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LotjaGi6g1v0257200.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0257200
Transcript ID LotjaGi6g1v0257200.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description WD-repeat protein, putative; TAIR: AT5G49430.1 WD40/YVTN repeat and Bromo-WDR9-I-like domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9NSI6|BRWD1_HUMAN Bromodomain and WD repeat-containing protein 1; TrEMBL-Plants: tr|K7MBB5|K7MBB5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0257200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:56998472..57015486) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTACTACTACCTTCTCCATTCCGTGCTTCCCCATTCTGTTGTTCTCCACACTGAAAAACCAGAGAACCATGTCATGCCAC TGCACCGTGCTCCCTCCATGAATCTCAATTCACATTCCCGAACGTGATTCCAAATCAACGCCGCTTTCACAATCTCAACT TCCCCAGCCCAAACCACCACCGTTACTCTGCTTCGAGTCTCAATCCAAAGGCCTCAAGGTAAAACAATCACCAACCATAG TCCTGTTTATCGTTACGCGAATTCAGTCCCGTTCGTGGCGCGTTTCGTTGAATCAATAAATTGATTTTGTTTTACAATTT GGATTTTCGGTTTTTTGTATATCAGGGATTGCCATTGGTGTTGTTTTCTGCGCGTGTTGGATTTTCTTTCATTGGCATTG TGTGGAGGATTTTACTGCGTGTTGCGGTTGGTTGTCGCGGTTGTGAACGCTTCGCGCATTGAATTTAGGGTTTGTGTTTG TAATGGTGCAGAGGAATGTGTGATGAATTGTCTGGAGGGTCAGAGTTTTGGTGTTCTGGATACTGCTTATTTGGTTTAAT CTGTCACTCATGGATAAGTAATGTTATTCAATTTTTTATATTACGCTTTGGAATTTTGTTCTGTGTTTTTCTGTTTGCAT GCTTGCTACATTGATATATGATTGCTATCAACAAAATTTGAAACTAAACATGGGGGGATATTTGTTTAGGCAAGAACTTT AGCTGATTTTAGATCTGATTTCTGAAAGGTAGATCATAGTTTGTGGTTTCTCTCGATGACCCTAGGTACCGCATACTGAA TTCACCACCCCGTGTAATACTAGGTTCACATTATAGTAATAAAACCGTGTACCTGTACCCGTACCTTGACACAGAAGATA TGTTGGTAGGAAAGCTGAGCTAAGGACAACACTCTACATTCCTCGTAACAAATAGAGGGGCGTATCCCGTTAATCTCAGG 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0257200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATAAGAAAATGGCTTTGCAGAAGTATGTTCCTTCTGGTGATGCACCTACTGTTAACATGAAACGTTTGAGTTTTTC CACTAAGGGGGCTGAGAAAACTCAGCTTAATGTGGCAAACCAGAATCATAACATGAATGTGGATGTTGACCTTAGGGAAG TTTATTTTCTCATTCTGCACTTCCTTTCTGCTGGGCCATGTCATAAAACTTGTTTACAATTTTGGAATGAGCTTCTTGAG CATGAACTTTTGCCTAGAAGGTATCATTCTTGGTATTCAAGGAGTGGGGCATGTAGTGGAAATGCAGATGATGATGGTTT