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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi6g1v0257200 |
Transcript ID | LotjaGi6g1v0257200.1 |
Related isoforms 1 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | WD-repeat protein, putative; TAIR: AT5G49430.1 WD40/YVTN repeat and Bromo-WDR9-I-like domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9NSI6|BRWD1_HUMAN Bromodomain and WD repeat-containing protein 1; TrEMBL-Plants: tr|K7MBB5|K7MBB5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0257200 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:56998472..57015486) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTACTACTACCTTCTCCATTCCGTGCTTCCCCATTCTGTTGTTCTCCACACTGAAAAACCAGAGAACCATGTCATGCCAC TGCACCGTGCTCCCTCCATGAATCTCAATTCACATTCCCGAACGTGATTCCAAATCAACGCCGCTTTCACAATCTCAACT TCCCCAGCCCAAACCACCACCGTTACTCTGCTTCGAGTCTCAATCCAAAGGCCTCAAGGTAAAACAATCACCAACCATAG TCCTGTTTATCGTTACGCGAATTCAGTCCCGTTCGTGGCGCGTTTCGTTGAATCAATAAATTGATTTTGTTTTACAATTT GGATTTTCGGTTTTTTGTATATCAGGGATTGCCATTGGTGTTGTTTTCTGCGCGTGTTGGATTTTCTTTCATTGGCATTG TGTGGAGGATTTTACTGCGTGTTGCGGTTGGTTGTCGCGGTTGTGAACGCTTCGCGCATTGAATTTAGGGTTTGTGTTTG TAATGGTGCAGAGGAATGTGTGATGAATTGTCTGGAGGGTCAGAGTTTTGGTGTTCTGGATACTGCTTATTTGGTTTAAT CTGTCACTCATGGATAAGTAATGTTATTCAATTTTTTATATTACGCTTTGGAATTTTGTTCTGTGTTTTTCTGTTTGCAT GCTTGCTACATTGATATATGATTGCTATCAACAAAATTTGAAACTAAACATGGGGGGATATTTGTTTAGGCAAGAACTTT AGCTGATTTTAGATCTGATTTCTGAAAGGTAGATCATAGTTTGTGGTTTCTCTCGATGACCCTAGGTACCGCATACTGAA TTCACCACCCCGTGTAATACTAGGTTCACATTATAGTAATAAAACCGTGTACCTGTACCCGTACCTTGACACAGAAGATA TGTTGGTAGGAAAGCTGAGCTAAGGACAACACTCTACATTCCTCGTAACAAATAGAGGGGCGTATCCCGTTAATCTCAGG 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0257200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATAAGAAAATGGCTTTGCAGAAGTATGTTCCTTCTGGTGATGCACCTACTGTTAACATGAAACGTTTGAGTTTTTC CACTAAGGGGGCTGAGAAAACTCAGCTTAATGTGGCAAACCAGAATCATAACATGAATGTGGATGTTGACCTTAGGGAAG TTTATTTTCTCATTCTGCACTTCCTTTCTGCTGGGCCATGTCATAAAACTTGTTTACAATTTTGGAATGAGCTTCTTGAG CATGAACTTTTGCCTAGAAGGTATCATTCTTGGTATTCAAGGAGTGGGGCATGTAGTGGAAATGCAGATGATGATGGTTT ATCATTCCCTTTAAGTTATGATAAGTTGGTGGAGAGGTATCCTCACATTGAAAAGGACCACTTAGTAAAGCTTTTGAAAC AGTTATTAAATACAGCCTCTCCATCGCTGGGCATGAGCACCAGAAATGCTCCAAATGCAGCCGATGTACCTACTCTTCTT