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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0386500 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0386500.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Tetratricopeptide repeat protein 1; TAIR: AT1G55480.1 protein containing PDZ domain, a K-box domain, and a TPR region; Swiss-Prot: sp|Q9SRY4|LPA1_ARATH Protein LOW PSII ACCUMULATION 1, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|B7FKN6|B7FKN6_MEDTR Tyrosine phosphatase, putative; Found in the gene: LotjaGi4g1v0386500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:76463838..76487364) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTTTTTAATTTTATTTATAGTTATATAGTAGTATTCTATAAAAGAACCTTATATGACCTAGGAATATTCTAGTTATTA ATCCTCTTTTATTTTCCCTTTCCCTAAAAATAATAATTGGAATAGTACACGTGGCATCATACCAGTGAATTGAATGGATG TGCCTTGAGAACCACTTCAGCAATCTTCATTCAGAACCTCTCATCTTTCTCTTTGTGGCTCAAACTCAACCTTCAAACTA TGCAACAACAACACTTCACTCTTCTTCCCACAGCTCAAGAATTCACAGAGAGCTCAAAACAGAGACAACAAAGTTCTGAG CATACATAACCATGTCATTATCCACCACCACTAGTGGTCACTCTTCTCTTTACTCTGCACTCACATTGCCAAGAACCACC CATATCCACTCTAAGCAAAACCAAGCTCTGTTCATTCCCACCACCAAGTTGTTTTCTTCCAAAAGTGGTTTTTCTTACTG TTTCTCCAACACCCATTTGCATAGGCCGTTCCTTTTTGCGGTTAAAGCTTCACCTGAGGTGGGGTCAGAAGCACCAAAAC AGGGGAGTGACAAGGGTGAAGGAGAAGAGGAGCCATATGAAGAGTATGAGGTGGAGCTGGATCAGCCTTATGGACTCAGG TTTGTGAAGGGTAGGGATGGTGGGACTTATATTGATGCTATTGCACCAGGAGGAGCAGCTGATAAGGCTGGAGTTTTCAC TGTTGGGGATAAAGTACTTGCCACCAGGTATATATGCTGTTTTTTCCTTGCTCTTTATGCAAGTTTTTTTTTTCTTGAGA GAATTAGATTGAAGGTTTGTGGGTGTGTTATAACTTTGATATTAGTGCTAGCATATCATTATACATGTCCAAGTTGGAGT CCTTATTTAGTAAAGGTTGGCTCATGGTTATATGGATTTTGATATTGCATCAGGTGCAAGTTTGGAAAATCCTTTTATAA 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TTATATGTTGCTGAGCAACAGTATCCATTTTTGGCACGAAATTTCTGAGTGCTTCTGCATTGAGAAAGCTCAAGAGCAAC TTCTTTGTCAACTTTGCTTCGTCACCAACCTTATTAACCAGAGACTGCCTTAACAGCTTCCTCACTGAGCTTGGCCACCA CACTTGGACATTCTTGTTTTCATTGCTGAACAAGAACTTGTTCCCAGCTGGCCCACAAAACACAGCAATAAGGTTTCCAA TCAGTGAAGTCTTGAACACCCTTGAGTCATATTTGAGCATTCTATCTTGTATGAACCTTGATATGCTGCCCTCAATACTT CTTCTTCGAAACTCAAATGTTTCTCCAACAATAGGCCATCCTGTGGTTCCAGGAGGAAGATGATGCAGGTTTGGATGCTT TCTGAGTTTGAAAATTTTGGTGATGAGAGAAAGGAGAAAGAGTGCCAAAACTGCTAACAGCTTTGACACCTCCATAAAGC TAATCAAGTGAATAAAGGGAGCAACAGAGAGTGCAAGACAATTGTGGGAAGCAGGAAAACTGAGACTGAGCCATAAGATC