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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0417200 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0417200.2 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Glycine-rich protein; TAIR: AT5G47020.1 MraZ; Swiss-Prot: sp|Q5H8C4|VP13A_MOUSE Vacuolar protein sorting-associated protein 13A; TrEMBL-Plants: tr|V7CH42|V7CH42_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0417200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:91503052..91516479) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ACGTAGCTTGGACTCGTATAGAGACTCTTCCTTTCTACCACGTACTCCATCCATCACACTCTCTCTTCTCTTCTCTACTC ATCGAAACCGAGAAAGCAAAAAGCAAAAAGAAAACGATGCTCACCATTCAGCTTCTGACTTGGACCAACAACCATTACTA ATTCAAACTATCAAACGATTCACTCCAATTTTCAACTCTCCTTACGGTTAGTCACTTCTTCAGCTACAATCGCTTCCATG ATTTTCCACTTTTTCAGCTTTGAAATTCTCATCGATGTTGATTAATTGTTTGTTTTCAATCATGCGTTCTTTCTTCTTGA TTCGGATCACAATCACATTGCATGAGTTATTTGTTTATTTTCGCGTTTTTTTAATGGATTCGCAATTGAGTTAGGCAATT TGGCCAGTGGACTTGAAAATCACTATGATATGATTGATTAGGTTGATTATAAATTATGCATGATGATTCTCTGGAAATGT GTAGAGTCTTTAGTGTGTTATTCTATTATATGTAAAAACATGAAAACTAAAGTACCCTAACCTTTCTATTTTTCTAATTG TTTGATATTTCCTTTCTATTTAGTTGCAGAATATATGTATAGAACTCACTTCCGTGGATACCGGTCCTTAGGCGGCGATG CATTTTGTGATAATGCATAGGTACCTCTGCTGCTGCATTTTATTCGGATGCCTTTATATATCGCGCCTTTCTCTTAGTTC AGGACAGCATTTGAATAGGACTACTGCCTTACAAACCTGGTTGAGTTATTCTGGATCACTTGTAAGAGATGATTCTGCAT TCCATGCTTCGGAATTTGCTAAAACATCAACTTTGAGATTGCCATTGAATGAGTCAGTTTCATGTGAGGACTTGGAAGGT GTAGGATCTTTTAATACCACATGCTTATTAAGCTCATCTCATTATTTGAAATCTGATATTTACATATATGGGGTTGGAAA 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0417200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCATTTTGTGATAATGCATAGGTACCTCTGCTGCTGCATTTTATTCGGATGCCTTTATATATCGCGCCTTTCTCTTAG TTCAGGACAGCATTTGAATAGGACTACTGCCTTACAAACCTGGTTGAGTTATTCTGGATCACTTGTAAGAGATGATTCTG CATTCCATGCTTCGGAATTTGCTAAAACATCAACTTTGAGATTGCCATTGAATGAGTCAGTTTCATGTGAGGACTTGGAA GGTGTAGGATCTTTTAATACCACATGCTTATTAAGCTCATCTCATTATTTGAAATCTGATATTTACATATATGGGGTTGG AAATATGGAGATACTCTCTCATGTTTCGCTTTCATGCCCTGTCGAAGGGTGCATGATAACAGTCAATGTGTCTGGCAACG TTAAACTGGGTCAAAATGCGTCTATTGTTGCTGGTACTGTGGTTTTATCAGCATCCAATCTGACTATGGAACACAGATCT TCTATAAACTCATCGTCTTTGGGTGGGTCACCGCCTTCACAAACTAGTGGGACACCTGTTGGCAATGAAGGAGCTGGTGG