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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0482400 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0482400.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Coiled-coil domain-containing protein 132; TAIR: AT2G27900.1 coiled-coil protein; Swiss-Prot: sp|Q5ZKV9|VPS50_CHICK Syndetin; TrEMBL-Plants: tr|I1LRA9|I1LRA9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0482400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:90016541..90033562) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CACTCTTTGACGAGTTGATTAGGACAATGGTGACCTTGATAACTTTAAACTAACCCAAGTTTTGATCTCAATATCCCTTA TTTTTTACTTCCTTCCATGATCTCACTCTGAATAACGTAAATTCCTGGTAAAGCAATCAAACTAAACCACACCAGAGCCA TTCTCCAATTCCCACTTTTCGTCACCAACGATCGCATTCACGCACTGTAGCAAGCAAAAACGGTGTGTGTTCAACAGCGA AACCACATAACCAATCCAAAAGTCCACGAACCATCGTCAACATTCCATTTCCATCAGATCTCAGCCACGAACCACCGAAT CGATGATCATGAACTGAGATGCAGCCGAACTTGTTTCCATTTGGAAGCGTGCTGGGGAATCCGTTCATTTTCGATGCCGA TTTGAGTGACGGAGGAGTTGGAGTTGGAGGAGGAGGAGGGATCGATAGTTCTAGGGTTTTCTTCTTGCTTCCTTTCTTCT TGCTCTCACAGGGAGGAGCAATGGATTTGTCTAAAGTCGGTGAAAAGATCTTGAGCTCCGTCAGGTCCGCCAGATCGCTC GGCTTGCTCCCTCCCGCTTCCGATCGGCCTGAGGTAAATGAATCAGTATCCTCATCGTTTTGATGCACAATTGCGCGCTC GTTTTGCTCTAATTTGATGTTTGATTTTGAACCAGTGTGCTGTTAGTTCTTGATAATAATAATAATGCCGTGTGATTGGA TTGTTGAACTTGAATGGTGTTCTCCGGTGATGGTTAAGTTAGTGTAGGTTATGCGTTAACTGTGTTTCTGCTTCTGATGC ATTTGGTGCGAGTTTTGGATTTTATGATGGACTGTTGCGATGGTTGCGAATGACTCTGAGCTGAAATTCACGAGCTGATA GCGTAGAGCTTCAGACGGTTGAAAGTTGGATATCGCGTGATAATGAGATTATAGAATGATTTTGGTCACGTACTTGCTAT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0482400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAACATCATGAAGTAATGGTGAAGGGGATGAATTTGGTCAGAGAATTGGAGAAAGACTTGAGAATTGCAAATGTCAT CTGTATGAATGGAAGAAGACACTTGACATCATCTATGAATGAGGTTTCACGAGATCTAATTGTGAATTCTTATTCAAAAA AGAAACAAGCTCTTATGGACATGCTTCCTGTCTTGACTGAACTTCAACGTTCGTTGGACATGCAATCAATGCTAGAATCC CTTGTGGAGGAAGGAAATTATTGGAAGGCATTTCAAGTCCTATCAGAGTACTTGCAACTCTTAGACAGTTTGTCAGAGCT TTCAGCAATACAAGAGATGAGTCGTGGTGTGGAGGTTTGGCTAGGAAGAACTTTACAGAAGTTGGATGCTCTTTTATTGG AAGTATGTCAGGAATTTAAGGAAGATGGCTATATTACAGTAATTGATGCGTATGCATTAATAGGGGATACCACTGGTCTT GCTGAGAAGATACAGAGTTTCTTCATGCAAGAAGTTATATCAGAAACACACTCAGTGTTAAAGGCTATTGTGCACGAGGA TGAGGAGGGACTTGCGCAAAATAGTAGGTTCACTTACAGTGATCTATGCCTTCAAATACCTGAATCTAAGTTTAGACAGT GCTTATTAAGGACACTGGCTGTTCTATTTGACCTTATGTGTTCATACCATGAAATTATGGATTTTCAGCTAGCGAGGAAG GACTCTGCAGCACAAGCTTCGAATATGTGCAATGAAGACACTTCTTGTAGTCCAGGTGAGGCTCAGGAAGTTGATTCAAA