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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0381700 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0381700.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nuclear pore complex Nup205-like protein; TAIR: AT5G51200.2 nuclear pore complex protein (DUF3414); Swiss-Prot: sp|F4KBW6|NU205_ARATH Nuclear pore complex protein NUP205; TrEMBL-Plants: tr|K7KWK9|K7KWK9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0381700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:77459208..77504176) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GAGTCTGGAAAAAATTAGGATTGGAGATTTTTTTGACGAGATTAAAACCAAAATGATTATTTATTTTCAAATTTTTTGAA CAGTTGTGAAAAAGAGGCTCTGGTTTTATAGGGTTTAGTGTCGCTACTTCCACTACCACTTGCCCTTACTCGCCCTGGTA CGGTGGTGGACGTGGTACCCTATTTCCGGTGAAGTAGCTAACCCTAACCTCCAAAACACTCTCTCCTTCACTGCATCTGT TGTAGGGTTTCGTCACCGCAAATGGTTTCTCCCAAGCACCTCCTCTCCACCCTCGAATCGGTGCTTCTCGCCCCTACGCC ACCGACGGCGGCGCAACGAGTTGAGCTCTTTCACGCCATTCGCTCTTCTCTCCACTCCTTCCAGTCGCTTCTATCCTACC CGGTGAGTGCGCCATTCACCTCACCTCACTCCATTCAGATTGAAGCTCTATTCACATTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT CTTCTTTGTTTTGTGCTGTTTAGCCTCCGAAGCCCTCAGATCGAAGTCAAGTGCAGTCAAAGTCAATTAGGCTTCCGGAT TCTCCTCCTATCTCGCTTGATGACCAGGATGTGCAGATTGTGAGTCCTCTTCCTTTTTTCCTCCTTATAATCTTTGTTGT TGTTGCTGCAATTAACATGTTTTCTGCATTGTAGTTTAGTCCTGGTGCTGAATTTTGTTGCTTATGTAGTGAATAATATA AAGAAATCATATATTAGCTGAATGATTTTTAGTTGAATGACATATTAATTTGATTGTAAGAATTGCGAATTGAAGGAAAA AGATGCTATGGGATGAGAGGTGTCTAACTAAGAAGAGGTATCTTTCTTGACCAGTGTTCAGGCTGTGTTGAAAATGGAAA GAATGATTAATAATTTTGACATATTCGGAGTGCTGGTGGTGTCAGAGCAGTGTTTGACACCGGCGCTCCATTATTGTGCG 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GTTGAAGCAGATGGGTTACGAATGGAGCAGATCAATCTAGTTGTTGGTATTCTTAGCAAGGTTTGGCCATATGAAGAAAG CAACGAGTATGGTTTTGTTCAGGGGCTTTTTGGTTTGATGCATGCTCTTTTCTCTCGTGACTCGAGCTCAAAGGTTCCAA GTTTTGCTCAATCAAGAGTGTCTCCTGAGAATCAGAGGAATTCAGAACTACAGATATTTAACTTGTGCTTCAGCCTGAGC TCTTACTTATATTTTCTAGTCACAAAGAAATCTCTGAGATTACAGGCTTCAGATTCCTCCTCCAGTTATCCTACTTCCAT AGAACTTCAACAACCAACATTGAGCTTGCTTAATTCTCTTCTTACATCTGTTACATCTGCACTTGAAAGGGCGGCTGAGG AGAAATCGTTGTTACTGAATAAGATTCGAGACATAAATGAATTGTCAAGGCAAGAGGTGGATGAAATCATCAATATGTGT GTCCGGCAAGAGTCTCTGTCATCTGCAGATAACATACAAAAAAGGAGATACATTGCGATGGTAGAAATGTGTCGAGTTGT TGCTAGTAGGGATCGGTTAATCATTCTACTACTCCCACTTTTGGAACATGTCCTAAATATCATCCTCATCCATCTTCAGA ACAGCTCTATTGCACTTGATCCTGCCATGAGCACAAAAACAATTACATATAGTTCAAAGTGTGATCCACAACAGGATATG GCTTTGTTTTGTGGGAAGTTAGTTCCAACTCTTGAAAGACTCGAGTTGCTGAGTGAGGAGAAAATAGGGCACAATCTCAA AGTATTCCAAAGATTAACTACTTCTGCCAAAGAGATTGCAATACAAAAGTTGATTTTGTAG