AGGGCATGGTGGGCGTGGTGCATCCTGTGTAAAAAAAACTAAAACGAATTGGGGTGGGGATGTATATGCTTGGTCCACTT TGTCTCAACCATGGAGTTATGGGAGCAAGGGTGGTGGTAAATATACTAAAGAACAATATGGTGGGAATGGTGGGGGGCGT ATTAAGATTCTAGTGAATGACACTATATTTGTAAATGGGTCGATTACTGCAAAAGGAGGAGATGGGGGATCTGATGGGGG AGGTGGCTCTGGCGGAAGTATATTGGTACATGCCAAAAAGCTGAAGGGATATGGTACTATCAGTGCTGCTGGTGGGATGG GATGGGGTGGAGGCGGTGGAGGAAGACTATCACTTGATTGTTACAGCATCCAAGAAGATCTAAAAATTACTGTCCATGGA GGTTTGAGTATTGGCTGCCCTGGGAATTCTGGAGCAGCTGGCACATTTTTCAATGCAAATTTACTAAGTTTGAAAGTTAG CAATGACAATGTCACAACAGAAACTGAGACTCCTTTGCTTGACTTCTCAACCAGCCCTTTATGGTCCAACGTTTATGTGG AAAATAATGCGAAAGTTTTGGTTCCACTTGTCTGGTCCAGAGTTCAGGTAAGAGGCCAGATCAGTGTATATAGTGGCGGA AGCTTAATCTTTGGACTGTCAGATTATCCAATTTCTGAATTTGAGCTTGTTGCAGAAGAGCTTTTATTGAGTGATTCTAT TGTAAAGGTTTTCGGTGCATTTAGAGTTTCTGTTAAAATGCTACTCATGTGGAACTCCACGATTCAAATTGATGGTGGTA AAAGTACTGTTGTGGCTGCTTCAGTACTTGAAGTGAGAAATCTTGCTGTTCTAAGGCAAACCTCTGTCATTAGTTCAAAC ACGAACTTGGGCTTATATGGTCAAGGACTGCTACAATTGACTGGTGATGGTGATGCAATCAAAGGCCAGCGACTATCCTT GTCTCTCTTCTATAATGTTGGATCAGGTTCTTTACTTGAAGCTCCTTTGGATGATGATGCTAGTAGAGGCACGGTGACAA CACATCTTTGTGATACACAGAGATGCCCGATAGATTTAATAACTCCACCTGATGATTGTCATGTCAATTATACACTCTCC TTCTCACTTCAAATTTGTCGAGTTGAGGATCTTCTTGTAAATGGTAAAATGAAGGGAAGCATAATTCACATTCACAGGGC AAGAACTGTGATTGTTGATACTGAGGGTATGATTACTGCATCCGAATTAGGTTGCACTGAAGGTATTGGCAAGGGAAACT TTTTGAATGGAGCTGGCGGTGGTGCTGGACATGGAGGAAGAGGAGGATCTGGATATTTCAATGGGAGAATGAGTATTGGC GGTGATGAATATGGAAATGCTATTCTTCCATGTGAATTGGGTAGTGGAACTAAGGGCCCTAATGAGTCATATGGGCATGT TGTTGGAGGCGGGATGATTGTGATGGGATCCATTCAGTGGCCACTTTCGAGGCTTGACCTTTACGGGTCCTTGAGGGCAG ATGGTGAAAGCTTTAGCAAAGCAATAACAAGCAGTGATGGATCTTTGGTTGGTGGTCTTGGTGGAGGTTCTGGTGGAACA GTCCTGCTTTTCCTTCAAGAACTCAGGATTTTGGAGAATTCCTCCTTATCAGTTGTTGGTGGCAATGGTGGCTCCCTTGG TGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTCGAGTTCATTTCCATTGGTCAAAGATTGGTATTGGGGAGGAGTACGTGCCTGTTGCAA GTATCAGTGGCACCATGAACTATAGTGGAGGAGCTGGGGACCATGATGGCCTTCATGGACAGGAGGGTACCATAACTGGG AAAGCATGCCCTAAAGGCCTTTATGGAATTTTCTGCGAGGAATGTCCTCTGGGTACTTACAAAGATGTTGATGGTTCTGA TCCACATCTTTGCATTCCTTGTCCTCTTGATCTTCTTCCGAACCGTGCAAATTTAATATATCAACGAGGGGGGGTTACAA AGCGTTCTTGTCCATATAAATGTATATCAGACAAGTATCGGATGCCCAACTGTTATACACCTCTAGAGGAGCTTATTTAT ACATTTGGTGGTCCCTGGCCATTTTCAGTAATGTTGTCATTAGTTTTATTGCTTATGGCTCTACTACTAAGTACTTTGAG AGTCAAGTTGATTGGTTCTGGTTCATATCATAGTTCAAGTTCTACTGAGCACCATAATAATCACCGTTTTCCATATCTTC