GGAAGGGGCTCATTTTCACTTCTGAGCTATGACAGGGATAAAATGAATGAAGAAGCCAAACGACCGGCTGCTTATATGCG CTGGCCTCATATGAAAGCCAATCAGGTTCATGGGCTCAATTTGAGGGAAATTGGGGGTGGTTTCCCCAGACACCACCGTG CACCTTCTATACGTGCTGCATGCTATGCCATAGCAAAACCTTCTACCATGGTACAGAAGATGCAAAATATCAAGAGGACA AGAGGACACCGCAATGCTGTGTATTGTGCTATATTAGATCGATCAGGAAGATATGTAATTACTGGTTCAGATGATCGACT TGTAAAAATTTGGTCAATGGAAACTGCATATTGTTTGGCCAGTTGCCGTGGACACGACGGTGACATCACAGACTTGGCTG TGAGTTCCAACAATGCTTTGGTTGCATCCTCATCAAATGACTGTGTCATTCGAGTTTGGCGGTTGCCAGATGGATTGCCA ATATCAATTTTACGGGGACATACTGGAGCTGTTACAGCCATAGCATTTAGTCCCAGACCTAATGCTGTTTACCAGCTTTT ATCTTCATCTGATGACGGCACTTGTAGGATATGGGATGCAAGGCACACTCAATCAGTTCCAAGATTATATGTTCCAAGGC CTCCTGATTCTCTTGGGAAGAGCAGTGGCCCATCTTCAAGTACTTTTCCGCAGAGCCATCAGATTTTTTGCTGTGCATTT AATGCTAATGGAACTGTCTTTGTCACTGGTAGTTCTGACAATCTTGCTCGGGTCTGGAATGCTTGTAAATTTAGTGTGGA TGATGCTGACCAACCAAATCACGAGTTAGATATGCTATCAGGGCATGAAAATGATGTGAATTATGTGCAATTCAGTGGAT GTGCAGTAGCATCTAGATTTTCCGCAGCAGAAACTTTGAAGGAGGAAAATATACCCAAATTTAAGAATTCATGGTTGAAT CACGACAACATAGTTACCTGCTCTCGTGATGGGAGTGCTATTATATGGATTCCAAAATCACGCAGGTCACATGGAAAAAG TGGTCGCTGGACTCGGGCATATCATTTGAGAGTTCCACCTCCACCTATGCCTCCTCAACCTCAGAGAGGTGGTCCTCGTC AGAGAATTCTACCAACTCCACGTGGTGTAAATATGATTGTTTGGAGCCTAGACAACCGCTTCGTCCTTGCAGCTATTATG GATTGCAGAATTTGTGTTTGGAATGCTTCTGATGGCAGCTTAGTACACTCGTTGACTGGACATACCGAGTCTACATATGT TCTGGATGTTCATCCTTTTAATCCGCGGATCGCTATGAGTGCTGGATATGATGGAAGAACTATTGTGTGGGATATATGGG AAGGCAAGCCTATCCGAATATATGAGATATCGCATTTCAAGTTAGTGGATGGGAAGTTTTCTCCGGATGGGACATCAATT ATACTTTCAGATGATGTTGGTCAACTTTATATATTAAGCACAGGTCAAGGTGAGTCCCAGAAAGATGCCAAATATGATCA GTTCTTTCTTGGTGATTATCGACCTCTCATTCAAGATACCCATGGTAATGTACTTGACCAGGAAACTCAAATTGTTCCAT ATCGACGGAATCTGCAAGATTTGCTCTGTGATTCAGCACTGATACCATACCCAGAACCTTATCAGACTGAATTTCAGCAA AGACGATTGGGAGCTTTAGGTCTCGAGTGGCGCCCGTCATCACTAAGGCTTGCTGTTGGTCCTGACTTCAGTTTGGATCC CGATTTTCATATGCTTCCATTGGCAGACTTGGATGTGCTTACAGAACCATTACCAGAGTTTATAGATGCTATGGATTGGG AGCCTGAAATTGAAGTCTTTAGTGATGATGCTGATTCAGAATATAATTTCACTGAAGATTGCTCTTCTCGGGGTGAGAAA GGATGTTCAAGCTCCAGTGACTCTGGTGATCCAGAGTGCAGCACAGATAACAGTGAAGAGGAGGACATTCACATGGATAG CATTCGTAGATCGAAGAGAAAAAAACAGAAGAATGAAACTGAGATTATGACTTCTTCTGGGAGACGTGTGAAAAGGAGGA ATTTGGATGAGTGTGATGGCAATACTTTCAGCAGTAACCGAAATAGGAAGGGAAAAAGTGTCCAGAAAACTTCAAGGAGG