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LotjaGi4g1v0279000.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0279000
Transcript ID LotjaGi4g1v0279000.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Vacuolar protein sorting-associated protein, putative; TAIR: AT5G24740.2 vacuolar protein sorting-associated protein, putative (DUF1162); Swiss-Prot: sp|Q54LB8|VP13A_DICDI Putative vacuolar protein sorting-associated protein 13A; TrEMBL-Plants: tr|G7IJW3|G7IJW3_MEDTR Vacuolar protein sorting-associated protein, putative; Found in the gene: LotjaGi4g1v0279000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:64923067..64965169) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CACACTTAAACGTGTAAAACTATGTTTATGCTAACCGTAGTTAAGTTTGCGATAAAAACAATCCCGCACTTTAATTTGCG GAATACAAAGTGCAAAAATGACCTAGTAGTGCAGATTTTTTTTTTTTTTAAATTGTTCCAAAGTTTGTGGAATGTAAAAA TCACTGAGGGTATTTTGGGAAGAAAATGACATGAGGCAATGCACTTTTCTAATTTCTGGGTTCCCTTTCACTCAAGATTG CTCATTCTCCTTGCACCACGAACCCTCGCCGTAACACCCAGATGATGAACGCTTGCTGTTGTTTGCTTCCTCGCCGGCGC CTCCGTCCCCGCCGCCACTGAGGATTACGACCACCATCCTGTCTCCTTTTCTGACAGTGAAGAACGGCAAGCAAGTCTAT TGGAAGGTTGCTGGCACTTGGTGATTGTATCTCTGAATTCGATTCCCTTCTTGTTCGGGTGGGTTGTAGGATTCTATCAT TATTTCTGGTTTATTACGTATTAGCAACTGTGTCTGCTACTAGTTTATTGGATTTGCTCATACAATCTGTTTTTCTCTTG TATGGTGGTTGAAGTACCCTTACTTCCATCAACGCCCCGTTTAGGAAAACAGCTTAATTAAGCAAGCGCTTATTCATAAG CTATTTTATCATTGAAAATAAGTTATATATAAGCCTAAACTCTTTTTCATAAGCTATCCTGAGTAGCTTATGAAAATAAG CTCAAAACAACCATAAGCTGTTTGCATAAGCTCTGCCAAACACTGGCATAAGCGCTTATGCTATCAGATAAGCTAAAATA AGCTCTTCCAAACGGGGCCATGTAATCATTTGGCTGATCAAAATGACATTTTACACTATGTTGCCAATAATGATGCATTT TCTTACTTAAAAATCTGATTTTTATTTTAAAGTTTGGTGTTTTTTTTTGTGTTTTATAGAGAGGGGTTTAGGGAGGGTTG 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0279000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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AAGGGTATTGTTGCATTTACATATGATGACCAAGCTGTTTCAAGGGTGGAAAAACACCAAGCAACTGTATCTTCTGACAG TAAAGGCGTAATTAATGAAGTCTTAGAGGGACTCACTGGTCTCCTCCAGTCACCTATAAGAGGAGCAGAGAGGCATGGTC TTCCTGGTGTCCTCTCTGGAGTTGCTTTAGGGATTACAGGACTTGTGGCAAAACCTGCTGCTAGTATACTTGAAGTTACT GGCAAAACTGCACTTAGTATTAGAAACCGCAGTAAACCCAATCAATTAAGATCACAATGGTTTAGGGTCCGGCTTCCGAG GCCACTTTACCGTGAATTTCCATTAAGACCTTATTCATGGGACGAAGCAGTTGGTACATCCTTCCTTATGGGGGGTGATG