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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi3g1v0302600 |
Transcript ID | LotjaGi3g1v0302600.2 |
Related isoforms 4 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | ATP-dependent RNA helicase, putative; TAIR: AT5G04895.1 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; Swiss-Prot: sp|F4HYJ7|DEXH3_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3; TrEMBL-Plants: tr|I1KVZ2|I1KVZ2_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0302600 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:63170440..63185472) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTCTCATTGCGGCACTCATGGTTCTGTCTTCGTTTCTTCCATTGTCGAAAGCAAAGCAAAGGAAGCCATAGCAGCACCGC GATGCCTCAACCTCACTCCTTACAACAACAACAACAACAACAATGCATAATCCAAAATCTGCAGCATCTTTCCTCATAGC ACGTGCCAAGTCCCTCCAACTCCACCATCTCCACCACCACCGCGTCCCTTCAACATCATGGTCACTCTTCAAGCTTCAGC CATGGCTTTCTTCACTCAACGCCAAATCCTTCATCGCCACGCGCCTCTTCTCTGGCTACTACGGCCTCGAGCAGTTCTCC GATGATGAATATGACTGTGATTTCGAGAATCACCAGGTTTACCCTTTTCTTCTATTTTCATTTAAAGTTTATTTCTTTTG AATGATTTGGTTATTGGGCTTCTGTGGAAATGGGTTTTGGTTAGGTATTTTAAGTGGGGTTGTCAATTTTTTTAAATTTT TAGATTGCTTGGATTAAACTGAAATGTAAGTGGCTAGAACTCAGTTGATGACTGAAACTTTTCTGGCATCCTTGTGGAAG AGACAGGACTAAAGTGTTGTTTTTTATTATTATTGGTATTTCTTGAATATATTTGTTTTTTGTGTGTTTTGCTGTTTTTT TAATGACTTATGGTTAGGTATTTGAAGTGGGGTTTGTGATTTTTCCCCTGTGCTTTCTTATGCTTGAATTAAACTGAATT TTAAGCGAAAAGATCACAAGAGATAGCTCATATTTTCTTTGCAACCTAAGTAGGGGTATGTATTCTACAACTGCTATTCT GTAAAAAAGAACTATTTCCTGTTTTGAAATTATAGGTGATCATGAGAGTATACTTTTGAGGCAGTTATGAATCAATTATG GAGTTAGATTTGTTCTTCTATCAACCTATTTGTTTTGTAGTCAGTACAGTAGCTTCTTAAAACCATGATCAGATTCAGCT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0302600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCATAATCCAAAATCTGCAGCATCTTTCCTCATAGCACGTGCCAAGTCCCTCCAACTCCACCATCTCCACCACCACCG CGTCCCTTCAACATCATGGTCACTCTTCAAGCTTCAGCCATGGCTTTCTTCACTCAACGCCAAATCCTTCATCGCCACGC GCCTCTTCTCTGGCTACTACGGCCTCGAGCAGTTCTCCGATGATGAATATGACTGTGATTTCGAGAATCACCAGGCATCG TCTACAGTGGCCAATGTGGATGAATGGAAATGGAAACTCAGTATGCTGTTACGCAACGAAAAGGATCAGGAGATTGTATC TCGAGATAAAAGAGATAGAAGAGACTATGAACAGATAGCTAACCTTGCCAAAAGAATGGGACTTTACAGTGAGATGTTTG GAAAAGTGATTGTTGCGAGCAAGGTGCCTCTTCCTAACTACCGGCCAGATTTGGATGACAAACGTCCACAAAGGGAGGTG GTGATTCCACTGAGCTTGCAAAGGAGGGTTGAAAGTTTGTTGCAGGAATACCTCGATAGACTTCAATTAAAGTCTGACAA AACAACTGACCATCCGGATGATGTAAAGTCCACCAAGCAGGTCAAAGATATATACATAGATGAAAATGCTGATTCTTATG TGGATGAATCTGTTATGGAAAAGGTTCTTCAGAAGAGGAGTTTGAGGATGCGTAATATGCAAAGAGCTTGGCAGGAATCA CCTGAAGGCAAGAAGATGCTGGAATTCCGGAAGTCTCTTCCATCATTCAGGGAGAAGGAAGGTTTACTTCAAGCTATAGC ACGTAATCAGGTGATAGTGATATCTGGAGAGACTGGATGTGGTAAAACTACTCAAATTCCTCAATATGTATTAGAGTCAG AGATAGAGTCTGGTCGTGGAGCATTTTGCAGCATTATTTGCACACAGCCTCGAAGAATATCTGCTATGGCAGTGTCTGAG