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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0330100 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0330100.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Peroxisomal targeting signal 1 receptor; TAIR: AT5G56290.1 peroxin 5; Swiss-Prot: sp|Q9FMA3|PEX5_ARATH Peroxisome biogenesis protein 5; TrEMBL-Plants: tr|G7J0B8|G7J0B8_MEDTR Peroxisomal targeting signal 1 receptor; Found in the gene: LotjaGi3g1v0330100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:69758398..69776390) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTTATTTAAAAATCCATTAAAACGAAAAATAATTGCCTAGAAAATGACAAACAAGGATAGCATATGCCTTGAAGATAA CAAAAATAAAAAAACTACACAAGAGAGGGGTGACGAGGAAAGAAGAAAAACGAGGCAGCAGCAACAACAGCCTCGTTGTG TCTTGGAAGAAAAAAAAGAAAGAAGGAATCGCATCCACCCATCCATCGATTCAGTATCAAGAAAAAACAGAGTTAGTTAC CATGGCGATGCGTGACCTTATCACTGGCGCCACAGCTTGCCCTGACCCCTCCGCTTCTTCTTCCTCCGCCAACCCTCTCG GCGCTCTCGCCAACGTCCTCGTCGGTTCTTCCTCCAAGACTCAGGTACCTCTTCTTCAACTTTTCACTCATCATCATCAT CATCATCATCATCATCACTGTTAGTTGTTTGAATTGATTGATTCAATTACGGCGAAAAACGTAACAGGAGAGGCTGAAGG AAATCCCTACCTCCACTCCCACTGGCCCCGCTTCCCAATTCTACTCCCAGCCTCCGCTCCAGCTTCCCGGTTCCGAATTC GATAAGCCCTTCCTCGATTCCAATTCTCAGGTTTGGTTATGCTGCTTATTGTTATGGTGGATTGGTTCTACTTGTTGTGA TGATTTGAATTGAAGGATTGGACTTGGTTTTTTGTGTGTGGTTGGTTTGTTTGGATGGACAGGGTTCGGCGTTTTTGAAT AGTTTTAGGTCGGCTGGCGCGGGCGGGCTCGAGGAAACGTGGGATGAGATACAGCGTGAGGGAAGGGTTGGTCAACCCTA TGGGAGGGTGCCACCGCCTCAACAGCTTCATCAACCTGCATTGGATGGTATTTTTCTGGAATTTTGGGATTGTTTGGATT ATTATTTTGTTTTTTGTATTCTTAAAGTAAGATAACTTGTGATCAAAGCGAGAGAGAGGCTTTTAGCTGAGAAGTTTTGG 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AATTATTTTCTGATGAAATTTTACATGGATGAAGCCAGGGAGCTTGGATCATAGAAATATGCTTTTGCTGATGTAATATG TATGATGGTGGGTTTGATTATATGGGTGTTTCCAATCTAGTATTGGTTCATTCTATAATTGTGTTGGTAAAAGGATATTA TCCATGTTTTATTGGGATTATTGGTATGGGTACTGATGTATTTTAAATACTCACTTGAGAGAGTTCTTCCCAAGTTGTTA CCATTGAAATAAAATTATTTTTGTTTCTCGAATAGAAGGGCTTATTGTTATGGGTACTGATGCCAATTGTGATGTCAATA TCCTGTTGTTTATCACCTGAATAAGATGGTGCTTATTGAGTCAGCAATGTGCACTATTGTCACCTAAGTCAGTATGATGC TTTGTTATCAAATTTATGCTTATAATTACTGTAATATAATAAGATTATATCATGAGATGAACAGTTTCTTTCGCAATTAT TGTAAAGGAAGCAATGGTTACGCTTCATGTGTATAATTTCATTATGACTCGGTAAATGTGCTAAATAAAATCAATTATAT GCTAAAGATAAAACATCGAGAGACGTCTTTCCAAAAATCAAATTTAACAAATATCTCAGGAATGAGCAAAACACTTGAAG AATATAAGAATGATGATGTACTAGAGCCTAAACTGAGCTGGTTCTTTTGCTAACCTCGACAGGCTAGCAACGC