TTGTTCTTTGAAGAATGAAATTTATAGTAAAAGTAGATCCCCTGAATGACATTTTGCTCATTAAATTAGTCCATCATGAT CAATTAACCTAGTCCCCAGAATGTATAATTTGATTAAAAAAATACACAGCTAAGAATCTCAATCATTTTGAATTATTAAT TTGATTGTTTACACAGCTAACATGTTTATGGGAGTAAAATGGACTACTCAATATTATATATCTGATATCTCCAATCAAAT CAATAATGATGAAACTTGAGCAAGTAAACATTACACAAGTTGTATATGTCTCTCCAAGTGAAACGACAAATGGAATCAAG TATTAAGGGGAAATGGGGATTACAACAGCACCAAGGACAAGCAGGCTTCAATTTTAATGTAGTGTCTGACATCATCACAT AAAAAAACATTAATTATTTTTTTTAATTTATGTGACTAACCCTTAAATAACACTGATTGATCATACAGACATACATACAT ACGCACACCCCACACATAAATATATTTTCAACTTTTATATATTCACACCAATTTTTTTTCCATATGATTTCCATCAACTT TATCTTCTTATATTTCTTTTATTTTCCTATGACATCCTTGTCATATGACATACTTTTCTCTTTTCTATTCACATCTCTAT TCACAGTCCACACCTAGTGCGGATGTGCAGCACACACTATAACAGAAACACTTTGATAATTGCTGCTAGTATACCTTCCT GCTAAACCAGTGAAGCTGTTCAAGTCCTAATCTTCCCTCAGGACTTTATCTGATTTTCCTATTTGGTTTTGGACTTGAAT TTCGATCAATCATCTCTCTCTCACTCTCTCTCTATTTGCTTGCAACCACTAATATCTCTGTATATGTTGGCACATCAAGA AAGCATTGATATGAAGCAGATACAATCCTTCACCTTGAGAGCAAGGTGATGTTCAGTAGAAAAGTGATGATAGGTGAATA TAACATTTATAAAGTAACTTTAGCACTAAAGTACATTCCACCATAATATGTTTTTGTCAATGCTTGCAAATTATAAATAG ACCAAATCATTTTCGTAACAAACAAAATTACACATATAATTCATCATTAAAATCATTTCAAATTTTCATGCATTCCATAA AAAGATAATAACATAATGCATAAATAAATTTCATACAACTATTTGCACTCACATTATTATATTAATATTAACCCACGCTA TGCGCGGATCACCATCTAGTTTCTTTTTTTTCTAAACAATCTAGTTTCAGTATAATGTGAAAATTTATAAATAAAGCTCT TAATCAATGTATTAGGCTAGAAATGGGAAGGTTGAAGTTGAATTGGGAGTCCTTTTTCTGGTTCTAGCATGGGATCATAC TTGAACTTCTCATCAGGAATCACTAAATCCCACTTGAAACTTTTGACTATGTTATGCATAAACACAAGTATCTCTAGCCT AGCAAACTCTTGCCCCAAACACATTCTAGGTCCTCCTCCAAATGGAACATATGAAAAGGGTGTAGGCCCTTCTCCTTCAA ATCTCGAAGGATCAAAATTTCCAGGATTCGAGAAAAGTGTTGGATCCTTGTGTGATGCATTAGTGCTCCATTGCAACTGC CAAAAAAACCATACAAGCTTAAGAAGATATAAATATGATGACATGATCCAAATCAAACATGTTTCGTGCATGAGTGTGAA GTAAAATTACTTATGAGGTAGTGTTGAGCAATGTGCTGATAGTAAGTGGAGACTGCAGAGTAATTGTTCTTAGTGGAGAG TTAAATTTGTCCATTGTTATTAATATTACTGGAGATATTTAGTGCTTAGTGGAATGATTAAAATGAGTAGATAAGACTCT TCGATGATTGTAACAATCACTTATCATCATATACATTCATGAGTATGACTGATGCTCAAATGTAGTGAGAAAAATTCAGT TAATGAACACTTCCTCTTACTCTATTTTCTACAAAACTATGCAGTACATCTAAGCCTATCATATTCTATCTTTTCTTGAG TGATTTGTTCCTATACCACCTCTAGAATACCACCCACAGGTAGCATTTGGCTATTTGCAATCATGAGCAAGATATACTCC CAAGCTCCAAGTTGTGATTCCCATGAATACAGAGTGAAGAAAGCATGATGATTGATGACACTCGAACATTGCTTTTACAA GAATGTTGAAACATACCTTCCACCCTTTAGGGATGTTATAATCAGCATAGGTGAAATCCTTTATCGCTTCTCTATAAGCA CCTCTCACGGGTGGCGACAGCCTCATAACTTCAGATACAACATTCCAAGTGTACTTCATTTTCTGAACATCCTCCCAATG