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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0099700 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0099700.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Photosystem I assembly protein Ycf3; TAIR: AT3G11540.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|O82039|SPY_PETHY Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY; TrEMBL-Plants: tr|A0A151U3N8|A0A151U3N8_CAJCA Putative UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY; Found in the gene: LotjaGi5g1v0099700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:17927738..17943832) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTGAAAACAGTAAGTAGATATAGGATTTTTTTGATTTTTTTTTTGTGCAAATAAATCAGGCTTGGTATTGTATTATGATC TGAGTGAAAGATTATCATGTGTGTAATATGCTTTTATTGGTTTATGGTTAGAAAAAGTGTGTTCCAGATGGCATGGATGG AAGATAGTGATGGGAAAGAGAAGGAGTTAGCGGGAGAAAATGGTTTCCTGAAAGTGTCAGAGGCTTCTATCAGTTCTAGT GGCTCTGCTGGGGATGTTGATTCTGCGCCCAACCAGGGATGCGAAGGGAAAGGCGATCTTTCTTATGCGAATATTTTACG CTCAAGGAACAAGTTTGTGGACTCTCTTGCAATGTATGAGCGTGTTCTGGAGACTGATAATGGAAATGTGGAGGCTCTCA TTGGGAAAGGGATATGCCTGCAGATGCAGAATATGGGTAGGCTTGCTTTTGACAGTTTTTCTGAGGCTATCAAGTTGGAT CCTCAAAATGCTTGTGCTCTCACACATTGTGGTATTCTGTACAAAGAAGAAGGTCGCTTGATGGAGGCAGCTGAGGTATG TTGGTGCCAGATGAGTAGCTTTTATGATGTGATAGGATGTCATTTTTTGTTTCTTAATTCCATTTGTAGATGATGCAAAG TGCTTTAGCCGCGTACTGCACTTTTCTTATGTGATGTTGGTACCAAGAACCAGATTTAGAGAGAAAAAAAAGTAATTTGT TTTTGATTTTCTACCTGAATACAAGTGATGCTCTCTTAATATATAGTGTAAGAGAAGCTTGCACAACAAGATGAATACAG GAACTGATTCTAATTGAATGAACAAAACAGTTATAAACTAATTCAGTAACTAACATATAGCTGGAACAACCAGCTGGCAG TATAGCTAACTAACTCTATTTTCTAATAGCTTGTATTTATCTAACTTAATGATGATGATAGATTTATTTGTTGATTCCAT 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TACAATTGATTACAGAATCACTGATTCACTGGCAGACTCTCCCGAAACAAAGCAGAAGTAGATCTCTTGAATTTCTGTAC TTTCTTGTTATTGATCTGTACTAGAGCACTTCTTTTATGCTACTCTTATTGTAGAATGTTTTCTAATGGTATGTTTCCAA AATCATAGGCATGTTGAAGAGTTAGTGCGATTACCGGATAGCTTCCTTTGTTACACTCCTTCTCCTGAGGCTGGTCCTGT TTGTCCAACTCCTGCTCTTTCCAATGGCTTCGTTACATTTGGCAGTTTTAACAATCTTGCCAAGGTAGTGATTGTGCTCA GTATATTATGCAGTCTGTTTTTCTCAGAACAAACTGCAAAAGATATATCATGTATCCCCTGACGCATGCTGTTTATTTCA TCAGATTACACCTAAAGTAATGAAGGTCTGGGCAAGGATACTTTGTGCAATTCCAAATTCTCGTCTAGTGGTAAAATGTA AACCATTTTGCTGTGATAGCGTGCGTCAGAGATTTCTTTCAACGCTAGAGCAGTTAGGTTTGGAACCACTGCGTGTTGAT CTTCTGCCCCTTATTCTTCTTAACCACGATCATATGCAAGCATATTCTCTGATGGACATCAGGTAATTTTCAATTGTGGT TTTTAGTTATTTTTATGGTTCTGCATGAGCTCATATTTTGTTATTCATACATATTTTGATTTTGTGTTGTCTAGGTGTCT TGTTATCTTGTTTAG