Protein sequence (LotjaGi3g1v0381700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MVSPKHLLSTLESVLLAPTPPTAAQRVELFHAIRSSLHSFQSLLSYPPPKPSDRSQVQSKSIRLPDSPPISLDDQDVQIA LKLSDDLHLNEVDCVRLLVSANQEWGLMGREPLEILRLAAGLWYTERRDLITSLHLLLRAVVLDQGLEDDVLVDIQKYLE DLINSGLRQRLISLIKELNREEPSGFGGPQCERYIIDSRGSLVERLAVVSRERLILGHCLVLSILVVRTSPKDVKDIFSV LKDSASEVSESIAPVKYQITFSLLFAVVIAFISDGLSTVPDKASVLSSNASFRHEFHELVMAAGNDPIVEGFVGGIRLAW AVRLMLIQDGVAARETVSSGSSNEMGYLSQCLEVIFSNNNFQFLLDKVLRTAAYQTEDEDMVYMYNAYLHKLITCFLSNP LARDKIKESKEKIMSVLSPYRSVGTHDFAQDSNSSSLHGTEMGSIPFNSILDFVSEIYQKEPELLSGNDVLWTFVNFAGE DHTNFRTLVAFLNMLSTLASSQEGASKVYELLQNKSFRSIGWSTLFECLTIYDEKFKQSLQTAGAMLPEIQEGDAKALVA YLNVLKKVVENGNPIEKKNWFPDIEPLFKLLSYENVPPYLKGALRNAIATFIHVSPVLKDSIWTYLEQYDLPVVVGPDVQ NTPSVGTQVYDMQFELNEIEARREQYPSTISFLNLINALIAEERDLTDRGRRFIGIFRFIYDHVFGPFPQRAYTDTCEKW QLVGACLKHFHMILSMYDIKDEDYEGVVDQSRLSTTKESSPLQTQLPVLELMKDFMSGKTAFRNIMSILLLGVNSIIAER SSQIYGQHLENAVQLSLEIIILVLEKDLLLSDYWRPLYQPLDIILSHDHNQIVALLEYVRYDFQPKVQQSSIKIMSIFSS RMVGLVQLLLKSNASNSLIEDYAACLELRSEESQKVENNNDSGILIMQLLIDNIGRPAPNITHLLLKFDIDTPVERTVLQ PKFYYSCMKVVLDILEKLSKPDVNALLHEFGFQLFYELCVDPLTCFPTMDLLSNKKYQFFVKHLDTIGIAPLPKRNSNQP LRISSLHQRAWILKLLAVELHAGDVSSSKHREACQTILSHLYGQGITEIGGGQAISQFSLQGASENAAIRTVSKSKVLEL LEIIQFRCPDSTTKLSNVVAGMKYDLLPEDILGNPGNSGNGVYYYSERGDRLIDLASFHDKLWLKYNSAYQHGSNLGSDI ELNDVRETIQQLLRWGWKYNKNLEEQAAQLHMLTAWSQIVEVSASRRLTMLEDRSEILFQVLDASLSASASPDCSLKMAF ILSQVALTCMAKLRDERFMFPGSLSSDNITCIDLIVVKQLSNGACLTILFKLIMAILRSESSEALRRRQYALLLSYFQYC LNVVDPDVPTSVLQFLLLNEQDSEHIDLPKIDNEQAELARANFSTLRKEAQSILDLVVKDATHGSEPGKTIALYVLDGLI CIDHERYFLSQLQSRGFLRSCFTAISSVSNQDGGLSLDSLQRACTFEAELALLLRISHKYGKSGAQVLFSMGIFEHLASG RAINLQGGLRWVETRLRRDVAVDVDRQRMIITPALRLVFSLTSLVDTTDFLEVKNKIVREVIDFVKGHQLLFDQVLRLDI VEADGLRMEQINLVVGILSKVWPYEESNEYGFVQGLFGLMHALFSRDSSSKVPSFAQSRVSPENQRNSELQIFNLCFSLS SYLYFLVTKKSLRLQASDSSSSYPTSIELQQPTLSLLNSLLTSVTSALERAAEEKSLLLNKIRDINELSRQEVDEIINMC VRQESLSSADNIQKRRYIAMVEMCRVVASRDRLIILLLPLLEHVLNIILIHLQNSSIALDPAMSTKTITYSSKCDPQQDM ALFCGKLVPTLERLELLSEEKIGHNLKVFQRLTTSAKEIAIQKLIL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1 | 6 | 6 | - | – | |
| PANTHER | 3 | 1855 | 1853 | 0.0 | ||
| PANTHER | 3 | 1855 | 1853 | 0.0 | – | |
| Phobius | 7 | 17 | 11 | - | – | |
| Phobius | 18 | 24 | 7 | - | – | |
| Pfam | 20 | 1613 | 1594 | 3.5E-118 | ||
| Phobius | 25 | 1669 | 1645 | - | – | |
| MobiDBLite | 47 | 68 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 47 | 65 | 19 | - | – | |
| Phobius | 1670 | 1687 | 18 | - | – | |
| Phobius | 1688 | 1792 | 105 | - | – | |
| Coils | 1728 | 1748 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1793 | 1812 | 20 | - | – | |
| Phobius | 1813 | 1886 | 74 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Nuclear pore | Any of the numerous similar discrete openings in the nuclear envelope of a eukaryotic cell, where the inner and outer nuclear membranes are joined. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0381700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…