ATCATTCCCTTTAAGTTATGATAAGTTGGTGGAGAGGTATCCTCACATTGAAAAGGACCACTTAGTAAAGCTTTTGAAAC AGTTATTAAATACAGCCTCTCCATCGCTGGGCATGAGCACCAGAAATGCTCCAAATGCAGCCGATGTACCTACTCTTCTT GGAAGGGGCTCATTTTCACTTCTGAGCTATGACAGGGATAAAATGAATGAAGAAGCCAAACGACCGGCTGCTTATATGCG CTGGCCTCATATGAAAGCCAATCAGGTTCATGGGCTCAATTTGAGGGAAATTGGGGGTGGTTTCCCCAGACACCACCGTG CACCTTCTATACGTGCTGCATGCTATGCCATAGCAAAACCTTCTACCATGGTACAGAAGATGCAAAATATCAAGAGGACA AGAGGACACCGCAATGCTGTGTATTGTGCTATATTAGATCGATCAGGAAGATATGTAATTACTGGTTCAGATGATCGACT TGTAAAAATTTGGTCAATGGAAACTGCATATTGTTTGGCCAGTTGCCGTGGACACGACGGTGACATCACAGACTTGGCTG TGAGTTCCAACAATGCTTTGGTTGCATCCTCATCAAATGACTGTGTCATTCGAGTTTGGCGGTTGCCAGATGGATTGCCA ATATCAATTTTACGGGGACATACTGGAGCTGTTACAGCCATAGCATTTAGTCCCAGACCTAATGCTGTTTACCAGCTTTT ATCTTCATCTGATGACGGCACTTGTAGGATATGGGATGCAAGGCACACTCAATCAGTTCCAAGATTATATGTTCCAAGGC CTCCTGATTCTCTTGGGAAGAGCAGTGGCCCATCTTCAAGTACTTTTCCGCAGAGCCATCAGATTTTTTGCTGTGCATTT AATGCTAATGGAACTGTCTTTGTCACTGGTAGTTCTGACAATCTTGCTCGGGTCTGGAATGCTTGTAAATTTAGTGTGGA TGATGCTGACCAACCAAATCACGAGTTAGATATGCTATCAGGGCATGAAAATGATGTGAATTATGTGCAATTCAGTGGAT GTGCAGTAGCATCTAGATTTTCCGCAGCAGAAACTTTGAAGGAGGAAAATATACCCAAATTTAAGAATTCATGGTTGAAT CACGACAACATAGTTACCTGCTCTCGTGATGGGAGTGCTATTATATGGATTCCAAAATCACGCAGGTCACATGGAAAAAG TGGTCGCTGGACTCGGGCATATCATTTGAGAGTTCCACCTCCACCTATGCCTCCTCAACCTCAGAGAGGTGGTCCTCGTC AGAGAATTCTACCAACTCCACGTGGTGTAAATATGATTGTTTGGAGCCTAGACAACCGCTTCGTCCTTGCAGCTATTATG GATTGCAGAATTTGTGTTTGGAATGCTTCTGATGGCAGCTTAGTACACTCGTTGACTGGACATACCGAGTCTACATATGT TCTGGATGTTCATCCTTTTAATCCGCGGATCGCTATGAGTGCTGGATATGATGGAAGAACTATTGTGTGGGATATATGGG AAGGCAAGCCTATCCGAATATATGAGATATCGCATTTCAAGTTAGTGGATGGGAAGTTTTCTCCGGATGGGACATCAATT ATACTTTCAGATGATGTTGGTCAACTTTATATATTAAGCACAGGTCAAGGTGAGTCCCAGAAAGATGCCAAATATGATCA GTTCTTTCTTGGTGATTATCGACCTCTCATTCAAGATACCCATGGTAATGTACTTGACCAGGAAACTCAAATTGTTCCAT ATCGACGGAATCTGCAAGATTTGCTCTGTGATTCAGCACTGATACCATACCCAGAACCTTATCAGACTGAATTTCAGCAA AGACGATTGGGAGCTTTAGGTCTCGAGTGGCGCCCGTCATCACTAAGGCTTGCTGTTGGTCCTGACTTCAGTTTGGATCC CGATTTTCATATGCTTCCATTGGCAGACTTGGATGTGCTTACAGAACCATTACCAGAGTTTATAGATGCTATGGATTGGG