGGCTTGGAGCTTGGTGCTTCATTGATATAATTCTGAAAGATGATTAAGGTATTAAGAATGTTTT CATCCGATATGTTGAGCTGTGGTTCTATTAGTAATAAAAATCAGAATGTGTGCTTATATTTTGTTACTGCTTTTGTCAAT ATGGTCCAGAGAATGCATTATATATATACATATTAGGCTTTCTGTAATTACCAAGTTTTCACAATTTAATGGAGCAGGTC CAAAATGCAATTGATTTTCTCAAGATGATTGGAGCATTAGATGAAAAAGAAAATCTTACCAATCTTGGTGAGTCTGTTCT TTCTTTACTATTTGGTTGGTTTCATATGTGTGTAAATGTGAATGACCATTTTCTTGGTTATAAGTAATACCTTTATTTAT TTCCGTTTTCTTTCATTCAGGGAAGTTTCTTTCAATGCTTCCGGTAGATCCGAAGCTGGGGAAAATGTTAATAATGGGAG CTATATTTCGTTGCTTTGATCCTGTTCTTACAATAGTTGCTGGCCTTAGTGTCAGGGATCCTTTCCTTTTGCCCCAAGAT AAGAAGGATGTAAGTCAGCTCATCACCTTTTAGTTCACAGTTGATTCTAATATTTGTATATATGAATTGGGCTGTATAGC AAGGCAATGAATTCAAACTGGTACAAGAATACAGTTTGAATGAAAAAAGTACTTTTTGAAGTCCAATTTTTGCCAATGAT ATTAGTATAATATCAACAAAAACAACAGCAACAACAACAATTCAACCTTTGTGCACTAGGTGGGGTTAATGACATGGAAC CAACGACACATGCAATAATCCCCTGTTATGAATTAAGTTAAAAGTTAGACCATTTAACTGTAAATCTCTTATAATTGTTT GATCTATAATTTACCTTGGTCTCTCCCTCTATCTCTAATTATTGGACTATCCCTTCATATGGTCAACCTTTCTTACCGGT GCTTCCATGGGTCTTTTGGATGCATGCATGCCCAAATCACCCAAGACAAGAATCATCTTTTGAGCTACCCAATTTTCTAT ATAATAATTTCATTCCTAATTGTATCTTGTCATGTGAAACCACTCATCCATGCTAACATTGTTATCTGTGTAACATTGAG CTTACTCTCTTGTTGGCTCTTTATAGATCGACATTCAGTCTTACAGCATGGCAAGTTTTTTAGCTATGCGGCAAAATTTT CGTTTCAAGCTTGAGCAGTACTTTTCTGTCGCAGATTATACCCCAACTATCCCTCCATTTTATTCACCCTGTTTGGATAC TGTAATTGACATCACCTTCTAATCTATCTCCATGGCATGGATCATTGACTTTTTTTTTGACGGGATGGATCATTGACTTA 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GCATGGCATCGGTGGTGGTGAGCTATTGGTTACTTGAAAATTTTATTTCAATAACTTCCATGATAAGCTTCCAAGTTGAG CTTTTTATCGAACAATAATTTATTCTTTTCTTCGTGTGTACAGCACAGAGAGACATCCATGTCATTTAAAACAATGGATG ATGGCCAAGTTTTATTATATGCAGTAAGTGGCGAACTGATTCTTCTTTTCTATCACCATAAATGAATGAATTTATCTGCT ATCTTGTGTTTTAATATGGTTCATATTTGAATGAATATCCTTTTTGCAATCCAAATTATTGTTGAGGATCTAATTTTTCA TATGAAATATGGATTATATTAACATGTAAGATATCTATTTATGTGAGAGTTTATCATGTCTCAGTTTTGCGACATGAACC TGATTTCAATTGTTGTCCTTCTCACATTAATGAAAAATTGAAATATGATTCTTCCCATTCGTTCTTCATTTTGTGGATTC TTTGTTGTTATTGTATTACCCTAGTGTAAGGCGGGAGTTAATCATCACAGAGTATTTCACATTCTCTGTTTAAAATTCAG ACATTTATCCCTCTCTTTTCAAGTTATTGTTTTCATTTTTTCCTGTAAAGTATTTTTTGAAAAAGGAAAGAGAGTAAAAA TGAGGTGCTGTTTTTGTAATTAAAAATGATAACATGAAATGAAAATGTTTCCAAATTCAATATATAGGAGTATTATGGTG TAAACTGATTCATGTAGCTGACTCCACCTAATGTGAAAAGGTTTAGATGTTGATCATGATGATGATTGTTTTCTGCCCAT GGTTTTTTCGAAGGAGTTACTATTTCAGATATGCAGTGTCTGAGCAGCCTCATTGCATTCTTGTGTTTTCTGTAGTTCTG