CDS sequence (LotjaGi3g1v0330100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGATGCGTGACCTTATCACTGGCGCCACAGCTTGCCCTGACCCCTCCGCTTCTTCTTCCTCCGCCAACCCTCTCGG CGCTCTCGCCAACGTCCTCGTCGGTTCTTCCTCCAAGACTCAGGAGAGGCTGAAGGAAATCCCTACCTCCACTCCCACTG GCCCCGCTTCCCAATTCTACTCCCAGCCTCCGCTCCAGCTTCCCGGTTCCGAATTCGATAAGCCCTTCCTCGATTCCAAT TCTCAGGGTTCGGCGTTTTTGAATAGTTTTAGGTCGGCTGGCGCGGGCGGGCTCGAGGAAACGTGGGATGAGATACAGCG TGAGGGAAGGGTTGGTCAACCCTATGGGAGGGTGCCACCGCCTCAACAGCTTCATCAACCTGCATTGGATGGGACACCAC AAAGAGTTCTATCTAGCTTTTTGCACTCATTTCTTGATAGCAGCCGTGGTGGAATACCTTTTCATCCTGCCCCTCTTCCA ATGTTGGGTTTATCTGAAGGTGATAAACAATGCATTCGTGACCGCAGCAGCATAATGGCGAGGCATCTCTTTGCAGATAA AAATGAAGAGTTTATCAATGCCCAAGTAAATGCACTTCTATGCTCTCTAGATATTGACAGTAATGTCCGTGGTAAGGGAC CTATGCCTGAAAGACTTCGGGAGCTTGAGGATTACTGGAATGAGTCTCAAGGCAACCAGAGACTTGGTGCTCATCCTGCA GACGGATGGATTACGGAATTCAGTCAAAATAGGGAAAGACATGATAATCCTGATTCTTGGGCCAACTCATTTGAGCAACA GCACGGTGCGAATGGTTGGGCTTCTGAATTTGAACATTCTCAATTGTCGTCAGTAGATCAAATGCGAGGTATGAACATGC CAAACTTTGCTGCAATGGAGCAGACTCGTATGCTCGCAAATACATTGGCCCAGAATGCTGACCCTAAATTCCAGAACTCT AAATTCCTTCAATTTGTCTCAAAGATGAGCCGTGGTGAGTTGATTATTGATGACAATCAAGTTAAAGAAACTGCATTACC TGCATCTGGAGATTGGGCCGGAGAATACCAACAGCAATATAATAATGATCATGGATGGGCTGGTGAATATTTAAATAATA AGGTTTATAATGGACCTGATCAGTGGGTGAATGAATTTACGACCGAAGGACAGCAGCATGGAGCAGTTAATGATCAGTGG GTTGATGAATTCTCAAAGTTGCATGTTAATGACTGGGCTGAGGAATTTGGTGATCAGGTTGGTGAAGGAGCTTTAGGGGA ATCTGATAATTGGGCACAGGCATATGATGAGTTCCTAAACGAGCAAGTTGTTGCCAAGCAGCGGTTAGATAGTTCAAGCG GTGTGTATGTCTTCTCAGATTTAAATCCTTATGTTGGTCATCCAAATCCACTAAAAGAAGGCCAAGATCTCTTCAGAAAA GGACTTTTAAGTGAAGCAGTTCTAGCACTGGAAGCTGAAGTCTTGAAAAACCCAGAAAATGCTGAAGGGTGGAGACTACT TGGAATAGCACATGCAGAGAATGATGATGATCAACAGGCTATTGCAGCAATGATGCGTGCACAGGAGGCTGATCCTACAA ACTTGGAAGTGCTTCTTGCTCTTGGTGTCAGTCATACAAATGAACTGGAGCAATCGGCTGCTCTGAAATATCTTTCTGGA TGGCTACGTCATCACCCGAAATACGGAACACTTGCCCCGCCTGAGATGTCTGATTCCTCTTTGTACTATGCTGATGTTGC TAGATTATATAATGAAGCAGCTGAGGTCTCACCTGATGATGTAGATGTCCACATAGTTCTTGGGGTCCTGTATAACTTAT CCAGGGAATATGACAAAGCCATTGCATCTTTTGAAAGGGCATTGAAACTTAAGCCACAGGATTACTCTCTCTGGAACAAG CTTGGCGCAACACAAGCAAACAGTGTTCAAAGTGCTGATGCAATAATGGCTTACCAGCAGGCACTAGATTTAAAGCCTAA TTATGTTCGTGCTTGGGCAAATATGGGTATCAGTTATGCAAACCAGGGCATGTACGATGAGTCTATTCGTTATTATGTTC