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LotjaGi1g1v0748400.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0748400
Transcript ID LotjaGi1g1v0748400.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description NHL repeat-containing protein 2; TAIR: AT1G56500.1 haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein; Swiss-Prot: sp|A4IF69|NHLC2_BOVIN NHL repeat-containing protein 2; TrEMBL-Plants: tr|A0A072U549|A0A072U549_MEDTR Haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0748400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:132085419..132102731) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TCTCGTCTATCATCCCCAACCACCGCAACCAACTTCTTCTTCTCCGCCTCCTCCCCCTCCCCCAATCTCAGATCACTGAA ACCTACTTCGCTTCCATCTCGATTCTTCCATTGCCGATCGAAACGCCTCGTTTTCACGCCGAGACTTATCACGAGAGCTT GCGCGGTGAAGGTCGAGGAGAAGGACGTTGCTGGAAAATCAGGAGAATGGGGGAGGGTTTCTGCTGTGTTGTTTGACATG GATGGTGTGCTCTGCAACAGTGAAGAGCCTTCTAGAAGAGCCGGTGTCGATGTTTTCGCTGAGATTGGCGTCCAGGTCAC CGTCGATGATTTTGTGCCGTTCATGGGAACTGGTATGGTGCTTCTCTTCATTTCTCAACTCCTTGGTTTACTTCAATTTC TATCTCTGCATTAATTTCCGAACATGCTTTTCTGTTTTCCTTGATCTGCATTTGATTATTCCAAACTTCACTTGTGTTGA GCTATGCTTTTGCTAGAACTAAACATTTGCTTAATTTGGAGTGTGAATACACTTTGCAACCTGTTAATTCGTCTGTAAGA CTAGTGGTTATCATTATCATTATGGCGTGGGAACAATAGTAGTGTATAATCTCGCATTGGTCGAAATTAAATCCAACTGT TAATGCTTTCTCCCGAAACTATCATGAGCTTACGATTTTTGTAAACCATGTGCCATTGTTCTTAAGGAAGGGGTGCATAT TCTCCAGCACTGACATTATGTGTTCCAGTGTTTCTGTGGGAGTTAGAGTGTGCATTCACTGATTGATCACAAATGAATAT CATAACTGACCGGGTGCATGTTCTCCAGCACTGCCATTCTATTTAGTATTTACTGTCTTTGTATATGATAACCTCAAACC ATGGTGCCAGTGGCCATTGTTAACTCTTCATTTATTTAGAAGTGAAGAAACGTTGCCCATTTTGTCCTATCAATGACTCT 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GCCAGCAGCTTACTGCAACCAGTTTCCCCGTGA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0748400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGATGGTGTGCTCTGCAACAGTGAAGAGCCTTCTAGAAGAGCCGGTGTCGATGTTTTCGCTGAGATTGGCGTCCAGGT CACCGTCGATGATTTTGTGCCGTTCATGGGAACTGGAGAAGCGAACTTTTTGGGAGGTGTAGCCTCTGTTAAGGGAGTTA AAGGATTTGATCCTGAAGCTGCAAAAAAGAGGTTCTTTGAAATATATTTAGAGAAGTATGCAAAACCAGATTCTGGAATA GGATTTCCAGGTGCCCTTGAACTCATCTCTCAGTGTAAAAGCAAAGGACTTAAAGTTGCTGTTGCATCTAGTGCTGATCG TATCAAGGTTGATGCAAATCTAGCTGCTGCTGGTTTGCCATTGTCATTGTTTGATGCGATTGTGTCTGCAGATGCTTTTG AGAATTTGAAACCTGCTCCTGATATTTTCTTAGCTGCATCAAGAATATTGAATGTGCCTCCTAGTGAGTGTATCGTTATA GAAGACGCACTAGCTGGAGTTCAAGCTGCCAAAGCTGCACAAATGAGATGTATAGCTGTAAGGACTACATTATCAGATGA GGCTTTGGAACCTGCTGGTCCAACTTTTATCCGAGATGACATAGGAAGTGTTTCTCTTGATGAAATTCTTAATGGTGGCT