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LotjaGi3g1v0446400.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0446400
Transcript ID LotjaGi3g1v0446400.3
Related isoforms 8
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Aminotransferase-related family protein; TAIR: AT5G53970.1 Tyrosine transaminase family protein; Swiss-Prot: sp|Q9FN30|TAT2_ARATH Probable aminotransferase TAT2; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VBJ4|A0A072VBJ4_MEDTR Tyrosine/nicotianamine family aminotransferase; Found in the gene: LotjaGi3g1v0446400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:85963554..85983663) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GAAATGGAATCCACAACGTGCTGGGGACATTTTCTGATTACATTTAAGGACAAATAAGTTTATGTTCAGACATTAATCCC ACCCACTCTCAAAGATAAATGGATTCAAACCCTTCCAGACATTGATATAACACAAGTAGGATTTATTTTCCACGATCGGC ATTTTCTTATTTGGATCATAGCTCCTCTCCTTCAGTTCATATTACTTGTATTGGTTGACCAATCTCAGATAGAACTAAGC AAATGGAGAGCGGAAGTGAGAAGTGGAATTTCAAAGGGAACAAAGGGCTCAATGCTTCAGCCATCTCTGTGAGAAGGGTG TATAACATGATCAGGAATAGCATCAACAACAATGAAAACAACAACTACAAACATGTGGTTGGTCTCTGTCGTGTAGATCC CACTGATAATCCATTGTTTCGGACTGCCCCTGTTGCTCCTGATGCTGTTGCAACTGCTGCTCACTCCTTCAACTTCAACG GTTACCCTCCCACTGCTGGCTTACCTGATGCAAAGAGGTTTGTTTCCCTCTCAAGTCTCAACTAGATAAAAATGCTATTC ATTTATCAAGTTGTAATACTAATTGGTAATAAAATGATGGTAATTAGTAAGAGCAGATGCGACGAGAGAATTAGTTACGG CTGTCTGTCATGGATACACTGGTTAAAAAAATGTAGTCATAGTCATAGGTGGAAAGAGGAAGGTGATTTTAATAATCCAT TATTGACATTGGTAATTTGGTAATCTTAAACACATGGGTTCTTTCTGAAATGAGATTGCTCGGATTGGACATCTATAATT TGGTACTCTTATAACACATTTGGGTTCTTCCTGAAATGAAATTGCTTGGATCTTCGTACTTCTGGTGGTGGTGCACGACC TTGACTGACTTAGCTTGCACGCAAGAGTGTACTTGTAGAAGACACTCTGTCACGCAAGTTAGTGAGAGAGTAAAGAGAGA 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AGAGAGGATGGGAGGTTGACCTTCATTCCCTTGAGGCTCTAGCAGATGAGAACACTGTGGCCATGGTTATAATCAATCCA AGCAATCCATGTGGGAATGTGTGCACGTTGCAGCATTTAAAAAAGGTACATAATAGTCTTAAACTTCATTGTTTCAGAGT AGAGGAAACAAAATACTAAAGGGTGGCTGTTTAGGTTGTACTTTGATTCCTCGTAAATGTAAGGTCTCGGGCTCGAGTTA TGAAGTAAACCTCTGTTGGGAGATCTAGCTAGCCTCACCTAGATGCGGATGTTCTGACTCGAACATGATTGACTCCCATG AATGATACTTGTATTAGACTAAGAAAAGAGTAGGAAACAAAATGTGACAATTTTTCAGGACTCTTGTAGGTTGCTGAGAC TGCGAGGAAACTTGGAATCTGTGTAATTTCTGACGAAGTTTATGCCCATGTAGCTTTTGGAAGCAATCCATTTGTGCCAA TGGGAGTGTTTGCATCAATAGTGCCAGTTATCACAATTGGGTCCTTATCAAAAAGATGGTTAGTTCCTGGTTGGAGAATT