TATCTCTGTCTGAGGTGCGTGGAGCCAGAGCTGAAGAGACTCAAAGTCATGTACACAGAATGTACTTTATGGGTCCTAAT ACTTTTAGAGAACCCTGGCATCTTCCTTACTCACCTCCCCACGCTATAATTGAAATTGTGTATGAAGATGCTTTTAATAG ATTTATTGATGAGATCAACTCAGTTGCTGCATATGATTGGTGGGAGGGATCAGTGCACAGTATACTTTCAGTCGTGGCAT ATCCTTGTGCTTGGTCCTGGAAACATTGGCGTCGAAGAGTTAAAATTAGTCGCCTTCAGGAATATGTCAAGTCTGAATAT GACCATTCTTGTTTACGCTCCTGCCGTTCCCGAGCTTTGTACAAAGGGATGAAGGTTGGGGCGACTCCGGATTTAATGGT CTCATACATTGATTTTTTCCTTGGTGGTGATGAGAAGCGATTAGACATTGTATCAATTATACAGGAGAGATTTCCCATGT GCATACTTTTTGGTGGGGATGGGAGTTACATGGCACCTTACAATCTTCACAGTGATGCACTGTTGACCAACCTCCTTGCC CAGCATGTCCCAGCAACTGTTTGGAATCGTTTGGTAGCTGGCCTGAATGCTCAGTTACGGACAGTGAGGCATGGATCAAT TCGTGTCACACTAGGTCCTGTTGTTGATTGGATAAATAGCCATGCAAATCCCCAACTTGAGTTCCATGGAGTTAAAATTG AGCTTGGATGGTTCCAAGCAACAGCCTCTGGTTACTATCAGCTGGGTATCGTGGTAGCAGTTGGGGATTATTCCCTTCAT GATTTGCACCAGTCTGATACTTGGGTCGGTACTGATGAAGCTATGGGGAAAAATGTGGCATGTGGTAGAAAGAATCTTAA GCAGCTGCAGCATAGTCGGCCATACATGAGCAATCCATTATCTCTTAAAAAGATAACTGGAGGAATTAATGGTGGCCTGA TAAATGATGCTACCTTAAAATCACTAGACTTTAAAAGGGATCTTCTATTCCCACTTTCTCTGCTGTTGTGCAACACTAGA CCTGTTGGTCGTCAGGATACTGTGCAACTGCTGATCACTCTGATGCTTTTAGCAGATCTTTCTGTTACTCTCCTCATGTT ACTTCAGTTCTACTGGATTTCTCTTGCAGCTTTTCTTTCTGTTTTACTAATCCTCCCTCTTTCTCTACTATCTCCATTTC CTGCCGGTTTGAACGCATTATTCAGTAAAGAACCTAGAAGAGCTTCACTTTCTCGAGTATATGCACTGTGGAGCGCTACT TCTCTATCTAATATTGGTGTGGCTTTTATCTGTTGCCTAGTTCACTATGCAGTATCCCACCTTCACCCTGACGAGGCAAG TACACGTAGTGTCAAGAGGGAAGATGATAAATGCTGGCTTTTGCCTGTCATCCTTTTTCTATTCAAGTCTGTACAAGTCC GTTTAGTCAATTGGCACATAGCGAATCTAGAAATCCAAGATTTTTCTCTATTCTGTCCGGATCCAGATGCTTTTTGGGCT CATGAATCTGGTTTATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0417200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MHFVIMHRYLCCCILFGCLYISRLSLSSGQHLNRTTALQTWLSYSGSLVRDDSAFHASEFAKTSTLRLPLNESVSCEDLE GVGSFNTTCLLSSSHYLKSDIYIYGVGNMEILSHVSLSCPVEGCMITVNVSGNVKLGQNASIVAGTVVLSASNLTMEHRS SINSSSLGGSPPSQTSGTPVGNEGAGGGHGGRGASCVKKTKTNWGGDVYAWSTLSQPWSYGSKGGGKYTKEQYGGNGGGR IKILVNDTIFVNGSITAKGGDGGSDGGGGSGGSILVHAKKLKGYGTISAAGGMGWGGGGGGRLSLDCYSIQEDLKITVHG GLSIGCPGNSGAAGTFFNANLLSLKVSNDNVTTETETPLLDFSTSPLWSNVYVENNAKVLVPLVWSRVQVRGQISVYSGG SLIFGLSDYPISEFELVAEELLLSDSIVKVFGAFRVSVKMLLMWNSTIQIDGGKSTVVAASVLEVRNLAVLRQTSVISSN TNLGLYGQGLLQLTGDGDAIKGQRLSLSLFYNVGSGSLLEAPLDDDASRGTVTTHLCDTQRCPIDLITPPDDCHVNYTLS