AGCCTGAAATTGAAGTCTTTAGTGATGATGCTGATTCAGAATATAATTTCACTGAAGATTGCTCTTCTCGGGGTGAGAAA GGATGTTCAAGCTCCAGTGACTCTGGTGATCCAGAGTGCAGCACAGATAACAGTGAAGAGGAGGACATTCACATGGATAG CATTCGTAGATCGAAGAGAAAAAAACAGAAGAATGAAACTGAGATTATGACTTCTTCTGGGAGACGTGTGAAAAGGAGGA ATTTGGATGAGTGTGATGGCAATACTTTCAGCAGTAACCGAAATAGGAAGGGAAAAAGTGTCCAGAAAACTTCAAGGAGG AAATCTTCTAAGTCAAAATCTTCCAGACCTCAAAGAGCCGCGGCACGCAATGCTCTGCATTTATTTTCCAAAATTACGGG TGCACCAACAGATGGAGAAGATAGTTTGCTTGGTGATTTTTCAGATAGTGAGTCAACGTTGCAAGAGTCTAATATTGACA GTGATGAATCTGGTAGAGCTTCACAGAATGACCAACTGAATTGTTCCAAGGGAAAAGAAGTATTATTGTCTGAATCACAG GACACAAAATCTCATGAGTTAACTGAGACTCATGTGAATGCAGTGAACCGGAGGAGATTGGTTCTCAAGTTTCCAATTCG TGATTCATCTCAACCCATGCATGAGTTTGACAAGCAGGATGGATTGGTTGGTTCATCATCAAAAACTGCTGATTTAAGTA GGAACAGACCAAGTTCTCAGGATCCTGAGTATTATTTTGGCAATGGAAGCAATGAAACAATTGAAAGAAATCATCAACTA AACCTAGGCCAGGAAGCAGACGACGTGGACTTACTAGGAAAAATTAGATGGGGAGTGGTTAGGCCTCGTTCATCTAAACT TCTTAGAGTGAGAGAAGCTGTGCCATCAGAGGCAAATGCCAACTCTGTAAAATGTCCTAATCAACTCGATGAAAAAGAAA ATGGTGGTACTGGGCTCGAGAAGGAGAACAAGGACTTTAGTACATCAACCCTTGCTTTAGAAATTCAGAATGATGATGAT AAGGTAGATAACTTGACCGATAACAGCGGAAATTGTGTCAGCACTTCTTCACAGCTTTTTAATCCTGCTGAGAATGGAGA AGTGCTCACTGCTTCCAGCAATTGCAGGGATAAAGATGAATCACTAGTTAATGCAAGCATGATTCCTCAGGATACTATTC CTGCTTTCGTCACCCATGAGGCTGACCAACTACCTGAACCAAATATTGGTTTTCCTTCTGTTTCAACAAAGCTAAGGTCT AAAAGGGGTTCACGGGATGGTGAAAGTCCATCCAAGCATGAGACAAAATCTTCAGTGCTAAAGAATAGTGCATGTAGCAC TAATGCTGATAATAATTTGAACAACGAACACCATATCGTTGTGGTTGAGGATGGCAACAATAATAGAGTAACATCTAATC AGGGAGAAAATGGTTCTCCAGAAGATGCTCAGGTTAAACAAATTAGTACTTCCCATGATTCACTAGAGCCACGTCCAAAT AGAGATAAAATGTATAAAGCTGTTTATAGAAGATCAAGATCACATAAGGCTGTGAATAATTTAGCTGATGGAAGTGTCTT GGGAGAATCCACTTCAAATGGTAGCAACAGTAATTCCAATGTGGCTGTGGGCTTAAGTAATGGCACAAATGAAGCTCTGC ATACCAGTGGTTCCTTAGAGTTGGAAACAGCTACTTGTGACGCAAATAATGAGCGGAATAATTTCAAAGTGCAGCAAGGA CATGAATCTTGTATGGTTAGAAGCCCACAGAATGCTTCTACAAGCAGAGGACAACTCACAGAAGAAGAAAGGGGACGTAG TTCAAAATTGACTGTTGGTTTGAGGTCCACCAGGAGTCGGAGGTCTAGTTATAATATTCGGGAGACTAGTCCTGTAAATA TTAAAAAACCGACACAATCAGCTTCCAAAGGGTCATGGTTGCTGTTATCGACGCATGAGGAAGGATGCAGATATATTCCA CAACAGGGAGATGAAGTTGTATATTTGAGACAGGGACACCAGGAGTATATAGATTATCTCCGTAAAAGAGAATCGGGGCC