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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0554200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0554200.2 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Callose synthase; TAIR: AT5G13000.1 glucan synthase-like 12; Swiss-Prot: sp|Q9LXT9|CALS3_ARATH Callose synthase 3; TrEMBL-Plants: tr|I1KZH4|I1KZH4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0554200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:108616035..108642257) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTACTGCGCTTCGTATGTCCGCAACCAGCAATATTTAGTAACTCTCACTCTCTCTTTCTCTCTCTTGTTGTTACTCACTA GTCACTCACTCATTGCTTCGCTTCGAAGTAGCTTTAGCTTTTCCACTCTCTTCCTCTTTCTGCATCTGCTAGGGTTTCTT TCCTCACCCAATGCCATCTTCACATGCTTGAATCAGAATCAGAATCTAAATCAAAATCTAAGTTGCATGTGAATGCATTG TAGGATTTGAAGAGAGAGAGAGAATGTCGTCGTCTTCCTCAAGGGGGCCGTCGGAACCACCGCCTCCACGGCGGATCACG CGGACGCAGACTGCAGGGAACTTGGGAGAGGCCATTTTTGACAGTGAGGTCGTTCCTTCCTCTCTCGTCGAGATTGCACC CATTCTTCGTGTTGCTAATGAGGTTGAGAAGACCCATCCCAGAGTTGCTTATCTATGTAAGGAAACCGGAATCAATTAAC TCATCATACTAGTTACTTATGTATGTTATTTATTTATGTTTACTGATCTCTGAGTTTTGTTCTTGTTTTTAGGTCGCTTT TACGCCTTTGAGAAAGCTCACAGATTGGACCCTACCTCCAGCGGTCGCGGTGTTCGCCAATTCAAAACCGCGCTTCTTCA ACGCCTTGAAAGAGTAACCATTTCTCATCCAATTTACTTTATTTGGCACCCAGCTTGGGTTTTAGCCTATAGGAGCTTGT TAGTCGAGATATTTATTTGAATCCTAACTTCTCTCATAAGTTGAAATTAGCATCCTCACCTAACTTCTCCAATAGCACCT GTAAACTTGTGAAGTCTTTTCATAAGTAAGGAAGCCAAATACTTATCTCATTTGAGAAGCTCCTATACACTCGAAGCTAA TCTAAACTGAGCATTGATGGTATATAGAATGAATAGTTTGCTTAGTGAGATTGGATGGTCCTTGTATTAATTCTAACTCT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0554200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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ATCAACAAGGTTTACTACTCTTGCTTGGTGAGGGCTATGCCAAAATCCAGTAGTTCTTCAGAGCCTGAGCAGAATCTGGA CCAGGTCATATATAAGATAAAGCTTCCTGGACCAGCAATTTTAGGTGAGGGTAAGCCTGAAAATCAGAATCATGCCATAA TTTTCACACGTGGAGAAGGCTTGCAAACAATAGACATGAATCAGGATAACTATATGGAAGAAGCATTAAAAATGAGAAAT TTGTTGCAAGAATTTCTTAAGAAGCATGATGGGGTGAGGTTCCCAAGTATTCTTGGACTTAGGGAGCATATATTTACTGG AAGTGTTTCTTCCCTTGCATGGTTCATGTCAAATCAGGAGACAAGTTTCGTGACAATTGGTCAAAGATTGTTGGCTAATC CCCTGAAGGTTCGTTTCCACTATGGTCATCCCGATGTCTTCGATAGGCTTTTTCACCTGACAAGAGGGGGTGTCAGTAAA GCCTCCAAGGTTATCAATCTAAGTGAAGATATTTTTGCTGGCTTCAACTCTACACTCCGGGAAGGAAATGTTACCCATCA TGAGTACATACAGGTTGGGAAGGGAAGAGATGTGGGTCTCAACCAAATTTCTATGTTTGAAGCAAAGATAGCTAATGGCA ATGGAGAGCAAACACTAAGTCGAGATGTATACCGACTTGGGCACCGCTTTGACTTCTTCAGAATGTTGTCCTGCTATTTC ACCACAGTTGGATTTTATTTTAGCACTCTTATAACTGTTCTCACTGTATATGTATTCCTTTATGGTCGGCTCTATCTTGT TCTCAGTGGGCTTGAAGAGGGTTTGAGTACTCAAAAAGCCATTCGGGACAATAAGCCCCTTCAAGTGGCTCTTGCTTCTC AGTCATTCGTTCAGATTGGGTTTTTAATGGCGTTACCCATGCTGATGGAAATTGGCTTGGAAAGGGGCTTCCGAACTGCA 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Protein sequence (LotjaGi1g1v0554200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSSSSSRGPSEPPPPRRITRTQTAGNLGEAIFDSEVVPSSLVEIAPILRVANEVEKTHPRVAYLCRFYAFEKAHRLDPTS