TGCTTCGGGTTTTTACATTTGGGAGGATATCTTTAGTTCAACATATGCATTTTGTTCCTGCCCTGTTATTGTGTGTGCAT 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CTGTTCAGGAACTGGTTTCAGGAGACCAATGTGAAGGAAGATTTGTGTTTGGCCGTGCGAGTCGGAAGCCTAGAGCCTCT AACGATGAGAATAAATTCACAAAAGATGGGACAAACCCCAAGAGCTTGCTGCAGACACTGTTGATGAGAGCAGGGCACTC TCCACCAAATTACAAAACAAAACATCTCAAGACAAATGAGTTTAGGGCACTGGTGGAGTTTAAAGGAATGCAATTTGTTG GCAAACCGAAAAGAAATAAGCAGCTTGCAGAAAGGGATGCTGCTGTCGAGGCATTGGCTTGGTTGACTCATACCTCCGAA AACGCTCAGCACGAAGATGATAAATCTCCTCCTGATGTCACTGACAACATGCTAAAACTTCTAGGGAAGCGGAATAAATC AAAGCGGCGTTCTGGTTGACGCGTTGTTCCTGGATGGTTTTAGGTGAGTCTATCCCATTCTTCTTTATCTTCTTGGATTA GTAGCCTAGCAGTGTCAGTTAATGCATGATGGTGAAAGAAAGCCGTTTAGTATATTCGATATTAGTTCCTGCGAAGAATT TTTTTGTGGGATCGAATTTATCTTTTTGTGAGATTAGGGATCCCTTTGGTTTGTCTTCATTTTCCCCCATTTTGGAGGGG TTGAAAATGGTTCAGGATATTATAGTCCATTCAAGGTGTTCAGTTTAGGCAGCAGTTTGCTCTTGAAGTCGAATGAATAT TTTAGCCGTCCCTATCAAGCTAATCTTTTTTTTTGTATGCATAAAGTTGTGCCAGTAATTTATGAGGACTGACATGGCTT GTAATTTTTTGTAGCAACAATAAATGAAGTTAATGTATTTACTTTTGCTTTATTCTCTATTGGTAGTGTATGTTGTCTGG TATGTTCTTTCTGGTAATAAAAGTTGTATGCAGTATCTATGGGAACTGAGGGACTTGATTTTAATGATTAAAAAAGTCGA GGGACTAAATGTGCTAAAAAGTTATTTGGGAACTAAAATCACTCATTG
CDS sequence (LotjaGi3g1v0302600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCATACAAACATGCGAATAATTGTCACGTACATGTTGGCTCAATGTTTGCAGAGAAAGGGTAGGGCTGGTCGTGTGCA GCCAGGTGAATGCTACCACTTGTACCCAAAATGTGTTTATGAAGCTTTTTCTGAATATCAACTTCCTGAACTACTGAGAA CGCCCTTGAACTCTCTTTGCTTGCAAATAAAAAGTTTGCAGGTTGAGAGCATAGGGGAGTTCTTATCAGCAGCTTTGCAG GCACCAGAACCACGGACTGTCCAAAATGCAATTGATTTTCTCAAGATGATTGGAGCATTAGATGAAAAAGAAAATCTTAC CAATCTTGGGAAGTTTCTTTCAATGCTTCCGGTAGATCCGAAGCTGGGGAAAATGTTAATAATGGGAGCTATATTTCGTT GCTTTGATCCTGTTCTTACAATAGTTGCTGGCCTTAGTGTCAGGGATCCTTTCCTTTTGCCCCAAGATAAGAAGGATTTA GCAGGGACAGCCAAATCTAGGTTTTCTGCTAAAGATTACAGCGACCACATGGCTCTTGTTCGAGCATATGAAGGATGGAA AGATGCAGAAAGAGAAGGATCAGCGTATGAGTACTGCTGGAGAAATTTTCTTTCTGCCCAAACTCTTCAGGCTATTCATT CACTTCGGAAGCAGTTTAGCTTCATCTTGAAAGAAGGTGGCCTATTAGATGCAGATGCAAGTGCTATCAACAAATTGAGT CACAATCAGGCTCTTGTACGTGGAGTCATTTGTTCCGGACTCTTTCCTGGCATGGCATCGGTGGTGCACAGAGAGACATC CATGTCATTTAAAACAATGGATGATGGCCAAGTTTTATTATATGCAAATTCGGTGAATGCACGTTATCAGACCATTCCTT ACCCATGGTTGGTGTTTGGTGAGAAAGTAAAAGTCAATGCTGTTTTCATCCGTGATTCCACTGGTGTATCTGATTCAATA