TTGGATATTGCTCAAGGGACATATAAGAGCTGTAGAATATTGTAGAGTTCAAAGCCTTGAGTATTCTCATGTTCCAGGGT CTGGTGATAGCTGCTGCAAAATGACCCTTCAGTTTGTAGATCCTGATTCAAGTGTTGTTGGCAAATCTTTTAAATTAACC CTACCTGAAGTGACCGGTTTCCCAGATTTTCTTGTTGAGAGAACTAGGTTTGATGCTGCCATGCAAAGAAACTGGACCCG GAGGGATAAATGCAGGGTTTGGTGGAAGAATGAGGACAATTCCTCCGGTAGTTGGTGGGATGGTCGAATTCTGTGGGACA AAGCCAAGTCTCCTGAATTTCCAGACAGTCCATGGGAGAGGTATAATGTTCGGTACAAGAGTGACCTCTCTGAAACACAT TTGCACAGTCCTTGGGAGCTTTTTGATGCTGATACTCAATGGGAACAGCCTCACATTGATGATAACAGTCGAAATAAACT GCTATCTTCTCTGACCAAATTACAGCAGTCAGGCAACACTGCGCAGGATCGTTATGGGTTGCGTGAATTGAAGAAAATTT CAACCAAGTCAAAATTTATAAACAGGTTTCCTGTTCCTCTGTCTCTTGAATTGATACTGTCAAGGTTGGAAAACAATTAC TACCGTAGTTTGGAGGCAATGAAGCACGATGTCTCCGTTCTAGTGTCAAATGCGACCTCTTTTCTTGAAAAGGACGCAGA CATGTCCGCGAAAATCAAACGCCTATCAGAATGGTTCACCCGGACCTTATCATCTTCATAG 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0257200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDKKMALQKYVPSGDAPTVNMKRLSFSTKGAEKTQLNVANQNHNMNVDVDLREVYFLILHFLSAGPCHKTCLQFWNELLE HELLPRRYHSWYSRSGACSGNADDDGLSFPLSYDKLVERYPHIEKDHLVKLLKQLLNTASPSLGMSTRNAPNAADVPTLL GRGSFSLLSYDRDKMNEEAKRPAAYMRWPHMKANQVHGLNLREIGGGFPRHHRAPSIRAACYAIAKPSTMVQKMQNIKRT RGHRNAVYCAILDRSGRYVITGSDDRLVKIWSMETAYCLASCRGHDGDITDLAVSSNNALVASSSNDCVIRVWRLPDGLP ISILRGHTGAVTAIAFSPRPNAVYQLLSSSDDGTCRIWDARHTQSVPRLYVPRPPDSLGKSSGPSSSTFPQSHQIFCCAF NANGTVFVTGSSDNLARVWNACKFSVDDADQPNHELDMLSGHENDVNYVQFSGCAVASRFSAAETLKEENIPKFKNSWLN HDNIVTCSRDGSAIIWIPKSRRSHGKSGRWTRAYHLRVPPPPMPPQPQRGGPRQRILPTPRGVNMIVWSLDNRFVLAAIM DCRICVWNASDGSLVHSLTGHTESTYVLDVHPFNPRIAMSAGYDGRTIVWDIWEGKPIRIYEISHFKLVDGKFSPDGTSI ILSDDVGQLYILSTGQGESQKDAKYDQFFLGDYRPLIQDTHGNVLDQETQIVPYRRNLQDLLCDSALIPYPEPYQTEFQQ RRLGALGLEWRPSSLRLAVGPDFSLDPDFHMLPLADLDVLTEPLPEFIDAMDWEPEIEVFSDDADSEYNFTEDCSSRGEK GCSSSSDSGDPECSTDNSEEEDIHMDSIRRSKRKKQKNETEIMTSSGRRVKRRNLDECDGNTFSSNRNRKGKSVQKTSRR KSSKSKSSRPQRAAARNALHLFSKITGAPTDGEDSLLGDFSDSESTLQESNIDSDESGRASQNDQLNCSKGKEVLLSESQ DTKSHELTETHVNAVNRRRLVLKFPIRDSSQPMHEFDKQDGLVGSSSKTADLSRNRPSSQDPEYYFGNGSNETIERNHQL NLGQEADDVDLLGKIRWGVVRPRSSKLLRVREAVPSEANANSVKCPNQLDEKENGGTGLEKENKDFSTSTLALEIQNDDD