TATAGGAGTCTGCAACAATTCTATGTCCACTTCTGGAGATATAATAAAAGGCTCCTCTTCTGGGAAGGAATCTTCGACAA TCAGTTCAATCACTGAAACTACTGTAACTGCTGGTTCACCACACAGTGATTCTCACGGTCCAGTTAATGAGGCTGGACAG GAAGAAAATTCAGTATCAAGCATTGAATCCCCATGGTACTATCTTCGCAAAGAAGCCACAACATTTGTTTCCCAGACCCT GCAAAGAGGACGCAAGAATCTGTGGCATCTCACTGCGAGTCGTGTGTCAGTATTGCTTTCTTCTGCTGCATCTTGTTCTG CAAGCATTCATCAATTCTTGAAAAATTATGAAGATCTCAGTGTATTCATTTTGACTGGTGAAGCCTTCTGTGGAATTGAA GCAGTTGAATTCAGGCAGAAGTTGAAGGTTGTTTGTGAAAACTATTTCATAGCTTTTCATCGACAAAATGTACATGCACT AAAAATGGTTTTGGAGAAAGAAACTTGGTTAAAATTACCTCCGGATACTATACAAATTATCAGTTTTGCTGGACTGATTG GTGATGGAGCACCTCTGATTTCTTTATCCAGTGGTAAATCAATGAATGTCAACGCAATCCATTCTGATAAATCAGTAAGC ATGGTACGTACCAGTTCTAGGAAGAGTGGGTTCTCTCATTGGATTAAAAATGGAAACCCTTTTCTGCAAAAGTTATCAAC CTCCAAAGAAGGCCATGGTCATTCACAACCTAATGGATCAACCTATGGTGAACTTGATGGAGGTTCAACCAACAACATTC ATGATGATAAAGTCTCCCCTAGAAAGAATGGTTCCAATCAATTGAATGGTGCCAACTCTGTTTCAGAAGATGAAAATGAG GATCTTCTTGCTGACTTTATTGATGAAGACAGTCAACTTCCAAGTCGGATTTCTAAACCCCATCATTCAAGAAATCATTC TCATGGTAATGATGAAGAGAGTACAACACAAACGGGATCTTCTTTATGTCTTCTAAGGTCTATGGATAAATATGCAAGGC TAATGCAGAAGTTAGAAGTAGTCAATGTTGAATTCTTTAAGGGAATATGCCAGTTGTTTGAAATTTTTTTCTATTCTATA TATGAAACATTTGGTCAGCAGAACACTAATTCAAGTGGAAAAAGCTCAACTAACTCTCTTAATTATCGCTTGAGGACAGC CTTATCTAGAATAAATCAAGATTGTGAAGAGTGGATTAAACCTCAGTCGTCTTCACCATCATCTTTAAGTTCTTCATTTG TACATGCAGAGTTCACGCCTATGAACCCTCCCAATAGTAATGTTGGTCACTCATCAGGGACTTCTTTGGGTCTCAAGGAG AGATGTGTGGCTGTTGACACTATATCTCTTGTTGCTCGAATACTGAATAGATCCAAAGCTCATCTCCAATCAATGCTCTT GCAAAGTAATTCAACTGTACTCGAGGATTTCTATGTTCATCTGGTTGATGCTGTGCCAGATCTTACAGAGCATGTTCATC GTACAACAGTGAGACTGCTGCTTCACATTAATGGGTATGTTGATCGTGTTGCCAATTGTAAATGGGAAGTAAAAGAACTT GGGATGGAGCATAATGGGTACGTTGATTTGTTGCTGGGGGAGTTTAAGCACTATAAAACACGACTTGCACATGGTGGAAT TCGTACGGAGATTCAAGACTTACTGTTGGACTATGGGCTTGAAATTGTGGCGGAAGCTCTTGTTGAAGGACTTTCACGGG TGAAGAGATGTAGTGATGAAGGACGAGCTCTCATGTCATTGGATCTGCAGGTTTTGATCAATGGGCTACATCATTTTGTG TCGTTGAATGTGAAGCCCAAGTTGCAAATGGTTGAAACTTTCATTAAGGCTTATTACCTTCCCGAGACGGAATATGTACA CTGGGCACGAGCACACCCGGAATACAGTAAAAGCCAGGTTGTTGGACTGATCAACCTTGTTGCTACTATGAAAGGATGGA AGAGGAAAACCAGGTTGGATATATTGGAAAAGATTGAATGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0482400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEHHEVMVKGMNLVRELEKDLRIANVICMNGRRHLTSSMNEVSRDLIVNSYSKKKQALMDMLPVLTELQRSLDMQSMLES LVEEGNYWKAFQVLSEYLQLLDSLSELSAIQEMSRGVEVWLGRTLQKLDALLLEVCQEFKEDGYITVIDAYALIGDTTGL AEKIQSFFMQEVISETHSVLKAIVHEDEEGLAQNSRFTYSDLCLQIPESKFRQCLLRTLAVLFDLMCSYHEIMDFQLARK