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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0417200 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0417200.1 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Glycine-rich protein; TAIR: AT5G47020.1 MraZ; Swiss-Prot: sp|Q5H8C4|VP13A_MOUSE Vacuolar protein sorting-associated protein 13A; TrEMBL-Plants: tr|V7CH42|V7CH42_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0417200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:91502872..91516746) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTATCTCTGATGTTTTCCCATTTGTGTTGTAGAAAATAAGCGAAGGTGAATGGAAGGAGTGGGGCAATTCCGAAATTAGG GAAAAGACGGAGGGTAGATCCAGAAAGAGTTGGTGCAATAATTCAGAAAACTAGCTGTGTTTTGTTTTGTTTAATAGAAA TGAGAATCCAGCTATGCAAAACGTAGCTTGGACTCGTATAGAGACTCTTCCTTTCTACCACGTACTCCATCCATCACACT CTCTCTTCTCTTCTCTACTCATCGAAACCGAGAAAGCAAAAAGCAAAAAGAAAACGATGCTCACCATTCAGCTTCTGACT TGGACCAACAACCATTACTAATTCAAACTATCAAACGATTCACTCCAATTTTCAACTCTCCTTACGGTTAGTCACTTCTT CAGCTACAATCGCTTCCATGATTTTCCACTTTTTCAGCTTTGAAATTCTCATCGATGTTGATTAATTGTTTGTTTTCAAT CATGCGTTCTTTCTTCTTGATTCGGATCACAATCACATTGCATGAGTTATTTGTTTATTTTCGCGTTTTTTTAATGGATT CGCAATTGAGTTAGGCAATTTGGCCAGTGGACTTGAAAATCACTATGATATGATTGATTAGGTTGATTATAAATTATGCA TGATGATTCTCTGGAAATGTGTAGAGTCTTTAGTGTGTTATTCTATTATATGTAAAAACATGAAAACTAAAGTACCCTAA CCTTTCTATTTTTCTAATTGTTTGATATTTCCTTTCTATTTAGTTGCAGAATATATGTATAGAACTCACTTCCGTGGATA CCGGTCCTTAGGCGGCGATGCATTTTGTGATAATGCATAGGTACCTCTGCTGCTGCATTTTATTCGGATGCCTTTATATA TCGCGCCTTTCTCTTAGTTCAGGACAGCATTTGAATAGGACTACTGCCTTACAAACCTGGTTGAGTTATTCTGGATCACT 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CGTGAGTATCTTAGTTGCCTTGCCAACTTGCGGTGTGAATATATTTATAGATGTACAGGGGAATCTAGTTCTGCATTTTT CGCTTTGTAAAAAAACTTCACAGGTTCCAAAGGATAATACAAGATTCGTGTATTTTTTTGTCTCAAATTAGTGGGACTCT TTCTCAGAGGTTAATTACCAAAGCGTTTTTTTTTTTTTGAAATTTATGTCGTTCTTTATCTATGTATTTTATCATTAATT TCAATTTTTTCATATTGTCACCAAATTTTGATGGTAACTGTTCTGTACTAGGGCAAGCTTACGTAAAAGAATGACAGAAA GTAAACCCTAGCAGAGCACTAAAATAGCAAAACTACCATAAAAGGAATATTCTCATTAATGCTGAAAAAAGTTGGTTTCG TACAAGTGGATGACCTCCCCTTTTATAGAGGGGGT