GGGCACTTGCCATGAATCCAAAAGCAGAGAACGCATGGCAATATTTGAGAATTTCATTGAGCTGTGCTTCCAGGAATGAC TTGTTGGAAGCTTGTGATAGTCGTAATCTAGACCTTCTCCAGAAGGAGTTTCCCCTACAGTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0330100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAMRDLITGATACPDPSASSSSANPLGALANVLVGSSSKTQERLKEIPTSTPTGPASQFYSQPPLQLPGSEFDKPFLDSN SQGSAFLNSFRSAGAGGLEETWDEIQREGRVGQPYGRVPPPQQLHQPALDGTPQRVLSSFLHSFLDSSRGGIPFHPAPLP MLGLSEGDKQCIRDRSSIMARHLFADKNEEFINAQVNALLCSLDIDSNVRGKGPMPERLRELEDYWNESQGNQRLGAHPA DGWITEFSQNRERHDNPDSWANSFEQQHGANGWASEFEHSQLSSVDQMRGMNMPNFAAMEQTRMLANTLAQNADPKFQNS KFLQFVSKMSRGELIIDDNQVKETALPASGDWAGEYQQQYNNDHGWAGEYLNNKVYNGPDQWVNEFTTEGQQHGAVNDQW VDEFSKLHVNDWAEEFGDQVGEGALGESDNWAQAYDEFLNEQVVAKQRLDSSSGVYVFSDLNPYVGHPNPLKEGQDLFRK GLLSEAVLALEAEVLKNPENAEGWRLLGIAHAENDDDQQAIAAMMRAQEADPTNLEVLLALGVSHTNELEQSAALKYLSG WLRHHPKYGTLAPPEMSDSSLYYADVARLYNEAAEVSPDDVDVHIVLGVLYNLSREYDKAIASFERALKLKPQDYSLWNK LGATQANSVQSADAIMAYQQALDLKPNYVRAWANMGISYANQGMYDESIRYYVRALAMNPKAENAWQYLRISLSCASRND LLEACDSRNLDLLQKEFPLQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 23 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1 | 5 | 5 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 25 | 25 | - | – | |
| Phobius | 6 | 13 | 8 | - | – | |
| Phobius | 14 | 23 | 10 | - | – | |
| PANTHER | 18 | 739 | 722 | 6.6E-234 | ||
| PANTHER | 18 | 739 | 722 | 6.6E-234 | – | |
| Phobius | 24 | 740 | 717 | - | – | |
| MobiDBLite | 37 | 78 | 42 | - | – | |
| MobiDBLite | 37 | 65 | 29 | - | – | |
| Gene3D | 449 | 740 | 292 | 2.7E-98 | ||
| SUPERFAMILY | 452 | 739 | 288 | 2.57E-95 | ||
| ProSiteProfiles | 467 | 702 | 236 | 36.883 | ||
| Pfam | 471 | 533 | 63 | 8.9E-5 | – | |
| SMART | 501 | 534 | 34 | 1.2 | ||
| ProSiteProfiles | 501 | 534 | 34 | 9.263 | ||
| ProSiteProfiles | 535 | 568 | 34 | 5.487 | ||
| SMART | 601 | 634 | 34 | 2.5E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 601 | 634 | 34 | 12.744 | ||
| Pfam | 603 | 634 | 32 | 2.9E-4 | ||
| ProSiteProfiles | 635 | 668 | 34 | 8.88 | ||
| SMART | 635 | 668 | 34 | 0.071 | ||
| ProSiteProfiles | 669 | 702 | 34 | 12.213 | ||
| SMART | 669 | 702 | 34 | 2.5E-6 | ||
| Pfam | 670 | 701 | 32 | 1.8E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0330100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…