SGRGVRQFKTALLQRLERENDPTLKGRVKKSDAREMQSFYQHYYKKYIQALQNAADKADRAQLTKAYQTANVLFEVLKAV NMTQSMEVDREILETQDKVAQKTEILVPYNLLPLDPDSANQAIMRFPEIQASVYALRNTRGLPWPKDYKKKKDEDILDWL GSMFGFQRHNVANQREHLILLLANVHIRQFPKPDQQPKLDERALTEVMKKLFKNYKKWCKYLGRKSSLWLPTIQQEVQQR KLLYMGLYLLIWGEAANLRFMPECLCYIYHHMAFELYGMLAGSVSPMTGENVKPAYGGEEEAFLRKVVTPIYNVIAQEAA RSKKGRSKHSEWRNYDDLNEYFWSADCFRLGWPMRAEADFFCLRDELLVFDKSNDDKPPNKDRWVGKTNFVEIRSFWHIF RSFDRMWSFSILCLQAMIIVAWNGSGDPTVIFKGDVFKKVLSVFITAAILKLGQAFLDVILSWKAQRSMSLYVKLRYILK VISAAAWVIVLSVTYAYTWAHPPGFAKTIKSWFGSNNSSAPSLFILAVVVYLSPNMLAAVLFLIPFIRRFLERSNYRIVM LMMWWSQPRLYVGRGMHESTFCLFKYTMFWVLLIITKLAFSYYIEIKPLVAPTKAIMSVKITTYQWHEFFPHARNNIGVV VALWAPIILVYFMDTQIWYAIFSTLFGGIYGAFRRLGEIRTLGMLRSRFQSLPGAFNASLIPEEANERRKKGLKATLSRR FSQVISNKGKEAARFAQLWNQIITSFREEDLISDREMDLLLVPYWADTQLDLVQWPPFLLASKIPIALDMAKDSNGKDRE LKKRIEADNYMSCAVRECYASFKSIIMHLVQGERETLVIEQMFKVVDDHIEEGKLISEFRMSALPSLYGQFVQLIKYLLE NNQKDRDQVVILFQDMLEVVTRDIMMEVQDQEIFSLVDSSHGGAGHEGMLHLEREPQHQLFASEGAIRFPIEPVTAAWTE KIKRLYLLLTTKESAMDVPSNLEARRRISFFSNSLFMVMPMAPKVRNMLSFSVLTPYYTEEVLFSLHDLDSPNEDGVSIL FYLQKIFPDEWNNFLERVKCSSEEELKGNESDELEEELRLWASYRGQTLTRTVRGMMYYRKALELQAFLDMAEDGDLMEG YKAMENSDDNSKGERSLWTQCQAVADMKFTYVVSCQQYGIDKRSGSPRAQGILRLMTRYPSLRVAYIDEVEEPVKDSKKK INKVYYSCLVRAMPKSSSSSEPEQNLDQVIYKIKLPGPAILGEGKPENQNHAIIFTRGEGLQTIDMNQDNYMEEALKMRN LLQEFLKKHDGVRFPSILGLREHIFTGSVSSLAWFMSNQETSFVTIGQRLLANPLKVRFHYGHPDVFDRLFHLTRGGVSK ASKVINLSEDIFAGFNSTLREGNVTHHEYIQVGKGRDVGLNQISMFEAKIANGNGEQTLSRDVYRLGHRFDFFRMLSCYF TTVGFYFSTLITVLTVYVFLYGRLYLVLSGLEEGLSTQKAIRDNKPLQVALASQSFVQIGFLMALPMLMEIGLERGFRTA LSEFILMQLQLAPVFFTFSLGTKTHYFGRTLLHGGAKYRSTGRGFVVFHAKFADNYRLYSRSHFVKGIELMILLVVYQIF GQSYRSSVAYVLITISMWFMVGTWLFAPFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWISNRGGIGVPPEKSWESWWEEEQDHLHYS GLRGIIVEILLSLRFFIYQYGLVYHLKFTKKGDKSFLVYGISWLVIFVILFVMKTVSVGRRKFSANFQLVFRLIKGMIFL TFVSILVTLIALPHMTLQDIVVCILAFMPTGWGMLQIAQALKPLVRRAGFWGSVKTLARGYEIVMGLLLFTPVAFLAWFP FVSEFQTRMLFNQAFSRGLQISRILGGQRKERSSRNKE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 485 | 485 | - | – | |
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| PANTHER | 10 | 1954 | 1945 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 10 | 1954 | 1945 | 0.0 | ||
| Gene3D | 29 | 182 | 154 | 8.2E-19 | ||
| Pfam | 44 | 171 | 128 | 7.8E-22 | ||
| Coils | 124 | 144 | 21 | - | – | |
| SMART | 319 | 435 | 117 | 1.3E-74 | ||
| Pfam | 321 | 433 | 113 | 6.1E-38 | ||
| Phobius | 486 | 503 | 18 | - | – | |
| Phobius | 504 | 522 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 521 | 543 | 23 | - | – | |
| Phobius | 523 | 545 | 23 | - | – | |
| Phobius | 546 | 556 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 555 | 577 | 23 | - | – | |
| Phobius | 557 | 580 | 24 | - | – | |
| Phobius | 581 | 599 | 19 | - | – | |
| Phobius | 600 | 624 | 25 | - | – | |
| TMHMM | 605 | 627 | 23 | - | – | |
| Phobius | 625 | 635 | 11 | - | – | |
| Phobius | 636 | 652 | 17 | - | – | |