KVDNLTDNSGNCVSTSSQLFNPAENGEVLTASSNCRDKDESLVNASMIPQDTIPAFVTHEADQLPEPNIGFPSVSTKLRS KRGSRDGESPSKHETKSSVLKNSACSTNADNNLNNEHHIVVVEDGNNNRVTSNQGENGSPEDAQVKQISTSHDSLEPRPN RDKMYKAVYRRSRSHKAVNNLADGSVLGESTSNGSNSNSNVAVGLSNGTNEALHTSGSLELETATCDANNERNNFKVQQG HESCMVRSPQNASTSRGQLTEEERGRSSKLTVGLRSTRSRRSSYNIRETSPVNIKKPTQSASKGSWLLLSTHEEGCRYIP QQGDEVVYLRQGHQEYIDYLRKRESGPWILLKGHIRAVEYCRVQSLEYSHVPGSGDSCCKMTLQFVDPDSSVVGKSFKLT LPEVTGFPDFLVERTRFDAAMQRNWTRRDKCRVWWKNEDNSSGSWWDGRILWDKAKSPEFPDSPWERYNVRYKSDLSETH LHSPWELFDADTQWEQPHIDDNSRNKLLSSLTKLQQSGNTAQDRYGLRELKKISTKSKFINRFPVPLSLELILSRLENNY YRSLEAMKHDVSVLVSNATSFLEKDADMSAKIKRLSEWFTRTLSSS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 12 1725 1714 0.0
PANTHER 12 1725 1714 0.0
Gene3D 219 386 168 3.7E-39
SUPERFAMILY 232 654 423 2.84E-66
SMART 233 272 40 5.5E-6
Pfam 235 272 38 2.5E-5
ProSiteProfiles 240 281 42 13.717
ProSiteProfiles 240 429 190 32.72
CDD 241 611 371 2.29884E-52
SMART 275 314 40 2.9E-8
Pfam 278 313 36 4.3E-7
ProSiteProfiles 282 323 42 12.046
SMART 317 359 43 2.5E-8
Pfam 320 359 40 1.3E-6
ProSiteProfiles 324 368 45 13.516
ProSitePatterns 346 360 15 -
SMART 382 420 39 2.0E-5
ProSiteProfiles 388 420 33 9.907
Gene3D 389 522 134 6.3E-13
Pfam 392 420 29 0.0081
SMART 432 497 66 1.7
SMART 530 568 39 4.1
Gene3D 533 667 135 4.7E-19
ProSiteProfiles 536 620 85 13.58
ProSitePatterns 555 569 15 -
SMART 571 611 41 7.5E-5
Pfam 572 611 40 0.15
ProSiteProfiles 578 620 43 9.038
ProSitePatterns 598 612 15 -
MobiDBLite 790 948 159 -
MobiDBLite 796 812 17 -
MobiDBLite 818 858 41 -
MobiDBLite 872 887 16 -
MobiDBLite 919 948 30 -
MobiDBLite 991 1024 34 -
MobiDBLite 1002 1024 23 -
MobiDBLite 1077 1106 30 -
MobiDBLite 1183 1279 97 -
MobiDBLite 1199 1215 17 -
MobiDBLite 1216 1235 20 -
MobiDBLite 1245 1274 30 -
MobiDBLite 1304 1329 26 -
MobiDBLite 1361 1378 18 -
MobiDBLite 1361 1404 44 -
MobiDBLite 1390 1404 15 -
CDD 1598 1726 129 1.68659E-48
Gene3D 1648 1725 78 4.0E-8
SUPERFAMILY 1663 1723 61 3.79E-8
Pfam 1664 1711 48 1.6E-6

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0257200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…