CTTATCCTTTTTGGTGGTGCTCTAAGTAATGGGATACAGGCTGGACATCTGAAAATGTTAGACGGGTTTATTGAGTTCTT TATGGATCCTAATTTAGCCGACTGCTATTTGAAGCTTAAGGAAGAGCTTGATAAGCTAATCCAAAAGAAGCTAGAAGATC CTAACACTGACATTCACAAGGAAGGGAAGTACTTGATGCTTGCTGTTCAGGAACTGGTTTCAGGAGACCAATGTGAAGGA AGATTTGTGTTTGGCCGTGCGAGTCGGAAGCCTAGAGCCTCTAACGATGAGAATAAATTCACAAAAGATGGGACAAACCC CAAGAGCTTGCTGCAGACACTGTTGATGAGAGCAGGGCACTCTCCACCAAATTACAAAACAAAACATCTCAAGACAAATG AGTTTAGGGCACTGGTGGAGTTTAAAGGAATGCAATTTGTTGGCAAACCGAAAAGAAATAAGCAGCTTGCAGAAAGGGAT GCTGCTGTCGAGGCATTGGCTTGGTTGACTCATACCTCCGAAAACGCTCAGCACGAAGATGATAAATCTCCTCCTGATGT CACTGACAACATGCTAAAACTTCTAGGGAAGCGGAATAAATCAAAGCGGCGTTCTGGTTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0302600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MHTNMRIIVTYMLAQCLQRKGRAGRVQPGECYHLYPKCVYEAFSEYQLPELLRTPLNSLCLQIKSLQVESIGEFLSAALQ APEPRTVQNAIDFLKMIGALDEKENLTNLGKFLSMLPVDPKLGKMLIMGAIFRCFDPVLTIVAGLSVRDPFLLPQDKKDL AGTAKSRFSAKDYSDHMALVRAYEGWKDAEREGSAYEYCWRNFLSAQTLQAIHSLRKQFSFILKEGGLLDADASAINKLS HNQALVRGVICSGLFPGMASVVHRETSMSFKTMDDGQVLLYANSVNARYQTIPYPWLVFGEKVKVNAVFIRDSTGVSDSI LILFGGALSNGIQAGHLKMLDGFIEFFMDPNLADCYLKLKEELDKLIQKKLEDPNTDIHKEGKYLMLAVQELVSGDQCEG RFVFGRASRKPRASNDENKFTKDGTNPKSLLQTLLMRAGHSPPNYKTKHLKTNEFRALVEFKGMQFVGKPKRNKQLAERD AAVEALAWLTHTSENAQHEDDKSPPDVTDNMLKLLGKRNKSKRRSG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 6 | 6 | - | – | |
| Phobius | 1 | 23 | 23 | - | – | |
| Gene3D | 3 | 45 | 43 | 1.6E-7 | – | |
| Phobius | 7 | 18 | 12 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 13 | 168 | 156 | 6.2E-28 | ||
| PANTHER | 14 | 466 | 453 | 1.2E-264 | – | |
| PANTHER | 14 | 466 | 453 | 1.2E-264 | – | |
| CDD | 14 | 35 | 22 | 3.89627E-10 | – | |
| Phobius | 19 | 23 | 5 | - | – | |
| Phobius | 24 | 526 | 503 | - | – | |
| Gene3D | 69 | 170 | 102 | 3.2E-21 | – | |
| SMART | 89 | 180 | 92 | 4.7E-32 | ||
| Pfam | 90 | 178 | 89 | 1.1E-21 | ||
| Pfam | 247 | 327 | 81 | 3.0E-14 | ||
| Gene3D | 407 | 491 | 85 | 8.0E-12 | – | |
| SUPERFAMILY | 420 | 502 | 83 | 1.82E-12 | – | |
| ProSiteProfiles | 426 | 491 | 66 | 8.542 | ||
| CDD | 426 | 489 | 64 | 3.9958E-8 | ||
| SMART | 427 | 490 | 64 | 1.8E-5 | ||
| Pfam | 427 | 489 | 63 | 1.0E-7 | ||
| MobiDBLite | 492 | 526 | 35 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0302600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…