ATGATGGGTTAAAGTATAAAGATGAGAAGTTAGTGGCCTGCAAAGCCCTTAAAGAAGCTGGTAAATTTGCTGTCTTAACA GAAAGGTTTGTATTGATTGTTTTCAGTCCAAGTTTGATATACTTGGGCAAGCCTGAATTTTGTGGCATCCCTGCTGATTT GGAGTGGATAATTGAATGGGAGATTGGATTGGAGAGTATAATACATGCTGACAGTGATGATCAAGGTGTTTTACACATTG TTAGTAGTGGACCAGATTCCTCCTCATTTAGGCAAAATCAGCATTCTCCCAAGAGAGGCAGTGGTAGCAGAACCAGAGCC GTGCGTTGGAACCATTATCCGAATCATCTTCCACTTCCTCAAACCAATTTAGAACTAGCTTGTGAGGAAGATGCAGCCAA CTTGTTACAGATTTTGTTGTCTACTATAGAGAAAGGAAAAGGTAAAGCTTGGGACTCAGGGAGGATCTTGCATCGAGCTA ATTTCAAGTAG 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0279000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MFEGLVHQLLLGYLGRYFKDIQKEQLKIRLEEVLLENVELILEAFDYLQLPFALKQGRVGRLSIKIPWKKPWDPVIIILD DVFISASQRGDQEWSADAVEKREFASKKAKLAAAELGKLSRRVSGSHAGQSFISHVTAKILDSIQVDIRNFHILYSDVQN DLGHIMFGLKFSNLTMKQNLFGSSNGMVFGAQENKIVEIKGLEFYSSMFHSTMDLVTMDNTGYSCSASNIRSEGNHYNSI LAPCDVTLILSANRSQKVDDNAPQYSLTAELSDLVISLDEVQLQQMFLVWDYVCTCRLREKYGRFRPWHCPLPRKCEGWQ IFWWHYAQESVLSDVRKKLKKTSWRYLGDRLIFRRNYMNLYKTKLDFLRQEQPVDDNVLRDLEKMEKESDLDDISNYRSA AEYEMRELLTRCSSSTTSSGRIQTDIHTDNHCNDEHAVKSRGWLNWLSRGMLGAGGTDDSSQFSGVVSFDVKDISEATEF HPLVSSSVDFATKHELCIFASKIEIRQISATLYRKKNCNKIAEIILEGGIVDSKLHKEHGIIITKFKSGKIVNSNSNKVI LQIRGTIDESNTLDIVNHLCSVQVNFSSKGDMDMSVKGMLPQLEVTFDTDILLNLLEFYDVFTSFSFYNQRVLLSLNGIG NDYTRLLSKVEYVSLNHKNLMLDFTIFDISVNFPWRNTASEYSNLVMKSRSLCFKSTSLESLPSKVEEQPFTMKNFLNTT STSGICLGIQLEDLYQYFDVKLNDFKITLMKCDQSQMITILEKFSCSTFLAFCVIPDESILNQMEVYVLIESLKAHFSPS MYCAFIELITHLDTLLVRGESEILNCDSRHNVVSDVTKDSPFGLSIISKLGSVDLEVDLENSGDNSSELVVSLHDMDLRY SSAEFQEVFVSIKSLMICAHKIKEEKDCHFVLLSGSSPSSGVAVGEESLPGPSIEFDQYSDGAMLADGCFEMHYESPRSD IVCHKFFIYLNNADIHCYPHISGLLIGFFHRISAYNTMFEKSSESKTADISESFLSFGLQKFGFSNYFDFGSSDSACIPF DRFPFVTIYNHGSLGSLESSLVYAIPDWRKYFTLRERKIRSSKFNMRSGSKIFQSSPSKCKSGFECESGIERTSNVFSIE LHLYGIRVHFHDSSCIIGTIMVPTSKTSLLLCEDNIDILSSSEGLVLTSSWGPRNFQDYLWGPSSENLSPILNVRVRKPQ DKSSAVDLEISIGVQHVYCMLPSEYLSIIIGYFSLSDWAGDSSGQSSFEEPKIETGITYKFEILDSVLILPVESNEYQFL KVEIPQLYCSFVENLGFDDAMKDIPTKCFVPIQKLAKRNSCLNVFGRDLFVSFLLYKNDMLGLATIENAEFISTSLIAPI NADVWVRIPCRGVTNCKNYSPSICFMTSIRSCQLIAEDSHCLDGCLAIRDVIEEFSTIGDQSKCFKSDVLQFLHSKRSLM ETGVNNPTPMTSTIVLTEVKCCTESLLISCCHRHGDFVKLISKGDLRFTCAASLIDDSLEWLELGFSSLAFYSSHNSVLA KCTSTPISTVVLGICLSKSVDFKNELSFHLPSLDIWLYLSEWTEVFKFLNDLSVHLEETPIDVASMSLPVNAANSVKKAA VKDASCSLDSEGASAPFATQEIENVVLMTIRSKNACVKFYIPVSASEEPCVEFQIAESLEVTPLRVSSDVIEEKDTKFLT