CDS sequence (LotjaGi2g1v0417200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCATTTTGTGATAATGCATAGGTACCTCTGCTGCTGCATTTTATTCGGATGCCTTTATATATCGCGCCTTTCTCTTAG TTCAGGACAGCATTTGAATAGGACTACTGCCTTACAAACCTGGTTGAGTTATTCTGGATCACTTGTAAGAGATGATTCTG CATTCCATGCTTCGGAATTTGCTAAAACATCAACTTTGAGATTGCCATTGAATGAGTCAGTTTCATGTGAGGACTTGGAA GGTGTAGGATCTTTTAATACCACATGCTTATTAAGCTCATCTCATTATTTGAAATCTGATATTTACATATATGGGGTTGG AAATATGGAGATACTCTCTCATGTTTCGCTTTCATGCCCTGTCGAAGGGTGCATGATAACAGTCAATGTGTCTGGCAACG TTAAACTGGGTCAAAATGCGTCTATTGTTGCTGGTACTGTGGTTTTATCAGCATCCAATCTGACTATGGAACACAGATCT TCTATAAACTCATCGTCTTTGGGTGGGTCACCGCCTTCACAAACTAGTGGGACACCTGTTGGCAATGAAGGAGCTGGTGG AGGGCATGGTGGGCGTGGTGCATCCTGTGTAAAAAAAACTAAAACGAATTGGGGTGGGGATGTATATGCTTGGTCCACTT TGTCTCAACCATGGAGTTATGGGAGCAAGGGTGGTGGTAAATATACTAAAGAACAATATGGTGGGAATGGTGGGGGGCGT ATTAAGATTCTAGTGAATGACACTATATTTGTAAATGGGTCGATTACTGCAAAAGGAGGAGATGGGGGATCTGATGGGGG AGGTGGCTCTGGCGGAAGTATATTGGTACATGCCAAAAAGCTGAAGGGATATGGTACTATCAGTGCTGCTGGTGGGATGG GATGGGGTGGAGGCGGTGGAGGAAGACTATCACTTGATTGTTACAGCATCCAAGAAGATCTAAAAATTACTGTCCATGGA GGTTTGAGTATTGGCTGCCCTGGGAATTCTGGAGCAGCTGGCACATTTTTCAATGCAAATTTACTAAGTTTGAAAGTTAG CAATGACAATGTCACAACAGAAACTGAGACTCCTTTGCTTGACTTCTCAACCAGCCCTTTATGGTCCAACGTTTATGTGG AAAATAATGCGAAAGTTTTGGTTCCACTTGTCTGGTCCAGAGTTCAGGTAAGAGGCCAGATCAGTGTATATAGTGGCGGA AGCTTAATCTTTGGACTGTCAGATTATCCAATTTCTGAATTTGAGCTTGTTGCAGAAGAGCTTTTATTGAGTGATTCTAT TGTAAAGGTTTTCGGTGCATTTAGAGTTTCTGTTAAAATGCTACTCATGTGGAACTCCACGATTCAAATTGATGGTGGTA AAAGTACTGTTGTGGCTGCTTCAGTACTTGAAGTGAGAAATCTTGCTGTTCTAAGGCAAACCTCTGTCATTAGTTCAAAC ACGAACTTGGGCTTATATGGTCAAGGACTGCTACAATTGACTGGTGATGGTGATGCAATCAAAGGCCAGCGACTATCCTT GTCTCTCTTCTATAATGTAACTGTTGGATCAGGTTCTTTACTTGAAGCTCCTTTGGATGATGATGCTAGTAGAGGCACGG TGACAACACATCTTTGTGATACACAGAGATGCCCGATAGATTTAATAACTCCACCTGATGATTGTCATGTCAATTATACA CTCTCCTTCTCACTTCAAATTTGTCGAGTTGAGGATCTTCTTGTAAATGGTAAAATGAAGGGAAGCATAATTCACATTCA CAGGGCAAGAACTGTGATTGTTGATACTGAGGGTATGATTACTGCATCCGAATTAGGTTGCACTGAAGGTATTGGCAAGG GAAACTTTTTGAATGGAGCTGGCGGTGGTGCTGGACATGGAGGAAGAGGAGGATCTGGATATTTCAATGGGAGAATGAGT ATTGGCGGTGATGAATATGGAAATGCTATTCTTCCATGTGAATTGGGTAGTGGAACTAAGGGCCCTAATGAGTCATATGG GCATGTTGTTGGAGGCGGGATGATTGTGATGGGATCCATTCAGTGGCCACTTTCGAGGCTTGACCTTTACGGGTCCTTGA GGGCAGATGGTGAAAGCTTTAGCAAAGCAATAACAAGCAGTGATGGATCTTTGGTTGGTGGTCTTGGTGGAGGTTCTGGT GGAACAGTCCTGCTTTTCCTTCAAGAACTCAGGATTTTGGAGAATTCCTCCTTATCAGTTGTTGGTGGCAATGGTGGCTC CCTTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTCGAGTTCATTTCCATTGGTCAAAGATTGGTATTGGGGAGGAGTACGTGCCTG TTGCAAGTATCAGTGGCACCATGAACTATAGTGGAGGAGCTGGGGACCATGATGGCCTTCATGGACAGGAGGGTACCATA ACTGGGAAAGCATGCCCTAAAGGCCTTTATGGAATTTTCTGCGAGGAATGTCCTCTGGGTACTTACAAAGATGTTGATGG TTCTGATCCACATCTTTGCATTCCTTGTCCTCTTGATCTTCTTCCGAACCGTGCAAATTTAATATATCAACGAGGGGGGG