AAATCTTCTAAGTCAAAATCTTCCAGACCTCAAAGAGCCGCGGCACGCAATGCTCTGCATTTATTTTCCAAAATTACGGG TGCACCAACAGATGGAGAAGATAGTTTGCTTGGTGATTTTTCAGATAGTGAGTCAACGTTGCAAGAGTCTAATATTGACA GTGATGAATCTGGTAGAGCTTCACAGAATGACCAACTGAATTGTTCCAAGGGAAAAGAAGTATTATTGTCTGAATCACAG GACACAAAATCTCATGAGTTAACTGAGACTCATGTGAATGCAGTGAACCGGAGGAGATTGGTTCTCAAGTTTCCAATTCG TGATTCATCTCAACCCATGCATGAGTTTGACAAGCAGGATGGATTGGTTGGTTCATCATCAAAAACTGCTGATTTAAGTA GGAACAGACCAAGTTCTCAGGATCCTGAGTATTATTTTGGCAATGGAAGCAATGAAACAATTGAAAGAAATCATCAACTA AACCTAGGCCAGGAAGCAGACGACGTGGACTTACTAGGAAAAATTAGATGGGGAGTGGTTAGGCCTCGTTCATCTAAACT TCTTAGAGTGAGAGAAGCTGTGCCATCAGAGGCAAATGCCAACTCTGTAAAATGTCCTAATCAACTCGATGAAAAAGAAA ATGGTGGTACTGGGCTCGAGAAGGAGAACAAGGACTTTAGTACATCAACCCTTGCTTTAGAAATTCAGAATGATGATGAT AAGGTAGATAACTTGACCGATAACAGCGGAAATTGTGTCAGCACTTCTTCACAGCTTTTTAATCCTGCTGAGAATGGAGA AGTGCTCACTGCTTCCAGCAATTGCAGGGATAAAGATGAATCACTAGTTAATGCAAGCATGATTCCTCAGGATACTATTC CTGCTTTCGTCACCCATGAGGCTGACCAACTACCTGAACCAAATATTGGTTTTCCTTCTGTTTCAACAAAGCTAAGGTCT AAAAGGGGTTCACGGGATGGTGAAAGTCCATCCAAGCATGAGACAAAATCTTCAGTGCTAAAGAATAGTGCATGTAGCAC TAATGCTGATAATAATTTGAACAACGAACACCATATCGTTGTGGTTGAGGATGGCAACAATAATAGAGTAACATCTAATC AGGGAGAAAATGGTTCTCCAGAAGATGCTCAGGTTAAACAAATTAGTACTTCCCATGATTCACTAGAGCCACGTCCAAAT AGAGATAAAATGTATAAAGCTGTTTATAGAAGATCAAGATCACATAAGGCTGTGAATAATTTAGCTGATGGAAGTGTCTT GGGAGAATCCACTTCAAATGGTAGCAACAGTAATTCCAATGTGGCTGTGGGCTTAAGTAATGGCACAAATGAAGCTCTGC ATACCAGTGGTTCCTTAGAGTTGGAAACAGCTACTTGTGACGCAAATAATGAGCGGAATAATTTCAAAGTGCAGCAAGGA CATGAATCTTGTATGGTTAGAAGCCCACAGAATGCTTCTACAAGCAGAGGACAACTCACAGAAGAAGAAAGGGGACGTAG TTCAAAATTGACTGTTGGTTTGAGGTCCACCAGGAGTCGGAGGTCTAGTTATAATATTCGGGAGACTAGTCCTGTAAATA TTAAAAAACCGACACAATCAGCTTCCAAAGGGTCATGGTTGCTGTTATCGACGCATGAGGAAGGATGCAGATATATTCCA CAACAGGGAGATGAAGTTGTATATTTGAGACAGGGACACCAGGAGTATATAGATTATCTCCGTAAAAGAGAATCGGGGCC TTGGATATTGCTCAAGGGACATATAAGAGCTGTAGAATATTGTAGAGTTCAAAGCCTTGAGTATTCTCATGTTCCAGGGT CTGGTGATAGCTGCTGCAAAATGACCCTTCAGTTTGTAGATCCTGATTCAAGTGTTGTTGGCAAATCTTTTAAATTAACC CTACCTGAAGTGACCGGTTTCCCAGATTTTCTTGTTGAGAGAACTAGGTTTGATGCTGCCATGCAAAGAAACTGGACCCG GAGGGATAAATGCAGGGTTTGGTGGAAGAATGAGGACAATTCCTCCGGTAGTTGGTGGGATGGTCGAATTCTGTGGGACA AAGCCAAGTCTCCTGAATTTCCAGACAGTCCATGGGAGAGGTATAATGTTCGGTACAAGAGTGACCTCTCTGAAACACAT