CDS sequence (LotjaGi5g1v0099700.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCATGGATGGAAGATAGTGATGGGAAAGAGAAGGAGTTAGCGGGAGAAAATGGTTTCCTGAAAGTGTCAGAGGCTTC TATCAGTTCTAGTGGCTCTGCTGGGGATGTTGATTCTGCGCCCAACCAGGGATGCGAAGGGAAAGGCGATCTTTCTTATG CGAATATTTTACGCTCAAGGAACAAGTTTGTGGACTCTCTTGCAATGTATGAGCGTGTTCTGGAGACTGATAATGGAAAT GTGGAGGCTCTCATTGGGAAAGGGATATGCCTGCAGATGCAGAATATGGGTAGGCTTGCTTTTGACAGTTTTTCTGAGGC TATCAAGTTGGATCCTCAAAATGCTTGTGCTCTCACACATTGTGGTATTCTGTACAAAGAAGAAGGTCGCTTGATGGAGG CAGCTGAGTCATATCAAAAGGCTTTACGAGCAGATCCTTCGTACAAAGCAGCTGCTGAATGCTTAGCCATTGTTTTAACG GATATTGGTACCAACATAAAGCTTGCAGGAAACACTCAGGAGGGAATTCAAAAATATTTTGAAGCTCTCAAAATAGATCC ACACTATGCTCCAGCATATTATAACCTTGGTGTGGTCTATTCCGAAATGATGCAATATGACATGGCTCTCACTTTCTATG AAAAGGCTGCATTAGAGAGGCCTATGTATGCTGAAGCATATTGCAACATGGGTGTGATTTATAAAAATCGTAGTGATTTG GAAGCGGCTATTACTTGTTATGAGAGGTGTTTAGCTGTTTCACCTAACTTTGAAATTGCAAAGAATAATATGGCTATAGC TTTGACAGATTTGGGAACAAAGGTTAAATTGGAAGGTGACATCAACCGAGGTGTGGCTTTTTATAAGAAAGCTTTGTATT ACAACTGGCATTATGCTGATGCTATGTATAATCTTGGGGTTGCTTATGGTGAGATGCTTAAGTTTGATATGGCAATTGTG TTCTATGAACTTGCCTTCCACTTCAATCCTCATTGTGCGGAAGCTTGTAATAATCTAGGCGTTATATATAAAGATCATGA CAACCTTGATAAAGCTGTAGAATGTTACCAGCTTGCTTTGTCAATCAAACCTAACTTTTCGCAGTCATTAAACAACCTTG GTGTTGTATACACTGTACAGGGTAAGATGGATGCTGCTGCAAGTATGATTGAGAAAGCCATCATTGCAAATCCAACATAT GCAGAAGCATACAATAACCTAGGGGTTCTTTATAGGGATGCTGGTGATATTGCTCTGGCCATTAATGCTTATGAACAATG TCTTAAGATCGATCCTGATTCTCGAAATGCTGGCCAGAACCGCTTGCTTGCGATGAATTACATAGATGAAGGAAATGATG ACAAACTTTTTGAGGCTCACAGGGACTGGGGAAGGCGATTTATGAGACTATATTCACAGTTCACATCATGGGACAACTCA AAAGATCCTGAACGGCCTCTTGTAATAGGATATGTATCTCCTGATTATTTTACACATTCAGTGTCGTATTTCATAGAAGC TCCCCTTGTCTATCATGAGTACACCAATTATAAAGTGATTGTCTATTCAGCAGTTGTCAAGGCAGATGCAAAAACCATTC GGTTTAGGGAGAAAGTCTTAAAGAAGGGCGGTATCTGGAGAGATATTTATGGGACTGATGAAAAGAAGGTTGCTGAGATG GTTAGAGAAGATCAAGTTGATATTTTGGTAGAACTTACTGGTCATACCGCAAATAATAAGCTGGGAATGATGGCTTGTCG TCCCGCTCCAGTTCAGGTGACTTGGATTGGTTATCCCAATACGACAGGATTACCTACAATTGATTACAGAATCACTGATT CACTGGCAGACTCTCCCGAAACAAAGCAGAAGCATGTTGAAGAGTTAGTGCGATTACCGGATAGCTTCCTTTGTTACACT CCTTCTCCTGAGGCTGGTCCTGTTTGTCCAACTCCTGCTCTTTCCAATGGCTTCGTTACATTTGGCAGTTTTAACAATCT TGCCAAGATTACACCTAAAGTAATGAAGGTCTGGGCAAGGATACTTTGTGCAATTCCAAATTCTCGTCTAGTGGTAAAAT GTAAACCATTTTGCTGTGATAGCGTGCGTCAGAGATTTCTTTCAACGCTAGAGCAGTTAGGTTTGGAACCACTGCGTGTT GATCTTCTGCCCCTTATTCTTCTTAACCACGATCATATGCAAGCATATTCTCTGATGGACATCAGGTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0099700.