CAGCAATTCAGCTTCCTCTTTCCCTTGGCTAATTTCAAGTTGTTCTATCACAAAAAAAAAAAACTTCAAAATATCATGTT CAGGGTAAGAATATATAGATATAGTAGAGTGGTTGCCACTGGCCAGCAAAATTACAACACAACAATCTTACACAGCAGAT TTTTTAAATGTTCAGGGATTTTATAGCAAACCTTTCAACACACGTTCATAAACTTCAGGTAACTGTCCGAGATACTTCAT GACTGATGATAACACTGATCTAGAAGTATCATGACCAGCAAAAAGCAATAGTAATATGTTATCACTAATCTCCGTTTCGG TCAAAAACCTTCCATTGGTATCAGATGTAACAAGCAAATGTGATAAAAGGTCCTTGGTAGGCGAAATCCTATTTTCTTCC AAATCCACTTTCTTTTTCTTAAGAAGCATTTTGATTTCTTTTTTTATTGCATCCGCAGCTTTCATTGCCCGATGAAACCT TGTTCCAGGAAAGTTAATGGATAATGCAAAGATCCCTTTCAGAAATACATCAAACAGTGAAGAAAGATTTGCTACCTGGC TAGAGTTTCCAAAGCTTAAAAATAAGCAACAAGCCAATTCAAACGTGTATAGCTGTATTATGGTATAGACATGCACTTGC ATCTTCCCTACAAAATTCAATCAACAATTATATCACACCACTATCAACCATCGATTCATCAATTCAATCAACAAGGTATA TCTTCGAATTCAGGTTAGGCCTAACTCTACCCAAAAAGCTAGCTCAAGGGTGAATTAAGCCTAACCCAAATTCTAAGATA GTATCAGAGACTTGTTTCAATCAAATGAAAAGAACACTTAACTCTTAACCAACAGATTTGAATTGATTGGCTAAATTTCT TACCCTCCCAGTGCGTCCTAATATGGTGCTGAGCAATGCTATCCATTTTTGGCAAGAAATTTCTAAGTGCATCTGCATTG AGAAAGCTTAAGAGCAACCTCTTTGTCAACTTTGCTTCATCACCAACCTTATTAACTAGAGACTGCCTTATCAGCTTCCT CACTGAGCTGGGCCACCACACTTGGACATTCTTGTTCTCATTGCTGAACAAGAACTTGTTCCCAGCTGGTCCACAAAACA CAGCCATATGATATCCAAGCAATGATGTCTTGAACACCCTTGAGTCATATTTGTTCATTCTCTCCTCTACGAACCTTGAC GGGGTTCCCTCAGGACTGTTTCTGAGAAACTCAAAGGTTTCTCCAACAATAGGCCATCCTGAGGTTCCTGGAGGAAGGTT CAGCTTTGGATTCTTTCTGAGTTTGACTATTTTGGTGATGAAATGCAGAGAAAGGACAAAGAGTGCCAAAACTACTAACA GCTTGACCACCTCCATAGAGCTATATCAATTCAATAAAGGGAACAACAGAGAGTGCAGAAGACAATTATGGGATGCAGGA AAATTGAGGCTGAGGCATAAGATCATGTTCTTTAAAGAATAAAATTTATTTATACTAAAAGCATACCCCATCAATGACAT TTTTTCATTAAAATAGTCCATTGTCATAGATTGAATTAGTCCCCAGAATATTTAATGCGAAGAATAAATTGATTTTTTTT AAAAAAGTTACACATGTTAGAACCTCAAGCATTAAGTTAATTTGAATATTGTATATCTCCAACCTTGAGGAAGTAAACAT TATCCAAGTTTGATGCGTATACGTCTCTCCAAGTGAACTGAAAAAGTGGATTAGAATTACACCAAGGAAAGAGAGGGTTT CACCGGCGGCGGCAGCGAGACAGGTGGAGGGTGCGTGGTTTATGGAGCTTCTCCTCCGTTGCCGCCGTCTCCACATTTGC CCCATAAACTTCAGAACCTTATCTGATTTCTTATTTGGTTTTGGACTTGAATTTCAATCACTCATCAGCCATCTCTCTAT TTGCAAGCTATAGAAGAATATTGAATTTGTGTTTTGCATTAATTAATATCAGAGTACAAAGCTATGCATATATAGTACAT GATAAGAAACCAAATACCTAATAAGATGAGAGTCTTTACAACTTTGAAATTTAAAAGCTTCTAATCAATGCATTATGTGT ATGGAGAAGGTATTATACTATTAGGCTAGAAATGTGAAGGCTTAAGTTTAATTGGGAGTCCTTTTTCTGGTTCCAGCATG GGATCATATTTGAACTTCTCATTAGGAAACACTAAATCCCACTTGAAACGTTTGACTATGTTATGCATAAACACAAGTAT CTCTAGCCTAGCAAACTCTTGCCCCAAACACATTCTAGGTCCTCCTCCAAATGGAACATATGAATAGGGTGTAGGCCCTT CTCCTTCAAACCTTGAAGGATCAAAAGTTTCAGGGTTCGAGAAAAGTGTAGGATCCTTGTGTGATGAACCAGTGCTCCAA TGCAACT