TTGCACAGTCCTTGGGAGCTTTTTGATGCTGATACTCAATGGGAACAGCCTCACATTGATGATAACAGTCGAAATAAACT GCTATCTTCTCTGACCAAATTACAGCAGTCAGGCAACACTGCGCAGGATCGTTATGGGTTGCGTGAATTGAAGAAAATTT CAACCAAGTCAAAATTTATAAACAGGTTTCCTGTTCCTCTGTCTCTTGAATTGATACTGTCAAGGTTGGAAAACAATTAC TACCGTAGTTTGGAGGCAATGAAGCACGATGTCTCCGTTCTAGTGTCAAATGCGACCTCTTTTCTTGAAAAGGACGCAGA CATGTCCGCGAAAATCAAACGCCTATCAGAATGGTTCACCCGGACCTTATCATCTTCATAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0257200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDKKMALQKYVPSGDAPTVNMKRLSFSTKGAEKTQLNVANQNHNMNVDVDLREVYFLILHFLSAGPCHKTCLQFWNELLE HELLPRRYHSWYSRSGACSGNADDDGLSFPLSYDKLVERYPHIEKDHLVKLLKQLLNTASPSLGMSTRNAPNAADVPTLL GRGSFSLLSYDRDKMNEEAKRPAAYMRWPHMKANQVHGLNLREIGGGFPRHHRAPSIRAACYAIAKPSTMVQKMQNIKRT RGHRNAVYCAILDRSGRYVITGSDDRLVKIWSMETAYCLASCRGHDGDITDLAVSSNNALVASSSNDCVIRVWRLPDGLP ISILRGHTGAVTAIAFSPRPNAVYQLLSSSDDGTCRIWDARHTQSVPRLYVPRPPDSLGKSSGPSSSTFPQSHQIFCCAF NANGTVFVTGSSDNLARVWNACKFSVDDADQPNHELDMLSGHENDVNYVQFSGCAVASRFSAAETLKEENIPKFKNSWLN HDNIVTCSRDGSAIIWIPKSRRSHGKSGRWTRAYHLRVPPPPMPPQPQRGGPRQRILPTPRGVNMIVWSLDNRFVLAAIM DCRICVWNASDGSLVHSLTGHTESTYVLDVHPFNPRIAMSAGYDGRTIVWDIWEGKPIRIYEISHFKLVDGKFSPDGTSI ILSDDVGQLYILSTGQGESQKDAKYDQFFLGDYRPLIQDTHGNVLDQETQIVPYRRNLQDLLCDSALIPYPEPYQTEFQQ RRLGALGLEWRPSSLRLAVGPDFSLDPDFHMLPLADLDVLTEPLPEFIDAMDWEPEIEVFSDDADSEYNFTEDCSSRGEK GCSSSSDSGDPECSTDNSEEEDIHMDSIRRSKRKKQKNETEIMTSSGRRVKRRNLDECDGNTFSSNRNRKGKSVQKTSRR KSSKSKSSRPQRAAARNALHLFSKITGAPTDGEDSLLGDFSDSESTLQESNIDSDESGRASQNDQLNCSKGKEVLLSESQ DTKSHELTETHVNAVNRRRLVLKFPIRDSSQPMHEFDKQDGLVGSSSKTADLSRNRPSSQDPEYYFGNGSNETIERNHQL NLGQEADDVDLLGKIRWGVVRPRSSKLLRVREAVPSEANANSVKCPNQLDEKENGGTGLEKENKDFSTSTLALEIQNDDD KVDNLTDNSGNCVSTSSQLFNPAENGEVLTASSNCRDKDESLVNASMIPQDTIPAFVTHEADQLPEPNIGFPSVSTKLRS KRGSRDGESPSKHETKSSVLKNSACSTNADNNLNNEHHIVVVEDGNNNRVTSNQGENGSPEDAQVKQISTSHDSLEPRPN RDKMYKAVYRRSRSHKAVNNLADGSVLGESTSNGSNSNSNVAVGLSNGTNEALHTSGSLELETATCDANNERNNFKVQQG HESCMVRSPQNASTSRGQLTEEERGRSSKLTVGLRSTRSRRSSYNIRETSPVNIKKPTQSASKGSWLLLSTHEEGCRYIP QQGDEVVYLRQGHQEYIDYLRKRESGPWILLKGHIRAVEYCRVQSLEYSHVPGSGDSCCKMTLQFVDPDSSVVGKSFKLT LPEVTGFPDFLVERTRFDAAMQRNWTRRDKCRVWWKNEDNSSGSWWDGRILWDKAKSPEFPDSPWERYNVRYKSDLSETH LHSPWELFDADTQWEQPHIDDNSRNKLLSSLTKLQQSGNTAQDRYGLRELKKISTKSKFINRFPVPLSLELILSRLENNY YRSLEAMKHDVSVLVSNATSFLEKDADMSAKIKRLSEWFTRTLSSS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