TTACAAAGCGTTCTTGTCCATATAAATGTATATCAGACAAGTATCGGATGCCCAACTGTTATACACCTCTAGAGGAGCTT ATTTATACATTTGGTGGTCCCTGGCCATTTTCAGTAATGTTGTCATTAGTTTTATTGCTTATGGCTCTACTACTAAGTAC TTTGAGAGTCAAGTTGATTGGTTCTGGTTCATATCATAGTTCAAGTTCTACTGAGCACCATAATAATCACCGTTTTCCAT ATCTTCTATCTCTGTCTGAGGTGCGTGGAGCCAGAGCTGAAGAGACTCAAAGTCATGTACACAGAATGTACTTTATGGGT CCTAATACTTTTAGAGAACCCTGGCATCTTCCTTACTCACCTCCCCACGCTATAATTGAAATTGTGTATGAAGATGCTTT TAATAGATTTATTGATGAGATCAACTCAGTTGCTGCATATGATTGGTGGGAGGGATCAGTGCACAGTATACTTTCAGTCG TGGCATATCCTTGTGCTTGGTCCTGGAAACATTGGCGTCGAAGAGTTAAAATTAGTCGCCTTCAGGAATATGTCAAGTCT GAATATGACCATTCTTGTTTACGCTCCTGCCGTTCCCGAGCTTTGTACAAAGGGATGAAGGTTGGGGCGACTCCGGATTT AATGGTCTCATACATTGATTTTTTCCTTGGTGGTGATGAGAAGCGATTAGACATTGTATCAATTATACAGGAGAGATTTC CCATGTGCATACTTTTTGGTGGGGATGGGAGTTACATGGCACCTTACAATCTTCACAGTGATGCACTGTTGACCAACCTC CTTGCCCAGCATGTCCCAGCAACTGTTTGGAATCGTTTGGTAGCTGGCCTGAATGCTCAGTTACGGACAGTGAGGCATGG ATCAATTCGTGTCACACTAGGTCCTGTTGTTGATTGGATAAATAGCCATGCAAATCCCCAACTTGAGTTCCATGGAGTTA AAATTGAGCTTGGATGGTTCCAAGCAACAGCCTCTGGTTACTATCAGCTGGGTATCGTGGTAGCAGTTGGGGATTATTCC CTTCATGATTTGCACCAGTCTGATACTTGGGTCGGTACTGATGAAGCTATGGGGAAAAATGTGGCATGTGGTAGAAAGAA TCTTAAGCAGCTGCAGCATAGTCGGCCATACATGAGCAATCCATTATCTCTTAAAAAGATAACTGGAGGAATTAATGGTG GCCTGATAAATGATGCTACCTTAAAATCACTAGACTTTAAAAGGGATCTTCTATTCCCACTTTCTCTGCTGTTGTGCAAC ACTAGACCTGTTGGTCGTCAGGATACTGTGCAACTGCTGATCACTCTGATGCTTTTAGCAGATCTTTCTGTTACTCTCCT CATGTTACTTCAGTTCTACTGGATTTCTCTTGCAGCTTTTCTTTCTGTTTTACTAATCCTCCCTCTTTCTCTACTATCTC CATTTCCTGCCGGTTTGAACGCATTATTCAGTAAAGAACCTAGAAGAGCTTCACTTTCTCGAGTATATGCACTGTGGAGC GCTACTTCTCTATCTAATATTGGTGTGGCTTTTATCTGTTGCCTAGTTCACTATGCAGTATCCCACCTTCACCCTGACGA GGCAAGTACACGTAGTGTCAAGAGGGAAGATGATAAATGCTGGCTTTTGCCTGTCATCCTTTTTCTATTCAAGTCTGTAC AAGTCCGTTTAGTCAATTGGCACATAGCGAATCTAGAAATCCAAGATTTTTCTCTATTCTGTCCGGATCCAGATGCTTTT TGGGCTCATGAATCTGGTTTATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0417200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MHFVIMHRYLCCCILFGCLYISRLSLSSGQHLNRTTALQTWLSYSGSLVRDDSAFHASEFAKTSTLRLPLNESVSCEDLE GVGSFNTTCLLSSSHYLKSDIYIYGVGNMEILSHVSLSCPVEGCMITVNVSGNVKLGQNASIVAGTVVLSASNLTMEHRS SINSSSLGGSPPSQTSGTPVGNEGAGGGHGGRGASCVKKTKTNWGGDVYAWSTLSQPWSYGSKGGGKYTKEQYGGNGGGR IKILVNDTIFVNGSITAKGGDGGSDGGGGSGGSILVHAKKLKGYGTISAAGGMGWGGGGGGRLSLDCYSIQEDLKITVHG GLSIGCPGNSGAAGTFFNANLLSLKVSNDNVTTETETPLLDFSTSPLWSNVYVENNAKVLVPLVWSRVQVRGQISVYSGG SLIFGLSDYPISEFELVAEELLLSDSIVKVFGAFRVSVKMLLMWNSTIQIDGGKSTVVAASVLEVRNLAVLRQTSVISSN