DSAAQASNMCNEDTSCSPGEAQEVDSNIGVCNNSMSTSGDIIKGSSSGKESSTISSITETTVTAGSPHSDSHGPVNEAGQ EENSVSSIESPWYYLRKEATTFVSQTLQRGRKNLWHLTASRVSVLLSSAASCSASIHQFLKNYEDLSVFILTGEAFCGIE AVEFRQKLKVVCENYFIAFHRQNVHALKMVLEKETWLKLPPDTIQIISFAGLIGDGAPLISLSSGKSMNVNAIHSDKSVS MVRTSSRKSGFSHWIKNGNPFLQKLSTSKEGHGHSQPNGSTYGELDGGSTNNIHDDKVSPRKNGSNQLNGANSVSEDENE DLLADFIDEDSQLPSRISKPHHSRNHSHGNDEESTTQTGSSLCLLRSMDKYARLMQKLEVVNVEFFKGICQLFEIFFYSI YETFGQQNTNSSGKSSTNSLNYRLRTALSRINQDCEEWIKPQSSSPSSLSSSFVHAEFTPMNPPNSNVGHSSGTSLGLKE RCVAVDTISLVARILNRSKAHLQSMLLQSNSTVLEDFYVHLVDAVPDLTEHVHRTTVRLLLHINGYVDRVANCKWEVKEL GMEHNGYVDLLLGEFKHYKTRLAHGGIRTEIQDLLLDYGLEIVAEALVEGLSRVKRCSDEGRALMSLDLQVLINGLHHFV SLNVKPKLQMVETFIKAYYLPETEYVHWARAHPEYSKSQVVGLINLVATMKGWKRKTRLDILEKIE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 946 | 946 | 0.0 | ||
| PANTHER | 1 | 946 | 946 | 0.0 | – | |
| Pfam | 1 | 235 | 235 | 9.6E-77 | ||
| MobiDBLite | 281 | 310 | 30 | - | – | |
| MobiDBLite | 281 | 324 | 44 | - | – | |
| MobiDBLite | 503 | 555 | 53 | - | – | |
| MobiDBLite | 503 | 534 | 32 | - | – | |
| MobiDBLite | 573 | 599 | 27 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 665 | 705 | 41 | 8.538 | ||
| Pfam | 717 | 946 | 230 | 2.6E-71 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA-binding transcription factor activity | A protein or a member of a complex that interacts selectively and non-covalently with a specific DNA sequence (sometimes referred to as a motif) within the regulatory region of a gene to modulate transcription. Regulatory regions include promoters (proximal and distal) and enhancers. Genes are transcriptional units, and include bacterial operons. | ||
| Biological process | Regulation of transcription, DNA-templated | Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular DNA-templated transcription. | ||
| Biological process | Endocytic recycling | The directed movement of membrane-bounded vesicles from recycling endosomes back to the plasma membrane where they are recycled for further rounds of transport. | ||
| Biological process | Retrograde transport, endosome to Golgi | The directed movement of membrane-bounded vesicles from endosomes back to the trans-Golgi network where they are recycled for further rounds of transport. | ||
| Cellular component | EARP complex | A quatrefoil tethering complex required for endocytic recycling. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0482400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…