PANTHER | 12 | 1725 | 1714 | 0.0 | – | |
PANTHER | 12 | 1725 | 1714 | 0.0 | – | |
Gene3D | 219 | 386 | 168 | 3.7E-39 | ||
SUPERFAMILY | 232 | 654 | 423 | 2.84E-66 | ||
SMART | 233 | 272 | 40 | 5.5E-6 | ||
Pfam | 235 | 272 | 38 | 2.5E-5 | ||
ProSiteProfiles | 240 | 281 | 42 | 13.717 | ||
ProSiteProfiles | 240 | 429 | 190 | 32.72 | ||
CDD | 241 | 611 | 371 | 2.29884E-52 | – | |
SMART | 275 | 314 | 40 | 2.9E-8 | ||
Pfam | 278 | 313 | 36 | 4.3E-7 | ||
ProSiteProfiles | 282 | 323 | 42 | 12.046 | ||
SMART | 317 | 359 | 43 | 2.5E-8 | ||
Pfam | 320 | 359 | 40 | 1.3E-6 | ||
ProSiteProfiles | 324 | 368 | 45 | 13.516 | ||
ProSitePatterns | 346 | 360 | 15 | - | ||
SMART | 382 | 420 | 39 | 2.0E-5 | ||
ProSiteProfiles | 388 | 420 | 33 | 9.907 | ||
Gene3D | 389 | 522 | 134 | 6.3E-13 | ||
Pfam | 392 | 420 | 29 | 0.0081 | ||
SMART | 432 | 497 | 66 | 1.7 | ||
SMART | 530 | 568 | 39 | 4.1 | ||
Gene3D | 533 | 667 | 135 | 4.7E-19 | ||
ProSiteProfiles | 536 | 620 | 85 | 13.58 | ||
ProSitePatterns | 555 | 569 | 15 | - | ||
SMART | 571 | 611 | 41 | 7.5E-5 | ||
Pfam | 572 | 611 | 40 | 0.15 | ||
ProSiteProfiles | 578 | 620 | 43 | 9.038 | ||
ProSitePatterns | 598 | 612 | 15 | - | ||
MobiDBLite | 790 | 948 | 159 | - | – | |
MobiDBLite | 796 | 812 | 17 | - | – | |
MobiDBLite | 818 | 858 | 41 | - | – | |
MobiDBLite | 872 | 887 | 16 | - | – | |
MobiDBLite | 919 | 948 | 30 | - | – | |
MobiDBLite | 991 | 1024 | 34 | - | – | |
MobiDBLite | 1002 | 1024 | 23 | - | – | |
MobiDBLite | 1077 | 1106 | 30 | - | – | |
MobiDBLite | 1183 | 1279 | 97 | - | – | |
MobiDBLite | 1199 | 1215 | 17 | - | – | |
MobiDBLite | 1216 | 1235 | 20 | - | – | |
MobiDBLite | 1245 | 1274 | 30 | - | – | |
MobiDBLite | 1304 | 1329 | 26 | - | – | |
MobiDBLite | 1361 | 1378 | 18 | - | – | |
MobiDBLite | 1361 | 1404 | 44 | - | – | |
MobiDBLite | 1390 | 1404 | 15 | - | – | |
CDD | 1598 | 1726 | 129 | 1.68659E-48 | – | |
Gene3D | 1648 | 1725 | 78 | 4.0E-8 | ||
SUPERFAMILY | 1663 | 1723 | 61 | 3.79E-8 | ||
Pfam | 1664 | 1711 | 48 | 1.6E-6 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0257200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…