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAWMEDSDGKEKELAGENGFLKVSEASISSSGSAGDVDSAPNQGCEGKGDLSYANILRSRNKFVDSLAMYERVLETDNGN VEALIGKGICLQMQNMGRLAFDSFSEAIKLDPQNACALTHCGILYKEEGRLMEAAESYQKALRADPSYKAAAECLAIVLT DIGTNIKLAGNTQEGIQKYFEALKIDPHYAPAYYNLGVVYSEMMQYDMALTFYEKAALERPMYAEAYCNMGVIYKNRSDL EAAITCYERCLAVSPNFEIAKNNMAIALTDLGTKVKLEGDINRGVAFYKKALYYNWHYADAMYNLGVAYGEMLKFDMAIV FYELAFHFNPHCAEACNNLGVIYKDHDNLDKAVECYQLALSIKPNFSQSLNNLGVVYTVQGKMDAAASMIEKAIIANPTY AEAYNNLGVLYRDAGDIALAINAYEQCLKIDPDSRNAGQNRLLAMNYIDEGNDDKLFEAHRDWGRRFMRLYSQFTSWDNS KDPERPLVIGYVSPDYFTHSVSYFIEAPLVYHEYTNYKVIVYSAVVKADAKTIRFREKVLKKGGIWRDIYGTDEKKVAEM VREDQVDILVELTGHTANNKLGMMACRPAPVQVTWIGYPNTTGLPTIDYRITDSLADSPETKQKHVEELVRLPDSFLCYT PSPEAGPVCPTPALSNGFVTFGSFNNLAKITPKVMKVWARILCAIPNSRLVVKCKPFCCDSVRQRFLSTLEQLGLEPLRV DLLPLILLNHDHMQAYSLMDIR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 741 | 740 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 741 | 740 | 0.0 | – | |
| SMART | 47 | 80 | 34 | 380.0 | ||
| ProSiteProfiles | 47 | 434 | 388 | 80.977 | ||
| Gene3D | 48 | 162 | 115 | 9.8E-20 | ||
| SUPERFAMILY | 51 | 273 | 223 | 1.55E-38 | ||
| SMART | 81 | 114 | 34 | 0.03 | ||
| ProSiteProfiles | 81 | 114 | 34 | 8.231 | ||
| ProSiteProfiles | 115 | 148 | 34 | 10.709 | ||
| SMART | 115 | 148 | 34 | 0.012 | ||
| Pfam | 122 | 147 | 26 | 0.074 | ||
| ProSiteProfiles | 156 | 189 | 34 | 8.201 | ||
| SMART | 156 | 189 | 34 | 39.0 | ||
| Gene3D | 163 | 273 | 111 | 5.0E-27 | ||
| SMART | 190 | 221 | 32 | 20.0 | ||
| ProSiteProfiles | 190 | 223 | 34 | 10.709 | ||
| SMART | 190 | 223 | 34 | 5.4E-5 | ||
| Pfam | 190 | 216 | 27 | 4.2E-7 | ||
| SMART | 224 | 255 | 32 | 150.0 | ||
| SMART | 224 | 257 | 34 | 1.1E-7 | ||
| ProSiteProfiles | 224 | 257 | 34 | 11.8 | ||
| Pfam | 224 | 257 | 34 | 5.9E-9 | ||
| SUPERFAMILY | 264 | 436 | 173 | 1.33E-36 | ||
| ProSiteProfiles | 265 | 298 | 34 | 5.9 | ||
| SMART | 265 | 298 | 34 | 100.0 | ||
| Gene3D | 274 | 390 | 117 | 9.1E-26 | ||
| ProSiteProfiles | 299 | 332 | 34 | 9.293 | ||
| SMART | 299 | 330 | 32 | 170.0 | ||
| SMART | 299 | 332 | 34 | 0.0011 | ||
| Pfam | 299 | 330 | 32 | 0.2 | ||
| ProSiteProfiles | 333 | 366 | 34 | 11.387 | ||
| Pfam | 333 | 366 | 34 | 8.3E-9 | ||
| SMART | 333 | 364 | 32 | 1.7 | ||
| SMART | 333 | 366 | 34 | 4.2E-8 | ||
| ProSiteProfiles | 367 | 400 | 34 | 9.735 | ||
| SMART | 367 | 400 | 34 | 0.0068 | ||
| Pfam | 368 | 432 | 65 | 2.9E-9 | – | |
| Gene3D | 391 | 453 | 63 | 5.2E-13 | ||
| ProSiteProfiles | 401 | 434 | 34 | 13.187 | ||
| SMART | 401 | 432 | 32 | 140.0 | ||
| SMART | 401 | 434 | 34 | 2.9E-8 | ||
| Gene3D | 477 | 646 | 170 | 8.4E-74 | – | |
| Pfam | 488 | 637 | 150 | 1.1E-23 | ||
| Gene3D | 647 | 741 | 95 | 8.4E-74 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0099700.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…