AGAGTGTCAGCAGAGAGAGGAGAGCCTCTCGGTGAATCTGTAGGTTTCAAAGTTCGATTAGAAGGAATGAAAGGGAAAAA CACCCATCTGCTTTTCTGTACCAGTGGTATATTACTTCGAAGGTTGCTGAGTGATCGAAACCTGAATGGTATAACCCATG TTTTTGTGGATGAAATTCATGAGCGAGGCATGAATGAAGATTTCTTACTGATTGTGTTGAAGGATCTGCTTCCGCGTCGT CGGGATTTAAGATTGATTTTAATGAGTGCCACCTTGAATGCTGAGCTTTTTTCGAATTATTTTGGAGGTGTGCCAACATT TCATATTCCGGGTTTCACCTATCCTGTGAGAGCCCACTTTCTAGAGGATGTTTTGGAAACGACTGGATATAAGTTGACTT CCTTCAACCAAATTGATGATTATGGTCAAGAGAAATTGTGGAAAACACAAAAGCAGCTAGCCCCACGGAAGAGGAAAAAC CAGATCACTGCTCTTGTTGAGGATGCTCTTTCTAAATCTAGCTTCGAGAACTATAGTTCAAGGACACGCGATTCATTATC TTCTTGGGCACCTGACTGTATAGGATTTAATCTCATTGAGGCTGTTCTGTGTCATATATGTCGGAAGGAACGACCAGGTG CTGTCTTAGTATTTATGACTGGGTGGGAGGATATAAGCTGTTTAAGGGATCAGCTTAAAGCACATCCTCTTTTAGGGGAT CCCAATAGGATTCTGCTTCTAACATGTCATGGTTCGATGGCAACTTCTGAACAGAAACTCATATTTGAAAAACCGCCTCC AAATGTCAGAAAAGTAATACTTGCTACAAATATGGCCGAGGCAAGTATTACAATCAATGATGTAGTTTTTGTGATTGACT GCGGAAAAGCAAAAGAGACCACTTATGATGCTTTGAATAACACGCCATGCCTACTACCTTCTTGGATATCACAAGCATCC GCACGGCAGAGAAAGGGTAGGGCTGGTCGTGTGCAGCCAGGTGAATGCTACCACTTGTACCCAAAATGTGTTTATGAAGC TTTTTCTGAATATCAACTTCCTGAACTACTGAGAACGCCCTTGAACTCTCTTTGCTTGCAAATAAAAAGTTTGCAGGTTG AGAGCATAGGGGAGTTCTTATCAGCAGCTTTGCAGGCACCAGAACCACGGACTGTCCAAAATGCAATTGATTTTCTCAAG ATGATTGGAGCATTAGATGAAAAAGAAAATCTTACCAATCTTGGGAAGTTTCTTTCAATGCTTCCGGTAGATCCGAAGCT GGGGAAAATGTTAATAATGGGAGCTATATTTCGTTGCTTTGATCCTGTTCTTACAATAGTTGCTGGCCTTAGTGTCAGGG ATCCTTTCCTTTTGCCCCAAGATAAGAAGGATTTAGCAGGGACAGCCAAATCTAGGTTTTCTGCTAAAGATTACAGCGAC CACATGGCTCTTGTTCGAGCATATGAAGGATGGAAAGATGCAGAAAGAGAAGGATCAGCGTATGAGTACTGCTGGAGAAA TTTTCTTTCTGCCCAAACTCTTCAGGCTATTCATTCACTTCGGAAGCAGTTTAGCTTCATCTTGAAAGAAGGTGGCCTAT TAGATGCAGATGCAAGTGCTATCAACAAATTGAGTCACAATCAGGCTCTTGTACGTGGAGTCATTTGTTCCGGACTCTTT CCTGGCATGGCATCGGTGGTGCACAGAGAGACATCCATGTCATTTAAAACAATGGATGATGGCCAAGTTTTATTATATGC AAATTCGGTGAATGCACGTTATCAGACCATTCCTTACCCATGGTTGGTGTTTGGTGAGAAAGTAAAAGTCAATGCTGTTT TCATCCGTGATTCCACTGGTGTATCTGATTCAATACTTATCCTTTTTGGTGGTGCTCTAAGTAATGGGATACAGGCTGGA CATCTGAAAATGTTAGACGGGTTTATTGAGTTCTTTATGGATCCTAATTTAGCCGACTGCTATTTGAAGCTTAAGGAAGA GCTTGATAAGCTAATCCAAAAGAAGCTAGAAGATCCTAACACTGACATTCACAAGGAAGGGAAGTACTTGATGCTTGCTG TTCAGGAACTGGTTTCAGGAGACCAATGTGAAGGAAGATTTGTGTTTGGCCGTGCGAGTCGGAAGCCTAGAGCCTCTAAC GATGAGAATAAATTCACAAAAGATGGGACAAACCCCAAGAGCTTGCTGCAGACACTGTTGATGAGAGCAGGGCACTCTCC ACCAAATTACAAAACAAAACATCTCAAGACAAATGAGTTTAGGGCACTGGTGGAGTTTAAAGGAATGCAATTTGTTGGCA AACCGAAAAGAAATAAGCAGCTTGCAGAAAGGGATGCTGCTGTCGAGGCATTGGCTTGGTTGACTCATACCTCCGAAAAC GCTCAGCACGAAGATGATAAATCTCCTCCTGATGTCACTGACAACATGCTAAAACTTCTAGGGAAGCGGAATAAATCAAA GCGGCGTTCTGGTTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0302600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MHNPKSAASFLIARAKSLQLHHLHHHRVPSTSWSLFKLQPWLSSLNAKSFIATRLFSGYYGLEQFSDDEYDCDFENHQAS