FSLQICRVEDLLVNGKMKGSIIHIHRARTVIVDTEGMITASELGCTEGIGKGNFLNGAGGGAGHGGRGGSGYFNGRMSIG GDEYGNAILPCELGSGTKGPNESYGHVVGGGMIVMGSIQWPLSRLDLYGSLRADGESFSKAITSSDGSLVGGLGGGSGGT VLLFLQELRILENSSLSVVGGNGGSLGGGGGGGGRVHFHWSKIGIGEEYVPVASISGTMNYSGGAGDHDGLHGQEGTITG KACPKGLYGIFCEECPLGTYKDVDGSDPHLCIPCPLDLLPNRANLIYQRGGVTKRSCPYKCISDKYRMPNCYTPLEELIY TFGGPWPFSVMLSLVLLLMALLLSTLRVKLIGSGSYHSSSSTEHHNNHRFPYLLSLSEVRGARAEETQSHVHRMYFMGPN TFREPWHLPYSPPHAIIEIVYEDAFNRFIDEINSVAAYDWWEGSVHSILSVVAYPCAWSWKHWRRRVKISRLQEYVKSEY DHSCLRSCRSRALYKGMKVGATPDLMVSYIDFFLGGDEKRLDIVSIIQERFPMCILFGGDGSYMAPYNLHSDALLTNLLA QHVPATVWNRLVAGLNAQLRTVRHGSIRVTLGPVVDWINSHANPQLEFHGVKIELGWFQATASGYYQLGIVVAVGDYSLH DLHQSDTWVGTDEAMGKNVACGRKNLKQLQHSRPYMSNPLSLKKITGGINGGLINDATLKSLDFKRDLLFPLSLLLCNTR PVGRQDTVQLLITLMLLADLSVTLLMLLQFYWISLAAFLSVLLILPLSLLSPFPAGLNALFSKEPRRASLSRVYALWSAT SLSNIGVAFICCLVHYAVSHLHPDEASTRSVKREDDKCWLLPVILFLFKSVQVRLVNWHIANLEIQDFSLFCPDPDAFWA HESGL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 29 | 29 | - | – | |
| Phobius | 1 | 9 | 9 | - | – | |
| Phobius | 10 | 21 | 12 | - | – | |
| Phobius | 22 | 29 | 8 | - | – | |
| Phobius | 30 | 885 | 856 | - | – | |
| PANTHER | 64 | 1440 | 1377 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 64 | 1440 | 1377 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 160 | 181 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 160 | 196 | 37 | - | – | |
| SMART | 809 | 857 | 49 | 0.0012 | ||
| Phobius | 886 | 906 | 21 | - | – | |
| Phobius | 907 | 1289 | 383 | - | – | |
| Phobius | 1290 | 1312 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 1290 | 1312 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1313 | 1317 | 5 | - | – | |
| Phobius | 1318 | 1341 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 1319 | 1341 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1342 | 1352 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1353 | 1379 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 1356 | 1378 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1380 | 1398 | 19 | - | – | |
| Phobius | 1399 | 1416 | 18 | - | – | |
| TMHMM | 1399 | 1421 | 23 | - | – | |
| Phobius | 1417 | 1445 | 29 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0417200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…