CDS sequence (LotjaGi4g1v0386500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCATTATCCACCACCACTAGTGGTCACTCTTCTCTTTACTCTGCACTCACATTGCCAAGAACCACCCATATCCACTC TAAGCAAAACCAAGCTCTGTTCATTCCCACCACCAAGTTGTTTTCTTCCAAAAGTGGTTTTTCTTACTGTTTCTCCAACA CCCATTTGCATAGGCCGTTCCTTTTTGCGGTTAAAGCTTCACCTGAGGTGGGGTCAGAAGCACCAAAACAGGGGAGTGAC AAGGGTGAAGGAGAAGAGGAGCCATATGAAGAGTATGAGGTGGAGCTGGATCAGCCTTATGGACTCAGGTTTGTGAAGGG TAGGGATGGTGGGACTTATATTGATGCTATTGCACCAGGAGGAGCAGCTGATAAGGCTGGAGTTTTCACTGTTGGGGATA AAGTACTTGCCACCAGTGCAGTTTTTGGGACCGAGATTTGGCCAGCTGCGGAATATGGAAGGACAATGTACACAATTCGC CAAAGAATTGGCCCGTTACTCATGAGAATGCAGAAGAGATATGGAAAGATAGAAACTGGTGGTGCGTTAACTGAAAAGGA GATTATCAGAGCTGAAAGAAACTCTGGTGTAATCAGTAACAGAGTGAGGGAAATTCAAATGACAAACTACATGAGGAGAA AGGAACAGAAAGAGCAGAGAGAAAATGATTTGAAAGAAGGATTAGTGCTATATAGGAATGCCAAATACGAGGAAGCGCTA GAGAAATTTGAATCTGTTTTGGGGTCGAAGCCAGAACCTGACGAAGCAGCAGTTGCAAGTTACAATGTTGCTTGTTGTTA CTCTAAGCTGAACCAGATTAAAGCTGCACTTTCTTCACTTGAAGAAGCTCTGAATTCTGGTTTTGAAGACTTCAAGAGAA TCAGAAGTGATCCAGACCTGGCCAACCTAAGGGCATCAGAGGATTTTGATCCCCTTATAAAAAGATTCGACGAATCATTT ATCAATGAGAATGCCATCAATGCCATCAAATCTCTTTTTGGCTTTAATAAGAAACAATGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0386500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSLSTTTSGHSSLYSALTLPRTTHIHSKQNQALFIPTTKLFSSKSGFSYCFSNTHLHRPFLFAVKASPEVGSEAPKQGSD KGEGEEEPYEEYEVELDQPYGLRFVKGRDGGTYIDAIAPGGAADKAGVFTVGDKVLATSAVFGTEIWPAAEYGRTMYTIR QRIGPLLMRMQKRYGKIETGGALTEKEIIRAERNSGVISNRVREIQMTNYMRRKEQKEQRENDLKEGLVLYRNAKYEEAL EKFESVLGSKPEPDEAAVASYNVACCYSKLNQIKAALSSLEEALNSGFEDFKRIRSDPDLANLRASEDFDPLIKRFDESF INENAINAIKSLFGFNKKQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 5 | 338 | 334 | 1.3E-169 | – | |
| PANTHER | 5 | 338 | 334 | 1.3E-169 | – | |
| Gene3D | 72 | 144 | 73 | 1.2E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 95 | 137 | 43 | 2.93E-8 | ||
| CDD | 99 | 137 | 39 | 1.03154E-5 | – | |
| ProSiteProfiles | 100 | 139 | 40 | 9.149 | ||
| Gene3D | 217 | 318 | 102 | 3.3E-10 | ||
| ProSiteProfiles | 220 | 290 | 71 | 11.248 | ||
| SUPERFAMILY | 222 | 286 | 65 | 1.5E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0386500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…