GGCTGGATAGCCACAATGGACCCCCACGAAATTTTTCAAAAAACTGGGGTTAGTGTTTTTTTTACCTTTTGTTTTCAATC TTTTTATCCTTAAAATTTATCAGTCTAAGAGATTTCTCTTTTATCAAGATCAATTGGAGTAAAGATTTTTCACAGCTTAG AAAACCTGATATTTGAATGATTATGCAATTGTTTTCTTTCTTTATCAGATCAAGACAAATATCATCAGCTATTTGGAGAT CACTTCTGACCCTCCAACCTTCATGCAGGTAACAAATGGAAACTATAGCATAAGCAAAACGCAAAAGTAACAGAAAAAAA CCAACTAGTATTCTTCGGCCGATCGAATAGATCAACAAAAGCATATATTCAGAATTTAATACGTGTTTGTTTGCTTATGC TTGTATCCTTTTTTGTTCATTTTGTTTTCCCTAAAACAAAAATGACAGAAAGTTAGGCTTGCAGGCTGCAATACCTCAAA TCCTTGAGAGAACAAATGATGATTTCCATTTTAAGAATCTGAATATGATGAGAGAGGCTGCAAACATATTCTATGATGTA TGTAAGGAGATCCCTTGCTTGACATGCCCTCACAAACCCGAAGGAGCCATGGCTGCAATGGTAAGTGGCATAAAGAATTC TTAGGCTTTCATCATGCTATAAATTTAACATGGGGTCATCTTACTCATGATCAATTGACAGTAAATTGAATGAATCAGGT GAAGATTAACTTTTCAAAAGTTAAGGACATTGTTGATGATTTGGATTTCTGTGTCAAGCTGGCCAAAGAGGAATCTGTAA TTCTTCTTCCTGGTAAGAATTCAATTGGTAAATTGAATAAAGTCATATATGACGAGAGTTTCTCTTTATTGGTGTTATTA TACTTGCTTGCAGGTGTTACTGTTGGACTAAAGAATTGGCTTCGGATTAGTCTTGCTGTTGACCCTTCTGATCTTGAAGA GGGCCTAAGCAGGATGAAAGCATTCAGCCTTCGGTATGCCAAGATGTCATAAATCATGTCACACGGGAGGGTGTGTTGAA TCTTAGGTCTGAGATATCTCCTAATGAGCCATCTTTAAGGCAAGATATATGTATCAAGAAACTGCATTTTATATTATGTT TCATGATGCTCTAGGTTCAAACTTGAATTATGGCTTTTCTATTTGTCTGATCTGATGGAAATATCAGAACAAATTTCCTT ATCAAAATGGAATAAAAAAACAAATAGACTCAGTGAGATCTGGAGGAGAAACTCATCTTGAACCAGTGAAACTCGACACA CTGATCCAACTTCATATAAATGTGAAATCT 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0446400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAGAGCGGAAGTGAGAAGTGGAATTTCAAAGGGAACAAAGGGCTCAATGCTTCAGCCATCTCTGTGAGAAGGGTGTA TAACATGATCAGGAATAGCATCAACAACAATGAAAACAACAACTACAAACATGTGGTTGGTCTCTGTCGTGTAGATCCCA CTGATAATCCATTGTTTCGGACTGCCCCTGTTGCTCCTGATGCTGTTGCAACTGCTGCTCACTCCTTCAACTTCAACGGT TACCCTCCCACTGCTGGCTTACCTGATGCAAAGAGGGCTATTGCAAATTATCTCTCATCTGATCTTCCATACCAGTTATC ACCAGACAATGTTTCTCTCACCCTTGGTGGCACACAAGCTATAGATATAATCTTACCTGCCCTTGCACGTCCTGGTGCCA ACATTCTCCTTCCAAGACCAGGGTACCCTCAATATGATGCTTGTGCCGCTTGTTGTCTCCTTGAGGTTCGGTACTTTGAT CTCTTGCCTGAGAGAGGATGGGAGGTAGACCTTAATTCCCTTGAAGCTCTAGCAGATGAGAATACTGTGGCCATGGTCAT CATCAATCCTAGCAATCCATGTGGGAATGTGTACACGTCCCAACATTTAAATAAGGTTGCTGAGACTGCAAGGAAACTTG GAATCTGTGTAATTTCTGATGAAGTTTATGGCCACGTAGCTTTTGGAAACAATCCATTTGTGCCAATGGGAGTGTTTGCA CAAATAGTGCCAGTTATCACAATTGGGTCCTTATCAAAAAGATGGTTAGTTCCTGGTTGGAGAATTGGTTGGATAGCCAC ATGTGACCCCCAAGGAATTTTTGAAAAAACCGGGATCAAGACAAATATCATCAGCTATTTGGAGATCACTTCTGACCCTC