STVANVDEWKWKLSMLLRNEKDQEIVSRDKRDRRDYEQIANLAKRMGLYSEMFGKVIVASKVPLPNYRPDLDDKRPQREV VIPLSLQRRVESLLQEYLDRLQLKSDKTTDHPDDVKSTKQVKDIYIDENADSYVDESVMEKVLQKRSLRMRNMQRAWQES PEGKKMLEFRKSLPSFREKEGLLQAIARNQVIVISGETGCGKTTQIPQYVLESEIESGRGAFCSIICTQPRRISAMAVSE RVSAERGEPLGESVGFKVRLEGMKGKNTHLLFCTSGILLRRLLSDRNLNGITHVFVDEIHERGMNEDFLLIVLKDLLPRR RDLRLILMSATLNAELFSNYFGGVPTFHIPGFTYPVRAHFLEDVLETTGYKLTSFNQIDDYGQEKLWKTQKQLAPRKRKN QITALVEDALSKSSFENYSSRTRDSLSSWAPDCIGFNLIEAVLCHICRKERPGAVLVFMTGWEDISCLRDQLKAHPLLGD PNRILLLTCHGSMATSEQKLIFEKPPPNVRKVILATNMAEASITINDVVFVIDCGKAKETTYDALNNTPCLLPSWISQAS ARQRKGRAGRVQPGECYHLYPKCVYEAFSEYQLPELLRTPLNSLCLQIKSLQVESIGEFLSAALQAPEPRTVQNAIDFLK MIGALDEKENLTNLGKFLSMLPVDPKLGKMLIMGAIFRCFDPVLTIVAGLSVRDPFLLPQDKKDLAGTAKSRFSAKDYSD HMALVRAYEGWKDAEREGSAYEYCWRNFLSAQTLQAIHSLRKQFSFILKEGGLLDADASAINKLSHNQALVRGVICSGLF PGMASVVHRETSMSFKTMDDGQVLLYANSVNARYQTIPYPWLVFGEKVKVNAVFIRDSTGVSDSILILFGGALSNGIQAG HLKMLDGFIEFFMDPNLADCYLKLKEELDKLIQKKLEDPNTDIHKEGKYLMLAVQELVSGDQCEGRFVFGRASRKPRASN DENKFTKDGTNPKSLLQTLLMRAGHSPPNYKTKHLKTNEFRALVEFKGMQFVGKPKRNKQLAERDAAVEALAWLTHTSEN AQHEDDKSPPDVTDNMLKLLGKRNKSKRRSG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
Phobius | 1 | 17 | 17 | - | – | |
Phobius | 1 | 5 | 5 | - | – | |
Phobius | 6 | 13 | 8 | - | – | |
Phobius | 14 | 17 | 4 | - | – | |
Phobius | 18 | 1151 | 1134 | - | – | |
PANTHER | 45 | 1090 | 1046 | 0.0 | – | |
PANTHER | 45 | 1090 | 1046 | 0.0 | – | |
Gene3D | 202 | 431 | 230 | 1.4E-80 | – | |
SMART | 251 | 444 | 194 | 2.4E-28 | ||
SUPERFAMILY | 261 | 820 | 560 | 5.09E-79 | ||
ProSiteProfiles | 263 | 430 | 168 | 19.645 | ||
Pfam | 264 | 414 | 151 | 1.2E-5 | ||
CDD | 269 | 429 | 161 | 1.68462E-81 | – | |
CDD | 507 | 660 | 154 | 5.7773E-73 | – | |
Gene3D | 515 | 670 | 156 | 1.4E-50 | – | |
ProSiteProfiles | 518 | 692 | 175 | 15.055 | ||
Pfam | 521 | 651 | 131 | 4.2E-14 | ||
SMART | 546 | 652 | 107 | 1.2E-14 | ||
Gene3D | 694 | 795 | 102 | 9.7E-21 | – | |
SMART | 714 | 805 | 92 | 4.7E-32 | ||
Pfam | 715 | 803 | 89 | 3.2E-21 | ||
Pfam | 872 | 952 | 81 | 8.8E-14 | ||
Gene3D | 1032 | 1116 | 85 | 2.3E-11 | – | |
SUPERFAMILY | 1045 | 1127 | 83 | 5.95E-12 | – | |
CDD | 1051 | 1114 | 64 | 5.37015E-8 | ||
ProSiteProfiles | 1051 | 1116 | 66 | 8.542 | ||
Pfam | 1052 | 1114 | 63 | 2.9E-7 | ||
SMART | 1052 | 1115 | 64 | 1.8E-5 | ||
MobiDBLite | 1117 | 1151 | 35 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
Molecular function | Helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA or RNA helix. | ||
Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0302600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…