TNLGLYGQGLLQLTGDGDAIKGQRLSLSLFYNVTVGSGSLLEAPLDDDASRGTVTTHLCDTQRCPIDLITPPDDCHVNYT LSFSLQICRVEDLLVNGKMKGSIIHIHRARTVIVDTEGMITASELGCTEGIGKGNFLNGAGGGAGHGGRGGSGYFNGRMS IGGDEYGNAILPCELGSGTKGPNESYGHVVGGGMIVMGSIQWPLSRLDLYGSLRADGESFSKAITSSDGSLVGGLGGGSG GTVLLFLQELRILENSSLSVVGGNGGSLGGGGGGGGRVHFHWSKIGIGEEYVPVASISGTMNYSGGAGDHDGLHGQEGTI TGKACPKGLYGIFCEECPLGTYKDVDGSDPHLCIPCPLDLLPNRANLIYQRGGVTKRSCPYKCISDKYRMPNCYTPLEEL IYTFGGPWPFSVMLSLVLLLMALLLSTLRVKLIGSGSYHSSSSTEHHNNHRFPYLLSLSEVRGARAEETQSHVHRMYFMG PNTFREPWHLPYSPPHAIIEIVYEDAFNRFIDEINSVAAYDWWEGSVHSILSVVAYPCAWSWKHWRRRVKISRLQEYVKS EYDHSCLRSCRSRALYKGMKVGATPDLMVSYIDFFLGGDEKRLDIVSIIQERFPMCILFGGDGSYMAPYNLHSDALLTNL LAQHVPATVWNRLVAGLNAQLRTVRHGSIRVTLGPVVDWINSHANPQLEFHGVKIELGWFQATASGYYQLGIVVAVGDYS LHDLHQSDTWVGTDEAMGKNVACGRKNLKQLQHSRPYMSNPLSLKKITGGINGGLINDATLKSLDFKRDLLFPLSLLLCN TRPVGRQDTVQLLITLMLLADLSVTLLMLLQFYWISLAAFLSVLLILPLSLLSPFPAGLNALFSKEPRRASLSRVYALWS ATSLSNIGVAFICCLVHYAVSHLHPDEASTRSVKREDDKCWLLPVILFLFKSVQVRLVNWHIANLEIQDFSLFCPDPDAF WAHESGL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 29 | 29 | - | – | |
| Phobius | 1 | 9 | 9 | - | – | |
| Phobius | 10 | 21 | 12 | - | – | |
| Phobius | 22 | 29 | 8 | - | – | |
| Phobius | 30 | 887 | 858 | - | – | |
| PANTHER | 64 | 1442 | 1379 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 64 | 1442 | 1379 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 160 | 181 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 160 | 196 | 37 | - | – | |
| SMART | 811 | 859 | 49 | 0.0012 | ||
| Phobius | 888 | 908 | 21 | - | – | |
| Phobius | 909 | 1291 | 383 | - | – | |
| TMHMM | 1292 | 1314 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1292 | 1314 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1315 | 1319 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1320 | 1343 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 1321 | 1343 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1344 | 1354 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1355 | 1381 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 1358 | 1380 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1382 | 1400 | 19 | - | – | |
| Phobius | 1401 | 1418 | 18 | - | – | |
| TMHMM | 1401 | 1423 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1419 | 1447 | 29 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0417200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…