CAACCTTCATGCAGGCAGCAATACCTCAAATCCTTGAGAGAACAGATGATGATTTTCATTTAAAAAATCTTAATATAATG AGAGAGGCTGCAAACAAATTCTATGATGTATGCAAGGAGATCCCTTGCTTGACATGCCCTCACAAACCTGAAGGAGCCAT GGCTGCATTTGTGAAGATTAACTTCTCACAAGTTAAGGACATTGTTGATGATGTGGATTTCTGTGTCAAACTGGCCAAAG AGGAATCTGTACTTCTTCTTCCTGGTGTTACTGTTGGACTAAAGAATTGGCTTCGGATTAGTCTTGCTGTTGACCCTTCT GATCTTGAAGAGGGCCTAAGCAGGATGAAAGCATTCAGCCTTCGGTATGCCAAGATGTCATAA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0446400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MESGSEKWNFKGNKGLNASAISVRRVYNMIRNSINNNENNNYKHVVGLCRVDPTDNPLFRTAPVAPDAVATAAHSFNFNG YPPTAGLPDAKRAIANYLSSDLPYQLSPDNVSLTLGGTQAIDIILPALARPGANILLPRPGYPQYDACAACCLLEVRYFD LLPERGWEVDLNSLEALADENTVAMVIINPSNPCGNVYTSQHLNKVAETARKLGICVISDEVYGHVAFGNNPFVPMGVFA QIVPVITIGSLSKRWLVPGWRIGWIATCDPQGIFEKTGIKTNIISYLEITSDPPTFMQAAIPQILERTDDDFHLKNLNIM REAANKFYDVCKEIPCLTCPHKPEGAMAAFVKINFSQVKDIVDDVDFCVKLAKEESVLLLPGVTVGLKNWLRISLAVDPS DLEEGLSRMKAFSLRYAKMS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PIRSF 1 420 420 1.6E-174
PANTHER 6 419 414 9.0E-200
PANTHER 6 419 414 9.0E-200
TIGRFAM 8 415 408 2.5E-155
SUPERFAMILY 42 412 371 2.15E-82
Pfam 45 408 364 2.1E-56
Gene3D 51 412 362 5.6E-112
CDD 56 411 356 1.94819E-83
Gene3D 63 308 246 5.6E-112
ProSitePatterns 250 263 14 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Catalytic activity Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic.
Biological process Cellular amino acid metabolic process The chemical reactions and pathways involving amino acids, carboxylic acids containing one or more amino groups, as carried out by individual cells.
Molecular function Transaminase activity Catalysis of the transfer of an amino group to an acceptor, usually a 2-oxo acid.
Biological process Biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of substances; typically the energy-requiring part of metabolism in which simpler substances are transformed into more complex ones.
Molecular function Pyridoxal phosphate binding Interacting selectively and non-covalently with pyridoxal 5' phosphate, 3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-methyl4-pyridine carboxaldehyde 5' phosphate, the biologically active form of vitamin B6.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0446400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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