CTGATGGATATAAAACAGATGATGGAGTTGAAAAATCTTCCAATGGTACTGATGAGGGAATTTTCACAACTACAGGGTTG CAGGGTTCGCGGCGAGATATACTGAGATTTGGAAGTCTGGGCATCGCTATCTCTTGCCTTGTCTTCACCGTAAGTAACTG GAAGGCAATGCAATACACTTCCCCTAAAGCGGTTTGGAATCTCTTGTTTGGTGTTACCCAGCCACCCTTGGGACAGAAAG AAGGTAACTCACGATCTGATAGGATCCAGCAATTTGTGAACTACATAGCTGATCTAGAAAGCAGGGGAAACACTCAGGTT GTTCCAGAATTTCCATCTAAACTTGATTGGCTAAATACAGCCCCGCTCCAGTTTCGTAGGGACCTGAAAGGAAAAGTTGT TCTGCTTGATTTCTGGACTTATTGTTGTATAAACTGTATGCATGTCTTACCAGACCTAGATTTTCTGGAGAAAAAGTACA AAAATATGCCGTTCCTTGTTGTGGGTGTTCATTCTGCCAAGTTTGATAATGAGAAAGATTCTGAAGCGATTCGCAATGCA GTTCTGCGCTATGATATCACTCACCCTGTTGTCAATGATGGAGACATGTACCTTTGGCAGAAGTTGGGCATAAGTTCATG GCCAACATTTGCTATCATTGGCCCCAATGGTAAGCTCCTTGCACAACTTGCAGGAGAAGGTCGCAAAAAGGATCTTGATG ATTTTGTGGAAGCAGCACTTCTGTTTTATGGAAAGCAGAACATGTTGGACGATACACCAATTACATTAAGTTTAGAGAAA GATAATGATCCTCGCCTATTAACATCTCCATTGAAGTTTCCTGGAAAGTTAGCAATTGATGTCCTCAACAACAGGCTTTT TATTTCTGACAGCAACCATAACCGCATAGTTGTTACTGACCTAAATGGGAATTTTATTGTACAAATTGGGAGCAGTGGGG AGGAAGGTCTGCAGGACGGTTCCTTTGATGATGCCACCTTCAACCGCCCTCAGGGCCTTGCTTATAATGCAAAGAAAAAT ATTCTCTATGTTGCAGACACCGAAAACCATGCTTTGAGGGAAATTGATTTTGTTAATGATAAAGTGCGCACTCTTGCTGG AAATGGGACCAAGGGCTCTGATTATATTGGAGGAGGAAAAGGAGACACTCAGCTCCTCAATTCCCCTTGGGATGTCTGCT TTCATCCACTTGAAGAGAAGATTTATATTGCCATGGCTGGCCAACACCAGATTTGGGAGCACAATATATTGAATGGAATT ACAAGAGCATTTAGTGGTGATGGCTATGAAAGAAATTTAAATGGATCAAGTTCTACAAGCACATCATTTGCACAACCTTC TGGTCTTTCATTGTCTCGAGATCTAACGGAGATCTACGTCGCTGATAGTGAGAGTAGTTCAATTCGAGCTGTTGATCTAA AAACAGGAGGATCACGGTTGTTAGCTGGTGGTGACCCTGTCTTCTCAGACAATTTGTTTAAGTTTGGCGATCAAGATGGA ATAGGCTCTGAAGTACTTCTTCAACATCCGCTGGGGGTTTTATGTGGAAAGGATGGTGAAATTTACATCACAGATAGCTA CAATCACAAGATCAAGAAGTTTGATCCAACTAGTAAAAGAGTTAGCACCATTGCAGGGACAGGAAAAGCTGGTTTCAGGG ATGGAACAGCTGTAACAGCTCAGCTTTCTGAACCATCAGGCATTATTGAAGGGAACAGCGGGAGACTATTCATAGCTGAT ACAAACAACAGCATAATTCGATATCTAGATTTGAATACTGATGAATTTGAACTCCATACCTTGGAGCTTAAAGGATTTCA GCCTCCTAAACCAAAATCAAGATCTTTTAAACGTCTCAGGAGACGTCCCTCAGCCGACACTGTGCCAATCACCATTGATG CCATTTCATCAGAGGAGGGAAACTTGTCTATAGACATATCATTGCCAAATGAGTATCATTTCTCAAAGGAAGCACGCAGT AGATTCAGTGTTGATATTGAATCTGAAGGCTCTGTTGATATTGATCCCCTGGATGGACTCCTTAGTCCAGAAGGATCTGC AACCCTTCACTTTAAGAGATCCTCCACCTCTGCTGCTGTTGGAAGAATTAATTGCAAGATTTACTATTGCAAGGAAGATG CGGTTTGTTTGTACCAATCCTTGCTGTTTGAGGTCCCCTTCAGAGAGGGAGTTTCTGACTCTACTAGAGCAAACGTCACT CTTGCTCATCTTGTCAAGCCCAAAACTTCAGCCAGCAGCTTACTGCAACCAGTTTCCCCGTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0748400.