| Phobius | 653 | 663 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 662 | 684 | 23 | - | – | |
| Phobius | 664 | 684 | 21 | - | – | |
| Phobius | 685 | 714 | 30 | - | – | |
| TMHMM | 710 | 732 | 23 | - | – | |
| Phobius | 715 | 732 | 18 | - | – | |
| Phobius | 733 | 737 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 737 | 754 | 18 | - | – | |
| Phobius | 738 | 757 | 20 | - | – | |
| Phobius | 758 | 1517 | 760 | - | – | |
| Pfam | 1058 | 1767 | 710 | 1.3E-244 | ||
| Phobius | 1518 | 1540 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 1519 | 1541 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1541 | 1568 | 28 | - | – | |
| TMHMM | 1567 | 1589 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1569 | 1588 | 20 | - | – | |
| Phobius | 1589 | 1599 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1600 | 1621 | 22 | - | – | |
| TMHMM | 1604 | 1621 | 18 | - | – | |
| Phobius | 1622 | 1662 | 41 | - | – | |
| TMHMM | 1658 | 1680 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1663 | 1680 | 18 | - | – | |
| Phobius | 1681 | 1686 | 6 | - | – | |
| Phobius | 1687 | 1711 | 25 | - | – | |
| TMHMM | 1690 | 1712 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1712 | 1764 | 53 | - | – | |
| TMHMM | 1764 | 1786 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1765 | 1784 | 20 | - | – | |
| Phobius | 1785 | 1795 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 1796 | 1818 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1796 | 1813 | 18 | - | – | |
| Phobius | 1814 | 1832 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 1830 | 1852 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1833 | 1853 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1854 | 1859 | 6 | - | – | |
| TMHMM | 1857 | 1879 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1860 | 1881 | 22 | - | – | |
| Phobius | 1882 | 1900 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 1900 | 1922 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1901 | 1922 | 22 | - | – | |
| Phobius | 1923 | 1958 | 36 | - | – | |
| Coils | 1950 | 1958 | 9 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | 1,3-beta-D-glucan synthase complex | A protein complex that catalyzes the transfer of a glucose group from UDP-glucose to a (1->3)-beta-D-glucan chain. | ||
| Molecular function | 1,3-beta-D-glucan synthase activity | Catalysis of the reaction: UDP-glucose + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n) = UDP + [(1->3)-beta-D-glucosyl](n+1). | ||
| Biological process | (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process | The chemical reactions and pathways resulting in the formation of (1->3)-beta-D-glucans, compounds composed of glucose residues linked by (1->3)-beta-D-glucosidic bonds. | ||
| Cellular component | Membrane | A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0554200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…