VSFNVNDFDLVMRSRDIHLKSNMEKLSCVIIIVENGRHTSWPLLDIIQVHMDTVLCKNQTNTIELKVEILCDHADVWLSH PTLLLLGAVKFDVPKSGSSQYSTSDITFKFQMRKVSILLTDGKWSYNGPQLEILVRTILFHAIAIGKHVDCSITGDLQVN YKNIEKVSWEPFIEPWQFLLTLVRDQEMNVLPNRPVSTDIVLGSRTQLNINITESLVECVSHAIEILNDAWGLKGSKDHE GKELSHSSCPQNMSSKRCAAPYVLQNLTSVPLLYHIYHGSSNPDEIFESDENPANYVQPGSAISVYMDENDEQRLPHYRH SNSSDSLNEQRSSGFTHHYITVQLDGASMPSDPISMDLVGLTCFEVNFSKTYDQNGQGGRMNSGATFVVPVVFDVSMLRY SKLIRIYSTVVLLNATSTPLELRFDIPFGVSPTILDPIHPGQQLPLPLHLAEAGCVRWRPTGNSYLWSEAHNLSNLLSIT GDVGSLKSFMCYPSLPSSHPFRCCMSVKSVSLSSSGRLKNNVSTDDAKRYIHHLILSPPLVVYNYLPEEMLLISESGGVD HTLKVSEVDTSVYHIDPSHDLGLKICIDGFKCSDFKFPRLETFCSMAKFSETKFSFSETLILEPINSNGPVYVTVEKVMD AYSGSRELIIFVPFILYNCMGFPLCVTETTGEANERGFVIPSYDDLGEKETFSYKKDGLSLLISNHELRADVPCTPMNHL KNHTISCREDGGPNFVSYKRNSLLFGNYHENLGRQQSKSDSVERLASTMRSSSQSTWKDSGPCNNEPERVWPCMYSPSPN SSVNDVFVKVSRCFPDDVRKQLPYSLWSNPFYLLPPSGSSTIYVPQLSSNSAFILAVTSSSVAEYAGRTHAITFQPRYVI SNACSKEISYKQKGTDIMFYLGVGEHAHLHWTDTARELLVSICYNESGWQWSGSFLPDHLGDTLLKMRNFVSGTSNMIRV EVQNADISMGDEKVIGSIKGNSGTNLILLSDDGTGYMPYRIDNFSKERLRIYQQKCEMFDAVIHSYSSYPYTWDEPCYPR RLIVEVPGERVLGSYALDDVKEYMPVHLPSTSEKPERTFFLSVHAEGATKVLSVLDSNYHIFNDVKNSSVQHAAEKRVYD HSQVRPAEYKEKISICIQYIGISLINSYPQELLFACIKDIEINLLQSLDRQRLSMMISFIQIDNQLHSTPYPVLLSFNNG YRSCQVDNTKSRDDVMRTSIEKLNQKSFGSSSSNPVMCLEISKWRKKDISFISFEYIKMRIADFHLEIEQGVILSLFEFF TNFSSGQQFGIVPSSNHYDGVSLKDSFSFVHTSENFRLSADQRPLRIAPMFTGKSNRIASLPSVVPIGAPWQEIYLLART KKKIYIEMLELAPIQLTLSFSSAPWMLHNRILTSKEFLIHRGLMALADVEGAHIYLKDLTIAHHMASWESIQQILIRHYN RQLLHETYKLFGSAGFIGNPLGFARSIGHGIRDFLSVPAKSIMQSPTGLIMGMAQGTTSLLSNTLYAISDATSQFSKAAR KGIVAFTYDDQAVSRVEKHQATVSSDSKGVINEVLEGLTGLLQSPIRGAERHGLPGVLSGVALGITGLVAKPAASILEVT GKTALSIRNRSKPNQLRSQWFRVRLPRPLYREFPLRPYSWDEAVGTSFLMGGDDDGLKYKDEKLVACKALKEAGKFAVLT ERFVLIVFSPSLIYLGKPEFCGIPADLEWIIEWEIGLESIIHADSDDQGVLHIVSSGPDSSSFRQNQHSPKRGSGSRTRA VRWNHYPNHLPLPQTNLELACEEDAANLLQILLSTIEKGKGKAWDSGRILHRANFK 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Pfam 2 112 111 3.1E-28
PANTHER 13 3390 3378 0.0
PANTHER 13 3390 3378 0.0
Coils 23 43 21 -
Pfam 132 362 231 1.9E-33
Pfam 591 810 220 3.6E-9
Pfam 2465 2718 254 4.6E-25
Pfam 3043 3211 169 7.5E-45
MobiDBLite 3417 3434 18 -
MobiDBLite 3417 3438 22 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0279000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…