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDGVLCNSEEPSRRAGVDVFAEIGVQVTVDDFVPFMGTGEANFLGGVASVKGVKGFDPEAAKKRFFEIYLEKYAKPDSGI GFPGALELISQCKSKGLKVAVASSADRIKVDANLAAAGLPLSLFDAIVSADAFENLKPAPDIFLAASRILNVPPSECIVI EDALAGVQAAKAAQMRCIAVRTTLSDEALEPAGPTFIRDDIGSVSLDEILNGGSDGYKTDDGVEKSSNGTDEGIFTTTGL QGSRRDILRFGSLGIAISCLVFTVSNWKAMQYTSPKAVWNLLFGVTQPPLGQKEGNSRSDRIQQFVNYIADLESRGNTQV VPEFPSKLDWLNTAPLQFRRDLKGKVVLLDFWTYCCINCMHVLPDLDFLEKKYKNMPFLVVGVHSAKFDNEKDSEAIRNA VLRYDITHPVVNDGDMYLWQKLGISSWPTFAIIGPNGKLLAQLAGEGRKKDLDDFVEAALLFYGKQNMLDDTPITLSLEK DNDPRLLTSPLKFPGKLAIDVLNNRLFISDSNHNRIVVTDLNGNFIVQIGSSGEEGLQDGSFDDATFNRPQGLAYNAKKN ILYVADTENHALREIDFVNDKVRTLAGNGTKGSDYIGGGKGDTQLLNSPWDVCFHPLEEKIYIAMAGQHQIWEHNILNGI TRAFSGDGYERNLNGSSSTSTSFAQPSGLSLSRDLTEIYVADSESSSIRAVDLKTGGSRLLAGGDPVFSDNLFKFGDQDG IGSEVLLQHPLGVLCGKDGEIYITDSYNHKIKKFDPTSKRVSTIAGTGKAGFRDGTAVTAQLSEPSGIIEGNSGRLFIAD TNNSIIRYLDLNTDEFELHTLELKGFQPPKPKSRSFKRLRRRPSADTVPITIDAISSEEGNLSIDISLPNEYHFSKEARS RFSVDIESEGSVDIDPLDGLLSPEGSATLHFKRSSTSAAVGRINCKIYYCKEDAVCLYQSLLFEVPFREGVSDSTRANVT LAHLVKPKTSASSLLQPVSP 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 246 246 -
SUPERFAMILY 1 203 203 2.71E-40
Gene3D 1 196 196 2.2E-44
Pfam 1 180 180 2.4E-22
Gene3D 9 79 71 2.2E-44
CDD 67 182 116 2.36145E-38
PANTHER 117 973 857 0.0
PANTHER 117 973 857 0.0
TIGRFAM 121 180 60 7.0E-13
Phobius 247 267 21 -
Phobius 268 980 713 -
Gene3D 293 463 171 1.3E-33
ProSiteProfiles 315 461 147 10.946
SUPERFAMILY 319 457 139 6.66E-27
Pfam 344 438 95 1.6E-11
Gene3D 464 636 173 1.1E-32
SMART 484 526 43 0.0058
SUPERFAMILY 485 814 330 8.89E-41
ProSiteProfiles 490 522 33 5.818
CDD 529 870 342 1.31984E-177
ProSiteProfiles 542 572 31 6.846
Pfam 547 572 26 7.1E-6
ProSiteProfiles 598 632 35 5.017
SMART 656 698 43 130.0
ProSiteProfiles 663 694 32 5.366
Gene3D 711 810 100 4.5E-25
ProSiteProfiles 727 757 31 10.691
Pfam 728 754 27 3.9E-4
ProSiteProfiles 781 812 32 4.277

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Molecular function Hydrolase activity Catalysis of the hydrolysis of various bonds, e.g. C-O, C-N, C-C, phosphoric anhydride bonds, etc. Hydrolase is the systematic name for any enzyme of EC class 3.
Biological process Cell redox homeostasis Any process that maintains the redox environment of a cell or compartment within a cell.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0748400.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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